과세관청이 종전 예규의 해석을 변경하여 양도소득세를 과세한 것은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배된 것이라는 청구주장은 부당함

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구인은 1994.11.11. OO OO OO (이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재개발로 인해 OO OO OO 0000 QQ아파트 000동 0000호 00.00㎡(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2002.9.26. 임시사용승인을 받았고, 2007.12.7. 신축주택을 000,000,000원에 양도한 후 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 조세특례제한법 (이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정에 의거 2008.2.28. 2007년 과세연도 양도소득세 0,000,000원을 전액 감면신청하고 양도소득세 감면에 따른 농어촌특별세 0,000,000원을 예정신고 납부하였다. WW세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 조특법 제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아니라고 보아 이를 당초 감면세액에서 차감하고 2013.4.22. 청구인에게 2007년 과세연도 양도소득세 0,000,000원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.1. 이의신청을 거쳐 2013.10.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 조특법 제99조의3 신축주택 감면에 대한 예규를 변경하여 과세함은 신의성실 및 소급과세금지의 원칙에 위배된다. RRR의 EEEEEEEEEE0E-0000(2005.11.8.)에 따르면 준공일로부터 5년내 양도하는 경우 양도차익 전체금액이 감면되고 5년이 경과한 이후에는 조특법 제40조에 의한 산식의 감면비율에 해당하는 양도차익이 된다는 공적인 의사표시가 있었고, 이에 따라 청구인은 100% 감면 신청하였고, 처분청은 새로운 예규를 들어 이 건 양도소득세를 고지한 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.
• 나. 소득세법 시행령 제166조 에 따라 청산금 납부분 양도차익과 종전 건물분 양도차익으로 나누어 청산금 납부분 양도차익은 전액 감면대상 소득으로 보고 종전건물 양도차익에 대해서만 기준시가 비율로 안분하여 감면소득금액을 재계산하여야 한다. 청산금 납부분에 대한 양도차익은 신축주택 취득일 이후 양도차익이므로 세액감면은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 직접 차감하는 방식으로 계산하여야 하며, 당초 신고시 농어촌특별세를 납부한 금액을 양도소득세를 납부한 걸로 보아 양도소득세 가산세 산정시 차감하여 계산하여야 한다(조심 참고). 소득세법 제166조 제2항 제1호 에 따르면 주택재개발사업에 따라 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 관리처분인가 전 양도차익과 관리처분 인가후 양도차익으로 구분하여 산정하고 청산금을 납부하여 취득한 신축주택의 관리처분계획인가 후 양도차익은 청산금 납부분 양도차익과 기존부동산 양도차익으로 구분하여 규정하고 있다. 청산금을 납부한 신축주택의 경우 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산할 때에는 조특법 제40조의 감면소득금액 계산시 분모의 취득시 기준시가에 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면대상 소득금액을 산정하여야 하므로 이 건 양도소득세의 감면대상 소득금액을 재계산하여야 한다.

• 가. RRR EEEEEEEEEE0E -0000(2005.11.8)의 공적인 의사표시에 의거 하여 조특법 제99조의3 제1항에 의거하여 감면을 적용하여 양도소득세 신고납부를 이행한 바 처분청이 새로운 예규를 들어 양도소득세를 고지 한다는 것은 신의성실원칙 및 소급과세금지 원칙에 반한다는 주장에 대한 의견이다. 조특법 제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축·재개발 포함)의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로, 구주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은 조특법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정 하고 있는 산식{양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준 시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용하고 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 (완공일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하므로 당초 처분은 정당하다. 청구인이 종전의 해석(0000, 2005.11.8)을 제시하면서 종전주택에서 발생하는 양도소득금액도 감면대상이라고 주장하지만, 당해 해석은 감면이 적용 되는 양도소득금액을 계산함에 있어 신축주택의 취득일(사용검사필증교부일, 사실상의 사용일 및 임시사용승인일 중 빠른 날)에 대한 회신으로 보이는 반면, 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상 소득으로 본다고 직접적으로 표명한 것은 아니므로 이 건 경정처분이 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 반하는 처분은 아니라고 판단된다.(심사 참조)
• 나. 청산금을 납부하여 취득한 신축주택의 감면대상 소득금액을 재계산하여야 한다는 주장에 대한 의견이다. 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 규정 적용 시 신축주택 취득일(2002.09.26 사용승인일)이후 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생하는 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 직접 차감하는 방식인 소득금액 차감방식을 적용하여 처분하였으며, 기 납부한 농특세 납부액 중 이 건 경정처분으로 감면세액이 줄어들어, 환급될 농특세액 만큼 양도소득세를 납부한 것으로 보아 양도소득세 납부불성실 가산세 결정시 가산세 미달납부세액에서 제외하여 적의 결정하였다.

• 가. 쟁점

1. 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득세에 대한 과세특례적용을 배제한 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되었는지 여부

2. 조특법 제99조의3의 신축주택 감면규정을 적용함에 있어 청산금 납부분 에 대한 양도차익을 구분하여 조특법 시행령 제40조의 감면소득 계산시 분모의 취득시 기준시가를 신축주택의 취득당시 기준시가를 적용하여야 하는지 여부

• 나. 관련법령

1. 조세특례제한법(2008.2.29. 8852호 개정전의 것)제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령(2008.1.11. 20544호 개정전의 것)제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 3) 조세특례제한법 시행령(2008.1.11. 20544호 개정전의 것) 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

4. 소득세법(2008.2.28. 8852호 개정 전의 것) 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

5. 소득세법(2008.2.28. 8852호 개정 전의 것) 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환 산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 6) 소득세법 시행령(2008.2.22. 20618호개정전의 것)제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전양도차익"이라 한다)

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관 리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

• 다. 사실관계

1. 청구인이 2008.2.29. 자진신고한 양도소득세 신고서에 의하면 청구인은 신축주택을 양도하고 양도가액 000,000,000원, 취득가액 000,000,000원, 양도차익 00,000,000원, 장기보유특별공제 0,000,000원, 감면소득금액 00,000,000원(양도소득세 100%감면)으로 신고하면서 양도소득세 감면관련 농어촌특별세 0,000,000원을 자진 납부한 것으로 나타난다.

2. 처분청의 양도소득세 경정결의서에 의하면 처분청은 청구인의 신고한 양도차익 산정금액을 인정하였고, 단지 신축일 이전에 발생한 종전주택 양도소득금액을 감면대상 소득금액에서 적용을 배제하고 소득금액 차감방식에 의하여 2007년 과세연도 양도소득세 0,000,000원을 경정 고지한 것으로 나타나며, 그 경정 내역은 다음과 같다. < 처분청 경정결의금액의 산출내역 > (가) 경정된 감면대상 양도소득금액: 00,000,000원 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가

• 종전주택 취득당시의 기준시가 (나) 청구인이 신고한 감면대상 양도소득금액(00,000,000원)에서 경정된 감면대상 양도소득금액(00,000,000원)을 차감한 양도소득금액 00,000,000원이 감면 배제될 소득금액이며, 이에 대한 산출세액이 0,000,000원로 산출되었기에 신고된 감면세액 0,000,000원이 0,000,000원으로 감소되었다. (다) 위와 같이 감면세액이 감소함에 따라 청구인 기납부한 농어촌특별세 0,000,000원에서 납부할 농어촌특별세 000,000원을 차감하여 환급할 세액 000,000원은 양도소득세의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 경정하였다.

• 라. 판단 먼저, 청구인은 종전부동산 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득세 과세특례를 배제한 이 건 처분이 RRR 예규 변경에 따른 소급과세이므로 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장인바, 이에 대하여 살펴본다. 종전 RRR 예규(EEEEEEEEEE0E-0000, 2005.11.8.)가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 해석하지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다 할 것이다(조심 참조). 다음으로 조특법 제99조의3의 신축주택 감면규정을 적용함에 있어 청산금 납부분에 대한 양도차익을 구분하여 조특법 시행령 제40조의 감면소득 계산시 분모의 취득시 기준시가를 신축주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 재계산하여야 한다고 주장하는바 이에 대하여 살펴본다. 소득세법 시행령 제166조 는 소득세법 제100조 에 따라 양도차익을 산정하는 경우 전체 양도차익을 관리처분 인가일을 기준으로 관리처분 인가일전 종전주택분 양도차익, 관리처분 인가일후 종전주택분 양도차익 및 청산금 납부분 양도차익으로 나누어 산정하도록 하는 규정으로서, 소득세법 시행령 제166조 를 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이다(심사양도 조심 참조). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 감면 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.