양도소득세 예정신고 탈루사항을 과세관청이 경정한 이후에 경정사항을 반영한 확정신고를 하여 경정청구를 할 수 있는지 여부

청구인은 1998.7.25. 경기도 의왕시 주택 (고가주택으로, 이하 건물부분을 “쟁점건물”, 토지부분을 “쟁점토지”라 하며, 둘을 합하여 “ 쟁점주택 ”이라 한다)을 취득하여, 2014.4.16. 00환에게 쟁점건물을, 대한민국(국토교통부)에게 쟁점토지를 각 양도하고, 2014.6.27. 쟁점 주택에 대하여 1세대 1주택 고가주택에 대한 비과세를 적용하여 양도소득과세표준 예정신고(이하 “ 예정신고 ”라 한다)를 하였다. 00세무서장은 쟁점건물의 매수인 00환에 대한 양도소득세 조사과정에서 청구인이 쟁점건물을 양도하면서 이축권(그린벨트 내에 있는 기존 주택의 주거환경이 나빠져 인근지역으로 집을 옮겨 지을 수 있는 권리)을 과소신고한 혐의가 있음을 확인하고 이축권 실제계약서를 확보하여 이축권 과소신고금액과 허위계약서 작성에 따른 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하라고 처분청에 자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2015.1.5. 청구인에게 2014년 과세연도 양도소득세 89,780,520원을 경정ㆍ고지(이하 “ 1차경정 ”이라 한다)하였다. 청구인은 이에 불복하여 2015.5.7. 이의신청을 거쳐(취득가액을 기준시가 환산가액으로 결정함에 따라 65,264,640원이 감액경정됨) 2015.10.8. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2015.12.30. “청구인이 쟁점주택을 양도하면서 허위계약서를 작성한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다”는 기각결정을 하였다. 청구인은 불복진행 중인 2015.5.4. 쟁점주택 양도와 관련한 예정신고에 대하여 양도가액을 변경하여 양도소득과세표준 확정신고(이하 “ 확정신고 ”라 한다)서를 처분청에 제출하였고, 동 확정신고와 관련하여 쟁점주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세를 적용하여 달라는 내용으로 2015.8.10. 경정청구를 거쳐 2016.1.13. 이의신청을 하였으나, 처분청은 경정청구가 이미 조세불복을 거친 동일한 내용으로 판단하여 2015.10.16. 청구인에게 거부통지를, 이의신청재결청은 2016.2.12. 각하결정을 통보하였다. 청구인은 이에 불복하여 2016.3.4. 이 건 심사청구를 제기하였다.

국세 부과 제척기간의 기산일(국세기본법 제26조 의 2 제5항 및 같은 법 시행령 제12조의 3)은 신고하는 국세의 경우 중간예납, 예정신고, 수정신고 등은 제외하고 확정신고 기한 또는 확정신고서 제출기한의 다음 날부터 기산하는 것이며, 소득세법 제110조 (양도소득과세표준 확정신고) 제1항은 양도소득금액이 있는 자는 확정신고를 하여야 하고, 제4항에서는 ‘ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다’고 임의규정을 하고 있어 확정신고의 실익이 있는 경우에는 예정신고자가 확정신고를 할 수 있는 것이므로, 청구인이 예정신고 내용에 오류와 탈루가 있어 확정신고를 하고, 고가주택 1세대 1주택에 대한 비과세를 적용하여 달라는 경정청구를 한 것에 대하여 처분청이 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

이 건 쟁점부동산의 부과처분과 같이 당초 예정신고에 대한 경정으로 증가된 세액에 관하여는 불복제기기한인 90일 이내에 경정청구를 제기하여야 하는 것이며, 소득세법 제110조 에 의한 확정신고는 동법 제4항에서 대통령 령이 정하는 경우(2회 이상 양도)를 제외하고는 예정신고를 이행한 자는 확정신고를 하지 아니할 수 있는 것이고, 같은 법 제114조 제2항에서는 제105조에 따라 예정 신고를 한 자에 대하여 오류가 있는 것이 발견되면 즉시 경정한다고 규정하고 있어, 이 건 예정신고에 대한 경정이 있은 이후 조세불복(2015.5.7. 예정신고 이의신청) 및 확정신고(2015.5.31., 경정청구는 2015.8.10.)를 선택적으로 주장할 수는 없는 것으로 청구인이 확정신고 기회를 박탈하고 있다는 주장은 타당하지 않으며, 청구인이 제출한 확정신고는 처분청의 경정처분에 관하여 이의신청 및 심판청구로 기각된 내용에 관하여 청구인이 의견을 제시한 것에 불과한 것으로 적법한 확정신고와 경정청구로 볼 수 없어 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 양도소득세 예정신고 탈루사항을 과세관청이 경정한 이후에 경정사항을 반영한 확정신고를 하여 경정청구를 할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】

① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다. 2) 국세기본법 시행령 제10조의2 【납세의무의 확정】 법 제22조 제1항에서 규정하는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다.

1. 소득세, 법인세, 부가가치세, 개별소비세, 주세, 증권거래세, 교육세 또는 교통・에너지・환경세: 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우는 제외한다.

2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우: 그 결정하는 때 3) 국세기본법 시행령 제12조의3 【국세 부과 제척기간의 기산일】

① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다. 4) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 5) 국세기본법 시행령 제47조의2 【무신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법, 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액(이하 "산출세액등"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 과세표준 신고(소득세법 제70조 및 제124조 또는 법인세법 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)를 하지 아니한 자가 소득세법 제160조제3항 에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다) 또는 법인인 경우에는 각각 제1호 또는 제2호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 가산세로 하고, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항, 제49조제1항 및 제67조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는 조세특례제한법에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 "영세율과세표준"이라 한다)이 있는 경우에는 제4호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. <개정 2013.6.7> 6) 국세기본법 제65조 【결정】

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 적법하지 아니하거나 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다. 7) 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】

① 제94조 제1항 각 호(같은 조 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

2. 제94조 제1항 제3호 각 목에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개월

② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다. 8) 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 9) 소득세법 시행령 제173 조 【양도소득과세표준 확정신고 】

④ 법 제110조 제4항 단서에서"대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2000.12.29, 2010.2.18>

1. 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 법 제107조제2항의 규정에 따라 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하지 아니한 경우

2. 법 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 토지, 건물, 부동산에 관한 권리 및 기타자산을 2회 이상 양도한 경우로서 법 제103조제2항의 규정을 적용할 경우 당초 신고한 양도소득산출세액이 달라지는 경우

3. 법 제94조제1항제3호의 규정에 의한 주식등을 2회 이상 양도한 경우로서 법 제103조제2항의 규정을 적용할 경우 당초 신고한 양도소득산출세액이 달라지는 경우 10) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다. 11) 소득세법 제91조 【양도소득세 비과세 또는 감면의 배제 등】

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따른 양도소득세의 비과세 또는 감면에 관한 규정을 적용할 때 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 뺀다.

1. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 비과세에 관한 규정을 적용받을 경우: 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니하였을 경우의 제104조제1항에 따른 양도소득 산출세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액

2. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우: 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우의 해당 감면세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액

• 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실 매수인의 양도소득세 조사시 확인된 허위양도계약서에 따라 1세대 1주택을 배제한 경정사항과 세액계산에 대한 다툼은 없다.

2. 이 건 신고 및 결정내용 청구인이 제출한 예정신고서와 확정신고서, 국세청 전산자료로 확인되는 경정결의 내역에 따라 쟁점주택과 부수토지에 대한 신고 및 경정내용을 보면, 청구인은 쟁점주택 양도시 고가주택 1세대 1주택 비과세 및 부수토지의 8년자경 감면규정을 적용하여 예정신고를 하였고, 처분청은 매수인 양도소득세 조사시 확인된 청구인과의 허위양도계약서를 근거로 1세대 1주택 비과세를 배제하여 경정결정하였다. 이후 청구인은 위 결정에 불복하여 이의신청과 심판청구를 하여 기각결정을 받았음이 확인된다. 청구인은 처분청의 경정이후에 실계약서를 근거로 확정 신고를 하면서 1세대 1주택 비과세를 적용하였고 이를 경정청구하였으며, 처분청은 예정신고에 따른 1차경정에서 환산취득가액 오류로 일부인용 결정에 따라 2차경정(경정감)을 하였다. 이를 정리하면 다음과 같다. 구분 예정신고 1차경정 확정신고 (경정청구) 2차경정 신고(경정)일자 2014.6.27. 2015.1.6. 2015.5.31. (2015.8.10.) 2015.7.27. 사 유 2014.4.16. 양도물건 예정신고 허위계약서 확인으로 1세대 1주택 배제 결정 실계약서에 따라 확정신고 이의신청 결정 (취득가액 환산오류) 양도가액 1,917 2,456 2,456 2,456 취득가액 663 695 947 956 양도소득 550 622 600 600 과세표준 548 619 598 598 산출세액 189 216 208 208 감면세액 186 138 189 156 총결정세액 92 51 (기)납부세액 2 2 25 89 고지세액 89 -38

3. 1차경정에 대한 청구인의 불복상황

• 가) 이의신청(2015.5.7. 청구 2015.7.3. 일부인용 결정) 청구인은 양도소득세 부과처분이 쟁점주택 확정신고 기한이 경과하지 않아 납세의무가 확정되지 않은 시점에 이루어진 것으로 취소되어야 하며, 환산취득가액에 오류가 있다고 주장하였고, 재결청은 예정신고에 따라 납세의무가 확정되어 확정신고 이전에 경정하는 것은 정당하며, 취득환산가액은 공시된 개별주택가격을 기준으로 산정함이 타당하다고 일부인용결정을 하였다.
• 나) 심판청구(2015.10.8. 청구 2015.12.30. 기각결정) 청구인은 양도소득세 확정신고 규정은 임의규정으로 확정신고 실익이 있는 경우에는 확정신고를 할 수 있으므로 확정신고에 따라 경정해야 한다고 주장하였고, 조세심판원은 청구인이 허위계약서를 근거로 신고한 것에 대하여 1세대 1주택 비과세를 배제한 처분청의 경정은 정당하다고 기각결정하였다.

4. 확정신고 후 경정청구에 대한 청구인의 불복상황

• 가) 경정청구 거부(2015.8.10. 청구 2015.10.16. 경정청구 거부통지) 청구인은 쟁점주택 양도와 관련한 확정신고 내용에 따라 고가주택 1세대 1주택 비과세를 적용하여 달라는 주장을 하였고, 처분청은 경정청구는 1차경정 증액과 관련한 것으로, 경정청구 기한은 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일이므로 청구기한을 도과한 경정청구는 적법하지 않다고 경정청구 거부통지를 하였다.
• 나) 이의신청(2016.1.13. 청구 2016.2.12. 각하결정) 청구인은 쟁점주택 양도와 관련한 확정신고 내용에 따라 고가주택 1세대 1주택 비과세를 적용하여 달라는 주장을 하였고, 재결청은 쟁점주택 양도와 관련한 납세의무 확정은 1차경정일에 확정되었고, 이에 관련한 조세불복은 중복제기이므로 각하결정을 통지하였다.

5. 이 건에 대한 청구인의 세부주장 및 추가주장 쟁점주택 양도와 관련한 2015.5.31. 확정신고에 대한 경정청구와 이의신청임에도 처분청과 이의신청재결청은 1차경정에 대한 불복으로 오인하여 결정한 것은 부당하고, 확정신고(법 제111조)제도는 예정신고한 자에게 확정신고를 할 것인지 여부에 대한 선택권을 준 임의규정으로 실익이 있으면 확정신고를 할 수 있다. 또한, 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 할 수 있는 것으로 이 건 확정신고(2015.5.31.)에 대한 경정청구(2015.8.10.) 기한은 도과하지 않았기에 거부통지는 부당하며, 중간예납, 예정신고, 수정신고 등은 부과제척기간의 기산일이 되는 신고로 보지 않고, 확정신고 기한부터 부과제척기간의 기산일을 보는 것으로 확정신고에 따라 본안심리를 하여야 한다.

• 라. 판단 청구인은 소득세법 제110조 에 따라 쟁점주택 양도신고와 관련하여 2015.5.4. 양도소득과세표준 확정신고를 하고, 국세기본법 제45조의2 제1항 의 규정에 따라 경정청구를 할 수 있는 기간 내에 청구를 하였으므로 처분청이 이를 검토하여야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, 현행 소득세법에서 양도소득세 납세의무자는 확정신고 기간이 되기 전에 예정신고를 하고 이에 따라 세액도 납부할 의무를 부담하며, 이러한 의무를 이행하지 않으면 확정신고 기간 전이라도 가산세를 부담하는 점, 그리고 과세관청은 예정신고가 없거나 잘못되었으면 부과처분을 할 수 있고, 예정신고가 있은 다음에 세액을 납부하지 않으면 징수처분도 할 수 있는 점 등 2011년 과세연도 이후부터는 이러한 점에서 기존의 판례, 예정신고 이후 확정신고를 하면 예정신고의 효력이 소멸한다(대법원2011두 22143, 2013.12.26., 대법원2008다38820, 2008.12.11)는 판례와 달리 양도소득세 예정신고에는 납세의무 또는 세액을 확정시키는 효력이 있다(종국적 확정설)고 볼 수 있어, 예정신고의 ‘정산(2개 이상 양도 등)’ 차원의 확정신고만이 가능하다고 해석된다. 그리고, 과세관청이 납세자의 예정신고에 오류가 있어 경정처분으로 납세의무를 확정한 경우 예정신고를 수정하는 확정신고를 납세자의 일방적 행위에 의하여 가능하도록 한다면, 조세법 전체 체계에 잘 어울리지 않는(국세우선권, 사업양수인의 제2차 납세의무 기산일 문제, 예정신고 부과결정 무력화)반면, 납세자는 예정신고에 대하여도 경정청구가 가능하고, 예정신고 경정처분에도 불복을 할 수 있으며, 예정신고를 수정하는 경우에도 수정신고나 기한 후 신고를 통하여 권리를 구제받을 수 있어 형평에 어긋나지 않는다고 보인다. 따라서, 이 건 허위의 양도가액으로 과소신고한 예정신고에 대하여 처분청이 경정처분하여 납세의무를 확정한 이후에 납세자가 경정내용과 다른 내용의 확정신고를 할 수는 없고, 예정신고에 대한 경정에 불복을 다툴 수만 있다고 보이며, 이는 수정신고나 기한 후 신고가 결정ㆍ경정을 ‘통지하기 전’에 가능한 것(국세기본법 제45조 제1항, 제45조의 3 제1항 참조)과 같은 이유로 해석된다. 또한, 국세기본법 제65조 제1항 에 규정하는 ‘각하결정을 하여야하는 때’에는 “이의신청이 각하결정된 사항에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 하였을 경우에는 전심(이의신청)의 각하결정에 흠이 없는 한 심사청구 또는 심판청구도 각하”하는 것으로(국세기본법 통칙 65-0…1, 심사양도2009-0274, 2009.11.16. 참조), 청구인이 주장하는 쟁점주택에 대한 1세대 1주택 비과세 적용 청구는 2015.5.7. 이의신청과 2015.10.7. 심판청구에서 동일한 사항에 대하여 심리하여, “청구인이 쟁점주택을 양도하면서 허위 계약서를 작성한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 배제하여 이 건 양도 소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단”한 것으로 확인되는바, 동일 과세처분에 대하여 경정(비과세)을 구하는 청구인의 경정청구는 중복으로 제기된 청구로서 적법한 심사청구가 아니므로, 이의신청 재결청이 2016.2.12. 청구인에게 한 각하 결정통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 동일한 처분에 대하여 중복제기되어 적법한 청구가 아니므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.