도시지역에 편입된 농지라 하더라도 기간기준을 적용하여 비사업용 토지 여부를 판단하여야 함

이 건 심사청구는 인용합니다.

• 가. 청구인은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 *- 등 5필지 토지 2,178㎡ 및 주택 157.8㎡를 2008.5.28. 취득하였고, 축사건물 2동 795㎡를 신축하였으며, 2013.5.8. 공공용지로 ㅇㅇ시에 수용되었고, 1세대1주택 비과세, 수용감면 및 사업용 토지로 보아 2013년 과세연도 양도소득세 **백만원을 자진신고하였다.
• 나. 처분청은 1세대 1주택 비과세가 적용되는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 *- 토지 및 주택을 제외한 4필지의 토지 1,519㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 축사 2동 795㎡에 대하여 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내에 취득한 토지 등에 해당하여 수용감면을 부인하고, 쟁점토지는 양도당시 도시지역 편입일로부터 2년이 경과되어 비사업용 토지에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제하여 2015.6.5. 2013년 과세연도 양도소득세 23백만원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.8.27. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점토지가 도시지역에 편입된지 2년이 경과하였다 하더라도 기간기준을 적용하여 비사업용 토지 여부를 판단하여야 한다.

쟁점토지가 축사의 부수토지로서 목장용지로 사용된 사실이 인정되나, 도시지역 편입일로부터 2년이 초과한 목장용지로 비사업용토지에 해당되어 장기보유특별공제를 부인한 양도 소득세 경정은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것)

① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. <개정 2010.3.31, 2013.1.1>

1. 논・밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
• 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)・특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)・특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍・면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(지방자치법 제3조제4항 에 따른 도농 복합형태인 시의 읍・면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시・광역시・특별자치시・특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

3. 목장용지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것. 다만, 토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

• 가. 축산업을 경영하는 자가 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시・광역시・특별자치시・특별자치도 및 시지역의 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 것(도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 경우는 제외한다).

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지 2) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. <개정 2009.2.4, 2010.2.18>

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 3) 소득세법 시행령 제168조의7 【토지지목의 판정】 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지・임야・목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 4) 소득세법 시행령 제168조의8 【농지의 범위 등】 (2014.2.21. 대통령령 제25193호로 개정되기 전의 것)

⑤ 법 제104조의3제1항제1호 나목 단서에서 "소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 법 제104조의3제1항제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지

2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지

⑥ 법 제104조의3제1항제1호 나목 단서에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 2년을 말한다. 5) 소득세법 시행령 제168조의10 【목장용지의 범위 등】

⑤ 법 제104조의3제1항제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 2년을 말한다. <개정 2008.2.22, 2010.2.18> 6) 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

③ 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. <개정 2006.2.9, 2008.2.29, 2008.10.7, 2008.12.31, 2009.2.4, 2013.2.15>

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말하고, 법 제97조제4항을 적용받는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지

• 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실

• 가) 쟁점토지 중 축사로 사용된 토지(2017-16, 207-41) 1,057㎡의 용도는 목장용지이고, 축사 건축 이전 쟁점토지 전체와 축사외 농지(207-42, 207-44) 462㎡의 용도는 농지이며, 청구인은 재촌자경하였다.
• 나) 쟁점토지의 취득일자는 2008.5.28.이고, 쟁점토지는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 지역이 2010.3.3. 자연녹지에서 도시지역(일반공업지역)으로 편입된 토지이다.
• 다) 청구인의 쟁점토지 보유기간은 총 59개월로 5년 미만이다.
• 라) 쟁점토지는 사업인정고시일로부터 2년내 취득한 토지로서 수용감면 대상에 해당되지 아니한다.

2. 쟁점토지 현황 당초 용도 면적 변경 용도 면적 비고 ㅇㅇ동 207-16 답 4023㎡ ㅇㅇ동 207-16 답 524㎡

토지 207-41 답 533㎡ 207-42 답 3㎡ 207-44 전 459㎡ 207-43 대 659㎡ 비과세 207-72 답 950㎡ 2011.8.5. 양도 207-73 전 895㎡

4. 쟁점토지 소재 기타건물(축사) 청구인은 2009년 6월 쟁점토지 중 ㅇㅇ동 207-16, 207-41 지상에 축사용도로 기타건물을 신축하였다. 대지위치 대지면적 건물면적 구조 용도 사용승인일자 207-16 524㎡ 299㎡ 일반철골구조 식물관련시설 (퇴비사) 2009.6.30. 207-41 1,483㎡ 496㎡ 일반철골구조 동물관련시설 (축사) 2009.6.12. 계 795㎡

5. 청구인의 축산업자 사업자등록 현황 청구인은 2009.3.1. 쟁점토지를 사업장 소재지로하여 농업 축산, 양돈업의 사업자등록을 하였음이 확인된다.

6. 청구인의 주민등록 초본 현황 주 소 전입일 변동사유 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 **** 2005.5.4. 전입 " 207-16 2009.6.15. " " 207-43 2009.7.8. "

7. 쟁점토지에 대한 비사업용 토지 기간기준 적용 * 쟁점토지 취득일부터 축산업 개시일 2009.3.1.까지 쟁점토지의 용도는 답이었고, 축사외 토지(207-44, 207-42)도 농지(전)에 해당하며, 농지에 대하여는 청구인이 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌자경하였으므로 비사업용 토지에서 제외함

• 가) 쟁점토지의 보유기간이 3년 이상 5년 미만에 해당하여 소득세법 시행령 제168조의6 제2호 “가～다”목의 규정을 적용하면 다음과 같다. 기간 기준 비사업용 토지 해당기간 비사업용 토지 여부
• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간 711일 중 432일 부
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 1년 초과(432일) 여
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 361일 중 432일 여
• 나) 재산세가 분리과세됨을 근거로 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 청구주장은 농지·임야·목장용지 외의 토지(잡종지 등)에 대하여 적용하는 것으로 쟁점토지에 대하여는 적용할 수 없는 것으로 확인된다.

8. 면적기준 검토 가) 쟁점토지 수용 시 보상평가 조서에 의하면 돼지사육두수는 아래와 같이 확인된다. 축산보상 사육두수 계 돼지

• 나) 가축별 기준면적의 적용 구분 사업 가축두수 축사 및 부대시설(㎡) 초지 또는 사료포(ha) 축사 부대시설 초지 사료포 돼지 양돈

• - 구분 실제면적 기준면적 초과면적 축사 1,057㎡ 해당 없음

• 다) 축사에 대한 기준면적 적용
• 라. 판단 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 와 제3호 및 같은 법 시행령 제168조의6의 규정에 의하면 농지 및 목장용지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 의한 도시지역에 편입된 날부터 2년이 경과된 경우 2년이 되는 날까지의 기간을 비사업용 토지에서 제외하여 기간기준을 적용하도록 규정하고 있다. 처분청과 청구인은 쟁점토지 중 1,057㎡는 목장용지이고, 나머지 462㎡는 농지에 해당함에 대해서는 다툼이 없다. 살피건대, 처분청은 쟁점토지가 도시지역 편입일로부터 2년이 경과된 목장용지이므로 비사업용토지에 해당된다는 의견이나, 쟁점토지의 경우 보유기간이 3년 이상 5년 미만에 해당하고, 소득세법 시행령 제168조의6 제2호 “가～다”목의 규정을 적용한바, 가목의 규정에서 정하는 비사업용 토지에 해당하는 기간이 쟁점토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하지 않았으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 소득세법 시행령 제168조의6 제2호 에 따른 기간기준을 적용하지 않고 쟁점토지를 비사업용 토지로 본 당초 처분은 잘못이 있다.

이건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.