종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 감면대상에 해당하지 않음

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구인 외 2명(박AA, 박BB, 이하 “청구인들”이라 함)의 피상속인 박ㅇㅇ(2010.1.25. 사망)는 1985.1.1. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재 주택(이하 “종전주택”이라 함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라, 같은 번지 소재 ㅇㅇ아파트(이하 “신축주택”이라 함)를 2004.8.30. 취득(임시사용승인일)하여 2009.8.3. 양도한 후, 이에 대한 양도소득세를 조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조를 적용하여 2009.9.23. 양도소득세를 100% 감면하여 신고하고 농어촌특별세 23,653,580원을 납부하였다. ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 함)은조세특례제한법제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 자기가 건설한 신축주택(재건축ㆍ재개발 포함)의 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않음에도 전체에 대하여 감면 신고한 양도소득금액 중 종전 주택에 해당하는 부분은 감면 배제하여, 피상속인 박ㅇㅇ의 연대납세의무자인 청구인들에게 2012.6.7. 2009년 과세연도 양도소득세 75,708,030원(납부불성실가산세 10,827,449원 포함)을 경정결정 고지하였다. 청구인들은 이에 불복하여 2012.9.4. 이의신청을 거쳐 이 건 심사청구를 2012.12.24. 제기하였다.

• 가. 재건축촉진을 위해 만들었던 조특법 제99조 및 제99조의3의 규정에 정하여지지 아니한 것을 예규(재산-227, 2009.1.20)를 기초로 매각한지 3년이 지난 시점에서 양도소득세를 부과하여 국가를 신뢰하고 거래하였던 일반 국민에게 예상치 못한 손해를 입히고 있으므로 국가와 법을 신뢰한 국민에게는 법에 명시된 것처럼 양도소득세를 감면하여야 한다.
• 나. 실제로 아무런 근거 없이 2006년 이전에 매도한 사람은 양도소득세가 감면되고 그 이후에 매도한 사람은 감면되지 못하고 있어 차별하고 있으며, 2009년의 예규 또한 법률이 정한 범위를 넘어서 위임의 범위를 벗어나 국민에게 고통만을 강요하고 있으므로 양도소득세 처분을 취소하여야 한다.
• 다. 이 주택의 본래 소유주께서는 사망한 지 벌써 3년이나 경과하여 모든 상속세 등 상속문제가 종결되었음에도 불구하고 이제야 비로소 소득세감면이 배제되었다고 하여 상속인들에게 불측의 손해를 입히고 있으므로 이에 관한 점도 고려하여 시정을 요구한다.
• 라. 주의적으로 이 주택을 매도 당시에 전문 세무사는 물론 세무기관에서조차도 양도소득세 감면대상에서 제외됨을 알지 못하여 일반 국민들로서는 전혀 부과될 수 있음을 알지 못하였는데도 불구하고 가산세를 부과함은 모든 책임을 납세자에게 돌리려 하는 것이므로 취소를 청구한다.
• 마. 이상과 같은 이유로 이제까지 성실하게 국가를 신뢰하면서 어려운 경제 상황에도 성실하게 납세를 하였던 국민을 불쌍히 생각하여 바른 판단을 하셔서 국가를 믿고 따를 수 있는 조세행정을 펼쳐야 한다.

• 가. 재건축촉진을 위해 만들었던 조특법 99조 및 99조 3의 규정에 정하여지지 아니한 것을 새로운 예규를 기초로 매각한지 3년이 지난 시점에서 양도소득세를 부과하여 국가를 신뢰하고 거래하였던 일반 국민에게 손해를 입히고, 2006년 이전 매도한 사람과 차별을 하고 있다는 주장에 대하여 보면, 1) 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정은 감면대상 양도소득금액을 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며 소득세법 시행령 제166조 제2항 에서 주택재개발사업 또는 주택 재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익과 관리처분계획인가 후의 양도차익을 구분 계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있음에 비추어 보면 조세특례제한법 제99조의 3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택 준공일부터 양도일까지의 양도소득을 의미한다고 할 것이다.

2. 본 건 신축주택 양도일은 2009.08.03일로 현행예규(재산세과-227, 2009.1.20) “단독주택을 취득하여 주택재개발 사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 단독주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 아니하는 것”과 같이 동 예규 시행 후 양도하였으므로 쟁점아파트의 경우는 감면배제의 위법성을 논할 여지가 없다고 판단된다.

3. 또한, 소득세법 제114조 에 납세지관할 세무서장은 “예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”라고 규정하고 있고 법령에 따라 적정하게 신고납부한 납세자도 다수 있으므로 이들과의 과세형평에 비추어 과세는 정당하다.

• 나. 주택 본래 소유주인 피상속인이 사망한지 3년이 경과하고 상속문제가 종결되었음에도 양도소득세 감면배제로 상속인들에게 불측의 손해를 입혔다는 주장에 대하여 보면, 국세기본법 제24조 에 의하면 “상속이 개시된 때에 그 상속인은 피상속인에게 부과되거나 그 피상속인이 납부할 국세․가산금․체납처분비를 상속으로 받은 재산의 한도에서 납부할 의무를 진다”고 규정하고 있다.
• 다. 신축주택 매도 당시 세무사 및 세무서에서 조차 양도소득세 감면 배제됨을 알려주지 않고 가산세까지 부과함은 부당하다는 주장에 대하여 보면, 본건은 위에 언급한 것처럼 현행예규 시행 후 양도하였으며, 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정 하는 이자율로 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 재개발로 취득한 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정을 적용 시 종전 주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 감면 배제한 것이 소급과세 금지의 원칙에 위배되는지 여부

2. 종전 주택 양도소득에 대한 감면 배제 시 납부불성실가산세 부과가 정당한지 여부

3. 신축주택의 소유주인 피상속인이 사망한 이후에 상속인인 청구인 등에게 양도소득세를 부과한 것이 정당한지 여부

• 나. 관련 법령

1. 조세특례 제한법 제99조 의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취 득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조 의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지 개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. <개정 2010.2.18 부칙> 3) 조세특례제한법 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}/{(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 4) 국세기본법 제24조 【상속으로 인한 납세의무의 승계】

① 상속이 개시된 때에 그 상속인[수유자(受遺者)를 포함한다. 이하 같다] 또는 민법 제1053조에 규정된 상속재산관리인은 피상속인에게 부과되거나 그 피상속인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 상속으로 받은 재산의 한도에서 납부할 의무를 진다.

② 제1항의 경우에 상속인이 2명 이상일 때에는 각 상속인은 피상속인에게 부과되거나 그 피상속인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 민법 제1009조ㆍ제1010조ㆍ제1012조 및 제1013조에 따른 상속분에 따라 나누어 계산한 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 상속으로 받은 재산의 한도에서 연대하여 납부할 의무를 진다. 이 경우 각 상속인은 그들 중에서 피상속인의 국세ㆍ가산금 및 체납처분비를 납부할 대표자를 정하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항의 경우에 상속인이 있는지 분명하지 아니할 때에는 상속인에게 하여야 할 납세의 고지ㆍ독촉이나 그 밖에 필요한 사항은 상속재산관리인에게 하여야 한다.

④ 제1항의 경우에 상속인이 있는지 분명하지 아니하고 상속재산관리인도 없을 때에는 세무서장은 상속개시지를 관할하는 법원에 상속재산관리인의 선임을 청구할 수 있다.

⑤ 피상속인에게 한 처분 또는 절차는 제1항에 따라 상속으로 인한 납세의무를 승계하는 상속인이나 상속재산관리인에 대해서도 효력이 있다. 5) 국세기본법 제47조의4 【납부불성실ㆍ환급불성실가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

• 다. 사실관계

1. 피상속인은 2009.8.3. 신축아파트를 683,000천원에 양도하고(취득가액 164,339천원) 2009.9.23. 조특법 제99조의3의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정을 적용하여 산출세액 118,267,911원을 모두 감면하여 양도소득세 0원, 농어촌특별세 23,653,582원을 예정신고하고, 2009.11.2. 납부한 사실이 피상속인의 양도소득세 신고서, 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

2. 피상속인이 신고 시 제출한 매매계약서, 건축물대장 등에 나타난 종전 주택 취득부터 쟁점주택 양도까지의 진행사항은 다음과 같다.(표 생략)

3. 국세통합전산망에 의하면 피상속인의 사망일은 2009.12.25.이며 청구인들이 상속인임이 확인된다.

4. 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않음에도 전체에 대하여 감면 신고한 양도소득금액 중 종전 주택에 해당하는 부분을 감면배제하여, 피상속인 박ㅇㅇ의 연대납세의무자인 청구인들에게 2012.6.7. 2009년 과세연도 양도소득세 75,708,030원(납부불성실가산세 10,827,449원 포함)을 경정결정 고지하였다.

• 라. 판단 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이후에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있는바, 양도소득세의 감면대상이 되는 취득일부터 5년간 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이므로, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 않는 것으로 보이고, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.(조심 2010중3160, 2010.11.30. 같은 뜻임) 또한, 청구인들은 신축주택을 양도한 피상속인이 사망한 지 3년이 경과하고 상속문제가 종결되었음에도 양도소득세 감면배제로 상속인인 청구인들에게 손해를 입혔다고 주장하고 있으나, 국세기본법 제24조 에 의하면 “상속이 개시된 때에 그 상속인은 피상속인에게 부과되거나 그 피상속인이 납부할 국세·가산금·체납처분비를 상속으로 받은 재산의 한도에서 납부할 의무를 진다”고 규정하고 있어, 피상속인이 납부할 국세를 신청인에게 승계시켜 결정 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 과소신고 및 과소납 부의 귀책사유가 청구인에게 없더라도 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.(조심2011중4909, 2012.4.25. 외 다수 같은 뜻 임)

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.