종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면소득이 아님

청구 인은 1994.4.28. 00시 00구 00동 2-번지 대지 19㎡ 와 1999.3.28. 비점유국유지 9㎡ (이하 “종전 부동산”이라 한다)를 취득한 후 동 대지에 〇〇 제1구역주택재개발사업의 조합원으로서 S 제1구역 bb아파트 5동 10호 59.34㎡(이하 “신축주택”이라 한다)를 신축하였다. 청구인은 2002.9.26. 임시사용승인을 받고 2008.8.14. 신축주택을 양도한 후 조세특례제한법 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 의한 감면을 적용하여 2008년 과세연도 양도소득세 4,008,670원과 농어촌특별세 2,193,270원을 예정신고기간 내에 자진신고․납부하였다. 처분청은 신축주택 임시사용승인 전일까지의 기간은 양도소득세 감면대상에서 배제되는 것으로 판단하여 2013.7.10. 그 차액에 대하여 2008년 과세연도 양도소득세 7,444,730원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.07. 이의신청을 거쳐 2014.1.16. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구 인은 국세청의 종전예규(서면4팀-2109, 2005.11.8)에 따라 100% 감면으로 양도소득세를 신고하였으나 처분청이 새로운 예규(재산-227, 2009.1.20.)를 소 급 적용하여 종전 부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득 세를 감면 배제한 것은 신의성실 원칙 및 소급과세 금지 원칙에 위배된다.
• 나. 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 신축주택 감면 규정을 적용함에 있어 종전 부동산을 보유하다가 재개발사업으로 청산금을 납부하고 신축주택을 취득하는 경우, 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용함에 있어 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 에 따 른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하여야 하고, 감면소득금액 계산시 분모의 취득 당시 기준시가는 신축주택의 취득 당시 기준시가를 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하여야 하는 바 종전 부동산의 취득 당시 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정한 처분은 부당하다.

• 가. 국세청 종전예규가 과세특례대상소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변한 것은 아니며 “신축주택의 취득일로부터 5년 내 양도한 양 도소득금 액만을 감면한다”는 법령에 따라 적정하게 신고 납부한 납세자도 다수 있는 것으로 보아 소급과세금지 원칙이나 신의성실 원칙에 위배되지 않는
• 다. 나. 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이고, 종전 주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 종전 주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 본 해석 및 심판례(재산세과-227, 2009.1.20, 조심2010부0415, 2010.9.17. 등 같은 뜻)가 다수 있다.
• 다. 따라서 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때 신축주택을 취득하여 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구 주택(토지)을 취득한 때로부터 신축주택을 양도할 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없으므로 조세특례특별법 시행령 제40조 제1항의 감면산식 중 청구인이 취득한 1994년도의 종전 부동산의 기준시가를 분모의 취득당시 기준시가로 적용하여 감면대상 양도소득을 산정하고 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 새로운 예규에 따라 종전 부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득을 감면 배제한 처분이 신의성실 및 소급과세 금지원칙에 위배되는지 여부 2) 조세특례제한법 제99조의3의 신축주택 감면규정을 적용함에 있어 소득세법 시행령 제166조 제2항에 따른 양도차익을 양도소득금액으로 하고 신축주택 취득당시 기 준시가를 적 용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하여야 하는지 여부

• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제15조 【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 2) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 3) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】<개정 2001.8.14>

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2001.8.14, 2001.12.29, 2002.12.11, 2002.12.30, 2003.5.29, 2005.12.31>

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 생략

③ 생략

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】<개정 2001.8.14>

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 5) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등 <개정 2001.12.31>】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한

• 다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 6) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 양도가액 이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 양도차익 이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 7) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분 계산한다. 8) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

• 다. 사실 관계

1. 청구인은 1994.4.28. 종전 부동산을 취득하고, 2002.9.26. 임시사용승인을 득한 신축주택 SS구역 bb아파트 5동 10호를 2008.8.14. 양도한 후 조세특례제한법 제99조의3 에 근 거하여 신축주택에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2008년 과세연도 양도소득세 4,008,670원, 농어촌특별세 2,193,270원을 신고 납부한 사실이 등기부등본, 양도소득세 과세표준 신고 및 자진납부계산서에 의하여 확인된다.

2. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 의한 감면소득 중 종전 부동산의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2013.7.10. 그 차액에 대하여 2008년 과세연도 양도소득세 7,444,730원을 고지하였다.

• 라. 판단

1. 신축주택 취득 전일까지의 양도소득을 감면 배제한 처분이 신의성실 원칙 및 소급과세 금지 원칙에 위배되는지 여부에 대해 살펴본다.

• 가) 소급 과세금지의 원칙이 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력발생 이전부터 계속되어 오던 사실이 나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대해 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌 바(대법2001두10790, 2004.3.26. 등 다수), 재산-227(2009.1.20.)은 처분청이 양도 당 시 시행되던 법령을 계속해서 적용하면서 이를 명확히 한 것에 불과하고 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니어서 국세기본법상의 소급과세금지의 원칙과는 관계가 없다 할 것이다. 나) 서면 4팀-2109(2005.11.8.)는 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상소득으 로 본다고 직접적으로 표명한 것도 아닌 바, 재산-227(2009.1.20.)을 종전 해석의 변경으로 보기도 어려워 신의성실원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

2. 조세특례제한 법 제99조3 및 동법 시행령 제40조 제1항에 의한 감면소득금액 계산 시 분모의 취득 당시 기준시가를 신축주택의 취득 당시 기준시가로 적용할 수 있는지 여부에 대해 살펴본다.

• 가) 조세 특례제한법 제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규 정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입 법취지가 있는 점, 동법 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵다.
• 나) 과세특례대상 양도소득금액은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시의 기준시가’이고 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이며, 소득세법 시행령 제166조 를 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이다.(조심2010서3102, 2011.8.9. 같은 뜻)

3. 따라서 처분청이 종전 부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 감면 적용대상이 아닌 것으로 보아 분모에 종전 부동산의 기준시가를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.