국세심사위원회에서 “채택” 결정된 과세전적부심사청구에 대한 결정을 감사관의 처분지시에 따라 경정한 처분의 당부

주 문 ㅇㅇ세무서장이 2012.12.5. 청구인에게 한 2010년 과세연도 양도소득세 ,*,***원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인은 ㅇㅇ남도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 241-1번지, 같은 곳 382번지, 같은 곳 252번지, 같은 곳 309-2번지, 같은 곳 309-5번지의 5필지 전 3,623㎡를 1980.8.5. 취득하여 29년 8개월간 보유하였고 2010.3.9. ,천원에 양도하였으며 위 5필지 중 ㅇㅇ남도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 252번지, 같은 곳 309-2번지, 같은 곳 309-5번지 전 3,100㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ｢조세특례제한법｣ 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세 등의 감면】규정을 적용하여 양도소득세 100% 감면신청과 함께 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 현장확인 결과 쟁점토지의 공부상 지목은 전이나 실제는 대나무 숲인 임야로 이용하다 양도한 토지로 ｢조세특례제한법｣ 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세 등의 감면】요건에 해당하지 않는 것으로 보아 8년자경 감면을 부인하고 2010.11.29. 2010년 과세연도 양도소득세 ,*천원을 과세예고통지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.17. 과세전적부심사청구(이하 “쟁점과적”이라 한다)를 제기한 결과 청구인이 타농지를 소유하여 경작하고 있고 공부상 전(田)을 대나무 숲으로 방치하였으리라고 보기 어려운 점과 일시적인 관리 소홀에도 급격하게 넓은 면적으로 번지며 자라는 대나무 숲의 특성을 감안 할 때 쟁점토지가 양도되기 전 일시 휴경하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 있다고 판단하여 “채택” 결정을 받았다. ㅇㅇ지방국세청(이하 “감사관”이라 한다)은 2012년 11월 처분청에 대한 특정감사시 쟁점토지에 대한 연도별 항공사진을 분석한 결과 청구인의 주장이 사실과 다름을 지적하고, 위 법령에서 정한 감면 대상토지에 해당하지 않는 것으로 보아 2012.11.29. 감면세액을 경정․고지하도록 처분지시 하였고 처분청은 2012.12.5. 2010년 과세연도 양도소득세 ,*,***원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.2.19. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점 토지는 근래 몇 년간 관리를 하지 못하여 밭 주위에 대나무 일부가 자랐으나 실제는 수십 년간 콩과 들깨 등의 밭농사를 지어 8년 이상 경작한 농지가 맞으므로 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청은 현장확인 및 1993년부터 2010년까지의 항공사진 등을 통해 쟁점토지가 계속적으로 대나무 숲이었음을 확인하고 청구인의 주장이 사실이 아니라고 하고 있으나, 2011.11.14. 쟁점과적 결정서의 이유서를 보면 ‘처분청은 쟁점토지의 공부상 지목은 전(田)이나 실제로는 대나무 숲인 임야임이 항공사진(Daum지도)과 현장 확인시의 현황에 의하여 확인된다고 판단하여 청구인의 감면세액을 부인하였다’라고 기술되어 있으며 이러한 점을 감안하고도 과세전적부심에서는 청구인의 주장을 채택하였다. 감사관은 2012년 11월 처분청에 대한 자경농지감면 특정감사시 쟁점토지에 대한 연도별 항공사진을 분석한 결과 청구인의 주장이 사실과 다르다 하여, 위 법령에서 정한 감면세액을 부인하도록 2012.12.3. 감사결과 과세예고 통지하였으나, 감사관의 지적은 전술한 바와 같이 이미 쟁점과적에서 심의한 내용으로서 결코 새로운 지적이 아니다.
• 다. 과세전적부심사에서 결정한 사실판단 사항은 처분청에 대한 사실상의 구속력이 있으며, 감사관의 지적은 쟁점과적에서 결정한 사실판단 사항이 명백한 하자가 있음을 입증할 만한 새로운 사실이 아니므로 처분청의 과세처분은 부당하다.

• 가. 쟁점과적의 결정내용을 살펴보면 타농지를 소유한 청구인이 공부상 전(田)을 대나무 숲으로 방치하지 않았으리라 추정하여 “채택”결정을 하였으나, 붙임 쟁점토지의 1993년부터 2010년까지의 항공사진 등을 살펴보면 계속적으로 대나무 숲으로 확인되어 청구인의 주장이 사실이 아님을 확인할 수 있고, 일시적 휴경상태라 함은 “관리소홀로 불법점거당한 경우, 계절적 사유, 농업․농촌기본법에 따라 일시 휴경한 경우”를 말하는 것으로 20년 가까이 대나무 숲으로 확인되므로 쟁점토지를 일시적인 휴경으로 보아 “채택” 결정한 쟁점과적의 결정은 잘못 판단한 것으로 사료된다.
• 나. 양도일 현재 농지라 함은 “토지소유자의 자의에 의하든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 실제 농경지로 사용되고 있는 토지를 말하는 것”으로 쟁점 토지는 십 수년 간 대나무 숲으로 확인되어 양도일 현재 농지로 볼 수 없다고 사료된다.
• 다. 따라서 ｢조세특례제한법｣ 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】에 따른 감면신청을 부인하고 과세예고 통지한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

• 가. 쟁 점 국세심사위원회에서 “채택” 결정된 과세전적부심사청구에 대한 결정을 감사관의 처분지시에 따라 경정한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 농업법인 이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 주거지역등 이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자 라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 한국농어촌공사 라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조제1항 본문에서 대통령령이 정하는 법인 이라 함은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

④ 법 제69조제1항 본문에서 대통령령이 정하는 토지 라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조제4항 의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑨ 법 제69조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. 3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

① 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각 호의 기준에 의한다.

1. 양도자가 8년(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조제3항제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법 제21조제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조제3항제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법 제21조제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인

③ 영 제66조제4항제1호가목 및 제67조제7항제1호가목에서 기획재정부령으로 정하는 규모 란 100만제곱미터로 하되, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. (이하생략)

• 다. 사실관계

1. 청구인은 ㅇㅇ남도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 소재 전(田과) 5필지 3,623㎡를 1980.8.5. 취득하여 2010.3.9. 매매대금 309,870천원에 양도하고 위 5필지 중 3필지인 쟁점토지의 양도를 8년 이상 자경한 농지에 해당한다고 판단하여 양도소득세 산출세액 ,천원 중 ,천원을 감면하여 양도소득세 신고하였으며, 양도가액 및 취득가액에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

2. 청구인이 신청한 양도소득세 신고내용은 아래와 같다. 감사기간 중 청구인 등 8명이 감면신청한 농지에 대하여 감면요건 적정여부에 대해 양도시점에 촬영된 인터넷 포탈사이트(Daum.net 등)에서 항공 촬영한 사진과 현장확인 등으로 확인한 사실에 의하면 양도한 토지의 실제현황이 농지가 아님을 확인할 수 있다.

3. 감사관의 질문서 내용은 아래와 같다. 청구인의 양도소득세 8년 자경 감면업무를 집행함에 있어서 ｢조세특례제한법｣ 제69조 의 규정에 따라 감면 신청한 농지의 감면요건 적정여부에 대해 인터넷 포탈사이트에서 항공 촬영한 사진과 현장확인 등으로 확인한 사실은 대나무밭으로 농지가 아님을 확인하여 당초 담당자는 과세예고통지를 하였으나, 청구인이 과세전적부심사청구를 제기하여 과세적부심사위원회에서 납세자의 청구에 대해 채택결정을 함으로써 양도소득세 46,162천원을 부족징수 하였습니다.

4. 감사관의 질문서에 처분청은 아래와 같이 답변하였다.

5. 처분청이 인터넷 포탈사이트에서 항공 촬영한 사진은 아래와 같다.

• 가) 다음지도(양도직전 2009년 항공사진)
• 나) 네이버 항공사진(최근지도, 지적도)
• 다) 국토지리정보원 항공사진(1993. 5. 15.)
• 라) 국토지리정보원 항공사진(1996. 10. 27.)
• 마) 국토지리정보원 항공사진(2003. 12. 16.)

6. 2011.1.13. 청구인의 주장을 채택 결정한 과세전적부심사청구의 이유서에는 처분청이 인터넷 포탈사이트의 항공사진과 현장확인시 현황에 의하여 쟁점토지는 양도일 현재 농지가 아님이 확인된다고 판단한 부분이 포함되어 있음이 확인된다.

• 라. 판단 1) ｢국세기본법｣ 제81조의15 에서 규정하고 있는 과세전적부심사 제도는 과세처분을 하기 전에 과세할 내용에 대한 세무조사결과통지 또는 과세예고통지를 하여 그 내용에 이의가 있는 납세자로 하여금 과세의 적법여부에 대한 심사를 청구할 수 있도록 하는 사전적 권리구제장치로서 1999.8.31. 법제화되어 2000.1.1.부터 시행되고 있으며, 사후적 권리구제제도인 심사청구·심판청구·행정소송과 마찬가지로 과세관청의 위법·부당한 처분을 사전에 바로잡아 납세자의 권리를 구제하는데 그 목적을 두고 있다(서면인터넷방문상담1팀-1352, 2005.11.8. 같은 뜻).

2. 과세전적부심사위원회에서 결정된 내용이 명백히 위법·부당한 경우가 아니라면 설령, 그 판단근거가 부분적으로 잘못이 있다 하더라도 그 결정내용은 존중되어야 하고, 심사청구 결정의 기속력에 준하는 사실상의 구속력을 인정하여야 하며, 대법원도 과세전적부심사결정의 사실상의 구속력에 대하여 인정하고 있다(대법원2010두2555, 2010.5.13. 같은 뜻). 그 사실상의 구속력은 “예규”, “기본통칙”의 효력과 유사한 것이 될 것이고, 이러한 사실상의 구속력을 가지는 과세전적부심사결정에도 불구하고 과세관청이 그 결정에 반하는 처분을 하려면 그 결정된 내용이 명백히 위법·부당하고(서면인터넷방문상담1팀-1352, 2005.11.08. 같은 뜻), 그 위법·부당한 결정내용의 형성에 납세자가 적극적으로 기여해야 하는바, 감사관은 양도시점에 촬영된 인터넷 포탈사이트(Daum.net 등)에서 항공 촬영한 사진과 현장확인 등으로 확인한 사실에 의하면 쟁점토지가 과세전적부심사결정 내용을 번복할 만큼 양도일 현재 농지가 아님을 확인할 수 있다고 하고 있으나, 인터넷 포탈사이트(Daum.net 등)에서 항공 촬영한 사진과 현장확인 등으로 확인한 사실은 쟁점과적 국세심사회의에서 심의된 내용으로 이를 감안하여 채택 결정한 쟁점과적 국세심사회의 결정내용이 명백히 위법·부당한 경우라고 보기 어렵고, 납세자가 위법·부당한 결정내용의 형성에 적극적으로 관여하였다고 볼만한 자료도 없다.

3. 과세전적부심사는 심사청구와 동일한 담당자, 조직, 권한 등을 가진 국세심사위원회에서 심의를 하는바, 심사결정과 과세전적부심사결정의 효력을 다르게 부여하는 것은 사실상 불합리하고, 과세전적부심사의 재결청을 국세청장, 지방청장, 세무서장으로 구별하는 주요기준은 금액이므로 재결청에 따라 과세전적부심사결정의 효력에 차이가 있다고 볼 수 없으며, 납세자는 과세전적부심사의 채택결정이 과세관청을 사실상 구속하는 것으로 믿고, 과세전적부심사청구서 제출 및 수행에 있어 많은 시간과 비용을 들이는데 그 결정이 과세관청 스스로에 의하여 쉽게 무시될 수 있다면 과세전적부심사제도가 납세자의 권익을 보장하기 위한 제도라고 믿은 납세자에게 불의의 타격을 주게 되며, 이는 납세자의 신의에 정면으로 반하게 된다고 할 수 있어 명백히 위법․부당하지 않은 과세전적부심사에서 결정한 사실판단 사항을 감사관의 감사지적에 의하여 재결정․고지한 처분청의 처분은 정당하다 할 수 없다.

이건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.