대금지급이 명백하지 않아도 실제공사가 확인되면 자본적지출로 인정한 경우

00세무서장이 2014.8.1. 청구인에게 한 2012년 과세연도 양도소득세 130,427,550원의 부과처분은, 쟁점토지를 포함한 청구인 등의 소유 토지에 대한 총 자본적지출액을 1,482,783,000원으로 보아 쟁점토지의 필요경비를 면적으로 안분한(1,482,783,000원×4,287㎡/18,848㎡)금액 337,260,755원을 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 2003.10.24. 취득한 도 시 임야 4필지 2,964㎡(이하 총 7필지의 임야 4,287㎡를 “쟁점토지”라 한다)를 2012.12.31. 00숙 외 2인에게 양도하고, 쟁점토지 양도가액을 907,200천원, 취득가액을 409,608천원, 필요경비를 561,600천원으로 신고하였다. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 당초 신고한 필요경비 중 471,250천원(이하 “쟁점금액”이라고 한다)은 증빙이 불분명하다고 보아 필요경비를 부인하고, 2014.8.1. 청구인에게 2012년 과세연도 양도소득세 130,427천원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.16. 이의신청을 거쳐 2015.2.11. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인 등 3인은 2003.10.24. 쟁점토지를 포함 총 18,848㎡의 임야를 취득한 후 휴양단지를 건설할 목적으로 각종 토목공사, 도로포장공사, 웅벽공사, 조경공사, 지하수개발 등을 진행하였으나, 사업을 총괄하던 청구인의 배우자 00주의 건강악화(간이식수술)로 공사지연, 00주가 대표로 있는 000밸리(주)의 경리담당자의 사망, 사무실 도난(장부 등 포함)으로, 이 건 양도소득세 신고시 취득자료와 자본적지출 공사 관련증빙을 제출하지 못하고 해당금액을 추정하여 신고하였으나, 세무조사와 불복진행시 계속하여 쟁점토지의 자본적지출에 해당하는 공사계약서와 금융증빙자료를 추가로 제출하니 쟁점금액 상당액의 필요경비를 인정하여 당초 부과처분을 취소하여야 한다.

청구인에 대한 양도소득세 세무조사 중 관련 증빙자료를 총괄하던 청구인 배우자의 건강악화, 경리담당자의 사망, 장부분실 등을 사유로 청구인의 요청에 따라 6개월간 조사를 중지하였고, 2014.5. 청구인이 제출한 증빙자료를 검토하여 당초 신고한 필요경비 중 쟁점금액를 제외한 잔액을 필요경비로 인정하였고, 객관적인 증빙자료로 볼 수 없는 금액에 대하여는 필요경비 부인하였기에 당초 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 실제 공사가 있고 지급내역이 명백하지 않은 자본적지출액을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 든 실지거래가액”이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

• 다. 사실관계 1) 쟁점토지 양도와 관련한 양도소득세 신고 내용과 처분청이 세무조사로 양도소득금액을 경정한 내용을 정리하면 다음과 같다.

2. 쟁점토지와 관련하여 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없는 사항은 다음과 같다.

3. 쟁점토지의 취득일~양도일 직전까지 변경 사항은 다음과 같다.

4. 처분청이 쟁점토지의 자본적지출액에 대한 세무조사 내용은 다음과 같다. 공사비 검토내용을 보면, 청구인의 배우자가 운영하는 000밸리(주)는 토목공사 능력이 있어 일부를 직영공사한 것으로 판단되며, 2004년부터 휴양단지 건설목적으로 임야를 대지로 개발하기 위하여 토목, 도로포장, 조경, 지하수개발, 옹벽공사 등을 하였고, 배우자 00주의 간암수술로 공사지연에 따른 예상공사비 초과로 자금압박에 따라 청구인의 토지를 양도하였고, 공사는 00주 책임하에 진행되었으나 체계적인 관리가 이루어지지 않아 개인과 법인구분이 명확하지 않다. 처분청은 청구인이 주장하는 쟁점토지가 포함된 분할前 전체면적 18,848㎡에 대한 자본적지출금액에 대하여 필요경비로 다음과 같이 인정하였다. 공사별 필요경비 인정 세부내역은 다음과 같다.

① 토목공사 ㉮ 청구인이 제출한 공사계약서(요약) ㉯ 금융증빙 확인에 따른 필요경비 인정액: 65,600천원

② 옹벽공사 ㉮ 청구인이 제출한 공사계약서(요약) ㉯ 금융증빙 확인에 따른 필요경비 인정액: 81,000천원

③ 지하수개발 ㉮ 청구인이 제출한 공사계약서(요약) ㉯ 금융증빙 확인에 따른 필요경비 인정액: 0원

• 000밸리(주)의 명의 계좌에서 ‘00지하수개발’ 또는 해당 업체 대표자 ‘00관’으로 입금된 사실 없음 ㉰ 청구인이 제출한 000밸리(주)의 계좌에서 계약대리인 00현에 송금된 사실은 다음과 같음

④ 조경공사 ㉮ 청구인이 제출한 공사계약서(요약) ㉯ 금융증빙 확인에 따른 필요경비 인정액: 0원 (거래내역 없음)

⑤ 주유대 ㉮ 청구인이 자본적지출로 주장하는 주유대금: 152,593천원 ㉯ 금융증빙: 000밸리(주)의 계좌별 거래명세표 ㉰ 처분청의 필요경비 인정액: 42,000천원

⑥ ~⑧ 설계비(00콘크리트공업,주), 취득세, 기타용역비(주,00세움) 등은 청구인의 주장대로 처분청이 모두 필요경비로 인정하였음

5. 청구인의 배우자 00주가 대표자로 재직하였던 000밸리(주)의 각 사업연도 손익계산서와 세금계산서 수수내역은 다음과 같다.

6. 청구인은 쟁점토지 측량ㆍ설계용역과 관련하여 ‘00토목측량설계공사(2004.5. 25.개업, 계속사업자, 일반과세자)’에서 120백만원의 용역을 수행하였고, 대금은 2004.6.20. 3천만원, 2004.8.30. 3천만원을 수령하였다는 확인서와 현금수령영수증 2매를 제출하였다. 토목설계계약서(2003.11.): 업무보수 120백만원(계약금 40백만원, 중도금 60백만원, 잔금 20백만원), 갑 00주, 을 00토목측량설계공사 00토목측량설계공사 대표 00준에게 유선확인한바, 실제 용역제공함을 시인하고 현금으로 대금 수령하였다는 진술이 있었고(관련 계약서와 도면 등은 찾아보겠다고 함), 설계면적이 5,700평으로 평당 당시시세가 1만~1만5천원에 비추어보면 6천만원 설계비가 적정한 수준이다. 조사청이 금융자료 확인으로 인정한 설계용역비 180백만원의 지출처는 00콘크리트공업(주)이었으나, 동 업체는 옹벽공사를 하청수주한 (주)00테크건설에 KY블럭을 납품한 것으로 ‘원사업자인 000밸리(주)가 (주)00테크건설에 미지급한 공사대금을 직접 수령하는 동의서’ 등에 의거 설계업체가 아니었음이 확인된다. 동의서는 2005.11.15. 수급사업자(주,00테크건설)가 원사업자(000밸리,주)로부터 미수령한 공사금액을 자재공급자(00콘크리트,주)가 직불수령하는 것을 동의한다는 내용임

7. 조경공사(강산토건)에 대금지급한 금융증빙은 다음과 같이 6,151천원으로 확인된다.

8. 공사대금 지급지연과 관련된 공증내역을 보면, 지불각서(2005.11.15. 법무법인 00 공증): 차용인 00주(보증인: 청구인, 00광)가 00콘크리트공업(주)에 120백만원을 2006.3.30.까지 지불약정하였고, 지불각서(2006.6.12.): 차용인 00주가 00콘택(주)에 230백만원을 2006.7.13.까지 지불하기로 각서가 작성되어 있다.

9. 청구인이 제출한 00경찰서장(2013.11.5.) 발행 도난사실 확인원에는 2010.7.12. 000밸리(주)사무실내 도난피해(옥불상, 그림 등과 컴퓨터 5대 등 다수)가 있었음이 확인된다.

10. 00개발(주)의 대표 00광은 청구인에게 쟁점토지의 토목공사를 하였다고 주장하는 확인서를 제출하였고 관련내용은 다음과 같다.

11. 00광(46세)의 개인별 총사업내역은 다음과 같으며, 청구인은 00광은 공사대금 미지급금 등으로 경매에 따른 어려움이 있었다고 진술하였다(심리 중 유선연결 안됨). 12) 청구인은 쟁점토지와 관련된 자본적지출액의 정당성을 주장하면서 “00측량설계공사(00소재)”를 통하여 감정평가를 의뢰하였고 그 결과는 다음과 같다.

13. 청구인 등의 부동산매매업 ‘건설중인자산’ 계정금액을 집계하면 다음과 같고, 계정별원장은 일자별로 적요와 거래처, 금액으로 구분하여 설계비, 공사비, 주유대, 장비사용료, 자재대 등이 기재되어 직영 및 하도급공사비 지출이 추정되며, 관련 증빙철은 도난사고시 모두 분실하였다고 청구인은 진술한다.

14. 청구인 등이 000밸리(주) 계좌에 이체한 내역은 다음과 같다.

15. 청구인의 금융대출 내역은 다음과 같다.

16. 청구인은 공사계약서대로 각종 공사가 진행되었다고 주장하며, 아래와 같이 현장사진을 제출하였고, 조경공사로 소나무 600주(1주당 약100만원)를 식재하였다고 주장한다.

17. 청구인 등 3인은 2005년부터 청구일 현재까지 쟁점토지 일대를 사업장으로 한 부동산매매업 사업자등록을 하였으나 계속ㆍ반복적인 매매활동은 없었으며, 000밸리(주)의 매입세금계산서를 제외한 쟁점토지 공사를 수행한 업체들로부터 (세금)계산서를 교부받은 내역은 없다(국세청 통합전산망 확인).

• 라. 판단 양도자산의 필요경비에 산입되는 자본적 지출은 당해 양도자산의 용도변경・개량 또는 이용의 편의를 위하여 지출한 비용 등을 말하고(소득세법 제97조 및 같은 법 시행령 제163조 등 참조), 또 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리하고 그 기초자료도 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 필요경비를 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다. 다만, 경험칙상 필요경비의 발생이 명백하거나 필요경비의 존재가 분명한 경우에 있어서는 과세관청이 실지조사가 불가능한 경우에 시행하는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 과세관청이 그 금액을 입증하여야 하고, 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에는 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아간다(대법원91누10909, 1992.7.28., 대법원97누15463, 1999. 1.15. 참조). 이 건 쟁점토지를 포함한 청구인 등의 소유 전체토지에 대한 자본적지출액 발생여부에 대하여 살펴보면, 청구인 등 3인은 쟁점토지가 포함된 일대의 토지를 매입하여 리조트시설로 개발하려던 계획(현재는 00캠핑장으로 이용)이 있었고, 계획에 따른 토지에 대한 성토작업, 터다지기, 바닥포장공사, 배수로 및 옹벽공사 등 토지기반공사와 지하수개발, 조경공사가 필요하였음이 제출된 계약서와 부분적으로 확인된 대금결제 내역, 현장 사무실 도난으로 입증에 대한 어려움, 공사비 지연에 따른 관련 공증서, 공사비 원천을 추정할 수 있는 금융대출금과 공사비로 추정되는 금융거래내역 등으로 보아, 쟁점토지 조성과 관련한 공사가 있었음이 경험칙상 명백하다고 볼 수 있으므로, 쟁점토지의 공사를 주도한 000밸리(주)가 실행한 공사내역을 판단하면, 000밸리(주)가 청구인 등에게 발급한 매출세금계산서 금액이 557,305천원에 해당하는 점, 청구인 등의 부동산매매업의 ‘건설중인자산’ 계정금액이 1,741,149천원에 해당하는 점, 공사대금의 주 입출계좌인 000밸리(주) 출금액이 1,392,147천원이며 청구인 등이 동 계좌에 입금한 금액이 1,324,362천원인 점, 청구인 배우자의 금융대출내역이 1,007,000천원에 해당하는 점, 항공사진에 따라 공사결과(옹벽, 조경, 지하수개발 등)가 확인되는 점으로 보아, 청구인이 조사당시 주장한 공사비 3,241,183천원 중 000밸리(주)가 재하도급한 옹벽공사(주,00테크) 517,000천원, 지하수개발(00지하수개발) 99,000천원의 공사, 조경공사(00토건) 380,000천원이 시공되었다고 인정되며, 지급처가 불분명하지만 주유대로 지급된 152,593천원(이중 조사청이 인정한 금액은 42,000천원임)도 청구인 등이 직영하여 공사한 것으로 볼 수 있고, 조사청이 세무조사시 자본적지출로 인정한 설계용역비 180,000천원, 취득세 등 8,590천원, 기타용역 20,000천원과 이 건 심리 중 추가 주장한 설계용역비(00토목측량설계공사) 60,000천원은 지급내역 등으로 확인되어 실제 공사용역이 있었음이 인정되므로 합계 1,417,183천원의 공사가 시공되었다고 인정된다. 다만, 청구인이 주장하는 토목공사(00개발,주) 1,824,000천원의 공사는, 쟁점토지의 토지조성공사 등의 전반적인 공사를 주도한 000밸리(주)가 쟁점토지의 공사와 관련하여 하도급한 옹벽공사(주, 00테크건설) 517,000천원, 지하수개발(00지하수개발) 99,000천원 공사가 00개발(주)의 토지공사와 중복됨이 계약서에 명시된 공사내역으로 확인되고, 대금결제 금융증빙도 65,600천원으로 소액 지급내역만 확인되는 점으로 보아 명백하게 모든 공사용역이 존재하였다고 보기는 어려워 금융지급이 확인된 65,600천원의 자본적지출 공사가 있었다고 인정된다. 따라서, 청구인이 쟁점토지에 대한 자본적지출로 주장하는 3,241,183천원 중 총 1,482,783천원의 공사가 실제 시공되었다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부이유가 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.