토지보상법에 따른 협의매수, 수용된 경우에 해당되지 않음

이건 심사청구는 기각합니다.

청구인은 2004.12.24. 경기도 00시 소재 전 8,815㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 2012. 05. 24 경기도 00시에 양도한 다음 농지대토규정을 적용하여 2012.7.19. 양도소득세 예정신고를 하였고, 이 후 청구인은 2014. 3.13. 경기도 000 소재 답 4,866㎡(이하󰡒대체농지󰡓라 한다)를 2년이내에 취득하였다. 00세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다)은 2015. 9월 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하였고, 쟁점토지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘토지보상법’ 이라 한다)에 따른 협의매수에 해당되지 않아 대토농지 1년이내 미취득으로 대토감면 부인하고 2015.11.1. 아래와 같이 양도소득세 0000천원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 2016.1.14. 이의신청을 거쳐 2016.2.25. 이건 심사청구를 제기하였다.

폐기물처리는 토지보상법 제4조제2호 상의 공익사업의 범위에 속하며 쟁점 토지는 쓰레기를 매립하여 사후관리할 책임이 있는 00시는 쟁점토지를 부득이 매수할 수밖에 없었고, 토지보상업무를 집행하는 실무자도 쟁점토지를 취득할 수 밖에 없는 사유와 근거법이 토지보상법임을 증언하고 있다. 00시는 토지보상법에 의한 협의매수라고 공식적으로 회보하였다. 그 근거는 이의신청 심리담당자의 추가 공문조회결과 00시는 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’에 해당으로 회신한 바 있는 점이다. 토지매수과정에서 작성한 00시의 공문이 근거법을 밝히고 있다.

쟁점토지를 토지보상법에 따른 양도가 아닌 붙임 매매계약서와 같이 00시청과 매매계약에 따라 농지를 양도하였으므로 대체농지를 1년이내 취득하여야 함에도 2년이내 취득함으로써 감면요건을 충족하지 못하였다. 00시청의 부동산매입경위 내용에 토지보상법에 따라 부동산을 매입하였 다고 00시 자원관리과장이 작성, 제출하였으나, 이는 임의 작성한 것이

• 다. 쟁점토지를 지방자치단체에 양도하였으나, 토지보상법이나 그밖의 법률에 따른 사업인정고시 절차 없이 양도한 경우 조세특례제한법 제77조 공익 사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면의 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는 것이다(서면법규과, 2014.05.02.)

• 가. 쟁점 쟁점토지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수, 수용된 경우에 해당되어 양도일부터 대체농지를 2년내에 취득한 경우에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】(2012.01.26 호)타법개정

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제한다.

② 제1항에 따라 양도하거나 취득하는 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령으로 정하는 토지의 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법시행령 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】(2012.04.10-23718호)

① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자를 말한다. <개정 2008.2.22, 2010.2.18, 2012.2.2>

1. 농지가 소재하는 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다), 군, 구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시, 군, 구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. <개정 2006.2.9, 2012.2.2>

③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2007.2.28, 2010.2.18, 2012.2.2>

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수, 수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득한 후 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

④ 제3항제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수, 수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

⑤ 제3항제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 농지 소유자가 사망한 경우로서 상속인이 농지소재지에 거주하면서 계속 경작한 때에는 피상속인의 경작기간과 상속인의 경작기간을 통산한다.

⑥ - ⑧(생략)

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2011.08.04)일부개정

• 가) 제4조 【공익사업】 이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

1. 국방ㆍ군사에 관한 사업

2. 관계 법률에 따라 허가, 인가, 승인, 지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도, 도로, 공항, 항만, 주차장, 공영차고지, 화물터미널, 궤도(궤도), 하천, 제방, 댐, 운하, 수도, 하수도, 하수종말처리, 폐수처리, 사방(사방), 방풍(방풍), 방화(방화), 방조(방조), 방수(방수), 저수지, 용수로, 배수로, 석유비축, 송유, 폐기물처리, 전기, 전기통신, 방송, 가스 및 기상 관측에 관한 사업

3. 국가나 지방자치단체가 설치하는 청사, 공장, 연구소, 시험소, 보건시설, 문화시설, 공원, 수목원, 광장, 운동장, **, 묘지, 화장장, 도축장 또는 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

4. 관계 법률에 따라 허가, 인가, 승인, 지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교, 도서관, 박물관 및 미술관 건립에 관한 사업 5～7(생략)

8. 그 밖에 다른 법률에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있는 사업

• 나) 제14조 【토지조서 및 물건조서의 작성】

① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조에 따른 사업인정 전에 협의에 의한 토지등의 취득 또는 사용이 필요할 때에는 토지조서와 물건조서를 작성하여 서명 또는 날인을 하고 토지소유자와 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 이 경우 사업시행자는 해당 토지조서와 물건조서에 그 사유를 적어야 한다.

1. 토지소유자 및 관계인이 정당한 사유 없이 서명 또는 날인을 거부하는 경우

2. 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소, 거소를 알 수 없는 등의 사유로 서명 또는 날인을 받을 수 없는 경우

② 토지와 물건의 소재지, 토지소유자 및 관계인 등 토지조서 및 물건조서의 기재사항과 그 작성에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

• 다) 제15조 【보상계획의 열람 등】

① 사업시행자는 제14조에 따라 토지조서와 물건조서를 작성하였을 때에는 공익사업의 개요, 토지조서 및 물건조서의 내용과 보상의 시기, 방법 및 절차 등이 포함된 보상계획을 전국을 보급지역으로 하는 일간신문에 공고하고, 토지소유자 및 관계인에게 각각 통지하여야 하며, 제2항 단서에 따라 열람을 의뢰하는 사업시행자를 제외하고는 특별자치도지사, **ㆍ군수 또는 구청장에게도 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자와 관계인이 20인 이하인 경우에는 공고를 생략할 수 있다.

② 사업시행자는 제1항에 따른 공고나 통지를 하였을 때에는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 다만, 사업지역이 둘 이상의 시, 군 또는 구에 걸쳐 있거나 사업시행자가 행정청이 아닌 경우에는 해당 특별자치도지사, **, 군수 또는 구청장에게도 그 사본을 송부하여 열람을 의뢰하여야 한다.

③ 제1항에 따라 공고되거나 통지된 토지조서 및 물건조서의 내용에 대하여 이의(이의)가 있는 토지소유자 또는 관계인은 제2항에 따른 열람기간 이내에 사업시행자에게 서면으로 이의를 제기할 수 있다.

④ 사업시행자는 해당 토지조서 및 물건조서에 제3항에 따라 제기된 이의를 부기(부기)하고 그 이의가 이유 있다고 인정할 때에는 적절한 조치를 하여야 한다.

• 라) 제16조 【협의】 사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
• 마) 제17조 【계약의 체결】 사업시행자는 제16조에 따른 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다.
• 바) 제20조 【사업인정】

① 사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 한다.

② 제1항에 따른 사업인정을 신청하려는 자는 국토해양부령으로 정하는 수수료를 내야 한다.

• 사) 제22조 【사업인정의 고시】

① 국토해양부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없 이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시, 도지사에게 통지 하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

② 제1항에 따라 사업인정의 사실을 통지받은 시, 도지사(특별자치도지사는 제외한다)는 관계 **, 군수 및 구청장에게 이를 통지하여야 한다.

③ 사업인정은 제1항에 따라 고시한 날부터 그 효력이 발생한다.

• 아) 제68조 【보상액의 산정】

① 사업시행자는 토지등에 대한 보상액을 산정하려는 경우에는 감정평가업자 2인 이상에게 토지등의 평가를 의뢰하여야 한다. 다만, 사업시행자가 국토해양부령으로 정하는 기준에 따라 직접 보상액을 산정할 수 있을 때에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에 따라 감정평가업자를 선정할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지소유자가 요청하는 경우 제1항에 따른 감정평가업자 외에 토지소유자가 추천하는 감정평가업자 1인을 선정할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 평가 의뢰의 절차 및 방법, 보상액의 산정기준 등에 관하여 필요한 사항은 국토해양부령으로 정한다.

4. 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 시행령(2011.12.28 호)일부개정

• 가) 제7조 【토지조서 및 물건조서 등의 작성】

① 사업시행자는 공익사업의 계획이 확정된 때에는 측량, 수로조사 및 지적에 관한 법률에 의한 지적도 또는 임야도에 대상물건인 토지를 표시한 용지도를 작성하여야 한다. <개정 2006.3.24, 2009.12.14>

② 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 작성된 용지를 기본으로 하여 법 제14조제1항의 규정에 의한 토지조서(이하 "토지조서"라 한다) 및 동항의 규정에 의한 물건조서(이하 "물건조서"라 한다)를 작성하여야 한다.

③ 토지조서에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

1. 토지의 소재지, 지번, 지목, 전체면적 및 편입면적과 현실적인 이용상황

2. 토지소유자의 성명 또는 명칭 및 주소

3. 토지에 관하여 소유권외의 권리를 가진 자의 성명 또는 명칭 및 주소와 그 권리의 종류 및 내용

5. 그 밖에 토지에 관한 보상금 산정에 필요한 사항

④ 물건조서에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

1. 물건(광업권, 어업권 또는 물의 사용에 관한 권리를 포함한다. 이하 같다)이 있는 토지의 소재지 및 지번

2. 물건의 종류, 구조, 규격 및 수량

3. 물건소유자의 성명 또는 명칭 및 주소

4. 물건에 관하여 소유권외의 권리를 가진 자의 성명 또는 명칭 및 주소와 그 권리의 종류 및 내용

6. 그 밖에 물건에 관한 보상금 산정에 필요한 사항

⑤ 물건조서를 작성함에 있어서 그 물건이 건축물인 경우에는 제4항 각호의 사항 외에 건축물의 연면적과 편입면적을 기재하고 그 실측평면도를 첨부하여야 한다. 다만, 실측한 편입면적이 건축물대장에 첨부된 건축물현황도에 의한 편입면적과 일치하는 경우에는 건축물현황도로 실측평면도를 갈음할 수 있다.

⑥ 토지조서와 물건조서의 서식은 국토해양부령으로 정한다.

• 나) 제8조 【협의의 절차 및 방법 등】

① 사업시행자는 법 제16조의 규정에 의한 협의를 하고자 하는 때에는 국토해양부령이 정하는 보상협의요청서에 다음 각호의 사항을 기재하여 토지소유자 및 관계인에게 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소, 거소 그 밖에 통지할 장소를 알 수 없는 때에는 제2항의 규정에 의한 공고로써 통지에 갈음할 수 있다.

1. 협의기간, 협의장소 및 협의방법

2. 보상의 시기, 방법, 절차 및 금액

② 제1항 단서에 따른 공고는 사업시행자가 공고할 서류를 토지등의 소재지를 관할하는 (행정시의 을 포함한다), 군수 또는 구청장(자치구가 아닌 구의 구청장을 포함한다)에게 송부하여 해당 시(행정시를 포함한다), 군 또는 구(자치구가 아닌 구를 포함한다)의 게시판에 14일 이상 게시하는 방법에 의한다. <개정 2008.4.17, 2011.12.28>

③ 제1항제1호의 규정에 의한 협의기간은 특별한 사유가 없는 한 30일 이상으로 하여야 한다.

④,⑤(생략)

5. 폐기물처리시설설치촉진및주변지역지원등에관한법률(1995.01.05, 4907호) 제정

• 가) 제1조【목적】 이 법은 폐기물처리시설의 부지 확보의 촉진과 그 주변지역주민에 대한 지원을 통하여 폐기물처리시설의 설치를 원활히 하고 주변지역주민의 복지를 증진함으로써 환경보전 및 국민생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 한다.
• 나) 제9조 【폐기물처리시설의 입지선정】

① 대통령령이 정하는 규모 이상의 폐기물처리시설을 설치・운영하고자 하는 환경처장관 또는 지방자치단체의 장(이하 "폐기물처리시설설치기관"이라 한다)은 다음 각호의 사항을 포함한 입지선정계획을 결정, 공고하여야 한다. 다만, 제5조 또는 제6조제1항의 규정에 의하여 폐기물처리시설을 설치하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 처리대상 폐기물의 종류 및 발생량

2. 처리대상 폐기물을 배출하는 지역의 폐기물처리시설의 소요규모

4. 기타 입지 선정과 관련하여 필요한 사항

② 폐기물처리시설설치기관은 제1항의 규정에 의한 입지선정계획을 공고한 때에는 지체없이 그 입지선정계획지역의 주민대표가 참여하는 입지선정위원회를 설치하여 당해 폐기물처리시설의 입지를 선정하도록 하여야 한다.

• 다) 제10조 【폐기물처리시설설치계획의 결정・고시등】

① 환경처장관이 제9조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 입지를 선정한 경우에는 다음 각호의 사항을 포함한 폐기물처리시설설치계획을 결정, 고시하고, 그 도면을 1월 이상 누구든지 열람할 수 있도록 하여야 한다. 고시된 사항을 변경하는 때에도 또한 같다.

1. 폐기물처리시설의 종류 및 규모

4. 폐기물 처리를 대상으로 하는 지역

6. 제18조의 규정에 의한 이주대책 기타 필요한 사항

② -④(생략)

6. 폐기물관리법

• 가) 제29조 【폐기물처리시설의 설치】

① 폐기물처리시설은 환경부령으로 정하는 기준에 맞게 설치하되, 환경부령 으로 정하는 규모 미만의 폐기물 소각 시설을 설치, 운영하여서는 아니 된다.

② 제25조제3항에 따른 폐기물처리업의 허가를 받았거나 받으려는 자 외 의 자가 폐기물처리시설을 설치하려면 환경부장관의 승인을 받아야 한다. 다만, 제1호의 폐기물처리시설을 설치하는 경우는 제외하며, 제2호의 폐기물처리시설을 설치하려면 환경부장관에게 신고하여야 한다.

1. 학교, 연구기관 등 환경부령으로 정하는 자가 환경부령으로 정하는 바에 따라 시험, 연구목적으로 설치, 운영하는 폐기물처리시설

2. 환경부령으로 정하는 규모의 폐기물처리시설

③ 제2항의 경우에 승인을 받았거나 신고한 사항 중 환경부령으로 정하는 중요사항을 변경하려면 각각 변경승인을 받거나 변경신고를 하여야 한

• 다. ④ 폐기물처리시설을 설치하는 자는 그 설치공사를 끝낸 후 그 시설의 사용을 시작하려면 다음 각 호의 구분에 따라 해당 행정기관의 장에게 신고하여야 한다.

1. 폐기물처리업자가 설치한 폐기물처리시설의 경우: 제25조제3항에 따른 허가관청

2. 제1호 외의 폐기물처리시설의 경우: 제29조제2항에 따른 승인관청 또는 신고관청

• 나) 제50조 【폐기물처리시설의 사후관리 등】

① 제29조제2항에 따른 설치승인을 받아 폐기물처리시설을 설치한 자(제25조에 따라 폐기물처리업의 허가를 받은 자를 포함한다)는 그가 설치한 폐기물처리시설의 사용을 끝내거나 폐쇄하려면 환경부령으로 정하는 바에 따라 환경부장관에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따라 신고를 한 자 중 대통령령으로 정하는 폐기물을 매립하는 시설을 사용종료하거나 폐쇄한 자는 그 시설로 인한 주민의 건강, 재산 또는 주변환경의 피해를 방지하기 위하여 환경부령으로 정하는 바에 따라 침출수(침출수)처리시설을 설치, 가동하는 등의 사후관리를 하여야 한다.

③ 환경부장관은 제2항에 따라 사후관리를 하여야 하는 자가 이를 제대로 하지 아니하면 환경부령으로 정하는 바에 따라 기간을 정하여 시정을 명할 수 있다.

④ 환경부장관은 제3항에 따른 명령을 받고도 그 기간에 시정하지 아니하면 대통령령으로 정하는 자에게 대행하게 하고 제51조 및 제52조에 따라 낸 사후관리이행보증금, 이행보증보험금 또는 사후관리이행보증금의 사전적립금(이하 "사후관리이행보증금등"이라 한다)을 그 비용으로 사용할 수 있다. 이 경우 그 비용이 사후관리이행보증금등을 초과하면 그 초과 금액을 그 명령을 받은 자로부터 징수할 수 있다. 7) 폐기물관리법 시행규칙 제69조 【폐기물처리시설의 사용종료 및 사후관리 등】 법 제50조제1항에 따라 폐기물처리시설의 사용을 끝내거나 폐쇄하려는 자는 그 시설의 사용종료일(매립면적을 구획하여 단계적으로 매립하는 시설은 구획별 사용종료일) 또는 폐쇄예정일 1개월(매립시설의 경우는 3개월) 이전에 별지 제58호서식의 사용종료, 폐쇄신고서에 다음 각 호의 사항을 포함한 폐기물처리시설 사후관리계획서(매립시설인 경우만 해당한다)를 첨부하여 시・도지사나 지방환경관서의 장에게 제출하여야 한다.

• 각 호 (생략) 8) 지방세특례제한법 제73조 【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면】

① 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률, 도시개발법 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(관광진흥법 제55조제1항 에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 농어촌정비법 제56조 에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박, 어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(관광진흥법에 따른 조성계획 고시일 및 농어촌정비법에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조제1항 에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.12.27>

• 가. 매수, 수용, 철거된 부동산등이 있는 특별시, 광역시, 도 내의 지역
• 나. 가목 외의 지역으로서 매수, 수용, 철거된 부동산등이 있는 시, 군, 구와 잇닿아 있는 시, 군, 구 내의 지역
• 다. 매수, 수용, 철거된 부동산등이 있는 특별시, 광역시, 도와 잇닿아 있는 특별시, 광역시, 도 내의 지역. 다만, 소득세법 제104조의2제1항 에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제6조제1항에 따른 자경농민이 농지 경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지를 포함한다)

• 가. 제1호에 따른 지역
• 나. 가목 외의 지역으로서 소득세법 제104조의2제1항 에 따른 지정지역을 제외한 지역 (이하 생략) 9) 지방세특례제한법 제6조 【자경농민의 농지 등에 대한 감면】

① 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람, 후계농업경영인, 농업계열 학교 또는 학과의 이수자 및 재학생(이하 이 조에서 "자경농민"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(논, 밭, 과000 및 목장용지를 말한다. 이하 이 절에서 같다) 및 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 농지를 직접 경작하지 아니하거나 농지조성을 시작하지 아니하는 경우

2. 정당한 사유 없이 경작한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각, 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실 가) 청구인과 처분청에서 제출한 이의신청에 대한 결정서(00세무서장 제2015-38호, 2016.1.12.)에 따르면, 청구인은 2004.11.22. ‘ 쟁점토지’를 취득하고 2012. 05. 24. 00시에 양도한 다음 2014.3.13. 취득한 ‘대체농지’에서 양도일인 2015. 11. 1.까지 3년이상 재촌자경 하면서, 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상인 대체농지를 취득 후 3년 이상 재촌 자경하고 감면신청 한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없는 것으로 나타난다.

• 나) 청구인은 2012. 5. 24. 쟁점토지를 00시에 양도하고, 쟁점토지에 대하여 취득가액을 000천원으로 하여, 양도소득세를 신고 납부하면서, 조세특례제한법 제70조 및 동법시행령 제67조 제3항 제1호에서 󰡒 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수, 수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득한 후 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것󰡓이라는 규정에 의거 농지대토 감면신청한 것으로 나타난다. ※ 쟁점농지 양도 후 1년 10개월 경과한 시점에 대토농지 취득으로 나타남

2. 처분청의 조사내용 처분청이 제출한 서류에 의하면 처분청은 청구인이 쟁점토지를 00시청과 매매계약에 따라 양도한 것으로 보았으며 그 조사내용 요약은 아래와 같다.

• 가) 조사기간: 2015.0.17., 2015.0.5.
• 나) 혐의내용: 취득계약서 허위작성 혐의 및 대토감면 요건 충족여부
• 다) 조사결정 (단위: 천원) 구 분 양도가액 취득가액 필요경비 양도차익 과세표준 결정세액 신 고 000 975

• 025 123 조 사 000 000 2,400 600 228 3 실 적 △975 2,400 575 104 3

• 라) 양도가액의 검토 00시청이 매매로 취득한 농지로 양도가액 적정함 (000지법 000 화해권고결정에 따라 매매계약함)
• 마) 대토감면 요건 충족여부

○ 농지의 양도가 협의매수 또는 수용된 경우에는 대체농지를 2년이내 취득하면 요건 충족되나, 00시청과 매매계약에 따라 농지를 양도하여 1년 이내 대체농지를 취득하지 않았으므로 감면요건 충족되지 아니함 3) 토지수용제도에 대하여(출처:중앙토지수용위원회(http://clt.molit.go.kr))

• 가) 토지수용사업범위

(1) 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률에 정해져 있는 공익사업

○ 토지수용을 할 수 있는 공익사업은 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률(이하“토지보상법”이라 한다)에 그 종류가 자세히 정하여져 있으며, 여기에 해당하는 경우에도 국토교통부장관이 특별히 수용을 할 수 있는 사업으로 인정을 해야만 수용할 수가 있습니다.

(2) 토지보상법에 정해져 있는 사업 (생략)

○ 관계법률에 의하여 허가․인가․승인․지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도… 폐기물처리 …(중략)… 및 기상관측에 관한 사업

• 나) 수용절차 토지수용을 하기 위하여 사업시행자는 먼저 공익사업 편입 토지 소유자와 보상에 관하여 협의를 하여야 하고 협의가 이루어지지 않을 때에 비로소 수용을 할 수 있으며, 2003년도에 종전의 공공용지의취득및손실보상에관한특례법과 토지수용법을 통합하여 토지보상법이 제정․시행되면서 이원화된 절차가 다음과 같이 일원화 되었습니다. <협의매수 및 수용비율 관련 도식도>

4. 토지보상법상 협의매수 여부에 대한 처분청 및 청구인 제출 서류 (시행일 기준에 따른 제출서류 및 일자 기준에 따른 쟁점토지 변동내용 요약)

• 가) 처분청이 제출한 서류 및 내용 요약

(1) 처분청은 쟁점토지가 공유재산관리목적으로 취득한 것임을 주장하며 그 근거로 00시의 내부공문을 제출하였다. (가) 2004년 제2회 공유재산관리계획변경(안)을 보면 폐기물관리법에 의한 매립종료일로부터 20년간 토지 이용제한을 두고 있어 이에 대한 토지 소유자의 재산권불이익 해소와 더불어 사용종료 매립장에 대한 철저한 사후관리도모함에 있다고 되어 있다. (나) 2010.1.26. 000 매립장 공공시설 활용방안(안)을 보면 000매립장 토지주가 매립가스로 인한 농작물 피해를 이유로 토지매수를 요청함에 따라 토지를 매입하여 토지주의 재산권 침해를 해소함으로써 민원을 예방하고, 사용종료매립장 유지․관리에 만전을 기하다고 되어있다. (다) 00시의 2010년도 제8회 시정조정위원회 개최결과 통보 내용 (00, 기획감사담당관-, 2010.*..)을 보면 2010년 제2회 공유재산관리계획 변경(안) 심의에서 쟁점토지 를 매 입 하는 안건에 대하여 심의결과 원안가결로 나타난다. (2) “ 부동산 취득관련 서류제출요청󰡓공문(00세무서장, 재산세과-****, 2015.8.27.)으로 토지보상법 규정이나 그밖의 법률에 따른 수용 또는 협 의매수로 취득하였다면 관련서류(사업인정고시 서류포함) 제출을 요구한 것으로 나타난다.

(3) 상기요청에 대하여 00은 공문(00, 자원관리과-**, 2015.)으로 부동산 매입경위 회신하였다. (가) 회신공문의 붙임내용 요약 [쟁점농지 부동산 매입경위] 쟁점토지는 199년 1월1일부터 19년9월30일까지 쓰레기를 매립하였고, 19년경부터 전소유자 가 민원을 제기하고 토지 매수를 요구하였으나, 협의가 되지 않아 거래가 성사되지 않음. 쟁점토지는 청구인에게 양도된 2005년 이후에도 농작물 경작이 어렵다는 사유로 매수민원이 계속됨. 청구인은 쟁점토지가 쓰레기가 매립된 땅이라 농작물 경작도 안되 고, 재산권 행사도 할 수 없게 되자 소송을 제기하였고, 법원의 화해 권고로 매매가 이루어진 상황임. 상기 토지는 토지소유자의 피해를 줄이고 매립장 관리 를 철저히 하기 위해서 00시의 필요에 의해 매수한 것임을 알려 드립 니다. (나) 00시청이 회신한 공문 (다) 또한 처분청은 000지방법원000 2011가단 부당이득금의 사건(2011. ..)에서 화해권고결정으로 합의한 바에 의하여 체결한 매매계약서 (2012.2.24.)를 제출하였으며, 쟁점토지이외 3필지 소유주 포함 3인과 00 이 날인한 부동산매매계약서 형식으로 되어있다. 나) 청구인이 제출한 서류 및 내용 요약

(1) 청구인은 00이 청구인에게 쟁점토지에 대한 토지감정평가에 대한 의견을 조회한 공문(00, 자원관리과-*, 00)을 제출 하였 으며, 그 내용은 ‘청구인 등이 재산상의 손해 발생으로 쟁점토지 등을 00시에 매수를 희망한바, 이에 토지보상법 제68조 규정에 의거 보상액 산정을 위한 감정평가 실시에 대한 의견 조회’내용으로 나타난다. ⇒ 그 후 00시는 󰡒00감정평가법인과 0000감정평가법인에게 쟁점토지 를 감정평가 의뢰한 것으로 나타나고 있다.(00, 자원관리과-000, 2010.10.09.) (2) 청구인은 00시청 자원관리과장 개인명의로 작성한 부동산 매입경위 등 을 제출하였으며, 그 내용은 다음과 같다. [쟁점농지 부동산 매입경위] 요약 근거법: 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 쟁점토지는 1995년1월1일부터 1995년9월30일까지 쓰레기를 매립하였고, 1998년경부터 전소유자 ***가 민원을 제기하고 토지 매수를 요구하였으나, 협의가 되지 않아 거래가 성사되지 않음. 쟁점토지는 청구인(000)에게 양도된 2005년 이후에도 농작물 경작이 어렵다는 사유로 매수민원이 계속됨. 청구인(000)은 쟁점토지가 쓰레기가 매립된 땅이라 농작물 경작도 안되고, 재산권 행사도 할 수 없게 되자 소송을 제기하였고, 법원의 화해권고로 토지매매가 이루어진 상황임. 상기 토지는 토지소유자의 피해를 줄이고 매립장 관리를 철저히 하 기 위해서 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’에 근거하여 00시의 필요에 의해 매수한 것임을 알려 드립니다.

(3) 청구인이 제출한 000지방법원 000 화해권고결정(사건 000가단0000 부당이득금, 2011.12.27.) 판결문에 따르면 청구인은 쟁점농지(00 시 부발읍 000 5번지 8,815㎡)를 2011. 12. 13. 00시에 560,000천원에 매도하고 00시는 이를 매수한다.라고 나타나며, 쟁점토지에 대한 부당이득금 소송 접수일은 2011.6.14.로 대법원 사건검색에서 확인된다.

(4) 청구인은 이의신청결정서상 심리담당자가 쟁점농지의 매매와 관련하여 ‘토지보상법’에 해당되는지 여부 질의(00세무서장, 납세자보호담당과-000, 2015. 12.1.)에 대하여 00시청이 회신한 공문(00, 자원관리과-000, 2015.12.16.) 내용에 ‘토지보상법’에 해당된다는 회신공문을 제출하였다. 다) 쟁 점토지의 토지등기부등본상 등기원인은 2012.5.24. 매매로 기재되어 있다. 순위번호 등기목적 접수 등기원인 권리자 및 기타사항 4 소유권이전 2005년2월5일 제5737호 년12월24일 매매 소유자 0 - 경기도 00시 000 ≀ ≀ 8 소유권이전 2012년5월25일 제26258호 년5월24일 매매 소유자 거래가액 금 560,000,000원

• 라) 청구인은 이건 심사청구시 00**이 확인해 준 토지협의(매수)확인서(발급일 2016.4.25.)를 제출하였으며, 수용근거법령은 폐기물관리법으로 되어 있고, 사업인가에 대한 인가기관 및 고시번호는 기재되어 있지 않으며, 지방세특례제한법 제73조제1항 에 따라 취득세면제(농지일 경우 2년이내)를 받았는지에 대한 서류는 제출되지 않았다.

5. 청구인과 처분청의 주장

• 가) 청구인의 주장 (1) 00시청 실무자는 토지보상법에 의한 협의매수임을 증언한다.

○ 폐기물처리는 토지보상법제4조제2호상의 공익사업의 범위에 속하며 쟁점토지는 쓰레기를 매립하여 사후관리할 책임이 있는 00시는 쟁 점토지를 법원의 화해권고 수용을 통해 매수하였고, 토지보상법 제4조제2호 는 “…공익을 목적으로 시행하는, 폐기물처리, 에 관한 사업”이라고 공익사업의 범위를 규정하고 있어, 폐기물관리법 제50조 및 동법 시행규칙 제69조는 00시에 매립장 사후관리 책임을 지우고 있다. 이러한 법규를 근거로 00시가 쟁점토지를 취득할 수밖에 없었다는 주장이다. (2) 00시는 토지보상법에 따라 쟁점토지를 매수하였음을 공식적으로 회 보하였다.

○ 쟁점토지의 등기원인란에 ‘공익사업을 위한 토지 등의 협의취득’ 대신 ‘매매’로 표기되어 있는데 이는 단순착오로 보이며 실질내용은 협의취득이다.

(3) 토지매수과정에서 작성한 00시의 공문이 근거법을 밝히고 있다.

○ 쟁점토지 매수를 위하여 00시에서는 토지보상법 제68조 의 규정에 의거, 보상액 산정을 위한 토지 감정평가를 실시코자 한다고 되어있다. 나) 처분청의 주장 (1) 청구인은 쟁점토지를 토지보상법에 따른 양도가 아닌 붙임5 매매계약서 와 같이 00시청과 매매계약에 따라 농지를 양도하였으므로 대체농지를 1년이내 취득하여야 함에도 2년 이내 취득하였다.

(2) 00시청의 부동산매입경위내용에 토지보상법에 따라 부동산을 매입하였다고 00시 자원관리과장이 작성․제출하였으나, 이는 임의 작성된 것이다. (3) 쟁점토지를 지방자치단체에 양도하였으나, “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그밖의 법률에 따른 사업인정고시 절차없이 양도한 경우 조세특례제한법 제77조 공익 사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면의 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는 것임(서면법규과-000, 2014.5.2.)”과 같이 대토감면 부인한 것은 정당하다.

• 다) 청구인 및 처분청의 추가 주장

(1) 청구인의 추가 주장 (가) 매매계약도토지보상법적용의 한 방법이다.

○ 현행 토지보상법에 의하면 공익사업계획결정을 하고 보상협의를 시작한 다음 여기서 성사가 되면 매매계약의 방식으로 양수도가 이루어져 사건이 종결되나, 만약 협의가 성립하지 않으면 비로소 사업인정고시를 하고 수용절차가 들어간다.

○ 00시가 2010.8.30.자 ‘토지감정평가에 대한 의견조회’ 공문을 발송한 사실이 있고 그 내용 중 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’ 제68조의 규정에 의거, 보상액 산정을 위한 토지 감정평가 를 실시 등의 내용으로 보아 이미 토지보상법에 의한 절차가 진행되고 있었던 사실을 확인시켜 준다.

○ 토지보상법에 따라 매매절차를 진행하였고 협의절차에서 가격에 이 견이 있어 법원의 합의권고를 받아 합의한 후 매매계약이 성립된 것이다. (나) 조세특례제한법 제77조 의 적용여부에 대하여 조특법제77조는 공익사업용 토지등에 대한 양도소득세의 감면에 관한사항 이고 본 건은 농지대토에 대한 양도소득세의 감면에 관한 사항으로 두 개의 법조문이 전혀 무관함에도 처분청은 상황에 적절치 않은 법조문을 인용하였다. 법조문 조특법 제70조(본건 청구사건) 조특법 제77조(처분청이 제시) 제 목 농지대토에 대한 양도세 감면 공익사업용 토지 등에 대한 양도세 감면 내 용 사업인정고시일에 대한 일체의 언급 없음 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 양도한 경우 (2) 처분청의 추가주장 (가) 협의매수 또는 수용이라 함은 “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보 상에 관한 법률”, “토지 수용법”, “그 밖의 법률”에서 공익사업계획 결정, 고시, 보상 계획 공고, 사업인정고시, 수용재결 등의 절차와 방법에 따라 토지를 취득하여야 하나, 쟁점토지는 00시청이 협의매수 또는 수용이 아닌 매매 계약을 체결하여 공유재산(지자체 소유재산)으로 관리할 목적으로 취득 한 것이다. (나) 쟁점토지의 매매와 관련하여 “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률”인지 여부에 대하여 00시청에 질의한 바, “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 근거하여 00시의 필요에 의해 매수함.”으로 회신 받았으며, 이를 보면 토지보상법에 근거한 매수이지만 쟁점토지는 00시청이 협의 매수 또는 수용이 아닌 매매계약을 체결하여 공유재산으로 관리할 목적으로 취득하였던 것으로 확인된다. (다) 청구인의 주장과 청구취지의 법 조항은 조세특례제한법제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】조항이 맞고, 쟁점토지가 조세특례 제한법제70조 및 같은법 시행령 제67조제③항 1호 (공익사업을 위 한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년 내 취득)의 조항에 해당 하는 지에 있는바, 00시청에서 “토지보상법에 근거하여 00시의 필요에 의해 매수함.” 이라고 회신하였으나 이는 형식은 토지수용법의 절차를 따랐지만 청구 인과 00시청 사이에 작성된 쟁점토지의 매매계약서나 등기부 등본 상 등기원인이 매매로 되어 있는 것을 보면 쟁점토지가 토지보상법 에 의한 매수라는 청구주장은 받아들일 수 없다. (라) 청구인의 토지협의(매수)확인서 제출에 대한 처분청의 추가주장 청구인이 제출한 토지협의(매수)확인서는 당초 양도소득세 예정신고서에 첨부되지 않은 서류로 추후(2016.4.25)에 청구인이 00**에게 발급요청하여 후발적으로 발급된 것으로 확인되며, 수용시에 당연히 표시되어야할 사업인가(일자, 인가기관, 고시번호)에 관한사항은 공란으로 표시되어 있고, 이는 정상적인 수용절차를 통한 적법한 수용이 아닌 토지협의(매수)확인서이지 수용확인서는 아니며, 토지협의(매수, 대체취득기한 1년)와 수용(대체취득기한 2년)과의 확연한 차이가 있음을 반증한다.

• 라. 판단

○ 구 조세특례제한법 제70조 (2012.01.26. 11241호) 및 같은법 시행령 제67조(2012.4.10. 23718호)에 따르면, 농지 대토에 따른 양도소득세 감면은 종전 농지의 양도일부터 1년내에 다른 농지를 취득한 후 계속하여 3년이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우에 적용하나, 예외적으로 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수․수용 및 그밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 취득기한을 종전 종지의 양도일부터 2년으로 규정하고 있는 바, 이건 쟁점토지가 취득기한 2년을 적용받는 예외적인 협의매수․수용의 경우에 해당되는지에 대해 살펴보면, 청구인과 처분청이 제출한 서류에 의하면, 청구인이 년 취득한 쟁점토지는 1995년 00시에서 토지 소유주의 사용 승락을 받아 쓰레기를 매립한 토지로 그 이후 농작물 경작이 어려워 년경부터 토지소유주로부터 토지매수 요청 민원이 있었던 토지로서, 청구인이 2011.6.14. 000지법 000에 쟁점토지에 대한 부당이득금 소송을 제기하 여 2011.12.27. 법원의 화해권고 결정에 따라 00시가 2012.5.24. 청구인과 쌍방매매계약서를 작성하여 매입한 것으로 쟁점토지에 대한 등기부등본상 등기원인이 ‘공공용지의 협의취득’이 아니라 ‘매매’로 기재되어 있는 점, 청구인이 제출한 00**이 2016.6.25. 청구인에게 발행한 토지협의(매수)확인서에 의하면 수용시 표시되어야할 사업인가(일자, 인가기관, 고시번호)에 관한 사항이 공란으로 표시되어 있는 점 등을 고려시 쟁점토지는 토지보상법에 따른 협의매수·수용된 경우 등이라고 보기 어려운바, 처분청이 이건 농지대토감면을 부인한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.