국세기본법 제13조의 규정에 의거 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 종교단체는 법인으로 보아 세법을 적용함

OO세무서장이 2014. 1. 9. 청구교회(대표자 조OO)에게 한 2010년 과세연도 양도소득세 69,906,760원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 대한예수교장로교회 OOOO교회(대표자 조OO, 이하 “청구교회”라 한다)는 서울시 OO구 OO동에 소재하고 있으며, 2001. 2. 11. 결성되어 2006. 2. 23. OO세무서장으로부터 국세기본법 제13조 에 따른법인으로 보는 단체로 승인받았다.
• 나. 청구교회는 2007. 11. 20. 서울시 OO구 OO동 쟁점부동산을 취득하여 보유하다가 2010. 12. 29. 양도하였고, 2011. 3. 28. 쟁점부동산의 양도손익을 반영하여 2010사업연도 법인세를 신고하였다.
• 다. OO세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구교회를 법인이 아닌 단체라 하여, 2014. 1. 9. 청구교회의 대표자인 조OO에게 2010년 과세연도 양도소득세 69,906,760원을 결정․고지하였다.
• 라. 청구교회는 이에 불복하여 2014. 2. 4. 심사청구를 하였다.

청구교회는 국세기본법 제13조 의 규정에 의거 관할세무서장인 OO세무서장으로부터 2006. 2. 23. 법인으로 보는 단체로 승인받았으며, 쟁점부동산을 2007. 11. 취득하여 별도의 단체번호를 부여받아 개인 조OO이 아닌 청구교회 앞으로 등기하였고, 2010. 12. 쟁점부동산을 매각한 후 2011. 3. 쟁점부동산의 양도손익을 반영하여 2010사업연도 법인세를 적법하게 신고하였는바, 이 건 양도소득세 부과는 위법한 처분이다.

• 가. 청구교회는 교회건물 신축을 당초 목적대로 하지 못하여 매각한 후, 세금문제가 대두되니, 양도 후 법인이 유리하다 하여 뒤늦게 2011.2.11. 면세법인 사업자등록을 하였고, 2011.3.18. 2007~2009사업연도 법인세를 기한 후 신고하였다.
• 나. 국세기본법 제13조 제1항 은 법인으로 보는 사단, 재단 기타단체 외의 법인격이 없는 단체 중 세무서장이 요건을 갖추었다고 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 세법을 적용할 것인지는 구체적인 사실을 확인하여 판단해야하는바, 쟁점부동산을 양도할 당시 대표자인 조OO의 이름으로 계약하였고, 등기부등본상에도 등기의무자로 등재되어 있으며, 본인이 직접 방문하여 교회재정이 어려우므로 징수유예신청을 요청하며 신청서를 제출하였다가 취하한 사실에 비추어 청구교회를 거주자(개인)으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구교회를 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 것이 정당한지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체 " 라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. <개정 2010.12.27>

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. <개정 2010.12.27>

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31>

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인 으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. <개정 2010.12.27>

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2010.12.30>

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다. <개정 2010.12.30>

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에부가가치세법시행령제8조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서법인세법제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.12.30>

④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. <개정 2010.12.30>

○ 법인세법 제1조 【정 의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2010. 12. 30. 개정)

1. “내국법인”(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다. (2010. 12. 30. 개정)

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당 하는 법인을 말한다. (2010. 12. 30. 개정)

• 가. 민법 제32조 에 따라 설립된 법인 (2010. 12. 30. 개정)
• 나. 사립학교법이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인 (대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주 (株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다) (2010. 12. 30. 개정)
• 다. ｢국세기본법」 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (2010. 12. 30. 개정)

○ 법인세법시행령 제3조 【사업연도의 개시일】

① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다. <개정 2005.2.19, 2013.2.15>

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조제2호다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각목의 날로 한다.

• 가. 법령에 의하여 설립된 단체에 있어서 당해 법령에 설립일이 정하여진 경우에는 그 설립일
• 나. 설립에 관하여 주무관청의 허가 또는 인가를 요하는 단체와 법령에 의하여 주무관청에 등록한 단체의 경우에는 그 허가일·인가일 또는 등록일
• 다. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 단체에 있어서는 그 기본재산의 출연을 받은 날
• 라. 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일
• 다. 사실관계

1. 심리자료에 의하면, 청구교회는 2007. 11. 20. 서울시 OO구 OO동 쟁점부동산을 각각 취득하여 보유하다가 2010. 12. 29. 일괄 양도하였고, 2011. 3. 28. 쟁점부동산의 양도손익을 반영하여 2010사업연도 법인세를 신고하였으나, 처분청은 청구교회를 법인이 아닌 단체라 하여, 2014. 1. 9. 청구교회의 대표자인 조OO에게 2010년 과세연도 양도소득세 69,906,760원을 결정․고지한 것으로 나타난다.

2. 청구교회가 제시한 법인으로 보는 단체의 승인여부통지서에 의하면, 청구교회는 2001. 2. 11. 결성되었으며, OO세무서장은 2006. 2. 23. 국세기본법 제13조 제2항 및 동법시행령 제8조 제2항의 규정에 의하여 청구교회를 법인으로 보는 단체로 승인한 것으로 나타난다.

3. 청구교회가 제시한 고유번호증에 의하면, OO세무서장은 2006. 2. 23. 수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등으로 청구법인에게 고유번호를 부여한 것으로 나타난다.

4. 청구교회가 제시한 부동산 등기부등본, 등기권리증에 의하면, 쟁점부동산의 취득시 등기권리자(소유자)는 서울시 OO구 OO동 대한예수교장로회 OOOO교회(대표자 조OO)로 나타난다.

5. 청구교회가 제시한 사업자등록증(면세법인사업자 본점)에 의하면, OO세무서장은 2011. 2. 11. 신규로 위 사업자등록증을 발급하였고, 청구교회는 2007.11.20. 수익사업(쟁점부동산 임대)을 개시한 것으로 나타난다.

6. 청구교회가 제시한법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지서에 의하면, OO세무서장은 2011. 2. 11. 청구교회 대표자 조OO을 의무이 행자로, 지정년월일을 2006. 2. 17.로 하여 위 지정통지서를 발급한 것으로 나타난다.

7. 청구교회가 제시한 2007~2010사업연도 법인세 신고서에 의하면, 청구교회는 2007~2009사업연도 쟁점부동산 임대소득에 대하여 2011. 3. 18. 법인세 기한후 신고하였고, 2010사업연도 쟁점부동산 임대소득 및 양도소득에 대하여 2011. 3. 28. 법인세 정기 신고한 것으로 나타난다.

• 라. 판단 처분청은 청구교회를 세법상 1거주자로 보아 양도소득세를 과세한 것은 정당 한다고 주장하나, 국세기본법 제13조 제2항 은 “일정한 요건(조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있고, 단체의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유 관리하며, 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 않을 것)을 갖춘 단체가 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받으면 그 단체를 법인으로 보아 국세기본법과 세법을 적용한다”고 규정하고 있는데, 청구교회는 2006. 2. 23. OO세무서장으로부터법인으로 보는 단체로 승인받은 점, 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라목은 “ 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일을 최초사업연도의 개시일로 한다”라고 규정하고 있는데, 청구교회는 쟁점부동산 임대소득 및 양도소득에 대하여 기한 후 또는 정기 법인세 신고를 한 것으로 나타나는 점 등을 종합하면, 처분청이 청구교회가 법인으로 보는 단체가 아니라거나 쟁점부동산이 조OO 개인소유라는 구체적이고 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있는 상태에서 청구교회를 1거주자로 보아 양도소득세를 부과할 수는 없는 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 청구교회를 1거주자로 보아 이 건 양도소득세를 부과처분한 것은 취소함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.