부동산의 양도로 인한 양도소득세의 납세의무는 부동산을 양도한 이후에 성립함

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구인은 1997.6.5. 매매로 취득한 청주시소재 답 2,430㎡(이하 “ 쟁점토지 ”라 한다)를 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 2014.9.30. 청주 00폴리스 일반산업단지 조성 사업시행자인 (주)00폴리스(2008.8.8. “청주시 고시” 사업)에 양도하고, 2014.11.27. 처분청에 2014년 과세연도 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. 이후 2015.4.15. 청구인은 쟁점토지를 1997.6.5. 매매취득일부터 2014.9.30. 양도일까지 8년 이상 재촌자경하였으므로, 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 (이하 “ 쟁점 시행령 ”이라 한다) “총급여액의 합계액이 3,700만원 이상인 과세기간은 경작기간에서 제외한다”는 규정으로 8년 자경 감면을 배제하는 것은 국세기본법 제18조 소급과세의 금지 및 헌법 제13조 소급입법의 원칙에 위배된다고 주장하며, 기납부한 양도소득세와 농어촌특별세 54,953천원를 환급하여주라는 경정청구를 접수하였다. 처분청은 2015.6.30. 청구인에게 적용된 쟁점 시행령 은 이 건 납세의무성립일 2014.9.30. 이전인 2014.7.1. 이후 양도 분부터 적용되는 것으로 소급과세 금지규정에 위배되지 않으므로 양도소득세 53,080천원의 경정청구는 거부하였고, 농어촌특별세는 농어촌특별세법 시행령제4조 제1항 제1호에 따라 쟁점토지에 대한 청구인의 자경사실을 인정하여 기납부한 농어촌특별세 1,873천원을 환급 결정하였다. 그러나 청구인은 이에 불복하여 2015.9.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점 시행령은 “총급여액의 합계액이 3,700만원 이상인 과세기간은 경작기간에서 제외한다”는 내용으로 2014.7.1. 양도 분부터 적용되는 것으로 2014.2.21. 신설되었지만, 이 법 적용 이전기간에 조세특례제한법 제69조 에 따른 8년 자경 요건을 충족한 쟁점토지 양도 건을 동 규정 적용으로 감면을 배제하는 것은 소급과세에 해당하는 것이므로, 법적 안정성을 위해 이 건 경정청구 거부는 취소되어야 한다.

모든 세법은 납세의무의 성립시점을 기준으로 그 당시의 법률을 적용하는 것으로, 양도소득세는 양도시점에서 납세의무가 성립하므로 청구인의 납세의무 성립시기는 쟁점토지 양도일인 2014.9.30.인 반면, 쟁점 시행령 개정 적용은 납세의무 성립시기 이전인 2014.7.1.이므로 소급과세로 볼 수 없고(조심2012부1424, 2012.6.7. 같은 뜻), 따라서 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 2014.9.30. 수용된 쟁점토지의 자경기간을 계산함에 있어 쟁점 시행령의 규정을 적용하는 것이 소급과세 금지규정에 위배되는 것인지 여부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다. 2) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조 의 2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)・군・구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시・군・구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 4) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의 2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의 2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의 2 제4항 및 제100조의 6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례)

③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 1) 청구인은 쟁점토지를 1997.6.5. 매매로 취득하여 재촌자경하였다는 주장과 수용일(2014.9.30.) 현재 농지에 해당하는 사실에는 다툼이 없다.

2. 국세청 전산자료를 확인하면, 청구인이 쟁점토지를 취득한 1997.6.5. 이전부터 현재까지 계속하여 00공무원으로 재직하고 있으며, 청구인의 근로소득 총급여액이 2001년부터 3,700만원 이상에 해당하여, 쟁점 시행령의 규정을 적용하여 자경기간을 계산하면 8년 자경요건을 충족하지 못하는 사실이 확인된다.

3. 청구인은 쟁점 시행령 규정이 2014.2.21. 신설되어 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 ‘사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3,700만원 이상인 과세연도는 자경기간에 산입하지 않는다’는 규정 적용은 국가에 지나치게 유리하게 해석하여 청구인의 재산권이 침해되었고, 세법의 해석 적용은 ‘문리해석’이 원칙이므로 공평하고 이 법 취지에 맞게 해석해야 하는 것으로, 총급여액이 3,700만원 이상인 과세기간 판단은 2014.7.1. 이후부터만 자경기간에 산입하지 않아야 한다고 주장한다.

• 라. 판단 세법의 기본원칙 중의 하나인 소급과세금지의 원칙은 조세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대하여 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아나한다는 원칙을 의미하는 것이므로(국세기본법 제18조 제2항), 세법이 제정되거나 개정된 후에 조세를 납부할 의무가 성립한 경우에는 이 원칙이 적용될 여지가 없으며(대법원88누11957, 1989.9.29., 대법원2001두10790, 2004.3.26. 같은 뜻), 부동산의 양도로 인한 양도소득세의 납세의무는 부동산을 양도한 이후에 성립하는 것이다(국세기본법 제21조, 소득세법 제2조). 이상의 법리에 따라 쟁점토지 경작기간을 계산하는데 쟁점 시행령 규정을 적용하는 것이 소급과세 금지의 원칙에 위배되는지에 대하여 살펴본다. 쟁점 시행령은 2014.2.21. 신설된 조항으로 2014.7.1. 이후 양도하는 토지 분부터 자경기간을 계산함에 있어 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3,700만원 이상인 과세기간은 자경기간에 산입하지 않도록 규정되어 있는바, 쟁점토지의 양도일이 2014.9.30.이고 쟁점토지의 납세의무 성립은 양도일 이후에 비로소 성립하므로, 처분청이 쟁점토지 납세의무 성립일 이전에 신설된 쟁점 시행령 규정을 적용하여 청구인의 경작기간을 재계산하여 8년 자경 감면요건이 충족되지 않는다고 보아 이 건 처분한 것은 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않는다고 보인다(대법원88누11957, 1989.9.29., 대법원89누1858, 1989.9.12., 조심2012부1424, 2012.6.7. 같은 뜻). 따라서 처분청이 쟁점시행령에 따라 쟁점토지 자경기간을 계산하면 조세특례제한법 제69조 제1항 ‘자경농지에 대한 양도소득세 감면’이 배제되므로, 이에 따라 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유가 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.