쟁점토지 양도에 따른 감면세액 계산의 적정 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구인은 소유하고 있던 2012.12.11. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 산1 임야 1,215㎡(이하 “쟁점임야”라 한다)와 동소 2 답 2,013.4㎡(이하 “쟁점농지”라 하며, 이하 쟁점임야와 쟁점농지를 합하여 “쟁점토지”라 한다)가 공익사업용 토지로 수용당함에 따라, 2013.2.28. 쟁점임야와 쟁점농지에 대한 양도소득세 신고·납부를 아래와 같이 하였다. 양도물건 양도소득 기신고소득 과세표준 산출세액 감면세액 납부세액 비고 쟁점임야 43,889,598 41,389,598 5,128,439 1,025,687 4,102,752 20%감면적용 쟁점농지 (합산신고) 37,933,022 43,889,598 79,322,620 13,817,428 9,716,676 4,102,752 산출세액에서 납부세액을 뺀 나머지 전액 감면 적용 나. 처분청은 쟁점토지의 양도소득 감면세액은 해당 과세기간의 과세표준 양도소득 산출세액에서 감면소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율과 감면율을 곱하여 계산한 금액으로 하는 것으로 보아 2013.5.1. 아래와 같이 감면 세액을 재계산 후 2012년 과세연도 양도소득세 1,487,090원을 경정고지 하였으나, 청구인은 이에 불복하여 2013.5.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

○ 감면세액 계산 양도소득감면세액 ＝ 양도소득 산출세액 × (감면자산의 소득금액 - 과세자산의 소득금액에서 미공제된 양도소득 기본공제액) × 감면율 양도소득 과세표준

• 20% 감면되는 수용토지(쟁점임야)에 대한 감면세액 계산---------(Ⅰ) 1,441,954 ＝ 13,817,428 × (43,889,598 -2,500,000) × 20% 79,322,620 ＊ 감면자산을 2회 양도시 감면율이 낮은 감면자산에 대하여 양도소득기본공제

• 100% 감면되는 자경농지(쟁점농지)에 대한 감면세액 계산--------(Ⅱ) 6,607,658 ＝ 13,817,428 × 37,933,022 × 100% 79,322,620

• 감면세액의 합계 (Ⅰ＋Ⅱ) = 1,441,954 ＋ 6,607,658 = 8,049,612

청구인에게 발생한 양도소득은 과세소득과 감면소득으로 나눌 수 있다. 과세소득은 쟁점임야 양도로 발생한 43,889,598원이며, 감면소득은 쟁점농지(8년 자경농지)양도로 발생한 37,933,022원이다. 과세소득 43,889,598원에 대한 산출 세액은 5,128,439원이며, 감면소득 37,933,022원으로 추가로(과세표준 79,322,620원) 발생된 산출세액은 13,817,428원이다. 즉, 13,817,428원 - 5,128,439원 = 8,688,989원인바, 감면소득 37,933,022원으로 인해 양도소득세가 8,688,989원 증가된 것이다. 감면소득에 의해서 증가된 세액은 감면세액으로 공제하여야 하는데 처분청은 과세소득과 감면소득을 구분 하지 않고 일괄처리하여 양도소득세 세액을 산출하고 납세자가 불리하게 부과 결정한 것이다. 이는 세법을 적용할 때 납세자에게 유리하게 적용하여야 하는데 처분청은 위법하게 세법을 적용하여 부과결정한 것인바 이 건 양도소득세 등의 부과를 취소하여야 한다.

소득세법 제107조 (예정신고 산출세액의 계산) 및 소득세법 제111조 (확정신고 납부)에 의거 해당과세기간의 과세표준 양도소득 산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 납부하여야 하나, 청구인은 동일자에 양도된 2필지의 양도소득을 과세소득과 감면소득으로 나누어 신고하고 감면세액을 재차 계산하지 않고 납부한바, 부족납부세액을 추가 고지 결정한 이 건 양도소득세 과세는 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지 양도에 따른 감면세액 계산의 적정 여부
• 나. 관련법령 등 1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략) 2) 조세특례제한법 제69조 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되, 보금자리주택 건설 등에 관한 특별법 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다. 3) 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】

① 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준 에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

• 다. 사실관계 1) 청구인은 2012년 과세기간 중 소유하고 있던 쟁점임야와 쟁점농지가 공익사업용 토지로 수용되자 2013.2.28. 이에 대한 양도소득세를 신고․납부함에 있어, 우선 쟁점임야에 대해 20% 감면을 적용하여 납부한 후 이후 쟁점농지와 합산하여 신고하면서 산출세액에서 기 납부세액을 뺀 나머지 전액을 감면받은 것으로 나타난다. 2) 이에 대해 처분청은 쟁점토지의 양도소득을 신고·납부함에 있어 해당 과세기간의 과세표준 양도소득 산출세액에서 감면소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율과 감면율을 곱하여 계산한 금액으로 하는 것으로 보아 감면세액을 재계산 후 이 건 양도소득세 1,487,090원을 경정고지 한 것으로 나타난다.
• 라. 판단 청구인은, 처분청이 과세소득과 감면소득을 구분하지 않고 일괄처리하여 양 도소득세 세액을 산출하고 납세자에게 불리하게 과세하였다는 주장이므로 이에 대해 살펴보면, 소득세법 제90조 제1항 에 따르면, 양도소득금액에 감면소득금액이 있을 때에는 양도소득과세표준에 같은 법 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 산출세액에서, 해당 감면소득금액(양도소득 기본공제를 한 후의 금액)이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하는 것이며, 아울러 동일한 연도의 양도소득금액에 감면소득금액이 있는 경우 감면세액 계산은 과세표준에 세율을 적용한 금액(산출세액)에 감면소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율과 감면율을 곱하여 계산한 금액으로 하는 것(재일46014-57, 2000.1.15, 같은 뜻)인바, 처분청이 해당 과세기간의 과세표준 양도소득 산출세액에서 감면소득금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율과 감면율을 곱하여 감면세액을 계산하여 이 건 양도소득세를 경정고지 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제1호 및 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.