종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해서는 신축주택에 대한 과세특례를 적용할 수 없음

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구인은 1989.10.23. 취득한 시 구 동 16 아파트 동 호 (이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2003.5.10. 시 구 동 16 아파트 1동 8호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2008.4.30. 신축주택을 1,295백만원에 양도하고조세특례 제한법제99조의3 【 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】규정을 적용하여 2008.6.16. 양도소득세 신고 시 양도소득세 248,097천원을 전액 감면세액으로 신고하였다. 세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 감면을 부인하여 감면소득금액을 201,550천원으로, 감면세액을 62,290천원으로 경정하고 2012.7.1. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 227,127,310원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.4. 이의신청을 거쳐 2013.2.5. 이 건 심사청구를 제기하였다.

조세특례제한법제99조의3 제1항의 내용을 해석하면 신축주택의 감면만 적용하여야 된다고 해석되어지고 있고, 쟁점주택 양도에 대하여 처분청이 주장하는 내용대로 양도소득세 계산공식을 적용하는 경우 매우 난처한 상황이 발생되고 있다. 첫째, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식이 일반분양 취득분만 산출하는 계산방식이라는 점과 마땅히 조세법전에 자기가 신축(재건축, 재개발) 한 건에 대하여는 명백히 적용할 계산공식이 없어 납세자와 일선세무서에서도 정확한계산식을 적용하지 못하고 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식에 맞추어 적용하였다. 처분청에서는 종전주택의 감면분에 감면을 부인하고 과세하여야 한다면 세법조문에 개정산식을 추가하여 개정한 후 세법전에 새롭게 공시하여 그 후 양도하는 물건부터 적용하여야 한다. 둘째, 조세특례제한법과 제99조의 3의 입법 취지와도 대치되는 부적합한 처분청의 부과결정으로 그 내용은 조세특례제한법 제1조 에 ‘이 법은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로서 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.’라고 규정하고 있다. 또한 현재 부과처분을 받은 각자의 납세자들에게는 엄청난 금전적 부담으로 그들의 가정경제가 파산이라 할 정도로 문제가 되고 있으며, 양도시점에서 명확한 계산산식이 없이 당초 결정을 한 후 수년이 지난 후 새로이 부과처분 하는 것은 국세기본법의 신의․성실의 원칙에 어긋난다. 셋째, 정확한 세액계산 공식이 없어서 새로운 계산방식을 주장하여 적용하고 일방적으로 부과결정을 하는 상황에서 더욱이 납부불성실 가산세를 추가로 부과한다는 것은 더욱 더 신뢰하지 못하게 만드는 결정이다. 결론적으로, 청구인이 주장하는 것처럼 법 개정을 하기 전까지 종전주택의 감면부인을 한다는 것은 부적합한 해석이며, 정확한 계산공식을 추가하여 개정하기 전까지는 종전주택 감면분에 대한 감면 부인은 부당하다.

조세특례제한법 제99조 의 3 및 재산세과-227(2009.1.20.), 부동산 거래관리과 -127(2011.2.10.), 조심 2010서2935(2011.6.30.), 조심2010부0415(2010.9.17.)등에 따르면, 신축주택 감면대상 양도차익은 종전 구주택 취득일로 계산하는 것이 아니라 신축주택 취득일로부터 계산하는 것으로 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이다. 청구인은 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.08.)에서 과세특례대상 소득금액을 전체양도 소득금액(신축주택양도가액 - 종전주택 취득가액)으로 일관되게 해석하고 있음에도 새로운 예규를 생산, 소급 적용한 처분은 신의성실 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체양도소득금액이라고 명확히 답변하지 않은 점, 과세관청이 신청인 에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보기 어려우므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 신축주택에 대한 양도소득세 감면과 관련하여 종전주택 취득일부터 신축 주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 감면배제한 처분의 적정 여부
• 나. 관련법령

1. 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 (2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1.주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 조합원"이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조제4항의 규정은 법 제99조의3제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. 3) 조세특례제한법 시행령 (2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등 】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 4) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 5) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 1) 부동산 등기부등본 등에 의하면, 신청인은 종전주택을 1989.10.23. 취득한 후 종전주택이 재건축됨에 따라 2003.5.10. 신축주택에 대한 사용 승인을 받은 사실이 나타난다. 2) 국세통합전산망에 의하면, 신청인은 2008.4.30. 신축주택을 1,295백만원에 양도하고조세특례제한법제99조의3을 적용하여 2008.6.16. 양도소득세 248,097천원을 전액 감면세액으로 신고한 사실이 나타난다.

3. **청 이의신청서 결정문을 보면 아래와 같은 사실이 확인된다. < 주택 거래일 및 기준시가 > (단위:원) 구분 종전주택 취득일 신축주택 취득일 신축주택 양도일 신축주택 취득 후 5년이 되는 날 거래 일자

1989. 10. 23.

2003. 5. 10.

2008. 4. 30..

2008. 5. 10. 기준 시가

① 50,900,000

② 753,162,967

③ 1,024,000,000

• 4) 처분청에서 계산한 감면소득금액은 다음과 같다. (단위: 원) ※ 감면대상 양도소득금액 = 201,550,781 양도소득금액 (724,158,962) × (③ 기준시가:1,024,000, 000) - (② 기준시가:753,162,967) (③ 기준시가:1,024,000,000) - (① 기준시가:50,900,000)

• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 청구인은 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례에 따라 종전주택 취득 때부터의 양도소득금액 전액 감면이 입법취지에 부합하고 법 해석에도 타당하므로 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점(조심 2012서0121, 2012.2.23., 2010서2935, 2011.6.30. 등 같은 뜻임), 또한 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 보이는 점(국세청적부2010-0114, 2010.5.28.) 등을 감안할 때, 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 판단하고 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정고지한 당초 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 과소신고 및 과소납부의 귀책사유가 청구인에게 없더라도 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.(조심2011중4909, 2012.4.25. 외 다수 같은 뜻임)

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.