종전농지의 대토가 양도소득세 감면 요건을 충족하였는지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

붙임과 같습니다.

청구인은 2006. 11. 9. 매매가액 280백만원에 취득한 광역시 구 동 3075-9 답 2,314㎡(이하 “종전농지”라 한다)를 2013. 10. 11. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 한국수자원공사에 매매가액 498백만원에 양도하고, 2013. 10. 25. 광역시 구 동 823-6 답 1,500㎡(이하 “신규농지”라 한다)를 매매가액 159백만원에 취득한 후, 2013. 12. 31. 조세특례제한법제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】규정을 적용하여 양도소득세 예정신고시 양도소득세 46백만원을 100% 감면 신청하였으며, 2015. 10. 29. 신규농지를 양도하였다. 처분청은 청구인이 신규농지 취득 후 계속하여 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우가 아니라고 보아, 양도소득세 감면을 배제하여 2016. 5. 1. 2013년 과세연도 양도소득세 58,430,310원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2016. 6. 23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 종전농지가 수용됨에 따라 신규농지를 취득하고 대토 감면을 신청하였으나, 2014년 하반기부터 건강 악화로 더 이상 농사를 짓기 어렵다는 의사의 조언에 따라 신규농지를 양도하였다. 신규농지의 양도가 2014. 2. 21. 이후에 이루어졌고, 종전농지와 신규농지의 경작기간이 통산하여 8년 이상인바, 2014. 2. 21. 개정된 조세특례제한법 제70조 및 같은 법 시행령 제67조 제3항에 따라 경작기간 요건이 충족되었으므로 경작기간 요건이 충족되지 않았다고 보아 감면 배제한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 건 양도는 2014. 2. 21. 개정 전 법령을 적용하여야 하고, 개정전 법령에 의하면 신규농지 취득 후 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우에 한하여 감면을 적용하도록 되어 있는바, 청구인은 2013. 10. 25. 신규농지를 취득하고 2년 만인 2015. 10. 29. 양도하였으므로 감면을 배제하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 종전농지의 대토가 양도소득세 감면 요건을 충족하였는지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】(2014.02.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)

① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2제1항제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득한 후 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것 ※ 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것

③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수・수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

○ 부칙 <제25211호, 2014. 2. 21> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조제14항, 제66조의2제13항, 제67조제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행 하며, 제63조제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2제4항 및 제100조의6제2항제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제9조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등에 관한 적용례) 제67조제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 종전의 농지를 양도하고 새로운 농지를 취득하거나 새로운 농지를 취득하고 종전의 농지를 양도하는 분부터 적용 한다. 다만, 같은 조 제3항제1호 각 목 외의 부분 단서, 같은 항 제2호 각 목 외의 부분 단서, 같은 조 제4항ㆍ제5항 및 같은 조 제6항 후단의 개정규정은 이 영 시행 전에 새로운 농지를 취득하고 이 영 시행 이후 종전의 농지를 양도하거나 이 영 시행 전에 종전의 농지를 양도하고 이 영 시행 이후 새로운 농지를 취득하는 분부터 적용 한다.

④ 제3항제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

⑤ 제3항제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 농지 소유자가 사망한 경우로서 상속인이 농지소재지에 거주하면서 계속 경작한 때에는 피상속인의 경작기간과 상속인의 경작기간을 통산한다.

• 다. 사실관계

1. 등기부등본, 국세청 전산망 등에 의해 확인되는 청구인과 처분청 간 다툼이 없는 사실은 다음과 같다.

• 가) 종전농지와 신규농지의 매매 현황은 다음과 같다. 구분 소재지 지목/면적(㎡) 취득/양도일 보유기간 종전농지 3075-9 답/2,314 2006.11.9./ 2013.10.11. 6년11월 신규농지 823-6 답/1,500 2013.10.25./ 2015.10.29. 2년
• 나) 청구인의 신고 내역 및 처분청의 경정 내역은 다음과 같다. (단위: 천원) 구분 양도 가액 취득 가액 양도소득 금액 과세 표준 산출 세액 감면 세액 납부(고지) 세액 종전농지 신고 498,281 280,000 178,990 176,490 46,871 46,871 0 경정 498,281 280,000 178,990 176,490 46,871 0 59,430 신규농지 신고 263,320 158,900 104,420 101,920 20,772 0 20,772 청구인은 2015. 11. 9. 당초 신규농지에 대해 100% 감면 적용하여 신고하였다가, 신고기한 내인 2015. 1. 27. 감면을 배제하여 재신고하였음
• 다) 농지대토에 대한 감면 요건과 관련하여, 기간 요건의 충족 여부 외의 다른 요건에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없다.

2. 청구인은 질병요양 등 부득이한 사유로 경작할 수 없게 되었다고 주장하며 진료확인서(**대 의원)와 진단서를 제출하였고, 척추 협착, 무릎관절증, 당뇨병 등의 병명이 확인된다.

3. 처분청이 제출한 대토농지 감면 사후관리 검토서상에 의하면, 청구인이 신규농지를 3년 이상 자경하여야 하나 건강상 이유로 2년 경작하고 양도한 사실이 확인되어 감면 배제하였음이 확인된다.

• 라. 판단 청구인은 신규농지의 양도가 2014. 2. 21. 조세특례제한법 시행령 제67조 의 개정 이후에 이루어졌고, 동 시행령을 적용하여 종전농지와 신규농지의 경작기간을 통산하면 8년 이상이므로 감면 대상이라고 주장하나,

2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정된 조세특례제한법 시행령 부칙 제9조는 “ 제67조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 종전의 농지를 양도하고 새로운 농지를 취득하거나 새로운 농지를 취득하고 종전의 농지를 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 같은 조 제3항제1호 각 목 외의 부분 단서의 개정규정은 이 영 시행 전에 새로운 농지를 취득하고 이 영 시행 이후 종전의 농지를 양도하거나 이 영 시행 전에 종전의 농지를 양도하고 이 영 시행 이후 새로운 농지를 취득하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있고 달리 예외규정을 두고 있지 않은바, 청구인은 이 영 시행 전에 종전농지를 양도하고, 신규농지를 취득하였으므로 위 개정 시행령 규정이 적용될 여지가 없다고 할 것이다. 따라서 종전농지를 양도하면서 감면 신청한 당시의 법령에 따라 감면 사후관리하여 종전농지에 대한 감면을 배제한 이 건 처분은 정당해 보인다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.