신축주택 감면 산식에 종전주택의 보유기간이 포함되는지 여부

• 가. 청구인은 1975..28. 구 동 소재 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 도시재개발법에 의해 재개발구역으로 지정되어 관리처분 계획인가 됨에 따라 사용승인일인 2001..31. 구 동 ***아파트(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하였다.
• 나. 청구인은 쟁점신축주택을 2008.3.28. 양도하고, 2008.4.29. 양도소득세 예정신고 시 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여조세특례제한법 (이하 “조특법” 이라 한다) 제99조의3 및 같은법 시행령 제40조 제1항 규정을 적용하면서 분자, 분모상의 “취득당시”를 “신축주택 취득당시”로 해석하고 산출세액 61,714천원, 감면세액 46,173천원, 농어촌특별세 9,234천원으로 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 **지방국세청 업무연락에 따라 신축주택 감면세액 계산의 적정성을 검토하면서 위 규정 분모상 “취득당시”를 “종전주택 취득당시”로 해석하고, 신축주택 양도에 대한 감면세액 신고를 일부 배제하여 2013.5.1. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 28,017,940원을 부과처분 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.5. 이의신청을 거쳐 2013.12.19. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 주위적 청구 1) 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식을 변형하여 산식 중 분모의 취득당시 기준시가에 대해 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것으로 해석한 기획재정부의 조세특례제한법 예규와 국세청 유권해석은 잘못된 것이다.
• 가) 처분청이 임의로 변형한 조세특례제한법 시행령(이하 “조특법 시행령” 이라 한다) 제40조 제1항의 계산식 중 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 기준시가로 계산할 경우 조합원이 종전주택의 감정평가액으로 산출한 권리가액에 따라 청산금을 추가로 납부한 경우 또는 환급받는 경우가 고려되지 아니하고 단순하게 종전주택의 기준시가로만 계산하도록 하여 납세자간 세부담의 형평성에 위배되므로 부당하다.
• 나) 조세법률의 해석에 있어서 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니하므로 법문 그대로 문리해석 해야 하고, 조특법제99조의3 조문을 법문대로 해석하면, 청구인의 경우와 같이 주택재개발사업으로 취득한 신축주택의 양도시에 종전주택 보유기간에 해당하는 양도소득금액에 대하여 감면하지 아니한다는 구절이 없으며, 관련 규정이 제정되어 시행된 1998년 5월부터 2008년 8월까지 10년4개월이 넘는 기간 동안에 ‘감면하지 아니한다.’라고 해석한 사례 없이 신고지도 하고서조특법에 대한 해석을 법률과 시행령을 개정하지 아니하고 예규나 해석으로 변경할 수 없다.
• 다) 소득세법제88조 제2항에서 개발법 등의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 양도로 보지 아니한다고 규정하고 있는 바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전 일까지의 양도소득금액을 구분계산 할 수 없고 양도소득세를 과세할 수도 없다.

2. 기획재정부의 조세특례제한법 예규와 국세청 유권해석은조특법및국세기본법을 위반하여 당연히 무효이다. 가) 조세특례제한법 예규로는 조세특례 감면 및 중과에 관한 사항을 정할 수 없는바, 조특법에서 소득세법상 양도소득금액을 조특법 시행령제40조를 준용하여 계산하도록 한 규정이 없으므로 양도소득금액 계산시 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것으로 해석한 조세특례제한법 예규와 국세청 유권해석은 당연히 무효이다.

• 나) 조특법 및 조특법 시행령에서 위임된 사실이 없음에도 권한 없이 조특법 시행령 제40조 계산식을 자의적으로 임의 변형한 것은 위법이므로 당연히 무효이다.
• 다) 종전주택의 취득당시의 기준시가가 상이한 주택재개발조합의 조합원간 과세의 형평성이 고려되지 아니하여 납세자의 재산권이 부당하게 침해하고 국세기본법을 위반하였으므로 무효이다.
• 라) 국세를 납세할 의무가 확정된 이후에는 새로운 세법에 의하여서도 소급하여 과세하지 아니하고, 새로운 세법 해석의 적용은 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용하도록 규정하고 있는바, 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득 계산식에 취득당시 기준시가를 분자와 분모 모두 신축주택 취득일의 기준시가를 적용한다고 해석하고, 감면소득을 계산하여 양도소득세를 신고했었고, 과세관청도 납세자의 신고내용에 대하여 시인하였으므로 신청인이 신고한 감면소득 계산방식이 세무행정의 관행으로 납세자에게 일반적으로 받아들여진 사실이라 할 것이므로, 처분청이 청구인에게 변경된 예규에 따라 과세한 처분은 세무행정관행의 존중원칙 및 소급과세금지의 원칙과 신의성실의 원칙에 반한 처분으로 취소되어야 한다.
• 나. 예비적 청구

1. 가산세 취소 청구인은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정인 조세특례제한법제99조 제정 이후 10여년 간 시행하여 오던 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하여 신고․납부하였는바, 신고 후 처분청에서 청구인의 신고내용을 시인하였으므로 청구인에게는 과소납부한 귀책사유가 없고, 납세의무를 태만히 한 사실이 없음에도 청구인이 신고납부한지 5년이 지난 후에 예규를 변경하여 과세하면서 4년간의 납부불성실 가산세를 과세한 처분은 부당하다.

• 가. 조특법제99조의3의【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정은 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대한 감면규정이므로 종전부동산 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제함이 타당하며, 국세청 예규 재산세과-227 (2009.

1. 20.)에서도 “단독주택을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우에 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것”으로 해석하고 있다.

• 나. 따라서조특법제99조의3제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 ”신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득” 에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없어, 종전 부동산의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 않는다고 할 것이다.
• 다. 그러므로조특법제99조의3 및 같은 법 시행령 제99조의3에서 양도소득세 감면금액을 계산함에 있어서조특법 시행령제40조제1항의 규정을 준용하도록 명시하고 있으므로 이에 따라 처분청이조특법 시행령제40조제1 항의 규정에 따라 이 건 양도소득세를 계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.
• 라. 청구인에게 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다는 청구주장에 대하여. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지․착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(대법원 2004.6.24 선고, 2002두10780 판결 참조), 이 건의 경우처럼 조세감면 규정을 오인하여 과소납부한 경우 정당한 사유가 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 처분청이 부과한 납부불성실 가산세는 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만 기간의 이자율에 대한 이자성격도 있는 것이므로 납부불성실가산세 부과는 정당하다.

• 가. 쟁 점 1) 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식을 변형하여, 산식 중 분모의 취득당시 기준시가에 대해 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것으로 해석한 기획재정부의 조세특례제한법 예규와 국세청 유권해석은 소급과세 금지 원칙 및 입법취지에 위배된다는 청구주장의 당부(주의적 청구) 2) 청구인의 납세의무를 해태할 수 없는 정당한 사유에 해당하므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 2) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

④ 削除

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정 하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다. 3) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일 까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 5) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 6) 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】

① 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. <개정 2013.1.1>

② 제1항에도 불구하고 조세특례제한법에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감하는 방식으로 규정하는 경우에는 제95조에 따른 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면한다. <신설 2013.1.1> 7) 소득세법 부칙 <제11611호, 2013.1.1.> 제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다. 제14조(양도소득세 감면방식 등에 관한 적용례) 제90조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 신고, 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다. 8) 국세기본법 제47조의4 【납부불성실ㆍ환급불성실가산세】

① 납세의무자(괄호생략)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(괄호생략)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. -단서생략

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 9) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 1) 쟁점신축주택 양도와 관련하여 부동산 등기부등본 및 건축물대장 등에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같으며, 청구인의 소유지분은 131/231이다. (표 생략) 2) 청구인은 쟁점신축주택을 양도한 후 2008.4.29. 양도소득세 신고를 하였는바, 그 내용은 다음과 같다. 조세특례제한법 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정을 적용하여, 아래 계산식에 의해 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득 후 5년 이내의 양도소득금액인 152,574천원을 감면대상 소득금액으로 산정하고, 산출세액 61,714천원 중 46,173천원을 감면세액으로 공제하여 농어촌특별세 9,234천원을 신고․납부하였다. < 청구인의 감면소득 대상금액 > = 양도소득금액 × {(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• (신축주택 취득당시 기준시가)} / {(양도당시 기준시가)

• (신축주택 취득당시 기준시가)} = 206,429,131×{450,000,000-324,480,710 / 497,000,000-324,480,710} = 150,190,961원(신고시에는 152,574,295원으로 신고) 3) 처분청은 이 건 양도소득세 감면소득을 계산하면서 종전주택 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 신축주택 감면을 부인하였는바, 그 계산내역은 다음과 같다. < 처분청의 감면소득금액 > = 양도소득금액 × {(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• (신축주택 취득당시 기준시가)} / {(양도당시 기준시가)

• (종전주택 취득당시 기준시가)} = 206,429,131 × { (450,000,000 - 324,480,000) / (497,000,000 - 66,443,761) } = 60,179,915 원 4) 쟁점신축주택 양도와 관련하여 청구인은 2013.2.15. 처분청에 과세전적부심사 청구를 제기하였고, 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면하는 것이 타당하다는 판단에 따라 2013.2.22. “일부채택” 결정하였으며, 양도소득세 신고 및 과세예고 통지시 결정내역(②) 및 과세전적부심사청구 일부인용에 따른 처분청의 본 건 결정내역(③)은 다음과 같다. (표 생략) 5) 조특법제99조의3【신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】관련 국세청 예규는 다음과 같다. 구분 내 용 종전 해석

○ 서면4팀-2109, 2005.11.8. 조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것임. 현행 해석

○ 재산세과-227, 2009.1.20. 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발 사업에 따라 신축 주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것임.

○ 부동산거래관리과-127, 2011.2.10. 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득세 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것임.

○ 조심 2010부0415, 2010.9.17. 재건축사업으로 종전에 소유하던 주택을 재건축조합에 양도하고 조합원 주택을 취득하였다가 양도한 경우, 신축주택 감면대상 양도차익은 종전 주택취득일로부터 계산하는 것이 아니라 신축주택의 취득일로부터 계산하는 것이 타당함

○ 조심 2010서2935, 2011.6.30. 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아님

• 라. 판단 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년 이후에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있다. 쟁점주택이 조특법 제99조의 3 제1항의 신축주택에 해당된다는 점에 대하여는 다툼이 없으나, 재건축사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이므로, 양도소득세의 감면대상이 되는 취득일부터 5년간 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 한다. 쟁점주택 양도당시의 소득세법 시행령 제166조 제5항 에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 기준시가에 의한 양도차익은 ① 기존건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 ② 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일 전일까지의 양도차익 ③ 신축건물 준공일부터 양도일까지의 양도차익으로 나누어 계산하도록 규정하였으며, 그 이후에 개정된 소득세법 시행령 제166조 제2항 에서도 관리처분계획인가전의 양도차익과 그 후의 양도차익을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있음에 비추어 보면, 조특법 제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일부터 5년간 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 위 ③의 기간에 발생한 양도차익을 의미한다고 판단된다. 신축주택 감면규정은 침체된 주택건설경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년내 양도하는 경우에는 5년간 발생된 양도소득에 대한 양도소득세를 감면한다는 것이므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여는 감면대상이 아니므로 처분청에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여 감면을 배제하고 양도소득세를 경정 고지한 것은 잘못이 없다고 판단된다. 또한, 청구인은 신축주택 감면을 과다신고 하였으며, 처분청에서 감면세액을 부인함으로 인하여 추가 납부할 세액이 발생한 경우 가산세가 부과되지 아니할 정당한 사유가 있다고 보기 어려우며, 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 ‘납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율’로 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.