처분청의 고지처분이 신의성실 원칙 및 소급과세 금지원칙에 위배되는 지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 1988.8.11. 종전주택을 상속으로 취득하여 보유하다가 재개발로 인하여 2004.8.30. 신축주택(쟁점주택)을 신축 취득한 후 2011.1.13. 양도하면서 양도소득금액 전체를 감면대상으로 하여 2011.1.25. 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 신축주택의 감면을 적용함에 있어 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 아니한다고 보아 2012.6.9. 2011년 과세연도 양도소득세 69,822,100원을 고지 처분하였고, 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012.12.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 신의성실 원칙 및 소급과세 금지원칙에 위배(주위적 청구)

1. 국세청의 종전해석(서사-2109, 2005.11.08)에 따르면 “준공일로부터 5년내 양도하는 경우에는 양도차익 전체금액이 감면되고, 5년이 경과한 이후에는 제40조에 의한 산식의 감면비율에 해당하는 양도차익이 된다”는 공적인 의사표시가 있었고 이에 청구인은 100%감면으로 양도소득세를 성실신고 하였는바, 과세관청은 기존해석을 뒤집고 부과하는 것은 신의 성실원칙에 위배된다.

2. 새로운 예규가 기존예규에 의해서 처리한 부분을 소급해서 적용할 수 없습니다. 통칙 18-0-1 에서도 예시하듯이 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후라 함은 성문화의 여부와 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 근존재를 확신하게 된 것을 말하며 명백히 법령위반인 경우에는 제외한다고 하였고 통칙 18-0-2에서도 새로운 해석이 종전해석과 상이한 경우에는 새로운 해석(재산-227, 2009.01.20)이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다라고 되어 있으므로 기존의 예규를 기준으로 신고한 당해 사건의 경우는 새로운 예규를 적용할 수 없다.

• 나. 신축주택감면 규정을 적용함에 있어 청산금 납부분에 대한 양도차익은 신축주택취득일이후 양도차익이므로 감면소득금액을 재계산하여야 한다. (예비적 청구1) 1) 조세특례제한법 제99조 3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법당시 침체된 주택건설경기의 활성화를 위하여 거주자가 신축주택 취득기간 중에 신축주택을 취득하여 5년 내 양도하면 양도소득금액 전액을 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액에 대해서만 과세특례를 적용한다고 규정하고 있다.

2. 국세청은 조세특례제한법 99조 3의 감면대상 양도소득금액은 신축주택 취득 일로부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 명문상 규정하고 있어 관리처분계획인가 일 전에 기존부동산을 취득하여 보유하다 재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 기존부동산 취득일로부터 신축주택취득일 전까지의 양도소득금액(준공 전 양도 소득금액)은 감면대상 양도소득금액에 해당하지 아니한다고 해석을 변경하였다.

3. 기존부동산을 보유하다 재개발사업에 따라 취득한 신축주택은 기존부동산을 취득하여 취득한 신축주택부분(환지에 의한 취득)과 청산금을 납부하여 취득한 신축주택부분으로 구성되며, 신축주택양도차익은 기존부동산을 보유함으로써 발생한 양도차익(기존부동산 취득일로부터 신축주택양도일까지의 양도차익)과 청산금을 납부함으로써 발생한 양도차익(신축주택취득일로부터 신축주택양도일까지의 양도차익)으로 구분 된다. 4) 소득세법 시행령 제166조 2항 제1호에서는 소득세법 제100조 규정에 따라 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 경우로서 주택재개발(재건축)사업에 따라 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취 득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 관리처분계획인가 전 양도차익과 관리처분계획인가 후 양도차익으로 구분하여 산정하고 청산금을 납부하여 취득한 신축주택의 관리처분계획인가 후 양도차익은 청산금납부분 양도차익과 기존부동산 양도차익으로 구분하여 규정하고 있다.

5. 국세청은 기존부동산을 보유하다 재개발사업에 따라 취득한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령 제40조 1항 에 따라 신축주택취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것으로 해석하고 있다.(부동산거래관리과-127, 2011.02.10)

6. 청산금을 납부하여 취득한 신축주택 경우 취득시기는 신축주택의 사용승인일(그 사실상의 사용승인을 또는 임시사용일)로서 청산금납부분에 대한 양도차익은 신축주택취득일로부터 양도일까지 발생된 양도차익이므로 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항을 적용함에 있어 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액은 조세특례제한법 제40조 1항 의 규정을 준용함에 있어 소득세법 시행령 제166조 제2항 1호 에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하고 분모의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시(2004년 8월 31일) 기준시가를 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정해야 한다. * 기존부동산양도차익: 분모에 기존주택취득당시 기준시가적용 ⇨ 기존주택취득일부터 신축주택양도일까지 양도차익

① 관리처분계획인가전 양도차익 + ② 관리처분계획인가후 기존부동산양도차익 * 청산금납부 양도차익:분모에 신축주택취득당시 기준시가적용 ⇨ 신주택취득일(준공일)부터 신주택양도일까지 양도차익

7. 위에서 살펴본바와 같이 기존부동산을 보유하다 재개발사업에 따라 취득한 신축주택에 대하여 조세특례제한법 제99조 3의 1항의 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액은 소득세법시행령 제166조 에 따라 계산한 양도소득금액을 적용하여 감면대상소득금액을 재계산하여야 하므로 청구취지와 같이 감면소득금액을 재계산하여 줄 것을 청구한다.

• 다. 세액감면을 적용함에 있어 전체 산출세액을 먼저 구한 다음 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 산출하는 세액감면방식이 아닌 양도소득세 과세대상소득에서 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 직접 차감하는 방식으로 계산하여야 한다(예비적 청구 2).

1. 조세법규의 해석은 문언대로 엄격하게 해석함이 원칙이며 조세특례제한법 제99조의3제1항 에서는 거주자가 해당 신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다.

2. 따라서 감면세액은 전체 산출세액에서 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출하는 방식이 아닌 과세대상 양도소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 직접 차감하는 방식으로 감면세액을 재계산 하여야 한다.

• 가. 소급과세의 금지 및 신의성실원칙 위배에 대한 의견 종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않았으므로 소급과세나 신의성실원칙에 위배되지 않으며, ‘신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액만을 감면한다’는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자도 다수 있어, 이들과의 과세형평에 비추어 볼 때 감면세액을 재계산하여 과세한 처분은 정당하다. * [심사양도2012.0120(2012.08.31),조심2012서0121(2012.2.23), 조심2010서2935(2011.6.30), 조심2010부0415(2010.9.17)] 또한 납세지 관할 세무서장은 ‘예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다’고 규정하고 있어 부과제척기간내의 경우 경정이 가능하므로 소급과세에 해당하지 아니하고, 오류신고분의 미경정을 관행이라고 볼 수 없다. [ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】]
• 나. 신축주택 감면규정을 적용함에 있어 청산금 납부분에 대한 양도차익은 신축주택 취득일 이후 양도차익이므로 감면소득금액 재계산에 대한 의견 조세특례제한법 제99조 의 3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례]에 의거 감면소득금액은 전체양도소득금액에서 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 산정하여 계산하는 것으로, 청구인이 재계산한 감면대상 양도소득금액은 청산금 납부분(100%)과 기존부동산 양도소득금액(기준시가로 계산)을 분리하여 재계산한 것으로, 이는 조특법 제99조의 3항을 임의로 해석한 것인바, 청구인 주장은 이유 없다.
• 다. 과세대상 양도소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 직접 차감하여 감면세액을 재계산하여야 한다는 주장에 대한 의견 청구인은 세액감면 방식이 아닌 양도소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하는 방식으로 세액계산 해달라고 청구하였으나 당초 처분청에서 계산한 방식이 소득금액 차감방식에 의한 것으로 이는 청구인의 주장과 동일함.

• 가. 쟁점 1) 처분청의 고지처분이 신의성실 원칙 및 소급과세 금지원칙에 위배되는 지 여부 2) 조세특례제한법제99조의 3의 신축주택 감면규정을 적용함에 있어 청산금 납부분과 종전 주택분으로 구분하여 감면소득금액을 재계산할 수 있는지 여부

3. 감면세액 계산시 전체산출세액에서 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출하는 방식이 아닌 과세대상 양도소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 직접 차감하는 방식으로 감면세액을 재계산하여야 하는지 여부

• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제15조 【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 2) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 3) 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80 (2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

4. 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 5) 조세특례제한법 시행령 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 6) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 7) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

8. 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전 양도차익"이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

• 다. 사실관계

1. 이 건 관련된 청구인에 대한 이의신청 결정서에 따르면, 다음의 사실관계가 확인된다. 가) 청구인은 1988.8.11. 종전주택을 상속으로 취득 하여 보유하다가 재개발로 인해 2004.8.30. 신축주택을 취득하였다. 나) 2011.1.13. 신축주택을 양도하고 2011.1.25. 「조세특례제한법 제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정을 적용하여 양도소득세 132,654,225원의 100% 감면을 신청하면서 조세감면의 경우 부과되는 농어촌특별세 26,530,845원을 납부하였음이 확인된다. 다) 처분청에서는 청구인의 양도소득세 신고내 용 중 종전주택의 취득일 로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법 제99조의3에 의한 감면대상이 아니라고 보아 2012.6.30. 납기로 양도소득세 69,822,105원을 고지하였다.

• 라) 처분청에서는 소득세법시행령제166조제2항 및 제5항에 의거 청산금 납부분 양 도차익과 기존 건물분 양도차익으로 장기보유특별공제액을 구분하여 계산하였음이 확인된다. 마) 처분청에서는 조세특례제한법시행령 제40조제1항에 의한 신축 주택의 취득자에 대한 감면되는 양도소득금액을 계산하면서 분모의 취득 당시의 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하였음이 확인된다. 바) 등기부등본 및 건축물대장 등에 의하여 쟁점주택 양도까지의 진행 사항을 요약하면 다음과 같다. 1988.8.11. 2002.2.28. 2004.8.30. 2009.8.29. 2011.1.13. ● ● ● ● ● 종전주택 취득일 관리처분계획 인가일 쟁점주택 취득일 (사용승인일) 5년이 되는날 양도일

2. 처분청이 제출한 청구인에 대한 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서에 따르면 다음의 내용이 확인된다. 「

4. 감면세액 계산 적정여부 검토내용

○ 감면소득금액 적정여부 (원) 신고 감면소득 적정 감면소득 차액 사유 424,083,501 198,378,487 225,705,014

• 적정 감면소득금액【①×(②-③)/(④-⑤)】

① 양도소득금액: 424,083,501원

② 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 (취득일부터 5년 경과하지 않은 경우 양도일 기준시가): 536,000,000원

③ 신축주택 취득당시 기준시가: 317,000,000원

④ 양도당시 기준시가: 536,000,000원

⑤ 종전주택 또는 나대지 취득당시 기준시가: 67,832,872원

○ 감면세액 적정여부 (원) 신고 감면세액 적정 감면세액 차액 비고 132,654,225 69,432,471 63,221,754 2011.01.13 양도

• 적정 감면세액【{①-③}×세율-{①-②-③}×세율】

① 양도소득금액: 424,083,501원

② 적정 감면소득금액: 198,378,487원

③ 기본공제: 2,500,000원

④ 과세표준: 223,205,014원」

3. 국세청 예규 (서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005. 11. 8.)을 보면, 조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시”란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업 조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009. 1. 20.)는 종전주택을 취득하여 보유하 다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면 소득에 해당하지 아니하는 것이라고 해석하고 있다.

• 라. 판단 청구인은 처분청이 새로운 해석“재산-227, 2009.1.20.”에 의거 과세하는 것은 신의성실 및 소급과세로 위법한 것이라고 주장하나, 소급과세금지의 원칙이 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우 그 효력발생 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대해 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌 바(대법2001두10790, 2004.03.26외 다수), “재산-227(2009.1.20.)”은 처분청이 양도 당시 시행되던 법령을 계속해서 적용하면서 이를 명확히 한 것으로 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니어서 국세기본법상의 소급과세금지의 원칙과는 관계가 없다 할 것이고, “서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.)”은 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상소득으로 본다고 직접적으로 표명한 것도 아닌바, “재산-227(2009.1.20.)”을 종전해석의 변경으로 보기도 어렵다 하겠다. 다음으로, 청구인은 청산금 납부분은 새로운 취득에 해당하므로 신축주택 양도차익 중 청산금 납부분은 신축주택의 양도소득으로 양도소득세를 100%를 감면하고, 기존 건물분 양도차익에 대하여 신축주택 취득일을 기준으로 안분한 금액을 감면하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령제166조는 소득세법 제100조 에 따라 양도차익을 산정하는 경우, 전체양도차익을 관리처분인가일을 기준으로 관리처분 인가일전 종전주택분 양도차익과 관리처분 인가일 후 종전주택분 양도차익과 청산금납부분 양도차익으로 나누어 산정하도록 하는 규정으로서 처분청이 동 조항에 따라 전체양도차익을 산정한 사실이 확인되고 있고, 소득세법 시행령제166조를 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이다(같은 뜻 조심2010서3102, 2011.08.09.). 또한 청구인은 감면세액 계산시 전체산출세액에서 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출하는 방식이 아닌 과세대상 양도소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 직접 차감하는 방식으로 감면세액을 재계산하여야 한다는 주장이나, 처분청이 제출한신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서에 따르면, 당초 처분청에서 계산한 방식이 소득금액 차감방식에 의한 것으로 나타나는바, 청구인의 주장은 달리 이유가 없는 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도 소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 감면 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 고지 처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.