신축주택 취득자의 감면소득금액 계산시 분모의 취득당시의 기준시가는 종전주택의 기준시가를 반영하여 계상함.

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2000.12.

6. 서울시 ○○동 소재 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득한 후, 재건축으로 2003.8.30. 서울시 ○○동 소재 아파트 108-801(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하 다가, 신축주택을 2011.5.6. 양도가액 447,000천원에 양도하고조세특례제한법 제99조의3의【신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】규정에 따라 감면세액을 22,838,879원으로 하여 2011.6.2. 양도소득세 예정신고를 하였다.

• 나. ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 ○○지방국세청의 ‘신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적정 여부 기획점검 업무 지침(2013.2.28)’에 따라,조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 감면을 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득(준공 전 양도소득)은 감면 소득에 해당되지 않는 것으로 보아, 청구인에게 2013.6.3. 2011년 과세연도 양도소득세 14,088,430원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013.10.29. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득세액을 계산함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에, 과세대상 소득금액에서 차감하는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 조세특례제한법 제99조의3 제2항, 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 전체 양도소득금액을 계산하였다. 양도소득금액 × 양도당시 기준시가

• 사용승인일 기준시가 양도당시 기준시가

• 구주택 취득당시 기준시가

• 나. 그러나 과세관청은 감면대상 양도소득세액을 계산함에 있어서, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 계산식을 준용한 바, 동 규정은 신축주택 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우 그 5년이 되는 시점에 실지거래가액이 존재하지 않아 이를 기준시가로 안분하기 위한 것일 뿐이므로, 과세관청은 위 계산식의 분모와 분자에서 공통으로 공제할 ‘취득당시 기준시가’를 아무런 법적근거 없이 분모의 ‘취득당시 기준시가’에는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 대입한 반면, 분자의 ‘취득 당시 기준시가’에는 ‘신축주택의 취득 당시 기준시가’를 대입하여 본인이 신축주택을 취득하기 위하여 납부한 조합원 분담금 143,432천원이 분모에서 공제되지 않아 분모금액이 과대산정된 바, 이는 감면대상 양도소득금액이 부당하게 과소산정된 것이다.

• 가. 조세특례제한법 제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정 은 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도 소득세를 감면하도록 명확히 규정되어 있으며, 국세청 법규과-684 (2012. 6.18) 외 예규 및 다수 심판결정 등에서도 재건축주택의 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당되지 아니한다고 일관된 입장을 취하고 있다. 따라서, 재건축 사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우에는 사용승 인 이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이므로 양도소득세 감면대상이 되는 소득금액은 신축주택의 취득일부터 양도시까지 발생한 소득을 의미한다고 봄이 타당하다.
• 나. 또한 조세특례제한법 제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정 의 제정 취지 및 합목적성(침체된 주택시장의 활성화)에 비추어 종전주택의 양도소득금액을 감면대상 소득금액에서 배제하는 것이 타당하다. 위와 같이 조세특례제한법 제99조의3 규정, 국세청 해석 등, 법의 합목적성 및 형평 등에 비추어 종전주택의 양도소득금액을 감면배제한 당초 처분은 정당 하다.

• 가. 쟁점 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면 배제한 처분의 적정 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.(단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액 이라 함은 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 양도소득금액 이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 4) 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】

① 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준 에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

② 제1항에도 불구하고 조세특례제한법에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감하는 방식으로 규정하는 경우에는 제95조에 따른 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면한다. * 부칙 14조(2013.1.1): 제90조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 신고, 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다. 5) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 6) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

② 법 제114조 제5항에서 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × (취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가)

• 다. 사실관계

1. 청구인의 이의신청 결정문에서 확인된 사실관계는 다음과 같다.

○ 신축주택의 부동산 등기사항전부증명서와 건축물대장에 의하면, 신청인은 종전주택을 2000.

6. 취득한 후, 종전주택이 재건축됨에 따라 2003.8.30. 신축주택에 대한 사용승인을 받은 것으로 나타난다.

○ 국세통합시스템에 의하면, 신청인은 2011.

5.

6. 신축주택을 447,000,000원에 양도(취득가액: 215,432,486원, 이상 실지거래가액)하고, 2011.

6.

2. 양도소득세 과세표준 예정신고시조세특례제한법제99조의3 규정을 적용한 감면세액 22,838,879원을 산출세액에서 공제하여 2011.

6.

22. 양도소득세 18,608,650원을 자진납부하였다.

○ 더불어 신청인은 신축주택에 대한 양도소득세 예정신고시, 신축주택 취득 후 5년간 발생한 감면대상 양도소득금액을 다음 산식에 따라 88,712,119원으로 산정하였다. < 신청인의 감면소득금액 산정 내역 > 163,492,958원 (양도소득금액) × 313,000,000원 (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• 269,107,093원 (신축주택 취득당시의 기준시가) 350,000,000원 (양도당시의 기준시가)

• 269,107,093원 ※ (신축주택 취득당시의 기준시가) ※ 위 산식 중 분모의 취득당시 기준시가는 “신축주택의 취득당시 기준시가”를 적용함

○ 반면 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당되지 않는 것으로 보아, 다음 산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 23,390,346원으로 경정하였다. < 처분청의 감면소득금액 산정 내역 > 163,492,958원 (양도소득금액) × 313,000,000원 (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• 268,317,433원 (신축주택 취득당시의 기준시가) 350,000,000원 (양도당시의 기준시가)

• 37,679,481원 ※ (종전주택 취득당시의 기준시가) ※ 위 산식 중 분모의 취득당시 기준시가는 “종전주택의 취득당시 기준시가” 를 적용함

2. 청구인의 신축주택 양도와 관련하여 양도소득세 결정내용은 다음과 같다. (단위: 원) 구 분 청구인 신고내용 처분청 경정내용 양도가액 447,000,000 447,000,000 양도차익 224,563,184 224,563,184 양도소득금액 163,492,958 163,492,958 소득감면대상소득금액

• 23,390,346 양도소득 기본공제 2,500,000 2,500,000 과세표준 160,992,958 137,602,612 산출세액 41,447,535 33,260,914 감면세액 22,838,879 0 결정세액 18,608,656 33,260,914

• 라. 판단 청구인은 신축주택에 대한 감면소득을 계산함에 있어 분모의 취득당시의 기준시가는, 청구인이 신축주택을 취득하기 위해 추가분담금을 부담한 사실이 있으므로 신축주택 취득당시의 기준시가로 하여야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴보면, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 같은 법 시행령 제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 규정한 산식〔양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)〕에는 청산금을 반영하도록 규정하고 있지 아니한 점(조심 2013서2677, 2013.7.9. 같은 뜻) 등으로 비추어 볼 때, 처분청에서 청구인의 감면소득을 계산함에 있어 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 기준시가를 반영하여 계산한 것은 달리 잘못이 없다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.