쟁점토지를 비사업용 토지로 보고 과세한 처분은 부당함

○○○세무서장이 2012.5.7. 청구인에게 한 2008년 과세연도 양도소득세 98,164,780원 중

○○도 ○○시 ○○면 ○○리 697번지 등 3필지를 비사업용 토지로 보고 과세한 부분은 취소하여 세액을 경정합니다.

청구인은 1983.9.16. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 697번지 대지(582㎡) 를 취득한 후 2008.11.4. 697번지(495㎡), 697-1번지(86㎡), 697-2번지(1㎡) 로 각각 분할 등기(이하 697번지 등 3필지를 “쟁점토지”라 한다)하였다. 청구인은 쟁점토지 중 697번지를 2008.11.28. 환경부에, 697-1번지 및 697-2번지를 2008.12.22. 정○필에 각각 양도하면서 쟁점토지의 총 양 도 가액을 183,419,500원으로 하여 2009.2.1. 양도소득세 예정 신고를 하 였다. 처분청은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 배제 및 60%의 세율을 적용하여 2012.5.7. 양도소득세 98,164,780원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012.12.21. 이 건 심사청구를 제 기하였다.

쟁점토지는 2006.12.31. 이전에 20년 이상 소유한 농지를 2009.12.31. 까 지 양도한 경우에 해당되고, 취득 후 매도까지의 기간 중 80% 이상 이 개발제한구역으로 지정되어 있어 사실상 건축이 불가능하였는바 소득세법 제104조의3 제2항, 동법 시행령 제168조의14 제1항 제1호, 제3항 제2호 규정에 의하 여 비사업용 토지로 보지 않는 것이 합당하다. 청구인이 부모님으로부터 1969.1.5. 상속받은 쟁점토지는 선대로부터 내 려온 토지이나 미등기상태로 있던 토지로서, 1983년 부동산 등기에 관 한 특별조치법이 발효되어 미등기된 토지를 일괄하여 등기가 가능하다고 하여 상속을 원인으로 최초로 소유권 보존등기를 하였고, 부모님으로부터 상속받은 1969.1.5. 이후인 1972.8.25. 건교부고시 제447호에 의하여 개발제한구역(자연 녹지지역)으로 지정되었으며, 2006.6.12. ○○도 고시 제 2006-173호에 의하 여 개발제한구역(자연녹지지역)에서 해제되어 1종 일반 주거지역으로 변경되었

• 다. 또한 고향에 계속 거주 하고 있던 육촌형이 쟁점토지를 매도할 때까지 밭농사에 사용하여 왔고, 소득세법 시행령 제168조의8 에 의하면 농지라 함은 전․답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다고 하였으므로 비록 지목은 대지이지만 실제 밭으로 사 용 된 정황이 명백하므로 비사업용 토지의 양도가 아니다.

처분청이 쟁점토지에 대한 2002년∼2008년 재산세 과세내역을 관할시청 에 확인한 바, 2002년 주택(84.96㎡)의 부수토지로 과세(2002년 이전 과세 내역 확인불가)되었고, 2003년 이후 나대지로 종합합산과세대상으로 분 류된 것으로 볼 때 농지가 아닌 공부상 지목과 일치하는 대지로 볼 수 있다. 쟁점토지는 개발제한구역 내 위치하여 건축물의 신축 등이 제한되어 있으 나, ○○시청 친수사업과-6526(2012.5.8.)의 회신내용과 같이 일정요건을 갖추면 농가주택 등을 신축할 수 있는 경우로서 개발제한구역으로 지정되었다는 사실만으로는 소득세법 시행령 168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보 지 아니하는 토지의 판정기준 등】에 해당하지 않기에 당초 결정은 정당하다. 개별공시지가 산정을 위한 기초자료인 토지특성조사표 사본을 확인한 바, 조사 당시 지목이 대지인 것으로 기재되어 있고, 청구인이 객관적인 증빙없이 경작사실 확인서, 2007년∼2008년 항공사진 등만으로 취득일 이후 양도일까 지 실제 지목은 답이며 육촌 형인 정○복이 농사지었다고 주장하는 것은 신빙성이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 있는지 여부에 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 2) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한 다)를 말한다. <개정 2007.12.31>

1. 전·답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
• 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 및 시지역(지방자치법 제3조제4항 의 규정에 의한 도·농복합형태의 시의 읍·면 지역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 농지. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지가 특별시·광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 종료되지 아니한 농지를 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

• 가. 산림법에 의하여 지정된 산림유전자원보호림·보안림·채종림·시 험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로 서 대통령령이 정하는 것
• 나. 대통령령이 정하는 바에 의하여 임야소재지에 거주하는 자가 소유한 임야
• 다. 토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임 야로서 대통령령이 정하는 것

3. 목장용지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것. 다만, 토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

• 가. 축산업을 영위하는 자가 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시·광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안에 있는 것(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다).
• 나. 축산업을 영위하지 아니하는 자가 소유하는 토지

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법 또는 관계법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황·관계법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

5. 지방세법 제182조제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 주거용건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 "별장"이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 지방자치법 제3조제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. 3) 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보 지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다. <개정 2008.2.22, 2008.2.29>

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토 지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지: 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령이 정하는 기간

② 항 생략

③ 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. <개정 2006.2.9, 2008.2.29, 2008.10.7>

1. 2006년 12월 31일 이전에 상속받은 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지 (이하생략) 4) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
• 다. 사실관계 등기부등본 및 국세통합전산망에 의하면 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도 내역은 다음과 같다. <청구인의 쟁점토지 취득 및 양도 내역> 부동산소재지 지목 면적 (㎡) 취득일 양도일 비고

○○도 ○○시 ○○면 ○○리 697 대 495 1983.9.16. 2008.11.28.

○○도 ○○시 ○○면 ○○리 697-1 대 86 1983.9.16. 2008.12.22. 697번지에서 분할됨

○○도 ○○시 ○○면 ○○리 697-2 대 1 1983.9.16. 2008.12.22. 697번지에서 분할됨 청구인의 부친이 1969.1.5. 사망하기까지 쟁점토지 소재지에 거주하였다는 사실, 청구인의 쟁점토지 보유기간, 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액에는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 부동산 소유권 이전등기에 관한 특별조치법(법률 제3562호)에 의하여 1983.9.16. 자로 소유권 보존등기를 하였다. 광 주 시 제목: 주택 신축 가능여부 검토요청에 대한 회신

○○면 ○○리 697번지 상 (지목: 대) 에 단독주택을 신축하고자 문 의하신 사항에 대하여 관련법 검토결과를 아래와 같이 회신합니다. 회신내용:

• 수 도 법 신청지는 상수원보호구역으로 수도법 시행령 제13조 및 상수원관리규칙 제12조 규정에 의거 보호구역에 실거주하는 주민이 지목상 대지인 토지에 신축하는 경우로서 연면적 100제곱미터이하의 농가주택(농업인에 한함) 과 연면적 66제곱미터 이하의 부속건축물을 신축할 경우 가능 (조건가)

• 환 경 정 책 법 당해 신청일 6개월 이전부터 세대주를 포함한 세대원전원이 특별 대책지역으로 I 권역(○○시, ○○○, 여주 일부지역 등) 에 주민등록이 되어있고 실제로 거주하는 자로서 연접토지 소유자의 건축물과 배우자 직계 존비속, 미혼의 형제자매의 동일용도 건축물 및 인접토지에 신청인 소유자의 동일용도 건 축물을 합산하여 건축 연면적 800제곱미터 미만인 경우에 한하여 입지 가능함. 끝. 2012.5.8. ○○도 ○○시청에서 작성한 주택 신축 가능 여부 검토요청에 대한 회신 (문서번호 친수사업과-6526) 내용은 다음과 같다. 청구인은 2009.2.1. 쟁점토지의 양도소득세 예정신고시 조세특례제한법 제77조 의 공익사업용토지등에 대한 양도소득세의 감면 및 장기보유 특별공제 적용 신고하였으나, 본 양도거래는 수용이 아닌 일반 매매로서 이를 다시 2011.8.25. 조세특례제한법 제77조 에 의한 감면 제외 하여 수 정신고 하였다. 신고구분 양도가액 (매매가액) 취득가액 (기준시가) 장기보유 특별공제 소득금액 산출세액 감면세액 2009.2.1.신고분 183,419 6,930 52,910 123,456 31,844 2,979 2011.8.25.신고분 183,419 6,930 52,910 123,456 31,844 (단위: 천원) 처분청은 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세 98,164,780 원을 고지하였다. 처분청은 쟁점토지와 관련하여 건축물 존재여부 확인 및 토지 특성조사 표 사본을 ○○시청에 요구한 결과 회신한 내용은 다음과 같다. 소재지 소유자 연도 토지현황 면적(㎡) 건축물존재여부 경기 광주 ○○면 ○○리 697 정○규 (490914- ***) 2000 주거용토지 582 없음 2001 주거용토지 582 없음 2002 주거용토지 582 존재 (단독주택 및 기타용도건축물) 2003 주거용토지 582 없음 2004 주거용토지 582 없음 2005 나대지 582 없음 2006 나대지 582 없음 2007 나대지 582 없음 2008 나대지 538.45 없음 공공시설용 토지 43.55 <건축물 존재여부 확인 조회내역서> 처분청은 관할시청을 통하여 쟁점토지가 2002년 주택(84.96㎡)의 부수토지로 과세되었으며, 2003년 이후 나대지로 종합합산과세대상으로 분류되었음을 확인하였다. 지번 연도 면적 (㎡) 공적규제 토지이용상황 용도지역

○○도

○○시

○○면

○○리 697 번지 2001 582 계획관리지역 주거용 2002 582 계획관리지역 주거용 2003 582 개발제한구역 주거용 2004 582 개발제한구역 주거용 2005 582 개발제한구역 주거용 2006 582 개발제한구역 주거용 2007 582 (1종전용주거지역) 주거용 2008 582 (1종전용주거지역) 주거용 <토지특성 조사표> 쟁점토지는 1972.8.25. 건교부고시 제447호에 의하여 개발제한구역(자연녹지지역)으로 지정되었고, 2006.6.12. ○○도 고시 제2006-173호에 의하여 자연녹지지역에서 제1종 전용주거지역으로 용도변경 되었다. 유○수, 함○식은 청구인의 육촌인 정○복이 1983.9.16.부터 2008.11.28.까 지 쟁점토지에서 밭작물을 경작하였다는 경작사실 확인서를 2012년 작성하 였다.

• 라. 판단 이상의 사실관계와 법령을 바탕으로 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 있는지 여부를 본다. 청구인이 쟁점토지를 부동산 소유권 이전등기에 관한 특별조치법(법률 제3562호)에 의하여 1983.9.16. 자로 소유권 보존등기를 한 점, 소유권 보존등 기를 하기 이전 부터 청구인이 쟁점토지를 소유하고 있었다는 사실에는 청구인과 처분청 사이 에 다툼이 없는 점, 쟁점토지가 1972.8.25. 건교부고시 제447호에 의하여 개발제한구역(자연녹지지역)으로 지정된 후 2006.6.12. ○○도 고시 제 2006-173호에 의하여 개발제한구역(자연녹지지역)에서 해제된 점, 일정요건을 갖추면 쟁점토지에 농가주택 등을 신축할 수 있어 사용이 제한되었다고 볼 수 없다는 처분청의 의견은 쟁점토지 양도 이후 시점 인 2012.5.8. ○○시청의 회신내용을 근거로 하고 있는 점, 토지의 취득 후 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제11조 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조 의 규정에 따른 개발행위의 제한으로 사실상 토지의 사용이 제한된 경우에는 소득세법 시행령 제168조 의 14 제1항의 규정에 따라 그 사용이 제한된 기간 동안은 비사업용 토지로 보 지 아니하는 점(서면인터넷방문상담5팀-1530, 2007.5.11. 같은뜻)등을 종합하여 보면, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보고 과세한 처분은 부당하다 할 수 있다.

이건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.