관람목적으로 이용되고 있는 수목원부지를 직접 자경한 농지로 보기가 어려움

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 소재 20필지 총 000㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 2009. 12. 9. 농업회사법인인 유한회사 ㅇㅇ식물원(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 000원에 현물출자하고, 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】제2항 규정을 적용하여 양도소득세 산출세액 000원 전액을 감면 신청하였다.
• 나. ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 쟁점토지가 청구인이 현물출자하기 전 2003년도부터 수목원부지로 사용되는 등 양도소득세 감면요건인 청구인이 직접 경작한 농지로 볼 수 없다 하여 2013. 5. 1. 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 000원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013. 8. 5. 이건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 농업회사법인에 현물출자된 농지는 양도소득세 감면대상이다. 조세특례제한법 제68조 제2항 의 규정에서는 “농업인이 농지 또는 초지를 농업회 사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다”라고 규정하고 있으며, 청구인은 농업인으로서 농지를 농업회사법인에 현물출자 하였다.
• 나. 청구인은 “농업인”에 해당한다. 조세특례제한법 시행령 제63조 제4항 에서 “농업인은농어업․농어촌 및 식품산업 기본법제3조 제2호 가목에 따른 농업인으로 규정하고 있고, 청구인은 동 규정의 3가지 요건을 모두 충족하고 있으므로 ”농업인“ 요건에 해당한다.
• 다. 청구인이 현물출자한 토지는 “농지”에 해당하고, 농지법 시행령에서는 다년생식물 재배지를 다음과 같이 규정하고 있다.
• 라. 처분청은 청구인의 자경사실을 부인할 수 있는 입증서류를 제시하지 못하고 있다. 청구인이 사업체를 경영하였다고 하나 농지법에서 ‘농업인’으로 요구하는 기간이상을 농지소재지에 근무하면서 자경하였으므로 관계당국에서 엄격한 조사를 거쳐서 ‘농업인’ 증명을 받을 수 있었으며, 처분청은 청구인이 다른 사업체를 가졌기 때문에 자경을 하지 아니 하였다고 추정하고 있을 뿐이고, 청구인의 자경을 부인할 수 있는 확정을 제시하고 있지 못하고 있다.
• 마. 쟁점토지는 ‘농지’이고 직접 자경하고 있음에도 감면을 배제함은 부당하다. 청구인이 출자한 토지는 지목이 “전”으로써 농지법에서 규정하는 지목에 합당하다. 또한, 청구인은 청구인의 책임하에 동 농지에 관상수와 뽕나무 그리고 화훼류 화훼초본 등을 재배하고 있으며, 또한 청구인의 처인 조○○도 1주일에 3일 이상은 농업에 종사하고 있고 별지에 첨부된 현물 출자자산 명세와 사진을 참조하여도 청구인이 출자한 자산은 “농지”에 해당함을 알 수 있어 쟁점토지는 농지법상의 농지에 해당한다. 처분청은 “쟁점토지가 이미 수목원 토지로 사용된 용지로서 직접 경작한 토지로 볼 수 없다”고 하고 있으나, 이는 청구인이 경작하고 있는 농지를 수목원이 임의로 경관용으로 사용하고 있을 뿐이고, 또한 처분청은 “쟁점토지가 감면요건을 갖추지 못한 것으로 확인되어.....” 등의 이유를 들어 과세 처분하였으나 청구인이 감면 신청한 쟁점토지가 구체적으로 어떤 부분이 감면요건에 해당되지 아니하는지를 제시하지 못하고 있어, 이런 추상적인 이유를 들어 감면을 배제함은 부당하다.
• 바. 맺는말 청구인은 농지법, 조세특례제한법 등 관련법규와 절차에 따라 청구인 소유 농지를 신규설립한 농업법인회사에 청구인이 배추, 무우 등의 채소나 잔디를 해마다 바꾸어 심는 등 직접 경작하던 농지를 현물출자 하였고, 현물출자 당시 해당업무를 담당하는 행정기관의 엄격한 조사와 현지확인 절차를 거쳐 “농업인 확인서” 발급 등의 농업법인 설립에 필요한 요건과 현물출자 농지의 양도소득세 감면요건 등을 갖춘 후 현물출자를 하였다. 위에서 청구인이 주장하는 바와 같이 청구인은 “농업인”에 해당되고 청구인이 농업회사법인에 현물출자한 쟁점토지는 “농지”에 해당함으로 처분청은 양도소득세 면제를 인정하여 이 건 과세처분을 취소하여야한다.

• 가. 청구인의 소득내역을 검토한 바 1991년부터 다수의 사업이력이 있으며 양도당시에는 AAA(주) 대표자로 확인되며, 청구인의 주소지는 95년부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동으로 확인되며 쟁점토지의 현물출자 직전인 2009년 5월부터 2009년 11월까지 6개월간 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리로 전입이력은 있으나 해당 주소지는 공부상 사무실로 실제 거주가 불분명하며 배우자, 자녀 가족 주소지는 계속적으로 청구인의 직전 주소지인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동으로 나타난다. 청구인의 공부상 전입이력외 명확한 실제 거주에 대한 입증을 하지 못하는 실정이며, 또한 청구인 본인의 노동력의 1/2이상을 투입하여 쟁점토지를 직접 경작관리 하였다는 실질적 증빙 또한 없는 것으로 판단된다.
• 나. 현물출자법인 ㅇㅇ수목원의 직원들을 통해 쟁점토지는 이미 오래전부터 수목원으로 준비되어 있었고 수목원내에 위치한 수목원 부지로 농작물 재배를 위한 농지가 아닌 체험학습장 등의 수목원 용도로 사용되고 있으며, 수목원 사업부지 내에 다수의 식물이 존재하는 것은 당연한 상황이며 다년성 식물의 존재만으로 해당 토지를 농업인이 직접 경작한 농지로 볼 수 없다.
• 다. 상기와 같이 양도당시 해당 토지는 수목원 부지로 확인되어 감면(면제)대상 자경농지에 해당한다고 볼 수 없고, 청구인의 사업(근무)이력 및 가족들의 거주이력, 현장확인 등을 통해 검토한바, 실질적으로 재촌자경한 농업인 요건을 불충족한 것으로 보아 당초 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 농업회사법인에 현물출자된 쟁점토지가 양도소득세 감면대상인지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인등에 대한 법인세의 면제등】

④ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일이전에 농지 또는 초지법에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다.

⑤ 제4항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세년도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항의 규정에 의하여 면제받은 양도소득세를 제5항 본문의 규정에 의하여 납부하는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다.

⑦ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 영농조합법인에게 농업ㆍ농촌기본법 제3조 제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. 2) 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

② 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(농지법에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항 내지 제8항을 준용한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

④ 법 제66조 제4항ㆍ제7항 및 법 제68조 제2항 전단ㆍ제3항에서 “대통령령이 정하는 농업인”이라 함은 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 가목에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지ㆍ초지 또는 부동산(이하 이 조에서 “농지 등”이라 한다)이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지 등으로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다.

⑤ 법 제66조 제4항 및 법 제68조 제2항의 규정에 의하여 현물출자함으로써 발생한 소득에 대하여 양도소득세가 면제되는 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지와 그 경작에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농로ㆍ수로 등에 사용되는 토지로 한다. 다만, 제66조 제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다.

4. 농어업․농어촌 및 식품산업 기본법 시행령 제3조【농어업인의 기준】

① 법 제3조 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지(～생략)를 경영하거나 경작하는 사람

2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람

3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람 (이하 생략) 5) 농지법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

• 가. 전·답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 초지법에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.
• 나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지

3. "농업법인"이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따라 설립된 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따라 설립되고 업무집행권을 가진 자 중 3분의 1 이상이 농업인인 농업회사법인을 말한다.

5. "자경"이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다. 6) 농지법 시행령 제2조 【농지의 범위】

① 농지법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호 가목 본문에 따른 다년생식물 재배지는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 식물의 재배지로 한다.

1. 목초·종묘·인삼·약초·잔디 및 조림용 묘목

2. 과수·뽕나무·유실수 그 밖의 생육기간이 2년 이상인 식물

3. 조경 또는 관상용 수목과 그 묘목(조경목적으로 식재한 것을 제외한다)

③ 법 제2조 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시설을 말한다.

1. 법 제2조 제1호 가목의 토지의 개량시설로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설

• 가. 유지, 양·배수시설, 수로, 농로, 제방
• 나. 그 밖에 농지의 보전이나 이용에 필요한 시설로서 농림축산식품부령으로 정하는 시설

2. 법 제2조 제1호 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 농작물 경작지 또는 제1항 각 호의 다년생식물의 재배지에 설치한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설

• 가. 고정식온실·버섯재배사 및 비닐하우스와 그 부속시설
• 나. 축사·곤충사육사와 농림축산식품부령으로 정하는 그 부속시설
• 다. 농막·간이저온저장고·간이퇴비장 또는 간이액비저장조

7. 수목원 조성 및 진흥에 관한 법률 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "수목원"이란 수목을 중심으로 수목유전자원을 수집·증식·보존·관리 및 전시하고 그 자원화를 위한 학술적·산업적 연구 등을 하는 시설로서 농림축산식품부령으로 정하는 기준에 따라 다음 각 목의 시설을 갖춘 것을 말한다.

• 가. 수목유전자원의 증식 및 재배 시설
• 나. 수목유전자원의 관리시설
• 다. 화 목원·자생식물원 등 농림축산식품부령으로 정하는 수목유전자원 전시시설
• 라. 그 밖에 수목원의 관리·운영에 필요한 시설

8. 수목원 조성 및 진흥에 관한 법률 제9조【등록】

① 수목원(국립수목원은 제외한다)을 운영하는 자는 그 설립 목적을 달성하기 위하여 필요한 전문관리인, 수목유전자원 및 수목유전자원의 증식 및 재배·관리·전시 등의 시설을 갖추어 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항을 시·도지사에게 등록할 수 있다. (각호 생략)

9. 수목원 조성 및 진흥에 관한 법률 제11조【입장료 등】

① 수목원을 운영하는 자는 수목원에 입장하는 사람으로부터 입장료 및 시설이용료를 받을 수 있다.

10. 수목원조성 및 진흥에 관한법률 시행령 제7조【수목원의 등록요건】 법 제9조 제3항의 규정에 의한 수목원의 등록요건은 다음 각호와 같다.

1. 인력: 제6조의 규정에 의한 전문관리인 1인 이상을 갖출 것

2. 수목유전자원: 수목원 안에 교목류·관목류 및 초본식물류를 합하여 1천 종류(종·아종·변종 및 품종을 말한다) 이상을 갖출 것

3. 시설: 법 제2조제1호 각목의 규정에 해당하는 시설을 갖출 것

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점토지를 취득하여 보유하다가 2009. 12. 9. 농업회사법인인 (유)ㅇㅇ식물원에 000원에 현물출자하고, 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】제2항 규정을 적용하여 양도소득세 산출세액 000원 전액을 감면 신청하였다. (신고내용 생략) 처분청은 쟁점토지가 청구인이 현물출자하기 전 2003년도부터 수목원부지로 사용되는 등 양도소득세 감면요건인 청구인이 직접 경작한 농지로 볼 수 없다 하여 2013. 5. 1. 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 000원을 경정․고지하였다.

2. 농업회사법인 유한회사 ㅇㅇ수목원(도, 소매/ 농산물)은 2009. 12. 9. 설립되었으며, 출자 내용은 다음과 같다. (출자내용 표 생략)

3. 농업회사법인 (유)ㅇㅇ수목원의 법인 설립이후 사업영역은 ① 수목원시설 관람, ②체험학습(들꽃 모종심기, 목공예 체험 등), ③ 수목원 레포츠이용(사계절 잔디썰매, 수상스포츠, 전기자전거), ④ 향기&야생화 가게 운영, ⑤ 자동차극장 운영 등으로 법인세 신고시 제출한 수입금액 내용은 다음과 같다. (표생략)

4. 청구인은농업․농촌 및 식품산업 기본법 시행령제3조 제1항에 규정하는 ‘농업인’임을 증명하는 국립농산물품질관리원 ㅇㅇ출장소장이 2009. 11. 23. 발급한 ‘농업인 확인서’를 제출하고 있으며 그 내용은 다음과 같다. (내용 생략)

5. 청구인이 농업회사법인 (유)ㅇㅇ수목원에 2009. 12. 9. 현물출자한 쟁점토지의 내용은 다음과 같다. (표 생략)

6. 농업회사법인 (유)ㅇㅇ수목원이 설립되기 전 청구인 및 청구인의 父에게 ‘ㅇㅇ수목원’으로 산림청장이 발급한 ‘수목원 등록증’ 내용은 다음과 같다. (표 생략)

7. 처분청이 청구인의 양도소득세 감면과 관련 작성한 과세자료 처리 복명서의 주요내용은 다음과 같다.

• 가) 쟁점토지(수목원 부지임)에 대한 확인내용

① 현재 다양한 종류의 수목이 식재되어 있는 수목원 부지로 사용중이며, 인터넷(다음지도) 및 국토지리정보원에서 양도물건지의 이전 사용현황을 조회한 바, 오래전부터 수목원용도로 사용 되었던 것으로 확인됨.

② 청구인은 2003.7.11. 산림청에 수목원(ㅇㅇ수목원) 등록한 후, 2007.7.16. 운영자를 청구인의 父로 변경한 사실이 확인됨.

• 나) 수목원 관리실태 청 구인의 父가 쟁점토지를 오래전부터 수목원으로 준비하였고 현재 정규직(9명) 및 일용직(7명) 직원이 수목원을 관리하고 있으며, 야간에는 수목원을 개장하지 아니하므로 수목원내에 거주하는 사람은 없는 것으로 확인됨 * 부원장, 본부장, 총무회계과장, 교육팀장, 홍보팀장, 식물 및 시설담당 등
• 다) 청구인의 주민등록지 및 거주내용 (표 생략)

① 청구인은 1996년부터 2009년까지 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 일대에서 거주하였고, 2010. 2월 이후 주민등록상 주소지인 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리(ㅇㅇ수목원 인근)의 건물은 근린생활시설 및 사무실이어서 1995년 이후 동 건물에 다수의 사업자등록 내역이 확인된다.

② 청구인의 배우자 및 자녀들은 1995.12월 이후 현재까지 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구에서 거주중인 것으로 확인된다.

• 라) 청구인의 근로소득 및 사업내역

① 청구인은 1991년부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 인근에서 제조업을 시작한 이후로 현재까지 정보통신 관련업종의 다수의 개인사업 및 법인대표자로 근무 중이며 개인사업장과 법인은 쟁점토지에서 원거리인 것으로 확인된다. (근무처 생략)

② 청구인은 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리에서 (주)BBB(도,소매/농산물)의 대표이사로 1999. 9. 6.부터 2007. 5. 6.까지 재직하였으며, 청구인의 父는 2007. 5. 7.부터 2010. 9. 30.까지 동 법인의 대표이사로 재직한 사실이 확인된다.

• 라. 판단 청구인은 농업회사법인에 현물출자된 쟁점토지는 농지이고, 현물출자 당시 청구인이 직접 경작을 하였으므로 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 현물출자하는 농지에 대한 양도소득세 감면】규정에 의한 감면요건을 충족하고 있다고 주장하고 있다. 이에 대하여 살펴보면, ‘농업인’이 농지를 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 감면하도록 조세특례제한법 제68조 제2항 에 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제63조 제4항에서 ‘농업인’이라 함은농어촌식품사업기본법에 의한 농업인으로서 현물출자하는 농지가 소재하는 시․군․구, 그와 연접한 시․군․구 또는 해당 농지로부터 20킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자로 규정하고 있는 바, 청구인이 비록 관계기관에서 ‘농업인 확인서’를 발급 받아 설립요건을 충족한 농업회사에 현물출자한 토지라 하더라도 그 자체가 감면요건에 바로 해당하지 아니하고, 농지소재지 재촌요건 및 직접 경작요건을 충족하여야만 현물출자농지에 대한 양도소득세 감면을 적용받을 수 있는 점, 청구인의 사업이력 등에 의하면, 1996년부터 2013년 현재까지 법인의 대표이사로 재임하고 있고 이에 대한 근로소득수입금액이 상당한 금액(연 000원～000원)인 점을 감안하면, 청구인이 9,700여평에 달하는 쟁점토지를 농지소재지 인근에 거주하면서 농작업의 2분의1 이상의 노동력을 직접 투입하여 경작한 것으로 보기가 어려운 점, ‘농지’라 함은 전·답 또는 과수원 기타 그 법적 지목여하에 불구하고 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생 식물재배지로 이용되는 토지를 말하고 있고, 다년생 식물재배 농지로 판매를 목적으로 하는 조경 또는 관상용 수목과 그 묘목의 재배로 이용되는 토지를 열거하고 있는바, 쟁점토지의 주된 용도가 2003년 7월 산림청장으로부터 청구인이 ‘ㅇㅇ수목원’이라는 명칭으로 ‘수목원 등록증’을 발급받은 후 입장료를 받고 불특정다수인을 입장시켜 관람목적으로 식물 등이 식재된 수목원부지로 이용된 점에 비추어 볼 때, 농작물의 경작 및 판매를 목적으로 다년생식물을 재배하고 있는 농지로 보기가 어려운 점 등을 종합하면, 청구인의 주장을 받아들이기가 어려운 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 농업회사법인에 현물출자된 쟁점토지가 조세특례제한법 시행령 제63조 제4항 에서 규정한 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.