신축주택 감면규정을 적용함에 있어 청산금 납부분과 종전 주택분으로 구분하여 감면소득금액을 재계산할 수 없음

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구인은 1997.12.8. 청구외 AAA으로부터 OO시 OO구 OO동 128-635 대지 40㎡(이하 “수증토지”라 한다)를 수증받아 보유하던 중 재개발사업에 따른 재개발조합에 조합원 부담 청산금 110,626,014원을 납부하고 OO시 OO구 OO동 349 OO한신플러스 110동 2003호(이하 “신축주택”이라 한다)를 분양받아 2002.8.28. 사용승인으로 취득한 후 2006.3.2. 양도가액 450,000,000원에 양도를 하면서 양도소득금액 260,290,773원에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 규정을 적용하여 양도소득세 81,104,678원을 전액 감면신청하면서, 농어촌특별세 16,220,930원을 신고․납부하였다. 나. 처분청은 수증토지 취득일부터 신축주택 사용승인일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정이 적용되지 아니하는 것으로 보아 청구인의 양도소득세 감면신청을 배제하고 2012.4.1. 청구인에 대하여 2006년 과세연도 양도소득세 57,418,750원을 경정․고지하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.8. 이의신청을 거쳐 2012.1.15. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 조특법 제99조의3제1항에서 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득은 양도소득세의 100%세액을 감면하고, 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다. 한편 제4항에서는 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다라고 규정하고 있다. 또한 제4항은 5년 기간 동안의 양도소득금액을 계산하기 위한 규정으로 동법 시행령 제99조의 3에 위임하고 있고, 동 시행령 제1항은 동법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있다. 따라서 청구인의 신축주택은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도 되었으므로 양도소득세를 100% 감면하여야 할 것이다.
• 나. 양도소득세 신고를 실지거래가액에 의하였고, 취득, 사용승인일, 양도시 실지거래가액을 있으므로 취득시부터 사용승일까지의 구주택 양도소득금액 7,417,675원{= 51,373,986(구주택평가액) - 42,000,000(구주택취득가액) - 647,310(필요경비) - 1,309,001(장기보유공제)}과 신축주택 양도소득금액 251,765,137원{= 450,000,000 - 162,000,000(청산금포함) -2,328,000 - 33,906,863(장기보유공제)}으로 산출세액을 안분하여 줄 것을 청구한다.
• 다. 청분청이 주장하는 감면배제 금액 계산근거를 보면 실지거래가액에 의한 양도금액 450,000,000원에서 구주택 취득가액 42,000,000과 청산금 납부금액 110,626,014원 기타 필요경비 2,975,310원을 차감하여 양도차익 294,398,676원에서 장기보유공제 34,107,903원 차감 양도소득금액 260,290,773원을 취득시 기준시가, 준공시 기준시가, 양도시기준시가로 안분하였을 뿐 청산금 납부금액에 대한 아무런 고려도 하지 않고 전체의 양도소득금액을 안분하여 추가납부세액을 산정하였으나, 구주택 평가액을 실지거래가액으로 인정하지 못한다면 소득세법 시행령 166조 제1항1호 의 규정 재개발․재건축 양도소득세 산출 방법에 의하여 산출하고, 청산금 납부에 대한 취득일은 사용승인일이 되므로 청산금 납부금액에 대하여는 취득일로부터 5년내의 양도소득이므로 양도소득세를 100% 감면하여야 하며, 종전주택에 대한 양도소득세는 조특법 제99조의3 동법 시행령 제40조 제1항의 규정에 의하여 안분하여야 할 것이다.

처분청은 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세의 감면대상 양도소득금액 계산 시 같은 법 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식은 신축주택이 5년이 경과하였을 때 적용하는 기준으로서, 청구인의 경우 신주택 취득후 5년이내 양도하였으므로, 이 기준을 적용한다는 것은 엄격해석원칙에 배치되며, 더불어 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면대상 양도소득금액을 안분계산하는 식은 청산금납부에 대한 아무런 고려도 없이 분자 및 분모의 취득일의 기준시가를 달리 적용하는 것 또한 엄격해석원칙에 배치되는 바, 조특법 제99조의3의 취지 및 일반분양자와 승계 조합원과의 과세형평성 측면에서 신주택 감면 대상 양도소득금액을 재산정하여야 할 것이다.

• 가. 조특법 제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없으며, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한다는 내용이지 신축주택이 5년 경과하였을 때 적용한다는 해석상의 오류가 있다.
• 나. 청산금 납부금액 110,626,014원은 필요경비로 반영되었으므로 감면소득금액 94,872,842원에 대하여 조특법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 계산한 처분은 정당하다.
• 다. 청구인의 주장대로 조특법 제99조의3의 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 종전주택과 신축주택의 양도소득금액으로 산출세액을 안분할 규정이 없으며, 만약 청구인의 주장대로 종전주택 양도소득금액과 신축주택 양도소득금액으로 안분하여 감면세액을 계산한다 하더라도 청구인이 요청하는 종전주택 7,417,675원에는 관리처분계획인가후 양도차익 중 기존건물과 그 부수토지의 평가액부분에 대한 부분에 대한 고려가 없다.
• 라. 신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액만을 감면한다는 법령에 따라 적정하게 신고․납부한 납세자도 다수 있어 이들과의 과세형평에 비추어 과세한 처분 역시 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 조특법 제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에게 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면이 적용되는지 여부 2) 조특법 제99조의 3의 신축주택 감면규정을 적용함에 있어 청산금 납부분과 종전 주택분으로 구분하여 감면소득금액을 재계산할 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취 득한 신축주택(｢주택법｣에 따른 주택조합 또는 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(｢주택법｣에 따른 주택조합 또는 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 ｢택지개발촉진법｣ 제3조 의 규정에 의하여 택지 개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 3) 조세특례제한법 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 ｢소득세법｣ 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 ｢법인세법｣ 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}/{(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 4) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 5) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

6. 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전 양도차익"이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

• 다. 사실관계

1. 처분청은 이 건 양도소득세 57,418,754원의 결정결의서를 제시하고 있으 며, 감면소득금액 94,872,842원{=250,238,875×(297,500,000-200,632,512)÷(297,500,000

• 42,000,000)} 과 감면세액 29,673,650원(=77,485,995×94,872,872÷247,738,875)으로 계산하고 있고, 관리처분계획 인가전 양도차익과 청산금 납부분 양도차익으로 구분하여 양도차익을 계산하고 있다.

2. 청구인에 대한 과세전적부심사 및 이의신청 결정문을 제시하고 있다.

3. 청구인의 1999.11.3.자 신축주택에 대한 조합원 분양계약서를 제시하고 있으며, 제1조(청산금 내역)에서 청산금을 11,626,014원으로 하고 있다.

4. 청구인의 2006.3.7.자 양도소득 과세표준 신고 및 신고납부계산서를 제시하고 있으며, 산출세액 81,104,678원에 대하여 전액 감면세액으로 계산하고, 농어촌특별세 8,110,468원을 자진납부세액으로 계산하고 있다.

5. 조특법 제99조의3 제1항의 규정에 의거 양도소득세 등에 대한 세액감면(면제)신청서를 제시하고 있다.

6. 신축주택에 대하여 매매대금 450,000,000원으로 하는 2006.2.20.자 부동산매매계약서를 제시하고 있다.

7. 수증토지에 대한 1997.12.8.자 증여계약서, 취득세 276,270원, 등록세 등 관련 비용 508,640원의 영수증을 제시하고 있다.

8. 신축주택에 대한 청구외 OO구청장의 2002.8.28.자 사용검사필증을 제시하고 있다.

• 라. 판단 청구인의 신축주택은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도 되었으므로 양도소득세를 100% 감면하여야 한다는 주장에 대하여 살펴보면, 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 같은 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며(조심2012서5282, 2013.2.5.외 다수, 같은 뜻), 동 규정을 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수도 없다고 할 것이다(서울행정법원2011구단27363, 2012.3.9. 같은 뜻). 다음으로, 청산금 납부에 대한 취득일은 사용승인일이 되어 청산금 납부금액에 대하여는 취득일로부터 5년내의 양도소득이므로 양도소득세를 100% 감면하여야 하며, 종전주택에 대한 양도소득세는 조특법 제99조의3 및 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정에 의하여 안분하여야한다는 주장에 대하여 살펴보면, ｢소득세법 시행령｣ 제166조 는 소득세법 제100조 에 따라 양도차익을 산정하는 경우, 전체양도차익을 관리처분인가일을 기준으로 관리처분 인가일전 종전주택분 양도차익과 관리처분 인가일후 종전주택분 양도차익과 청산금납부분 양도차익으로 나누어 산정하도록 하는 규정으로서 처분청이 동 조항에 따라 전체양도차익을 산정한 사실이 확인되고 있고, ｢소득세법 시행령｣ 제166조 를 ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이다(같은 뜻 조심2010서3102, 2011.8.9.). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도 소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 감면 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 고지 처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.