‘법인으로 보는 단체’ 승인 전에 발생한 부동산 양도소득을 법인의 최초 사업연도 손익으로 할 수 있음

이 건 심사청구는 인용합니다.

‘○○○○○○○○○○○종회’(이하 “청구종중”이라 한다)는 2013.6.11. ○○세무서로부터 ‘개인으로 보는 단체’로 고유번호증을 부여받았으며, 1970.11.10. 취득한 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 -, -, , , , , 산-, 산- 소재 8필지 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)와 2002.9.10 착공하여 2008.12.24 사용승인을 얻은 - 소재 제실 2채(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 2014.4.4. ○○○○○○○주식회사에 양도(수용)하고 2014.6.30. 양도소득세 등 398,079,880원(양도소득세 384,505,570원 농어촌특별세 13,574,312원)을 신고하고 2014.6.30.과 2014.8.29. 분할 납부하였다. 청구종중은 2014.12.5. ○○○세무서로부터 ｢국세기본법｣ 제13조제2항 에 따른 ‘수익사업을 하지 않는 비영리법인’으로 승인받은 후, 쟁점토지 중 ***-, 산-, 산-와 쟁점건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 3년 이상 고유목적사업(선조 산소)에 사용한 것으로 하여 2015.8.31. 종중대표자 주소지인 처분청에 납부한 양도소득세 등 300,878,650원을 경정청구 하였다. 처분청은 청구종중이 비영리법인으로 승인받기 전에 1거주자로서 쟁점토지를 양도하고 양도소득세를 신고·납부하였으므로 양도소득세 환급은 부당하다며 2015.11.19. 경정청구 기각통지를 하였다. 청구종중은 이에 불복하여 2016.1.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구종중은 쟁점부동산 양도손익에 대해 2014.6.30. 양도소득세를 신고·납부하였으나 2014.12.5. ‘법인으로 보는 단체’로 승인 받았으므로 법인의 손익에 산입하게 하고, 또한 쟁점부동산 양도손익은 각사업연도소득의 범위에서 제외되는 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 처분함으로써 발생한 소득으로 법인세 납세의무가 없으므로 경정청구 기각은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 양도소득을 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 전인 종중계좌에 단순하게 입금하고 있다는 사실만으로 구성원에게 명백하게 소득을 분배하지 않고 법인단체에 귀속되었다고 볼 수 없고, 법인의 최초 사업연도 손익에 산입할 경우 기납부한 양도소득세 전액이 환급되어 세수일실이 발생되어 조세포탈의 우려가 있어 청구종중의 부동산양도소득을 ‘법인으로 보는 단체’ 최초 사업연도의 각사업연도 손익에 산입할 수 없다.

• 가. 쟁 점 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 전에 발생한 청구종중의 부동산 양도소득을 승인을 받은 후 법인의 최초 사업연도 손익으로 하여 이미 신고납부한 양도소득세의 환급을 청구한 것이 적법한 지 여부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제1조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

• 다. ｢국세기본법｣ 제13조제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 2) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인(｢법인세법｣제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 ｢소득세법｣에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청·승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지 등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 4) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조제3항제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료 수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 5) 법인세법 시행령 제3조 【사업연도의 개시일】

① 법인의 최초 사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조제2호다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 경우에는 다음 각목의 날로 한다.

• 라. ｢국세기본법｣ 제13조제2항 의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초 사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다. 6) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 ｢소득세법｣ 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 ｢소득세법｣ 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 ｢소득세법｣ 제112조 및 제112조의2를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, ｢소득세법｣ 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. 7) 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

• 다. 사실관계

1. 1993.10.15(음력) 작성된 청구종중의 회칙 중 주요 내용은 다음과 같다.

2. 2014.10.2(음력) 개정된 청구종중의 회칙 중 주요 내용은 다음과 같다. 3) 청구종중은 1994.12.10. ○○군에 종중등륵을 하였으며, 등록현황은 다음과 같다. ­ 등록번호: - ­ 등록명칭: ○○○○○○○○○○○종회 ­ 설립목적: 종중재산관리 및 친목도모 ­ 주소: ○○군 ○○읍 ○○리 - ­ 1994.12.10. 신규등록 4) 청구종중은 2013.6.11. ○○세무서에 ‘법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서’를 제출하여 고유번호를 부여받았으며, 발부받은 ‘고유번호증’은 다음과 같다. ­ 고유번호: -80- ­ 단 체 명: ○○○○○○○○○○○종회 ­ 대 표 자: AAA ­ 소 재 지: ○○○○ ○○군 ○○읍 ○○1길 ­ 5) 청구종중은 2014.12.5. ○○○세무서에 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’를 제출하여 고유번호를 부여받았으며, 발부받은 ‘고유번호증’은 다음과 같다. ­ 고유번호: -82-* ­ 단 체 명: ○○○○○○○○○○○종회 ­ 대 표 자: AAA ­ 소 재 지: ○○시 ○구 ○○로 200(○○동) 6)

○○○○지사는 2010... ‘○○일반산업단지 편입토지세목 고시(○○○○ 고시 제2010-***호)를 하였으며, 고시에 의하여 2014..*. ○○○○○○○주식회사에 양도(수용)된 청구종중의 부동산은 아래와 같다. 7) 청구종중은 수용된 부동산에 대하여 2014.6.30. ○○세무서에 종중명의로 양도소득세를 예정신고 후 완납하였으며, 신고내역은 다음과 같다. 8) 청구인이 제시한 ‘2014년 현금출납장’에 의한 현금흐름은 다음과 같다. 9) 2014.12.31. 현재 종중의 자산현황은 다음과 같다. (단위: ㎡, 천원) 금액 비 고 예 금 1,580,000

○○은행 *-**--***(예금주: 청구종중) 현 금 62,160 임 야

○○ ○○군 ○○읍 ○○리 산(,㎡) 10) 청구종중은 쟁점토지를 아래와 같이 종중선산으로 사용하였다고 주장하는바, 이는 항공사진, 지적도 등에 의하여 간접 확인된다. 11) 청구종중은 2015.9.2. 처분청에 ‘2014년 귀속 양도소득세’ 경정청구를 하였으며, 경정청구 내역은 다음과 같다. 12) 청구종중의 경정청구에 대하여 처분청은 국세청에 과세기준자문신청을 한바, 2015.11.13. 아래와 같은 회신을 받았다.(국세청 법령해석과-***) 13) 청구종중의 경정청구에 대하여 처분청은 2015.11.19. 아래와 같은 사유로 ‘경정청구 기각 통지’를 하였다.

14. 청구종중은 아래와 같은 사유를 들어 이건 거부통지가 부당하다고 주장하고 있다.

• 가) 청구종중은 조직의 운영기준인 회칙을 보유하고 대표자인 AAA을 선임하였으며, 재산을 청구종중의 명의로 가지고 그 수익을 구성원에게 분배하지 않아 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받기 위한 실질적 요건을 모두 갖추고 있었으므로 소득세와 법인세 중 어떤 과세체계의 적용을 받을 것인지에 선택권이 있었으나, 단지 세법에 무지하여 ‘개인으로 보는 단체’로 신청하여 승인 받았을 뿐 과세관청이 올바른 행정지도가 있었다면 청구종중은 ‘법인으로 보는 단체’로 신청하여 승인을 받았을 것이다.
• 나) 청구종중이 양도소득세 예정신고 및 납부 시 청구종중의 ‘부동산등기용등록증명서’상의 등록번호를 기재하여 신고 및 납부하였고, ‘부동산등기용등록증명서’상의 청구종중의 명칭은 청구종중이 ‘법인으로 보는 단체’ 신청 시 제출한 정기총회 회의록 상 청구종중의 명칭과 일치하므로 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 전후의 청구종중의 실체는 동일하다.
• 다) 청구종중의 소득세 납세의무의 성립은 소득세법상 과세기간 종료일인 2014.12.31.이고 납세의무확정일은 2015.5.31.이므로, ‘법인으로 보는 단체’ 승인을 받은 2014.12.5.은 소득세 확정 신고 전으로 납세의무가 성립된 것 일뿐 확정되지 않은 때이므로 청구종중의 부동산양도로 인한 손익을 ｢법인세법시행령｣ 제3조제2항 규정에 의해 청구종중의 최초사업연도 손익에 산입할 수 있다.
• 라) 청구종중은 수용보상금을 종중의 법인계좌(*-**--***)에서 관리하고 있었으며 대부분 은행에 정기예금에 예치하여 두고 있는바 이는 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 전 손익을 사실상 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 후 법인에 귀속시킨 것이기에 종중의 소유재산인 수용보상금에 대한 귀속의 일체성과 관리주체의 동일성을 확보한 것으로서 손익을 사실상 법인에 귀속시킨 것이다.
• 마) 청구종중은 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하지 않았으며, 세법상 무지로 인해 과·오납한 양도소득세에 대하여 세법에서 규정한 정당한 권리를 찾고자 하는 것으로서 이는 조세포탈에 해당되지 않는다.
• 바) 청구종중이 수용(협의매수)된 부동산 중 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ­번지 소재 제실(ㅁㅁㅁ)은 중시조인 CCC를 모시는 사당으로서 청구종중은 ㅁㅁㅁ에서 매년 음력 10.5일 시제를 모셨고 그해 종중의 정기총회도 개최하는 장소로도 사용하였으며, ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 산­와 산­번지에는 선조들의 분묘가 10기 존재하였으나 토지가 수용됨에 따라 개장하여 이장하였으며, ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 -번지의 대지는 제실에 사용된 대지로 청구종중의 고유목적사업인 ‘묘역수호 및 봉제향에 관한 사항’, ‘사당(제실), 묘막 및 재산증식에 관한 사항’ 등을 위해 사용된 부동산이므로 법인세 과세대상에서 제외하여야 한다.

15. 처분청은 아래와 같이 당초 처분이 정당하다고 주장하고 있다.

• 가) 청구종중은 부동산 양도 당시 ｢국세기본법｣ 제13조제4항 의 규정에 의하여 ‘법인으로 보는 단체 외의 단체’로 소득세법 제2조제3항 에 따라 거주자에 해당되어 소득세법에 따라 2014.6.30. 양도소득세 신고·납부하였고, 이는 거주자로서 적법하게 신고·납부한 것이며, 그 후 2014.12.5. ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받아 법인설립 이전의 인격이 다른 소득세법상 1거주자의 소득을 법인세법상 법인 각사업연도의 손익에 산입할 수 있다는 청구종중의 주장은 부적법하다.
• 나) 청구종중이 주장하는 ｢법인세법시행령｣ 제3조제2항 규정은 1거주자로서 양도손익을 구성원에게 분배하지 아니하고 사실상 단체에 귀속시키고 조세포탈의 우려가 없을 때에 법인 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있는 것으로 청구종중의 경우 양도소득을 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 전인 종중계좌에 단순하게 입금하고 있다는 사실만으로 구성원에게 명백하게 소득을 분배하지 않고 법인단체에 귀속되었다고 볼 수 없고, 법인의 최초사업연도 손익에 산입할 경우 기납부한 양도소득세 전액이 환급되어 세수일실이 발생되어 조세포탈의 우려가 있어 청구종중의 부동산양도소득을 ‘법인으로 보는 단체’ 최초 사업연도의 각사업연도 손익에 산입할 수 없다.
• 다) 청구종중의 해당 부동산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우라도 해당 부동산의 양도소득은 소득세법상의 소득이지 법인세법상의 각사업연도 손익이 아니므로 과세대상 소득제외에 대한 사항도 이유 없다.
• 라. 판단 살피건대, 추후 청구종중이 종중재산을 분배할 경우 법인세법 시행령 제3조 제2항 의 ‘최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우’와 ‘조세포탈의 우려가 없을 때에는’에 해당하지 않을 수 있으므로 이러할 경우 경정 등의 문제는 별론으로 하고, 청구종중은 법인으로 보는 단체의 승인을 받기 전과 후의 실체가 동일해 보이는 점, 양도소득세 등 관련 세금을 제외한 양도대금을 청구종중 명의의 계좌로 관리하고 있고 대부분 정기예금에 예치한바, 양도손익이 사실상 단체에 귀속된 것으로 볼 수 있고 조세포탈의 우려가 없는 등 양도손익을 법인으로 보는 단체의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있는 점, 청구종중은 쟁점부동산을 고유목적사업인 묘막과 제실로 사용했던 점 등을 고려 시, 비영리내국법인의 수익사업에서 제외하는 소득에 해당한다고 볼 수 있어 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.