종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 양도소득세 감면대상이 아님

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구인은 2001. 3. 27. ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○번지(이하 “종전 주택” 이라고 한다)를 취득하여 보유하다가 주택재개발 사업으로 인하여 청산금 118,405천원을 납부하고 2004. 8. 31. (임시사용승 인일자)

○○시 ○○구 ○○동 ○○-○번지

○○ 아파트 ○○ 동 ○○ 호(이하 “신축주택”이라고 한다)를 취득하였 다가

2009. 8. 28. 이를 698,000천원에 양도한 후, 조세 특례제한법 제99조의 3【신 축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특 례】 규정을 적용하여 2010. 5. 26. 2009년 과세연도 양도소득세 산출세액 108,345천원을 전액 감면 신고하 고 농어촌 특별세 21,669,305원을 납부하였다.

• 나. ○○ 세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구인의 신축주택에 대한 양 도소득세 신고내용 중 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도 소득세의 과세특례】에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012. 7. 2. 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 78,008,940원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012.12.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 주위적 청구: 신의성실 원칙 및 소급과세 금지원칙에 위배된다. 국세청의 서면인터넷방문상담 4팀

• 2109 (2005.11.8)에 따르면 준공일로부터 5 년 내 양도하는 경우 양도차익 전체금액이 감면되고 5년이 경과한 이후에는 조 세 특례 제한법시행령 제40조에 의한 산식의 감면비율에 해당하는 양도차익이 된 다 는 공적인 의사표시가 있었고 이에 청구인은 100%감면으로 양도소득세를 신 고하 였 는 바 처분청이 기존해석을 뒤집고 양도소득세를 부과하는 것은 신의성실 원 칙 에 위 배되며, 국세기본통칙 18

• 0 -1 및 통칙 18

• 0

• 2에 예시한 바와 같이 종 전예규를 기준으로 신고한 당해 사건의 경우는 새로운 예규를 적용할 수 없다. 따라서, 청구인이 국세청의 해석에 따라 조세특례제한법 제99조 의 3의 1항에 의거 감면을 적용하여 양도소득세 신고납부를 이행한 바 새로운 예규를 들어 양도 소득세를 고지한다는 것은 신의성실원칙 및 소급과세 금지 원칙에 위배되므로 처분청이 청구인 에게 부과한 이 건 양도소득세는 취소되어야 한다.

• 나. 예비적 청구: 청산금을 납부하여 취득한 신축주택의 취득시기는 사용승인 일(임시사용일)이므로 청산금납부분에 대한 양도차익은 신축주택쥐득일 이후 양도차익이므로, 세액감면은 신축주택취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 직접 차감하는 방식으로 계산하여야 한다.

1. 종전주택을 보유하다가 재개발사업으로 청산금을 납부하고 신축주택을 취득하는 경우 신축주택은, 종전주택을 제공하고 취득한 부분과 청산금을 납부하여 취득한 부분 으로 구성되며, 신축주택의 양도차익은 종전주택을 보유함으로써 발생한 양도차익(종전주택취득일로부터 신축주택양도일까지의 양도차익)과 청산금을 납부함으로써 발생하는 양도차익(신축주택취득일부터 신축주택양도일까지의 양도차익)으로 구분된다. 2) 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 에서는 소득세법 제100조 규정에 따라 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 경우로서 주택재개발(재건축)사업에 따라 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 관리처분계획인가 전 양도차익과 관리처분계획 인가 후 양도차익으로 구분하여 산청하고 청산금을 납부하여 취득한 신축주택의 관리처분계획인가 후 양도차익은 청산금납부분 양도차익과 기존부동산 양도차익으로 구분하여 규정하고 있다.

3. 국세청은 기존부동산을 보유하다 재개발사업에 따라 취득한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 신축주택취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것으로 해석하고 있다(부동산거래관리과-127, 2011.02.10).

4. 청산금을 납부한 신축주택의 경우 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도 소득금액을 계산할 때에는 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익 으로 계산한 양도소득금액을 적용하여야 하므로 조세특례제한법 시행령 제40조의 감면소득금액 계산 시 분모의 취득 시 기준시가는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하여야 한다.

5. 따라서, 기존부동산을 보유하다 재개발사업에 따라 취득한 신축주택에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액은 소득세법시행령 제166조 에 따라 계산한 양도소득금액을 적용하여 감면대상소득금액을 재계산하여야 합니다.

• 가. 종전 예규 (서면4팀- 2109, 2005. 11. 8.)에 따르면 신축주택의 취득일에 대하여 설명하고 있을 뿐 청구인의 주장과 같이 준공일로부터 5년 이내 양도 시 양도차익 전체금액이 감면되는 것으로 해석한 것으로 보이지 않으며, 변경된 국세청 재산

• 227 (2009. 1. 20) 또한 감면소득에 대하여 종전주택에 대한 양도소득금액은 감면소득에 해당되지 않는 부분을 좀 더 분명히 해석한 것일 뿐 신의성실 및 소급과세금지원칙에 위배되는 것이라고 보기 어렵다.

• 나. 법문을 엄격히 해석하면 신축주택의 취득으로 인해 발생되는 소득에 대해서만 감면을 한다는 것이지 종전주택의 보유로 인한 소득에 대해 감면한다는 것은 아니며, 조세특례제한법 제99조의 3에서 감면대상이 되는 소득은 ‘해당 신축 주택의 취득일로 부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있으므로 양도 소득금액에 양도당시의 기준시가와 종전주택의 기준시가를 차감한 금액에서 신축 주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택의 취득당시 기준 시가를 차감한 금액이 차지하는 부분에 대해 감면을 적용하는 것이 법문에 충실한 것으로 보인다. 따라서 감면소득금액이라 함은 조세특례제한법시행령 제40조 에 준용하여 계산하도록 산식이 명문화 되어 있는 바, 법률에 규정되지 않은 방법으로 감면소득금액을 계산하여 달라는 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁점 1) 처분청이 새로운 해석을 소급적용하여 양도소득세를 경정하였는지 여부 2) 조세특례제한법제99조의 3의 신축주택 감면규정을 적용함에 있어 소득세법시행령제166조의 2항에 의거 계산된 양도차익을 양도소득금액으로 하고 청산금 납부분과 종전 주택분으로 구분하여 감면소득금액을 재계산할 수 있 는지 여 부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제15조 【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무 공 무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 2) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비 추 어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우 에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후 에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 3) 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80 (2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세 대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택 취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경 정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택 취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거 환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

4. 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) /(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 5) 조세특례제한법 시행령 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 6) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 " 양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 7) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매 사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

8. 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전 양도차익"이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수 토지를 양 도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

• 다. 사실관계 1) 청구인은 2001. 3. 27. 종전주택을 취득 하여 보유하다가 재개발로 인하여 신축주택을 2004. 8. 31. 취득한 후 2009. 8. 28. 이를 양도하고, 조세특례제한법 제99조의3 신축 주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정을 적용하여 2010. 5. 26. 양도소득세 산출세액 108,345천원을 전액 감면 신고하고 농어촌특별세 21,669천원을 납부하였음이 등기부등본 과 양도소득세 과세표준 신고 및 자진납부계산서에 의하여 확인된다. 2) 처분청은「

○○ 지방국세청장의 신축주택 감면에 대한 특정감사」지시에 따 라 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012. 6. 8. 이 건 양도소득세 78,008천원을 경정․고지하였다. 3) 국세청 예규 (서면인터넷방문상담 4팀-2109, 2005. 11. 8.)을 보면, 조세특례제 한법 제99조 제1 항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양 도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시”란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또 는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업 조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용 승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산 세과-227, 2009. 1. 20.)는 종전 주택을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면 소득에 해당하지 아니하는 것이라고 해석하고 있다.

• 라. 판단 먼저, 청구인은 “ 서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.)”에 의거 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상으로 신고하였는바, 처분청이 새로운 해석“재산-227, 2009.1.20.”에 의거 과세하는 것은 신의성실 및 소급과세로 위법한 것이라고 주장하나, 소급과세금지의 원칙이 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우 그 효력발생 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대해 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌바(대법2001두10790, 2004.03.26외 다수), “재산-227(2009.1.20.)”은 처분청이 양도 당시 시행되던 법령을 계속해서 적용하면서 이를 명확히 한 것으로 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니어서 국세기본법상의 소급과세금지의 원칙과는 관계가 없다 할 것이고, “서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.)”은 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상소득으로 본다고 직접적으로 표명한 것도 아닌바, “재산-227(2009.1.20.)”을 종전해석의 변경으로 보기도 어렵다 하겠다. 다음으로, 청구인은 설령 신축주택 취득일 현재 기준시가로 환산하고 신축주택 취득 전․후의 소득에 안분계산한다 하더라도 소득세법 시행령 제166조 의 규정에 따라 계산하여야 하며, 청산금 납부분은 새로운 취득에 해당하므로 신축주택 양도 차익 중 청산금 납부분은 신축주택의 양도소득으로 양도소득세를 100%를 감 면 하고, 기존 건물분 양도차익에 대하여 신축주택 취득일을 기준으로 안분한 금액을 감면하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령 제166조 는 소득세법 제100조 에 따라 양도차익을 산정하는 경우, 전체양도차익을 관리처분인가일을 기준으로 관리처분 인가일전 종전주택분 양도차익과 관리처분 인가일후 종전주택분 양도차익과 청산금납부분 양도차익으로 나누어 산정하도록 하는 규정으로서 처분청이 동 조항에 따라 전체양도차익을 산정한 사실이 확인되고 있고, 소득세법 시행령 제166조 를 조세특례제한법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도 소득을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이다(같은 뜻 조심2010서3102, 2011.08.09.) 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도 소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 감면 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.