담임목사 사택은 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 것임

00 세무서장이 2015.1.9. 청구인에게 한 2010년 과세연도 양도소득세 52,348,879원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구교회는 2010.7.21. 경기 00시 00아파트 1903호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 00진에게 양도하고 양도소득세를 신고하지 않았으며, 법인의 고정자산 처분에 대한 신고도 하지 않았다.
• 나. 처분청은 청구인이 법인으로 보는 단체에 해당하지 않으므로 1거주자로 보아 쟁점아파트의 양도차익에 대하여 2015.1.9. 2010년 과세연도 양도소득세 52,348,879원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.1.23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 1994.5.27 00세무서에서 발급받았다고 주장하는 사업자등록증명원(붙임 참조) 상의 고유번호를 바탕으로 법인으로 보는 단체임을 주장하면서, 쟁점아파트는 청구교회 담임목사의 사택으로 3년 이상 사용하고 양도한 것으로, 법인세법 제3조 제3항 제5호 에 따라 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 양도에 해당하여 법인세 과세소득에서 제외되므로 고지처분한 양도소득세는 취소되어야 한다.

청구인이 주장하는 청구교회의 고유번호는 전산에 등록되지 않은 번호이며, 제출한 사업자등록증명원 상의 대표자 00근은 00교회 (1983.4.4. 개업)와, 기독교00교회(1999.7.18. 개업)의 대표로 확인되며, 제출한 사업자등록증명원 또한 원본이 아닌 복사본으로 확인되어 진위여부를 확인할 수 없으므로, 따라서 당초 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 것은 타당하다.

• 가. 쟁점 청구인을 법인으로 보는 단체로 보아 쟁점아파트를 고유목적사업에 3년 이상 사용한 고정자산의 처분으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법시행령 제12조 제2항 에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조 에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. 3) 법인세법 제1조 【정 의】

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

• 다. 국세기본법 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 4) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 5) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

• 다. 사실관계

1. 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부

• 가. 청구교회는 1994.5.27. 00세무서장이 3195호로 발급한 ‘고유번호등록증명원’을 제출하였고, 대표자는 00근, 사업자등록번호는 ‘0’, 사업자등록연월일에는 ‘1993.3.3. 고유번호 지정’, 업종은 ‘비영리/교회’라고 기재되어 있으며, 처분청이 원본확인을 하지 못하였기에 보정요구시 원본여부를 처분청 납세자보호실로부터 확인받았으나, 실물상태는 원본으로 추정되나 등록번호는 전산등록 되어있지 않으며, 발급대장은 보관기간 5년으로 확인이 어렵다고 회신하였다.
• 나. 사업자등록번호 “0”은 국세통합시스템 전산망에 등록되지 않았고, 발급 당시인 1994년은 수동으로 업무처리를 하였다.
• 다. 청구교회의 사업자 등록 발급현황은 다음과 같다. 라 청구교회는 금융실명제에 따른 실명확인과 기부금영수증 관련으로 사업자등록증을 재교부받았으나, 세무지식 부재로 동일한 사업장에 대하여 여러 형태의 사업자등록이 이루어졌다고 주장한다.

2. 법인격 유지 여부

• 가. 청구교회는 1981.2.8. 00상가에서 시작하여 1989.10.31. 현 소재지에 신축 이전하여 지금까지 이어져 오고 있으며, 1대 담임목사는 00근이며, 00준은 3대 담임목사로 현재 재직 중임이 제출된 증빙에 의거 확인된다.
• 나. 청구교회의 ‘교회규약’을 보면 기독교 소속의 00교회로서 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자를 선임하고 있으며, 재산관리는 임원회의 결의로써 취득ㆍ처분ㆍ담보제공 및 사용수익을 할 수 있고, 교회 소유권 등기는 ‘재단법인기독교00유지재단’으로 1999.3.3. 증여등기되어 있으며, 담임목사 사택은 ‘기독교00교회 대표자 00준’으로 소유권 등기되어 있음이 등기부등본에 나타나 있다. 부동산등기규칙 제48조(법인 아닌 사단이나 재단의 등기신청): 교회규약, 대표자 증명서, 결의증명서, 대표자 주민등록 정보를 제출하여 등기 신청함 청구교회는 1998.7.26. 청구교회 기획위원회 의결로 00동 사택 구입 결의를 하였고, 2010.7.18. 회원총회의사록에 따라 00동 사택 양도를 결정하였음
• 다. 담임목사 00준의 주민등록초본을 보면 쟁점아파트에 1998.10.1. 전입하였다가 2010.3.26. 00동 사택으로 전출한 사실이 나타나며, 청구교회는 이 건 부과처분을 알고 2014.11.1 법인으로 보는 단체로 00세무서장에게 승인신청을 하여 2014.12.24. 승인을 받았음이 국세통합시스템에서 확인된다.
• 라. 판단 국세기본법 제13조 제2항 은 ① 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것, ② 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것, ③ 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것의 요건을 모두 갖춘 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받는 경우 법인으로 보는 단체에 해당한다고 규정하고 있으며, 법인세법 제3조 제3항 제5호 에 비영리내국법인이 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득에 해당하되, 법인세법 시행령 제2조 제2항 에 과세소득에서 제외되는 대상을 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하는 경우로 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구교회는 1994.5.27. 00세무서에서 발급된 ‘고유번호등록증명원’에 따라 1993.3.3. 법인으로 보는 단체로 고유번호를 지정받은 것으로 보이며, 교회규약과 교회재산 등기사항으로 보아 국세기본법 제13조 제2항 에 따른 법인으로 보는 단체 조건을 교회 창립일부터 현재까지 유지하여 법인격이 유지되고 있으며, 쟁점아파트는 청구교회 담임목사의 사택으로 12년간 사용되다 매매한 것으로 법인세법 시행령 제2조 제2항 에 과세소득에서 제외되는 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 확인된다. 따라서 처분청이 쟁점아파트의 소유자를 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유가 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.