신축주택 감면소득 계산

AA세무서장이 0002.6.1. 청구인에게 경정 고지한 2009년 과세연도 양도소득세 00,000,000원의 부과 처분은,

1. 조세특례제한법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항을 적용하여 양도소득세 감면액 계산시 분모의 취득당시의 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가이므로, 이 건 종전주택인 BB CC구 DD동 00-00소재 주택의 기준 시가를 산정한 후 신축 양도주택인 BB CC구 DD동 00-00소재 주택(000호, 000호)에 대응하는 이 건 종전주택의 기준시가를 분모의 취득당시 기준시가에 가산하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구주장은 이를 기각합니다.

청구인은 1998.11.19. BB CC구 DD동 00-00소재 단독주택 (부수토지 포함, 이하 “종전주택”이라 한다) 을 상속을 원인으로 취득하여 보유하다가 2002.9.18. 종전주택을 멸실하고, 다세대주택 (이하 “신축주택”이라 한다) 을 2003.2.14. 신축 취득한 후, 신축주택 중 000호와 000호(2채, 이하 “쟁점양도주택”라고 한다)를 2009.5.15. 양도하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)제99조의3에 따라 양도소득세 과세특례대상으로 보아 2009.7.30. 양도소득 예정 신고시 양도소득세 00,000천원을 100% 감면세액으로 신고하였다. 처분청은 조특법 제99조의3에 따라 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 양도소득세 감면세액을 00,000천원으로 산정하여 0002.6.1. 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 00,000천원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 0002.9.7. 이의신청을 거쳐 0002.12.28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

이 건의 경우 종전주택을 상속받아 보유하다가, 종전주택을 멸실하고 주택을 신축하여 일정기간 경과 후 양도한 건이며, 신축주택 감면 해당기간(신축주택 취득일～신축주택 취득후 5년 시점)을 제외한 나머지 보유기간(종전주택 보유기간, 신축주택 취득후 5년 이후기간)에 대하여는 기준시가가 하락되었고, 기준시가가 상승된 기간은 양도소득세 100% 감면 대상기간에 해당하므로 산출된 양도소득세 100%를 감면대상으로 보아 양도소득세를 자진 신고하였다. (종전주택 취득시점부터 신축주택 양도시점 기준시가) (단위: 원) 구분 기간 기준시가 토지 (㎡당 공시지가) 건물 종전주택 취득시점 1998.11.19. 0,000,000 멸실 신축주택 취득시점 2003.2.14. 0,000,000 000,000,000 신축주택 5년 시점 2008.4.30. 000,000,000 신축주택 양도시점 2009.5.15. 000,000,000 즉 본 건의 총 양도소득은 신축후 5년까지의 양도소득보다 적으며, 그 이 유는 기준시가를 통해 양도소득을 계산해보면 “신축 5년이후의 양도소득”과 “신축이전 토지분 양도소득”이 모든 (-)로서 양도손실이 발생하기 때문이다. 따라서 감면소득 계산시 감면과 무관한 종전주택 취득시점에서 신축주택 취득시점까지의 양도차익을 분리하여 계산한 후, 양도소득이 있는 경우 이를 당연히 납부할 세액에 포함시켜야 할 것이고, “신축주택 취득시점부터 신축주택 처분시점” 사이의 양도차익을 산출하여, 산출된 양도차익에 조특법 시행령 제40조 산식 적용시, 분모는 “신축주택 취득시점부터 신축주택 처분시점”까지의 기준시가 차이, 분자는 “신축주택 취득시점부터 신축주택 취득후 5년 경과시점”까지의 기준시가 차이에 의하여 산정된 감면율을 적용하여 감면대상 소득금액을 산정함이 타당하다. 설령 처분청 방식에 따라 감면대상 소득금액 산정시에도 멸실 주택의 건물 기준시가를 조특법 시행령 제40조 산식의 분모란 “취득당시 기준시가”에 반드시 가산되어야 한다. 처분청은 ①신축이전 보유기간에 해당하는 양도소득을 포함한 총 양도소득을 대상으로 감면비율을 적용하되, ②분모의 “취득당시 기준시가”는 종전 주택 취득시점을, ③분자의 “취득당시 기준시가”는 신축 취득시점을 대입해서 감면소득을 계산하고 있으며, 특히, 본인이 도저히 수긍할 수 없는 점은 분모의 “취득당시 기준시가”에서, 종전주택이 멸실되었으니 종전주택 건물분 취득당시 기준시가가 “0”이고, 상속취득 당시(종전주택) 토지분 기준시가만 대입해서 감면비율을 산정하였다. 본 건처럼 기존 택지에 주택을 신축한 경우, 종전주택은 물건이 소멸되어 기준시가가 존재하지 않을 뿐이지, 최초 취득 당시부터 구건물의 기준시가가 “0”이 되는 것은 아닐 것임에도 처분청은 감면비율 계산에서 분모의 최초 취득 당시 기준시가에 논리적 근거 없이 건물분을 아예 “0”으로 대입하여 분모 값을 높임으로써 감면비율을 축소시키는 왜곡현상을 초래하였다. 판단건대, 과세를 위한 세액 계산은 법문에 충실하게 적용하여야 함에도 불구하고, 납세자가 객관적으로 수긍할 수 없는 계산방식을 적용하여 세액을 산출 고지한 처분청의 부과처분은 지극히 부당하다고 사료된다.

조특법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 따라 신축주택에서 발생한 감면소득금액을 계산할 때 감면대상 자산 전체에서 발생한 양도소득금액 중 신축주택 취득 후 5년 이내 발생한 양도소득금액을 산출하여야 하므로 분모는 양도 자산 전체의 기준시가 변동내용이 반영되어야 하고 분자는 신축주택 취득 후 양도시까지의 기준시가 변동내용이 반영되어야 함에 따라 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당한 것이며 분모의 “취득당시의 기준시가”를 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석한다면 양도 자산에서 발생한 전체 양도소득금액을 온전히 신축주택 취득 후의 양도소득금액으로 산정하는 오류가 발생한다. 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있으므로 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없으므로 종전주택에서 발생한 양도차익에 대하여 과세대상으로 고지한 당초 처분은 정당하다. 또한 일정기간 사용한 건물을 철거하고 새로운 건물을 신축하여 양도한 경우에는 구건물의 건물가액을 필요경비로써 취득원가에 산입시키지 않는 것과 같이, 감면대상 양도소득금액을 계산함에 있었어도 분모의 “종전건물 취득당시 기준시가”에 멸실된 건물의 기준시가를 산입하여 양도된 신축주택의 기준 시 가에서 차감함으로써 감면비율을 높여 감면대상 소득금액을 산정하는 것이 아니므 로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 양도소득세 감면과 관련하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액을 감면 배제한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법(2009.5.21. 9671호 개정전의 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택 취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령(2009.6.19. 21545호 개정 전의 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 BB특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등 】

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가)

3. 소득세법(2009.5.21. 9672호 개정전의 것) 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 4) 조세특례제한법 개정법률 부칙 <2002.12.11. 법률제6762호> 제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의2제3항제1호 단서, 제94조제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다. 제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치)

① 이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

• 다. 사실관계

1. 종전주택과 신축주택의 건축물대장에 의하여 건축물현황은 다음과 같이 나타난다. (가) 종전주택 건축물 현황(폐쇄 일반건축물대장) (나) 신축주택 건축물 현황(집합건축물대장)

2. 처분청의 양도소득세 경정 결의서에 의하면 종전주택 취득일로부터 신축주택 준공 전일까지의 양도소득금액에 대하여 신축주택 감면세액을 배제함으로써, 감면세액이 당초 00,000,000원에서 경정후 00,000,000원으로 변경되어 00,000,000원이 감액되었고, 납부불성실가산세 0,000,000원을 가산하고 기납부 세액 0,000,000원을 차감하여 2009년 과세연도 양도소득세 00,000,000원을 경정한 것이 나타난다.

3. 처분청의 경정결의서 및 청구인의 의견서에 의하면 종전주택 및 신축주택의 기준시가 산정금액은 다음과 같이 나타난다. (단위: 원) 구분 기간 처분청 청구인 토지 (㎡당 공시지가) 건물 토지 (㎡당 공시지가) 건물 종전주택 취득시점 1998.11.19 00 00 신축주택 취득시점 2003.2.14. 00 00 00 신축주택 5년 시점 2008.2.14. 00 신축주택 양도시점 2009.5.15. 00

4. 처분청의 신축주택 감면세액 검토서에 의하면 조특법 시행령 제40조에 따른 감면대상 양도소득금액 산정 시, 분모의 “취득당시 기준시가”는 쟁점양도주택의 부속토지 면적(00㎡)에 해당하는 종전주택 부속토지의 취득당시 기준시가 00,000,000원(00㎡, @0,000,000원)만을 적용한 것이 나타난다.

• 라. 판단 청구인은 신축주택관련 감면대상 양도소득금액 산정 시 종전주택분과 신축주택분 양도소득금액을 각 산정한 후, 신축주택분 양도소득금액을 대상으로 조특법 제40조 규정을 적용하여 계산하며, 이때 분모에는 “신축주택 양도당시 기준시가-신축주택 취득당시 기준시가”를, 분자에는 “신축주택 취득 후 5년의 기준시가-신축주택 취득당시 기준시가”를 적용함이 타당하다고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다. 조특법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 따르면 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정되어 있고, 이때 분모의 취득당시의 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를, 분자의 취득당시 기준시가는 신축한 주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 계산하는 것(부동산거래관리과, 조심000 같은 뜻)이므로 처분청에서 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 부과처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한