종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면소득이 아님

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 1987.7. ○○시 ○○구 주택(이하 ‘종전주택’이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 재건축으로 종전주택을 멸실하고, ○○시 ○○구 아파트(이하 “신축주택”이라 한다)를 1998.10.5. 취득하여 보유하다가, 2007.6.5. 370백만원에 양도한 후 양도소득세 과세표준 예정신고시 조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면신고하였다.
• 나. 처분청은 신축주택의 양도소득세 신고내용 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한다 하여 2012.9.6. 청구인에게 2007년 과세연도 양도소득세 24,661,510원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.12.20. 이의신청을 거쳐, 2013.3.18. 심사청구를 제기하였다.

가.조세특례제한법에 의한 신축주택 취득자에 대하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 전액감면하고, 5년이 지나 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득에서 차감하는 것으로 세법을 해석하는 국세행정이 관행적으로 이루어져 왔음에도 (서사-2109,2005.11.08.), 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면되지 아니하는 소득으로 보는 것은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 반하는 위법․부당한 처분이다

• 나. 종전 해석을 바꾸어 양도소득세를 증액 결정하였으므로 납세자의 귀책사유가 아니고, 청구인에게 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 납부불성실가산세를 부과한 것은 취소되어야 한다.

가.조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정에 따르면 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것이다.

• 나. 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 않을 뿐만 아니라, 현행 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20., 부동산거래관리과-127, 2011.2.10. 외)는 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 일관되게 이를 유지하고 있어 소급과세금지의 원칙에 반하지 아니한다.
• 다. 국세기본법 제47조의5 에 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 납부불성실가산세를 부과하도록 되어 있는바, 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 1)조세특례제한법제99조의3 적용시, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에 포함하여야 하는지 여부

2. 납부불성실가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우. 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. ․{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 4) 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. 5) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 6) 국세기본법 제47조의5 【납부ㆍ환급불성실가산세】

① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 인지세법 제8조 제1항에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액의 100분의 300을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

• 다. 사실관계

1. 청구인은 1987.7.2. ○○시 ○○구 ○동 주택을 취득하여 보유하다가 재건축으로 인해 1998.11.13. ○○시 ○○구 ○동 아파트를 신축 취득하였고, 2007.6.5. 신축주택을 양도하고 2007.8.31. 조세특례제한법 제99조 1항 에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정을 적용하여 산출세액 50,194,539원 중 30,252,465원을 감면세액으로 하고 예정신고 세액공제를 한 후 17,947,867원의 양도소득세를 신고, 납부하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득 후 양도시점까지 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택 취득일(1987.7.1.)부터 신축주택 취득일 전일(1998.10.4.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면적용을 배제하여 2012.9.6. 청구인에게 가산세 5,925,430원을 포함하여 2007년 과세연도 양도소득세 24,661,510원을 경정·고지하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

3. 청구인은 양도소득세 예정신고시 아래의 국세청 서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.)에 의거 신축주택 감면소득을 계산하여 신고하였다고 주장한다.

○ 서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.) 조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어 4) 재개발한 주택이 신축감면 대상에 해당하는 경우 감면대상 양도소득금액 산정 계산에 있어서 국세청 해석내용(재산-227, 2009.1.20.)은 다음과 같다. 귀 질의의 경우, 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2003.4.30.)한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택의 취득일(2003.4.30.)로부터 5년이 되는 날은 2008.4.30.까지입니다. 5) 조세특례제한법 제40조 제1항 의 “ 당해 구조조정부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 중 다음 산식에 의하여 계산할 것이라고 규정하고 있다. 양도소득 금액(양도가액에서 필요경비를 공제한 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액)×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

6. 처분청은 조세특례제한법 제99조 3 및 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 분모의 취득당시 기준시가는 다음과 같이 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 한다고 주장하고, 청구인은 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 감면하여야 한다고 주장한다. (처분청 주장: 취득후 5년간 발생한 감면대상 양도소득 계산산식 및 도해) 감면소득 = <과세소득구간> <감면소득구간> <과세소득구간> -------▲-------------▲---------------▲---------------▲----

① 종전주택취득일 ②준공일 ③ 준공일로부터 5년

④ 양도

• 라. 판단 (쟁점1에 대하여) 조세특례제한법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 봄이 타당한 것으로 판단되고, 또한, 과세관청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 하였다고 보기도 어려운바, 소급과세금지의 원칙을 위배하였다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (쟁점2에 대하여) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2007중5316, 2008.5.29. 및 조심 2011중4909, 2012.4.25. 같은 뜻임).

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.