실거래가액에 의한 양도소득세 예정신고내용을 확정신고기한 경과 후 기준시가로 수정신고를 할 수 없음

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2002.6.20. OO도 OO시 OO면 OO리 1572-49 소재 대 447.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2005.4.6. 청구외 AAA외 1인(이하 “양수인”이라 한다)에게 양도하고, 2005.5.26. 양도가액 230,000,000원, 취득가액 197,815,000원을 실지거래가액으로 하여 양도소득세 2,140,300원을 신고․납부(이하 “쟁점양도소득세 예정신고”라 한다)하였다.
• 나. 청구외 OO세무서장은 양수인의 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고서를 검토한 결과 양수인의 취득가액이 693,000,000원임을 확인하고, OO세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 실가상이 과세자료를 통보하여 처분청은 청구인의 쟁점토지 양도가액을 693,000,000원, 당초 양도소득세 신고서상 취득가액 197,815,000원(청구인은 쟁점토지의 실지양도가액과 취득가액에 대하여는 다투지 않고 있다)으로 하여 2013.4.17. 양도소득세 296,710,240원의 과세예고통지를 하였으나, 청구인은 2013.5.16. 기준시가인 양도가액 228,429,000원, 취득가액 120,933,000원으로 하여 양도소득세 43,722,590원의 수정신고서(이하 “수정신고”라 한다)를 제출하고 납부하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 수정신고를 인정하지 아니하고, 양도소득세를 경정하면서 수정신고 납부세액 43,722,590원을 기납부세액으로 하여 2013.6.1. 2005년 과세연도 양도소득세 252,722,590원을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.30. 이의신청을 거쳐 2013.12.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 2013.5.16. 수정신고를 하였고, 양도 당시 기준시가 228,429,000원을 신고하기 위하여 단순히 230,000,000원의 계약서를 작성하여 첨부한 것임에도 처분청은 국세기본법 제26조의2 제1호 의 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈했다고 하여 부과의 제척기간을 5년이 아닌 10년을 적용하여 청구인에게 결정고지함은 부당하다.
• 나. 구 소득세법 제96조 (양도가액) 제1항 및 동법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) 제1항 제1호 가목 규정에 의거 토지 등의 양도차익은 양도당시 및 취득당시의 기준시가를 양도가액 및 취득가액을 계상하는 것이 원칙이나 동법 제96조(양도가액) 제1항 단서 및 동항 제6호 규정에 의거 “양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 같이 확정 신고 기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우에는 실지거래가액에 의한다.”라고 되어 있는 규정은 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완한 규정으로 보아야 하므로 청구인이 실지거래가액으로 예정신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니하면 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하고 비록 달리 실지거래가액이 확인되더라도 실지거래가액에 의할 것은 아님에도(같은 뜻의 대법99두7227) 처분청은 청구인이 쟁점토지의 당초 양도소득세 예정신고 시 제시한 양도금액과 다른 실지 양도금액 693,000,000원이 확인되었다하여 양도차익을 기준시가로 계산하지 아니한 처분은 부당하다.
• 다. 구 소득세법 제96조 (양도가액) 제1항 제6호의 규정은 그 취지로 보아 실지거래가액에 의한 양도차익이 기준시가에 의한 것보다 낮아 납세자에게 유리한 경우를 전제로 하는 것으로 양도자의 신고가 있으면 어떤 경우이든 그 실지거래가액을 조사하여 조사된 가액을 기초로 하여 양도소득세를 부과할 수 있다는 취지는 아닌 것으로 보아야 하므로 동 단서의 규정은 양도자가 양도소득세 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액에 의하되 그 확인된 가액에 의하여 산정한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산정된 양도소득세를 초과하지는 못하는 것으로 해석함이 타당(같은 뜻의 고등법원 판결 후 직권 결정 취소․소취하로 종결된 사건으로 부산고법 2008누1597)함에도 처분청은 청구인이 쟁점토지의 당초 양도소득세 예정신고시 제시한 양도가액과 다른 실지 양도가액을 확인하였다 하더라도 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세를 초과하지 못함에도 처분청은 청구인이 국세기본법 제45조 제1항 에 의거 양도당시 및 취득당시의 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 양도차익을 계산하여 수정신고한 과세표준 및 세액에 대하여 처분청에서 확인한 실지양도가액 693,000,000원으로 양도차익을 계산한 처분은 부당하다.

• 가. 구 국세기본법 제26조의2 (국세부과의 제척기간) 제1항 제1호에 의하면, “납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10연간”으로 규정하고 있으며 청구인의 경우 허위계약서에 의하여 양도소득세를 신고납부한 사실이 있음은 부인할 수 없는 사실로서 이 건 부과처분은 정당하다.
• 나. 청구인은 과세예고통지를 받고 당초 기준시가로 양도·취득가액을 산정하여 신고납부하고, 누구의 도움 없이 스스로 양도소득세를 신고 납부하였다고 주장하고 있으나, 구 소득세법 제96조 및 같은법 제114조에 의하면 청구인은 쟁점부동산의 양도로 인한 과세표준과 세액을 신고함에 있어서 임의로 소득 계산의 방법을 선택한 것으로 신고한 양도가액이나 취득가액의 오류 등에 대한 수정신고나 경정청구는 할 수 있으나, 소득계산의 방법 자체를 변경하는 수정신고는 불가하여 수정신고의 효력이 없으므로 구 소득세법 제96조 에 의거 양도소득세를 신고한 경우 당해 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액으로 하여 양도소득세과세표준 및 세액을 경정할 수 있으므로 허위계약서에 의한 양도가액을 부인하고, 확인된 실제거래가액으로 경정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 쟁점양도소득세 예정신고에 대하여 부과제척기간 10년을 적용한 처분의 당부

2. 쟁점양도소득세 예정신고분에 대하여 기준시가로 수정신고할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

1. 구 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】 [2006.12.30. 개정전 규정]

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에관한법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10연간 (이하 생략)

2. 구 국세기본법 제45조 【수정신고】 [2008.2.29. 개정전 규정]

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때 (이하 생략)

3. 구 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 [2005.12.31. 개정전 규정]

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (이하 생략)

4. 구 소득세법 제96조 【양도가액】 [2005.12.31. 개정전 규정]

① 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

1. ～ 5. (생략)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (이하 생략)

5. 구 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 [2005.12.31. 개정전 규정]

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. (이하 생략)

6. 구 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】 [2005.12.31. 개정전 규정]

① (생략)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ (생략)

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조제1항제6호 및 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 처분청은 청구인에 대한 2005년 과세연도 양도소득세 252,722,590원와 관련된 양도소득세 결정결의서를 제시하고 있다.

2. 청구인과 양수인과의 2005.2.28.자 부동산매매계약서를 제시하고 있으며, 쟁점토지에 대하여 매매대금 693,000,000원으로 하고, 잔금 193,000,000원은 2005.3.31. 지불하는 것으로 되어 있으며, 청구인은 이에 대하여 다투지 않고 있다.

3. 실지거래가액에 의한 청구인의 2005.5.26.자 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서(예정신고)를 제시하고 있으며, 쟁점토지와 관련하여 다음의 서류가 첨부되어 있다.

• 가) 2005.3.31.자 청구인과 양수인의 매매대금 230,000,000원의 부동산매매계약서
• 나) 2002.3.18.3자 청구외 ㈜OO건설과 매수인 청구인의 매매대금 197,815,000원의 부동산 매매계약서(검인)
• 다) 2002.6.20.자 등록세 5,934,450원과 취득세 3,956,300원 영수증
• 라) 양수인이 쟁점토지의 매매대금이 230,000,000원이라는 2005.3.31.자 거래사실확인서와 청구인․AAA․BBB 인감증명서

4. 청구인의 양도소득세 결정(경정) 결의서 겸 과세자료전

5. 청구인은 청구 주장의 입증을 위하여 다음의 증빙을 제시하고 있다.

• 가) 양도차익 예정신고 또는 양도소득세 과세표준 확정신고의 신고가액이 실지거래가액과 다른 사실이 확인된 경우, 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정할 수 있는지에 대한 대법원 99두7227(2000.4.11.) 판결문을 제시하고 있으나, 소득세법 중 개정법률(법률 제6557호, 2001. 12. 31.) 제114조 단서를 신설하였는바, 그 내용은 “거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.”는 것으로 이는 “납세자가 실가신고를 선택하여 허위로 신고한 경우 과세관청이 조사․확인한 실가에 의해 경정한 것에 대하여 기준시가로 과세하여야 한다는 대법원 판결(2000두4392, 2000.11.10. 등)이 반복되고 있는 점을 감안한 법체계 정비”라는 개정취지에 따른 사실이 확인되고 있어 2005.4.6. 양도된 이 건은 당연히 개정세법의 단서가 적용되는 것이므로 청구인이 제시하고 있는 대법원의 판결 내용이 적용될 사항은 아니다.
• 나) 청구인은 부산고등법원 2008누1597(2008.11.7.) 판결내용을 제시하면서 “양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액에 의하되, 다만 그 확인된 가액에 의하여 산정한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세를 초과하지는 못하는 것으로 해석함이 상당하다.”는 주장이나, 이후 대법원2007두26520(2010.5.13.)에서 “구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서가 기준시가 과세원칙의 예외로서 실지거래가액에 의하여 신고할 수 있는 종기를 양도소득과세표준 확정신고기한까지로 규정하고 있는 취지, 양도소득과세표준 예정신고와 확정신고의 관계 등에 비추어 보면, 이 사건 단서 규정 소정의 ‘제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우’라 함은 양도소득과세표준 확정신고기한까지 실지거래가액에 의한 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고의 효력이 유지되고 있는 경우를 의미한다고 봄이 타당하므로, 양도자가 사실과 다른 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고만을 한 상태에서 확정신고기한이 경과한 이상 관할세무서장 등은 확인된 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 있고, 양도자가 확정신고기한 경과 후에 기준시가에 의하여 수정신고를 하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.”라고 판결하고 있어 청구인이 제시하고 있는 부산고등법원의 판결 역시 대법원2007두26520(2010.5.13.)의 판결로 그 효력이 상실된 것으로 이 건에 적용될 사항으로 볼 수 없다.
• 라. 판 단

1. 쟁점양도소득세 예정신고 당시 기준시가 228,429,000원을 신고하기 위하여 단순히 230,000,000원의 계약서를 작성하여 첨부한 것으로 부과제척기간 10년을 적용할 수 없다는 주장에 대하여 보면, 취득가액 내지 양도가액을 임의로 과대 내지 과소하게 기재한 허위의 이중 매매계약서를 작성하여 세무서에 제출한 경우 사기 기타 부정한 행위로써 양도소득세를 포탈한 경우에 해당하므로 10년의 부과제척기간이 적용되는 것(대법원 2011두13200, 2011.9.29.)으로 청구인이 쟁점양도소득세 예정신고서에 2005.3.31.자 매매대금 230,000,000원의 부동산매매계약서를 제출한 점, 처분청이 제시하고 있는 2005.2.28.자 매매대금 693,000,000원의 부동산매매계약서를 제시하고 있는 점, 청구인 역시 이 두 부동산매매계약서에 대하여는 다투고 있지 않은 점에 비추어 볼 때 청구인이 쟁점양도소득세 예정신고서에 매매대금 230,000,000원의 부동산매매계약서를 제출한 것은 양도소득세를 포탈하기 위하여 허위의 이중매매계약서를 제출한 경우에 해당하여 10년의 부과제척기간을 적용한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점양도소득세 예정신고 당시 제시한 양도가액과 다른 실지 양도가액을 확인하였다 하더라도 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세를 초과하지 못하므로 청구인의 수정신고를 부인한 처분은 부당하다는 주장에 대하여 보면, 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서가 기준시가 과세원칙의 예외로서 실지거래가액에 의하여 신고할 수 있는 종기를 양도소득과세표준 확정신고기한까지로 규정하고 있는 취지, 양도소득과세표준 예정신고와 확정신고의 관계 등에 비추어 보면, 이 사건 단서 규정 소정의 ‘제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우’라 함은 양도소득과세표준 확정신고기한까지 실지거래가액에 의한 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고의 효력이 유지되고 있는 경우를 의미한다고 봄이 타당하므로, 청구인이 사실과 다른 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고만을 한 상태에서 확정신고기한이 경과한 이상 처분청은 확인된 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 있고, 청구인이 확정신고기한 경과 후에 기준시가에 의하여 수정신고를 하였다고 하여 달리 볼 수는 없는 것(대법원2007두26520, 2010.5.13.)으로 청구인의 2013.5.16.자 수정신고를 부인하고 실지거래가액으로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.