토지 및 건물을 일괄양도하면서 매매계약서에 기재된 건물가액 ‘0원’을 실지거래가액으로 보아 양도소득세를 경정한 처분의 당부

○○세무서장이 2013.10.1. 청구인에게 한 2011년 과세연도 양도소득세 146,745,650원의 부과처분은 이 건 과세대상 부동산(○○시 ○○구 ○○동

○○번지 토지 7,541㎡, 건물 4,428.31㎡)의 총 양도가액을 토지와 건물의 감정가액으로 안분하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 1973.9.28. ‘○○시 ○○구 ○○동 ○○번지’ 토지 7,541.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다.)와 건물 4,428.31㎡(5호)(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점 토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 2011.12.30.

□□에

○○○백만원에 일괄 양도하면서 매매계약서에 건물가액은 ‘0원 ’으로 기재하였다. 청구인은 2012.1.30. 양도소득세 신고시 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액 ○○○백만원을 기준시가로 안분하여 토지가액 ○○백만원, 건물가액 ○○백만원으로 양도소득세 신고하였다.

○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다.)은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 부동산매매계약서에 구분기재된 토지가액 ‘○○○백만원’과 건물가액 ‘0원’을 실지거래가액으로 보아 이 건 양도소득세 147백만원을 결정 하였고, 청구인은 이에 불복하여 2013.11.27. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점부동산의 양수인은 종교단체로 쟁점건물 취득시 부담한 부가가치세를 환급받을 수 없어 매매계약 전에 건물가액을 ‘0원’으로 하거나 최소화해야한다는 조건을 전제로 하였고, 이에 따라 매매계약서 작성시 건물가액을 ‘0원’으로 기재하였으나, 청구인은 쟁점건물의 부가가치세가 불안하여 ‘건물 부가가치세가 과세될시 매수인의 책임과 계산으로 이를 처리하고 해결하기로 한다’고 부기하였다. 쟁점건물은 40여 년 간 공장 및 임대용부동산으로 사용하던 건물로 노후하여 전체 양도가액에서 쟁점건물가액이 차지하는 비율은 낮으나, 매매일 현재 건물기준시가가

○○ 백만원에 해당하고, 양수인이 담보제공 목적 으로 요청한 감정평가서에도 ○○백만원으로 평가되어 있다. 또한, 2011년 재무상태표에도 건물가액이

○○ 백만원으로 평가되어 있고, 2011년 귀속 재산세 과세표준액이 ○○백만원인 점을 볼 때 계약서상 건물가액 ‘0원’은 극히 임의적이고 주관적인 가액으로 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다. 쟁점부동산의 등기부등본을 살펴보면 양수인은 2011.9.6. 쟁점토지와 건물을 공동담보로 채권최고액

○○ 백만원의 근저당을 설정하였는데 쟁점건물이 공동담보로 설정된 사실을 볼 때, 쟁점건물의 가치를 ‘0원’이라는 처분청의 주장은 타당하지 않다. 양 수인이 쟁점건물을 취득 후 철거하고 새로운 건물을 신축할 의도로 쟁점부동산을 취득하였다 하더라도 청구인의 양도소득세와는 관련이 없는 양수인의 사정일 뿐이므로 이를 근거로 건물가액을 ‘0원’으로 볼 수 없다. 처분청은 청구인이 양도소득세 신고 시 산정한 건물가액에 대해 부가가치세를 무신고한 것은 건물가액이 ‘0원’임을 청구인 스스로 인정한 것이라고 주장하나, 무신고한 부가가치세는 결정하면 되는 것이지 이를 근거로 적법하게 신고한 양도소득세를 경정하는 것은 실질과세원칙에 위배되고, 부가가치세보다 4천만 원 정도 많은 양도소득세를 추징하려는 의도로 볼 수밖에 없다. 양도소득세는 자진신고․납부하는 세목으로 청구인은 법이 정한 범위 내에서 절세를 위한 합리적인 선택을 할 권리가 있으므로 이에 따라 기준 시가로 안분하여 기한내 양도소득세를 신고․납부하였으므로 이를 인 정 하고, 무신고한 쟁점건물에 대한 부가가치세는 법에 따라 결정되어야 한다.

청 구인은 양수인과 합의하에 작성한 계약서에 건물가액을 ‘0원’으로 구 분 기재하였음에도 양도소득세 신고 시에는 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법 시행령에 따라 과세표준을 안분계산하여 신고하고, 건물에 대한 부가가치세는 건물가액을 ‘0원’으로 보아 무신고하여 동일한 사안에 대하여 서로 상반된 입장을 취하고 있으므로 청구주장은 타당성이 없는 것이며 도리어 건물가액이 ‘0원’임을 자인하고 있는 것이다. 또한, 현장 확인한 바, 쟁점건물은 50년 상당의 노후 건물로 건물 외곽은 철거를 위해 펜스로 둘러져 있었고, 건물 내부는 공가상태로 출입문은 폐쇄 되어 있어 멸실을 위한 비용이 소요될 뿐이므로 건물로서의 실질적 가치는 계약서 내용과 같이 ‘0원’으로 봄이 타당하다.

• 가. 쟁점 토지 및 건물을 일괄양도하면서 매매계약서에 기재된 건물가액 ‘0원’을 실지거래가액으로 보아 양도소득세를 경정한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(안분계산)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.

3. (구) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공 급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건 물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인의 쟁점부동산 등기부등본과 매매계약서에 의하면, 청구인은 1973.9.28. 쟁점부동산을 취득하여 보유하다가 2011.12.30. 양도한 것으로 확인 되고, 양수인 ‘□□’과 작성한 부동산매매계약서에 토지가액 ‘○○○백만원’, 건물가액 ‘0원’으로 기재하였다.

2. 국세통합전산망 조회결과, 청구인은 쟁점부동산 소재지에서 부동산임대업을 영위하다가, 쟁점부동산 양도 후 2011.12.31.자로 폐업하였고, 쟁점건물에 대한 부가가치세는 신고하지 아니하였다. 3) 청구인이 2012.1.30. 신고한 양도소득세 신고서에 의하면, 총매매가액

○○○백만원을 쟁점건물과 그 부수토지의 기준시가로 안분하여 토지가액

○○ 백만원, 건물가액

○○ 백만원으로 신고한 것으로 확인된다. 4) 처분청은 청구인에 대한 세무조사 결과 쟁점건물 및 부수토지의 매매계약서에 기재된 토지가액 ‘○○○백만원’, 건물분 매매가액 ‘0원’을 실지 거래가액으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였고, 처분의 근거는 다음과 같다.

• 가) 청구인은 양도소득세 신고시 부가가치세법 시행령 제48조의2 규정에 따라 과세표준을 안분계산하여 양도소득세를 신고 납부한 것이 정당하다고 주장하면서도 부가가치세는 건물가액을 ‘0원’으로 보아 무신고함으로써 서로 모순된 주장을 하고 있다. 나) 현장확인 당시 확인한 바에 의하면 쟁점 건물은 50년 상당의 노후 건물로 양수인이 취득과 동시에 철거하고 신축할 예정이었으며, 건물 내부는 공가상태로 외곽은 철거를 위해 펜스로 둘러져있고, 출입문은 폐쇄되어 있었다. 5) 위 쟁점부동산의 매매거래와 관련하여 처분청이 제시한 서류의 내용은 다음과 같다.
• 가) 2011.7.26. ○○구청장이 발급한 토지거래계약허가증 허가 사항 대상권리: 매매에 의한 소유권이전 예정금액(원): ○○○ 번호 소재지 지목 면적(㎡) 이용목적 법정 현실 1

○○동 ○○번지 장 장 7,514.5 복지편익시설용 (매수인이 교회를 신축하여 직접 이용) 정착물 종 류 내 용 예정금액(원) 공장

1. 0/1 공장 254.22㎡ 2) 0 /3 공장, 보이라실, 수위실, 창고 1,238,76㎡ 3)0/1 공장, 변소, 변전실, 창고 984.84㎡

4. 0/1 사무용, 공장, 변소, 창고 437.19㎡

5. 1/2 공장, 숙직실, 창고 976.12㎡ 0

• 나) 2013.6.3.~2013.7.2.20. 조사기간 중 확인한 쟁점부동산 현황(사진생략)

6. 청구인이 쟁점계약서에 기재된 총 매매가액 ○○○백만 원과 건물분 매매가액 ‘0원’을 부인하고 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 양도소득세 신고한 근거는 다음과 같다. 가) 쟁점부동산에 대하여 2011.7.8. 담보물평가 목적으로 ○○은행 ○○지점의 요청에 따라

○○ 감정평가법인이 작성한 감정평가서 구분 면적(㎡) ㎡당 가액(원) 평가가액(원) 토지 7,541.5

○○

○○ 건물 2,793.5

• ○○ 계

○○○ 나) 2011.9.6 양수인 □□는 청구인을 채무자로, 쟁점토지와 쟁점 건 물을 공동담보로 하여 채권최고액

○○ 백만 원에 대하여 근저당권을 설정 하였다.

• 다) 청구인의 2011.12.31. 현재 재무상태표 재무상태표 제 48기 2011년 12월 31일 현재 제 47기 2010년 12월 31일 현재 회사명:

○○○○ (단위: 원) 과목 제 48(당)기 제 47(전)기 금 액 금 액 Ⅱ. 비 유 동 자 산 (2)유 형 자 산 건 물 감가상각누계액 182,842,063 12,665,292 170,176,771 182,842,063 9,137,394 173,704,669

• 라) 2013.7.17. 국세청고객만족센터 질문에 대한 회신 상담 내용 안녕하십니까? 국세행정에 대한 관심과 협조에 감사드립니다. 양도가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 여러 필지의 토지 또는 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우로서 가액 구분이 불분명할 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 감정가액이 있는 경우에는 감정가액, 감정가액이 없는 경우에는 기준시가에 의하여 안분계산하는 것입니다.(소득세법 시행령 제166조 제6항) 한편, 토지와 건물의 양도가액이 구분기재되었다 하더라도 그 구분기재된 건물과 토지의 양도가액이 임의기재이거나 정상적인 거래 등에 비추어 사실상 합당하다고 인정되는 경우가 아닌 경우에는 그 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 소득세법 시행령 제166조제6항 의 규정에 따라 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정(감정평가가액이 없는 경우에는 기준시가에 의함)에 의하여 안분계산하여 필지별 양도가액을 산정하는 것이며, 이에 해당되는지 여부는 관할세무서장이 사실조사하여 판단할 사항입니다. 귀 사례의 경우 매매계약서에 구분하여 기재한 건물양도가액 ‘0원’은 임의기재한 가액으로서 정상적인 거래 등에 비추어 합당한 가격이 아니므로 상기와 같이 기준시가 등에 의하여 토지와 건물가액을 안분계산하여 양도소득세를 과세함이 타당한 것으로 판단됩니다. 관련 법령 소득세법 제96조 소득세법 시행령 166조 *본 답변은 신청자가 제시한 자료만을 근거로 작성하였으며, 법적효과를 갖는 유권해석(결정, 판단)이 아니므로 각종 신고, 불복청구 등의 증거자료로서의 효력은 없습니다.

7. 쟁점부동산의 매매계약서 제8조 (건축물의 양도가액 및 건물분 부가가 치세)에는 ‘매수인은 매수물건상의 건축물을 명도완료와 동시에 매수인의 비용부담으로 철거하여 새로운 건물을 신축할 예정으로 본 물건을 매수 하므로 건물의 가액은 0원으로 한다. 다만, 건물가액을 0 원 으로 매매쌍방 이 합의했음에도 건물분 부가가치세가 과세될시 매수인의 책임과 계산으로 이를 처리하고 해결하기로 한다’고 규정하고 있다.

8. 쟁점부동산의 양도일인 2011.12.30. 이후 쟁점건물 소재지의 사업자등록내역을 조회한바 다음과 같고 CCCC 대표자 허

○○ 와 유선통화 하여 확인한 바, 2013.10월까지 해당 지번에서 사업을 영위하다가 이전한 상태이고, 건물을 관리해주는 조건으로 무상사용하였 다고 진술하였다. 상호 사업자등록번호 업종 폐업일 비고 AAAA -- 제조/기타제철제강 2012.12.31. 직권폐업 BBBB -- 도매/무역 2012.12.31. 직권폐업 CCCC -- 도소매/음료 계속사업자 9) 쟁점부동산의 관할구청인 ○○구청에 조회한 결과, 쟁점건물의 재산세 과세내역은 다음과 같다. (단위: 원) 과세연도 과세표준 재산세(건축물) 비 고 2012 242,565,456 1,593,200 2013 245,103,562 1,610,170

• 라. 판단 처분청은 쟁점건물이 노후한 건물로, 양수인이 취득 후 철거할 예정이며 공가상태이므로, 매매계약서에 기재된 ‘0원’을 실지거래가액으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점건물은 심리일 현재까지도 멸실되지 아니하였고, 쟁점건물 소재지에 사업자등록된 임차인이 2013.10월까지 쟁점건물의 일부를 사업장으로 실제 사용 하였다고 진술한 점, 2012년과 2013년 쟁점건물의 재산세 과세표준액이 243백만원, 245백만원으로 확인되는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점건물의 가액을 ‘0원’으로 보기는 어렵다 할 것이다. 한편, 청구인은 매매계약서에 기재된 토지와 건물의 가액은 임의로 기재한 것으로 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하므로 부가가치세법 시행령 제48 조의2 규정에 따라 토지와 건물의 양도가액을 기준시가로 안분계산함이 타당하다고 주장하나, 소득세법 제100조 제2항, 동법시행령 제166조 제6항 및 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항에 따르면 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분 표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 기준시가에 비례하여 안분계산하되 감정평가가액이 있는 경우 그 가액에 비례하여 안분계산한 건물가액을 실지거래가액으로 하는 것인바(조심2013서0764, 201305.13. 참조), 쟁점부동산의 경우 매매계약서 작성일과 부가가치세법상 동일한 과세기간에 속하는 2011.7.8.에 (주)

○○ 감정평가법인이 평가한 감정평가가액이 존재하므로 이를 기준으로 토지가액과 건물가액을 안분하여 과세표준과 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.