쟁점토지에 대해서는 실지 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액으로 경정해야 함

ㅇ ㅇ세무서장이 2014.3.7. 청구인에게 한 2012년 과세연도 양도소득세 *,***백만원의 부 과처분은

1. 쟁점토지의 취득가액을 환산 취득가액으로 하여 과세표준과 세액을 경정 합니다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

1. 청구인의 배우자 亡이AL(이하 “피상속인”이라 한다)은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 *-번지 등 6필지 토지 1,466.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1987.9.6～1996.3.28.에 걸쳐 취득하였고, 쟁점토지에 동업자 이AT와 공동으로 1990.9.7. ㅇㅇ관광호텔용 건물(지하 2층, 지상 8층, 연면적 4,766.64㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하였으며, 1996.3.28. 동업자 이AT 지분(쟁점건물의 2분의 1지분)을 매매 취득하였다.

2. 피상속인은 쟁점토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2012.9.26. (주)ABC(이하 “매수인”이라 한다)에게 ,백만원(부가세 포함 ,백만원)에 양도하였고, 취득가액은 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산가액으로 하여 2012.11.30. 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 신고하면서 *,***백만원을 납부하였다.

• 나. 처분내용

1. ㅇㅇ지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.8.19.～2014.1.4. 기간 중에 피상속인의 상속세 조사결정을 하면서 피상속인의 쟁점부동산의 양도에 대한 양도소득세 조사를 병행하였다.

2. 조사청은 쟁점부동산의 실지취득가액이 매매계약서 등 취득 관련 서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 피상속인(양도인)이 ㅇㅇ관광호텔 숙박업(이하 “호텔업”이라 한다)을 영위하면서 1996년부터 2012년 양도 당시까지 복식부기의 방법으로 종합소득세를 신고하여 왔고, 피상속인이 제출한 재무제표 등을 통하여 쟁점부동산의 장부가액이 확인되므로 장부가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 보는 것 이 합리적이라고 판단한 조사결과를 처분청에 통보하였다.

3. 처분청은 통보받은 내용에 따라 2014.3.7. 피상속인에 대한 2012년 과세연도 양도소득세 *,***백만원을 피상속인의 배우자이며 상속인인 청구인에게 경정․고지하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.6.5. 이 건 심사청구를 제기하였다.

피상속인 토지 및 건물가액이 25여년전에 취득하여 기준시가에 의하여 장부에 계상된 가액이 쟁점건물 준공후 일부토지를 추가로 취득하였음에도 양도일 현재까지 변동 상황 없이 양도당시의 대차대조표상 금액과 최초 기장당시인 1995.12.31. 현재의 대차대조표상 금액과 동일한 금액으로 계속하여 계상되어 있는 점으로 미루어 볼 때 피상속인이 장부에 계상한 토지에 대한 취득가액은 최초 기장시 기준시가에 의하여 장부가액을 계상하였을 뿐이므로 기준시가로 장부에 계상한 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 결정하는 것은 부당하다.

실지취득가액이 매매계약서 등 취득 관련 서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 피상속인이 제출한 재무제표 등으로 보아 건물에 대하여 매년 감가상각을 해 온 것으로 볼 수 있는 점, 피상속인이 호텔업을 영위하면서 국세청 전산조회가 가능한 1996년부터 2012년 양도 당시까지 복식부기의 방법으로 종합소득세를 신고하여 온 점, 피상속인의 1996년∼2012년 과세연도 재무제표에 쟁점건물과 다른 감가상각 자산과 구분하여 감가상각해 왔다는 점 등의 여러 정황에 비추어 장부가액을 취득가액으로 보는 것이 합리적이므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 1995년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표 상의 장부가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 본 처분의 당부
• 나. 관련법령 【양도소득의 필요경비 관련】 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 같음)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

④ 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조제1항제1호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 증여받은 경우로서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우 외에는 양도가액에서 공제할 필요경비는 제2항에 따르되, 취득가액은 각각 그 배우자 또는 직계존비속의 취득 당시 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 필요경비에 산입한다. <개정 2010.12.27> 2) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. 3) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조제1항제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2011.4.12, 2012.1.1>

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 4) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 5) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다. <개정 2005.2.19, 2007.2.28>

6. 구 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】(2012.1.25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. <개정 2000.12.29, 2006.2.9>

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 【장부의 비치․기장 관련】 7) 소득세법 제160조 【장부의 비치·기장】(1994.12.12. 법률 제4803호로 전문개정된 것. 이하 같다)

① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증빙서류등을 비치하고 그 사업에 관한 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 장부에 기록·관리하여야 한다.

② 제1항의 경우에 부동산임대소득·사업소득 및 산림소득중 2이상의 소득이 있는 사업자는 그 소득별로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 소득별로 구분할 수 없는 공통수입금액과 그 공통수입금액에 대응하는 공통경비에 대하여는 각 총수입금액에 비례하여 안분기장한다.

③ 2이상의 사업장을 가진 사업자의 경우에는 사업장별 거래내용이 구분될 수 있도록 기장하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 장부·증빙서류의 기장·비치에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 8) 소득세법 제70조 【종합소득 과세표준확정신고】

① 당해년도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해년도의 다음 년도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 9) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조와 제97조제1항제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조제1호의 자산

• 가. 토지 지가공시및토지등의평가에관한법률의 규정에 의한 공시지가 및 시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)이 동법 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건 물 다목의 경우를 제외하고는 대통령령이 정하는 과세시가표준액에 의한 가액
• 다. 건물에 부수되는 토지를 공유로하고 건물을 구분 소유하는 공동주택 또는 특 수용도의 건물로서 대통령령이 정하는 지역안에 소재하는 주택 또는 건물의 경우 에는 가목 및 나목의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액 10) 소득세법 부칙 <제4803호, 1994.12.22> 제1조 (시행일) ①이 법은 1996년 1월 1일부터 시행한다.
• 다. 사실관계

1. 청구인과 조사청은 쟁점부동산의 양도가액 ***억원(부가가치세 포함)에 대하여는 다툼이 없다. 사업자등록기본사항 개업일 폐업일 대표자 소재지 업종 1989.5.1. 2012.9.26. 피상속인 (개인, 일반과세자) 숙박업 관광호텔

2. 피상속인이 호텔업을 영위한 쟁점건물의 사업자등록사항은 다음과 같다. 1990.9.7. 공동소유자인 이AT의 사업자등록사항은 없는 것으로 확인된다.

3. 피상속인이 양도한 쟁점부동산의 양도소득세 신고현황은 다음과 같다.

4. 청구인의 신고내용과 조사청의 경정내용

• 가) 청구인은 토지․건물의 취득가액을 환산취득가액으로 신고하였다.
• 나) 조사청은 토지․건물의 취득가액을 1995.12.31. 현재 피상속인이 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표상의 장부가액으로 경정하였고, 건물의 장부가액은 2012.12.31. 현재 장부가액 2,345백만원에서 건물 감가상각충당금 누적잔액 758백만원을 차감한 금액으로 하였다.

5. 조사청이 제출한 자료에 의하면 호텔업을 영위한 피상속인의 종합소득세는 국세통합시스템의 전산조회가 가능한 1996년부터 2012년 현재까지 복식부기의무자(1996년 ～ 2002년 자기조정, 2003년 ～ 2012년 현재 외부조정)로 장부에 의하여 신고․납부하였음이 확인된다.

6. 피상속인의 호텔업에 대한 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표상 토지 및 건물의 장부가액은 다음과 같다. (단위: 천원) 계정과목 1995.12.31. 현재 (최초 기장연도) 1998.12.31. 현재 2011.12.31. 현재 토 지 933,153 933,153 933,153 건 물 2,276,528 2,276,528 2,345,080 동 감가상각충당금 (406,921) (551,399) (757,635)

• 가) 2011.12.31. 현재의 건물에 대한 장부가액이 1995.12.31. 현재보다 68,552천원 증가한 이유는 쟁점건물이 2011.1.5. 8층 125.07㎡ 증축분이 반영된 것으로 보인다.
• 나) 쟁점건물의 1995.1.1. 기준으로 건물기준시가를 계산한 결과는 975백만원으로 계산내역은 다음과 같다. 건물기준시가 계산은 1995.1.1. 시행 부동산과세시가표준액표에 따라 계산하였다. 1995.1.1. 기준으로 건물기준시가 975백만원인데 비하여 1995.12.31. 기준 쟁점건물의 장부가액은 2,277백만원으로 1,305백만원 차이가 나고 있다. (단위: 원, ㎡) 층 건물신축가격 기준액 면적 적용지수 기준시가 구조 용도 위치 잔가율 특성율 지하2층 145,000 695.59 1 1.35 1.14 0.934 1 144,682,720 지하1층 145,000 609.73 1 1.35 1.14 0.934 1 126,823,840 지하1층 145,000 21.68 1 1.35 1.14 0.934 1 4,509,440 1층 145,000 425.29 1 1.35 1.14 0.934 1 88,460,320 2층 145,000 513.41 1 1.35 1.14 0.934 1 106,789,280 3층 145,000 513.41 1 1.35 1.14 0.934 1 106,789,280 4층 145,000 461.00 1 1.35 1.14 0.934 1 95,888,000 5층 145,000 461.00 1 1.35 1.14 0.934 1 95,888,000 6층 145,000 441.09 1 1.35 1.14 0.934 1 91,746,720 7층 145,000 419.64 1 1.35 1.14 0.934 1 87,285,120 8층 145,000 125.07 1 1.35 1.14 0.934 1 26,014,560 계 4,686.91 974,877,280
• 다) 피상속인은 쟁점건물을 이AT와 공동으로 1990.9.7. 신축하였고, 동업자 이AT 지분(쟁점건물의 2분의 1지분)을 1995.11.1. 매매를 원인으로 1996.3.28. 이전 등기하였음이 건물 등기부등본에 의하여 확인된다.

7. 1991.1.1. 이전 취득 토지의 기준시가 933백만원과 1995.12.31. 현재의 토지의 장부가액 933백만원은 일치하고 있다.

8. 1995년 당시 장부가액에 아래의 토지가 장부계상 누락되었다는 청구인의 주장은 취득일자를 기준으로 1991.1.1. 이전 취득분에 대한 토지의 기준시가가 장부가액과 일치하고 있다는 사실에서 1991.1.1. 이후 취득분은 장부가액에 누락되었을 것이라고 추측한 것으로 보인다.

• 라. 판단 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 청구주장의 당부를 살펴본다 처분청은 피상속인이 제출한 재무제표 등으로 보아 쟁점부동산에 대하여 1996년부터 2012년 양도 당시까지 복식부기의 방법으로 종합소득세를 신고하여 왔으므로 장부가액을 쟁점부동산의 실지취득가액으로 보았으나, 첫째, 쟁점토지의 경우 피상속인이 1995년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표 상 토지의 장부가액 933백만원과 1990.9.7. 쟁점건물의 준공 이전 취득분 토지의 기준시가 933백만원이 일치하고 있어 1995년 장부가액은 기준시가로 기장한 것으로 보이는 점, 쟁점토지는 피상속인이 1987년부터 1996년에 걸쳐 분할 취득하였음에도 1995년 장부가액과 양도당시인 2012년 장부가액이 동일하고, 일부 필지는 지번 병합이 빈번하여 실지취득가액이 확인이 어려운 점 등을 종합해 볼 때 쟁점토지의 장부가액은 실지취득가액을 반영하지 않은 것으로 판단된다. 둘째, 쟁점건물의 경우 1995.1.1. 기준시가 975백만원과 장부가액 2,277백만원을 비교해 보면 쟁점건물의 장부가액은 1995.1.1. 기준시가 보다 2배 이상 높은 것으로 보아 실지취득가액으로 기장된 것으로 판단된다. 따라서, 쟁점건물의 장부가액은 실지취득가액으로 보이므로 장부가액을 실지취득가액으로 본 당초 처분은 정당하나, 쟁점토지는 실지취득가액이 확인되었다고 볼 수 없으므로 장부가액이 아닌 환산 취득가액을 적용함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.