법령에 따라 사용이 제한된 토지에 해당하므로 비사업용토지가 아님

OO 세무서장이 2013.2.6. 청구인에게 한 2010년 과세연도 양도소득세 45,802,730원의 부과처분은 경기도 OO시 OO구 OO동 000-00 대지 를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 2003.12.31. 경기도 OO시 OO구 OO동 000-00번지 대지(이하 “쟁점토지”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2010.7.19. 청구외 한국토지주택공사에 수용을 원인으로 231,642,200원에 양도하였으나 양도소득세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 양도가액을 수용가액인 231,642,200원으로 하고 취득가액은 기준 시가로 환산한 70,779,561원으로 하여 과세표준과 세액을 결정하고 2013.2.6. 청구인에게 2010년 과세연도 양도소득세 45,802,730원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2013.4.29. 이의신청을 거쳐 2013.7.30. 이 건 심사청구를 제기하였다.

본인은 OO동에서 태어나서 현재까지 OO동에서 살고 있는 사람으로 주택을 신축해서 부모님과 같은 동네에 거주하기 위해 쟁점토지를 취득했으나, 쟁점토지가 재개발 예정 지역으로 지정되면서 쟁점토지에 지으려고 계획했던 주택의 건축허가가 취소되고 수용될 때까지 7년동안 재산권을 행사하지 못했다. 그런데도 재개발 목적으로 토지를 강제로 수용하면서 사업인정고시일을 정부 에서 일방적으로 정하고, 수용되는 토지는 사업인정고시일로부터 5년 이전에 취득 해야만 사업용토지로 인정되고 장기보유특별공제를 적용할 수 있다는 것을 납득하기 어렵다. 본인은 쟁점토지를 취득 시의 등기접수일을 기준으로 하면 사업인정고시일 로부터 5년 이후에 취득한 것이나 등기원인일을 기준으로 하면 사업인정고시일 로부터 5년 이전에 취득한 것이 되는바 이 점을 참작하여 쟁점토지를 사업용토지로 보고 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 경정함이 타당하다.

소득세법시행령 제168조의14 제3항 제3호 에 의하면 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 협의 매수 또는 수용되는 토지는 사업 인정고시일이 2006.12.31. 이전이거나 취득일이 사업인정고시일로부터 5년 이전인 경우에 비사업용 토지로 보지 아니하는 것이나, 쟁점토지의 경우 사업인정고시일은 2008.11.28.로 2006.12.31. 이후이고, 그 취득일은 2003.12.31.로 사업인정고시일인 2008.11.28.로부터 5년 이전인 경우에도 해당하지 아니하므로 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하는 것인바, 쟁점 토지에 대한 양도소득세를 결정하면서 장기보유특별공제를 적용하지 않은 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 하지 않은 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산 (제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 (이하 생략)

2. 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로, 개정되기 전의 것) 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 3) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (각 호 생략)

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. 4) 소득세법 시행령(2009.12.31. 대통령령 제21934호로, 개정되기 전의 것) 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(괄호 내용 생략)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (이하 생략) 5) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 6) 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

③ 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말하고, 법 제97조제4항을 적용받는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지 7) 도시 및 주거환경정비법 (2006.5.24. 법률 제7959호로, 개정되기 전의 것) 제2조【용어의 정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “ 정비구역”이라 함은 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제4조의 규정에 의하여 지정·고시된 구역을 말한다.

2. “ 정비사업”이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역안에서 정비기반시설을 정비하고 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음 각목의 사업을 말한다. 다만, 다목의 경우 에는 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축 사업을 포함한다.

• 가. 주거환경개선사업: 도시저소득주민이 집단으로 거주하는 지역으로 서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후·불량건축물이 과도하게 밀 집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업
• 라. 도시환경정비사업: 상업지역·공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도심 또는 부도심 등 도시기능의 회복이나 상권활성화 등이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업 8) 도시 및 주거환경정비법 (2006.5.24. 법률 제7959호로, 개정되기 전의 것) 제5조【행위제한 등】

① 정비구역 안에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석의 채취, 토지분할, 물건을 쌓아놓는 행위 등 대통령령이 정하는 행위를 하고자 하는 자는 시장·군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

③ 제1항의 규정에 따라 허가를 받아야 하는 행위로서 정비구역의 지정 및 고시 당시 이미 관계 법령에 따라 행위허가를 받았거나 허가를 받을 필요가 없는 행위에 관하여 그 공사 또는 사업에 착수한 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수에게 신고한 후 이를 계속 시행할 수 있다. 9) 도시 및 주거환경정비법(2006.5.24. 법률 제7959호로, 개정되기 전의 것) 제6조【정비사업의 시행방법】

① 주거환경개선사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방법에 의한다.

1. 제7조의 규정에 의한 주거환경 개선사업의 시행자가 정비구역 안에서 정비기반시설을 새로이 설치하거나 확대하고 토지등소유자가 스스로 주택을 개량하는 방법

2. 제7조의 규정에 의한 주거환경개선사업의 시행자가 제38조의 규정에 의하여 정비구역의 전부 또는 일부를 수용하여 주택을 건설한 후 토지등소유자에게 우선 공급하는 방법

3. 제7조의 규정에 의한 주거환경개선사업의 시행자가 제43조제2항의 규정에 의하여 환지로 공급하는 방법

④ 도시환경정비사업은 정비구역 안에서 제48조의 규정에 의하여 인가받은 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방법 또는 제43조제2항의 규정에 의하여 환지로 공급하는 방법에 의한다. 10) 도시 및 주거환경정비법 시행령 제13조의4 【행위허가의 대상 등】

① 법 제5조제1항에 따라 시장·군수의 허가를 받아야 하는 행위는 다음 각 호와 같다.

1. 건축물의 건축 등: 건축법 제2조제1항제2호 에 따른 건축물(가설건축물을 포함한다)의 건축, 용도변경 (이하 생략)

• 다. 사실관계 1) 등기부등본에 의하면 청구인의 쟁점토지 취득과 관련하여 등기접수일은 2003.12.31.이고 등기원인일은 2013.11.20.이며, 쟁점토지가 2010.7.19. 공공용지협의취득을 원인으로 한국토지주택공사에 소유권 이전된 사실이 확인된다.

2. OO 시청 홈페이지에서 확인한 쟁점토지 관련 주거환경개선사업 정비구역 지정 고시문의 주요 내용은 아래와 같으며, 2013.8.30. 조회한 쟁점토지의 토지 이용계획확인서에 의하면 조회일 현재까지도 정비구역으로 지정되어 있음이 확인된다.

• 가) 고시번호: 경기도 고시 제0000-000호. 나) 고시일자: 2006.12.26.(화) 다) 정비사업의 명칭: OO시 OO 주거환경개선사업 정비사업. 라) 정비사업의 구분: 주거환경개선사업. 마) 시행예정자: 대한주택공사(현 한국토지주택공사, 이하 “주택공사”라 함). 바) 시행방법: 공동주택방식(사업시행자가 정비구역 전부를 수용하여 주택을 건설한 후 토지 등 소유자에게 우선 공급하는 방법). 사) 구역 위치: OO OO OO동 000-0번지, △△동 000-000번지 일원 361,540㎡ ※ 고시문의 토지조서에서 쟁점토지 전체가 정비구역에 편입되었음이 확인된다. 아) 지정사유

• 노후‧불량건축물이 과도하게 밀집하여 정비사업이 필요한 지역

• 공동주택 건설방식의 주거환경개선사업을 위한 정비구역으로 지정하여 쾌적한 주거환경을 조성하기 위함

3. OO시청 홈페이지에서 확인한 OO 주거환경개선사업의 주요 진행 경과는 아래와 같다.

• 가) 2006.12.26.: OO시 OO 주거환경개선사업 정비구역지정 고시. 나) 2007.8.24.: OO 주거환경개선사업 정비구역 사업시행자 지정 알림.

• 사업시행자가 주택공사로 지정된 사실을 알리는 내용

• 다) 2008.5.6.: OOOO 주거환경개선사업지구 토지등 출입 공고.

• 주택공사가 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상자료 조사를 목적 으로 2008.5.13～보상완료 시까지 OO 주거환경개선사업구역에 출입을 요청하였음을 알리는 내용

• 라) 2008.11.28.: OOOO 주거환경개선사업 시행인가 고시.

• 2008.11.27.字로 OO주거환경개선사업의 시행을 인가한다는 내용 ※ 청구인이 제출한 한국토지주택공사 경기지역본부장 발행의 ｢ 수용 사실확인서 ｣ 에서도 사업인정고시일이 2008.11.28.로 확인된다. 4) OO시에서는 이 건 심사청구와 관련한 자료요청에 대하여 아래와 같은 내용의 공문을 회신하였다.

○ OO시 OO구 OO동 000-00번지는 ｢도시 및 주거환경정비법 제4조 ｣에 의거 2006.12.26. 경기도 고시 제0000-000호로 “OOOO 주거환경개선사업” 정비구역으로 지정‧고시되었으며,

○ 같은 법 제4조의3에 의거 정비구역이 해제되지 않는 한 같은 법 제5조에 의거 정비구역으로 지정된 날(2006.12.26.)로부터 2013.9월 현재까지 행위가 제한된 지역임.

• 라. 판단 소득세법시행령 제168조의14 제3항 제3호 에 의하면, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 협의 매수 또는 수용되는 토지는 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지이거나 취득일이 사업인정고 시일로 부터 5년 이전인 토지인 경우에 한하여 장기보유특별공제를 적용하게 되어 있으나, 쟁점 토지의 경우에는 관련 사업인정고시일이 2008.11.28.이고, 취득일은 등기부등본상 소유권 이전등기 접수일인 2003.12.31.로 그 요건을 충족하지 못하 므로 소득세법시행령 제168조의14 제3항 제3호 에 의해서는 쟁점토지를 사업용 토지로 볼 수 없다. 그러나 도시 및 주거환경정비법(2006.5.24. 법률 제7959호로, 개정되기 전의 것) 제5조에서는 주거환경개선사업의 정비구역을 포함한 “정비구역” 안에 서의 건축물의 건축 등의 행위를 제한하고 있다는 점, 쟁점토지 관련 주거환경개선사업의 경우 도시 및 주거환경정비법(2006.5.24. 법률 제7959호로, 개정되기 전의
• 것) 제6조 제1항 제2호에 의하여 사업시행자가 사업 구역의 전부 또는 일부를 수용하여 주택을 건설한 후 토지 등 소유자에게 우선 공급하는 공동주택방식으로 시행하는 것이어서 청구인이 쟁점토지에 개별적으로 주택을 건축하는 등의 행위를 할 수 없었 다는 점, OO시에서 쟁점토지가 정 비구역 지정‧고 시일부터 현재까지 행위가 제한된 지역에 해당한다고 회신한 점, 쟁점토지 관련 정비구역 지정일인 2006.12.26.이 청구인이 쟁점토지를 취득한 2003.12.31. 이후라는 점에서, 쟁점토지는 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 의하여 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 그 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 비사업용토지로 보지 아니할 수 있는 경우에 해당한다 할 것이다. 쟁점토지는 정비구역 지정일인 2006.12.26.부터 한국토지주택공사에 수용된 2010.7.19.까지의 3년6개월여 동안은 비사업용토지에 해당하지 아니한다고 보아야 할 것인바 소득세법 시행령 제168조의6 에 의하여 비사업용 토지로 보기 위한 기간 기준을 충족하지 못하므로, 처분청에서 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 않고 양도소득세를 계산한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.