종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면소득이 아님

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 1994.12.12. 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 95-78번지 주택(대지 83㎡, 건물 49.87㎡, 이하 “종전주택”이라 한다)이 재개발됨에 따라 1998.11.20. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1137 ㅇㅇㅇ아파트 501동 207호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2008.6.30. 신축주택을 백만원에 양도하고조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정을 적용하여 2008.8.31. 양도소득세 신고 시 종전주택 취득일부터 신축주택 준공 후 5년까지의 양도소득에 대한 감면을 받고 양도소득세 ,천원 및 농어촌특별세 ,천원을 신고․납부하였다.
• 나. ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 감면을 부인하여 2013.6.7. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 *,***천원을 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 재개발아파트의 조합원분양가는 일반분양가보다 분양가격이 낮게 책정되어 있다. 일반아파트의 분양가는 조합원아파트의 분양가보다 훨씬 높기 때문에 조합원은 종전주택을 제공하고 조합원아파트를 일반분양가보다 낮은 분양가로 취득한 것이다.
• 나. 처분청은 신축아파트를 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액 만을 감면한다는 것인데, 그렇다면 종전주택 감정평가금액은 합산하지 않고 감면소득을 산정한다면 조합원에게는 너무나 불합리한 계산방법이라 이해할 수 없다.

• 가. ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 을 살펴보면 『신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에세 뺀다』라고 규정되어 있으며 동 규정의 신축주택을 취득한 날이란 재개발,재건축 주택의 경우 재개발이전 종전주택의 취득일이 아닌 재개발후 새로이 신축한 신축주택의 취득일임을 아래 예규 및 판례에서 확인되고 있다.

1. 서울행정법원2011구단27363(2012.03.09) 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택 취득시부터 신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없음

2. 조심2012서0121, 2012.02.23. 조합원 신축주택 취득에 따른 특례 대상 양도소득금액은 ‘해당 신축 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’이므로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 양도소득세 특례가 적용되지 않음

3. 서울고등법원2011누45193, 2012.12.21. 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액이라고 명확하게 규정하고 있으므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득은 감면대상이 아니고 이에 대한 비과세 관행이 성립되었거나 과세관청이 감면대상이라는 견해를 공적으로 표명하였다고 볼 수 없음

• 나. 위와 같은 내용을 종합해 볼 때 청구인이 신축주택 취득자에 대한 감면 규정을 적용함에 있어서 종전주택 취득일로부터 기산한 당초 감면 내역을 부인하고 신축주택 취득일로부터 기산하여 양도소득세를 재계산하여 양도소득세 6,291,640원을 결정, 고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택에 대한 양도소득세 감면과 관련하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 감면배제한 처분의 적정 여부
• 나. 관련법령

1. 조세특례제한법제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것)

① 법 제99조의3제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1.주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 조합원"이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조제4항의 규정은 법 제99조의3제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것)

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계

1. 건축물관리대장에 의하면 청구인은 종전주택을 1994.12.12. 취득하였고, 종전주택이 재개발됨에 따라 1998.11.20. 신축주택에 대한 사용승인을 받은 사실이 나타난다.

2. 국세통합전산망에 의하면 청구인은 2008.6.30. 신축주택을 백만원에 양도하고조세특례제한법제99조의3을 적용하여 2008.8.31. 양도소득세 신고 시 종전주택 취득일부터 신축주택 준공 후 5년까지의 양도소득에 대한 감면을 받고 양도소득세 ,천원 및 농어촌특별세 ,천원을 신고․납부한 사실이 나타난다.

3. 처분청의 양도소득세 결정결의서를 보면 아래와 같은 사실이 확인된다. < 주택 거래일 및 기준시가 > (단위: 원) 구분 종전주택 취득일 신축주택 취득일 신축주택 취득 후 5년이 되는 날 신축주택 양도일 거래일자 1994.12.12. 1998.11.20. 2003.11.20. 2008.6.30. 기준시가

① 101,513,325

② 129,205,010

③ 191,000,000

④ 368,000,000

4. 처분청에서 계산한 감면소득금액은 다음과 같다. (단위: 원) ※ 감면대상 양도소득금액 = ,, 양도소득금액 (,,*) × (③ 기준시가:191,000, 000) - ② 기준시가:129,205,010) (④ 기준시가:368,000,000) - ① 기준시가:101,513,325)

5. 청구인이 계산한 감면소득금액은 다음과 같다. (단위: 원) ※ 감면대상 양도소득금액 = ,, 양도소득금액 (,,*) × (③ 기준시가:191,000, 000) - ① 기준시가: 101,513,325) (④ 기준시가:368,000,000) - ① 기준시가:101,513,325)

6. 처분청과 청구인의 감면소득금액과 감면세액 차이는 다음과 같다. 감면소득금액: ,, - ,, = ∇23,714,338(원) 감면세액: ,, - ,, = ∇8,527,162(원)

• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 청구인은 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례에 따라 종전주택 취득 때부터의 양도소득금액 전액 감면이 입법취지에 부합하고 법 해석에도 타당하므로 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나, ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 제1항 에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점(조심 2012서0121, 2012.2.23. 2010서2935, 2011.6.30. 등 같은 뜻임), 또한 ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 보이는 점(국세청적부2010-0114, 2010.5.28. 같은 뜻임) 등을 감안할 때, 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 판단하고 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정고지한 당초 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장이 이유가 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.