청구교회는 교인들로 구성된 사단으로서, 주무관청의 허가를 받아 설립된 것이 아니고, 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받은 바 없으므로 세법상 법인으로 볼 수 없으며, 청구교회가 배타적인 관리・처분권을 가지는 교회의 재산인 쟁점부동산을 재단법인의 재산으로 보아 취급할 수도 없음
청구교회는 교인들로 구성된 사단으로서, 주무관청의 허가를 받아 설립된 것이 아니고, 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받은 바 없으므로 세법상 법인으로 볼 수 없으며, 청구교회가 배타적인 관리・처분권을 가지는 교회의 재산인 쟁점부동산을 재단법인의 재산으로 보아 취급할 수도 없음
청구교회는 00 예수교장로회 총회 유지재단(이하 “재단법인”이라 한다) 산하 00노회 에 소속된 교회로서, 2003.
10.
30. 00 00구 00동 679-2 소재 근린생활시설 및 대지(이하 “ 쟁점부동산 ”이라 한다)를 취득하여 2010.
6.
1. 정00에게 45억원에 양도하고 양도소득세를 무신고하였다. 00지방국세청장은 처분청에 대한 감사시 청구교회를 소득세법상 1거주자로 보아 양도소득세 무신고에 대한 현지시정 처분을 하였고, 이에 처분청은 2014.
7.
1. 청구교회에게 2010년 과세연도 양도소득세 361백만원을 결정 고지하였다. 청구교회는 이에 불복하여 2014.
9.
24. 이의신청을 거쳐 2015.
3.
12. 이 건 심사청구를 제기하였다.
쟁점부동산은 비록 형식상으론 청구교회 소유이나 그 실질은 재단법인의 기본재산으로서 3년 이상 고유목적에 사용된 고정자산이므로 쟁점부동산의 처분이익은 과세에서 제외되어야 한다. 청구교회는 00동 614-8 소재 부동산(이하 “본당”이라 한다)을 재단법인에 증여하였으므로 재단법인과 독립된 실체로 존재할 수 없고 재단법인에 종속되는 것이며, 재단법인에 출연된 기본재산은 재단법인의 실체로서 재단법인의 단독소유이고 기본재산의 소유 및 처분은 반드시 정관변경 절차 및 주무관청 허가에 의해 그 효력이 발생하므로 청구교회가 출연한 본당에는 재단법인격이 부여되는 것이다. 쟁점부동산은 재단법인의 기본재산인 본당의 부속건물로서 고유목적에 사용할 목적으로 취득하였기 때문에 본당의 실체에 따라 판단하여야 하는바, 쟁점부동산의 취득비용, 유지비용은 재단법인의 기본재산인 본당에서 지출되었고 쟁점부동산의 매각대금 역시 본당의 증축 자금으로 사용되었으며, 쟁점부동산은 ‘제1교육관’, 00동 679-1 소재 건물은 ‘제2교육관’으로 지칭하고 제2교육관은 재단법인의 기본재산으로 등재되어 있는 점을 보면 쟁점부동산의 실질이 본당의 부속물로서 재단법인의 기본재산임을 알 수 있다.
청구교회는 국세기본법 제13조 에서 규정하는 법인으로 보는 단체에 해당하지 않고, 쟁점부동산은 청구교회 명의로 등기되어 있으므로 청구교회를 소득세법상 1거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. 재단법인은 법인으로 보는 단체에 해당하나, 청구교회는 개인으로서 종교단체의 고유번호를 부여받았고, 00예수교장로회총회에 소속된 교회일 뿐 법인으로 보는 단체 요건을 충족하지 않는다. 쟁점부동산은 등기부등본상 소유권자가 청구교회이며, 쟁점부동산 이외에도 다세대주택을 보유하고 있으나 상기 부동산들은 재단법인의 기본재산목록에 등재되어 있지 않다. 또한 청구교회 정관에는 ‘모든 재산의 소유명의는 청구교회 명의로 하고 그 재산의 취득 등 관리는 당회의 의결로 처리한다’고 규정되어 있고, 쟁점부동산의 매매시 청구교회 당회의 회원인 목사와 장로회의 의결로 처분된 것으로 확인되며, 재단법인의 승인 관련 서류는 제출되지 않았으므로 쟁점부동산은 청구교회 명의로 취득하여 청구교회 책임하에 양도한 것이며, 재단법인의 기본재산을 양도한 것으로 볼 수 없다.
① 법인격이 없는 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.
⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.
⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 국세기본법 제14조 【실질과세】
① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 3) 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인등】
① 법 제13조제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다.
③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다. 4) 소득세법 제2조 【납세의무】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.
(중략)
③ 국세기본법 제13조 제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 5) 소득세법 시행규칙 제2조 【거주자 또는 비거주자로 보는 단체의 구분】
① 소득세법(이하 "법"이라 한다) 제2조제3항에 따라 거주자 또는 비거주자로 보는 사단ㆍ재단 및 그 밖의 단체(이하 이 조에서 "단체등"이라 한다) 중 대표자 또는 관리인이 선임되어 있으나 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니한 단체등은 1 거주자 또는 1 비거주자로 보아 법을 적용한다.
② 제1항을 적용할 때 명시적으로 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니하더라도 사실상 이익이 분배되는 경우에는 그 단체등의 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 법을 적용한다. 6) 법인세법 제1조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
2. "비영리내국법인"이라 함은 내국법인중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 8) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 9) 민법 제32조 【비영리법인의 설립과 허가】 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다
1. 청구교회가 00동 614-8 소재 본당을 재단법인에 증여한 사실, 쟁점부동산을 청구교회 명의로 취득하였다가 정구완에게 4,500백만원에 양도한 사실에 대하여는 당사자간 다툼이 없다.
2. 국세통합전산망과 제증명서에 의하면, 재단법인은 민법 제32조 및 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조에 의해 설립허가를 받아 국세기본법 제13조 제1항 의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하고, 청구교회는 재단법인 산하 00노회에 소속된 교회로서 세무서장으로부터 개인으로 고유번호를 부여받았고, 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받은 바 없는 사실이 확인된다.
3. 쟁점부동산의 등기부등본 내용에 의하면, 쟁점부동산은 연면적 2,595㎡의 2층 근린생활시설로서, 청구교회가 2003.
10.
30. 쟁점부동산을 권00로부터 취득하였다가 2010.
6.
1. 정00에게 양도한 사실이 확인된다. 한편, 2003.
10.
30. 근저당권을 설정하면서 채무자를 재단법인으로 하였다가 2003.
11.
3. 채무자 성명을 재단법인에서 청구교회로 경정 등기를 한 바 있고, 2007.
11.
1. 위 근저당권을 말소하고 다시 채무자를 청구교회로 하여 근저당권을 설정한 사실이 확인된다. 청구교회는 위 근저당권설정등기시 채무자가 경정된 사유에 대하여, 당초 재단법인 명의로 대출을 받기로 계약하였으나 과도한 차입금으로 인해 주무관청의 허가가 나지 않자 청구교회 명의로 계약을 변경하였다고 주장하였다.
4. 국세통합전산망에 의하면, 청구교회는 2003.
11.
1. 부동산/임대업을 주업종으로 하여 사업자등록을 하였다가 2005.
6.
30. 폐업한 사실이 확인되며, 2004.
2.
24. 고정자산 매입에 따른 부가가치세 18백만원을 조기환급받았고, 폐업 후 고정자산에 대한 부가가치세 신고를 하지 않았다. 청구교회는 위 사업기간에 대하여, 취득시 전 소유자로부터 임대차 계약을 승계하여 1층 공간 중 일부를 임대하였으나 계약 종료 후 바로 폐업하여 본당의 부속건물로 사용한 것이라고 주장하고 있다.
5. 청구교회 정관에 의하면, 청구교회의 모든 부동산 및 부속 시설과 동산은 교회 소유로서 반드시 교회 명의로 하고, 그 재산의 취득, 처분 및 관리는 당회에서 의결 처리한다고 규정되어 있다.
6. 청구교회의 당회희의록(2010.
6.
1. 공증)에 의하면, 청구교회는 2010.
4.
25. 당회원 7명이 전원 출석하여 쟁점부동산 매각에 대해 심의‧의결한 사실이 확인된다.
7. 청구교회는 쟁점부동산 외에 00 00 00 소재 00타운 1동 302호 외 3개의 다세대주택을 청구교회 명의로 취득하여 보유 또는 양도한 사실이 확인된다.
8. 청구교회가 제출한 재단법인의 기본재산 목록에 의하면, 청구교회의 본당(00 614-8)은 재단법인의 기본재산 목록에 등재되어 있으나, 쟁점부동산(00 679-2)은 재단법인의 기본재산 목록에 등재되어 있지 않으며, 쟁점부동산 바로 옆 679-1 소재 부동산(연면적 2,314㎡, 교육연구시설)은 2008.
3. 재단법인 명의로 취득하여 기본재산 목록에 등재하였다가 2012.
8. 이사회 의결과 주무관청 허가를 거쳐 양도된 사실이 확인된다.
9. 청구교회는 본당의 공간 부족을 해결하기 위하여 부속건물로 쟁점부동산을 취득하여 교육관(유년부〜청년부), 치유동산 등 교회행사, 식당 등 본당의 고유목적에 사용하였다고 주장하면서 상기 주장 관련 건물 사진과 구조도, 교회요람 등 자료를 제출한바, 쟁점부동산을 교회 건물(비전센터)로 사용한 사실이 확인된다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.