1. 재산세과-227(2009.1.20.)은 처분청이 양도 당시 시행되던 법령을 계속해서 적용하면서 이를 명확히 한 것으로 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니 므로 국세기본법상의 신의성실 및 소급과세금지의 원칙과는 관계없음 2) 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수 없음
1. 재산세과-227(2009.1.20.)은 처분청이 양도 당시 시행되던 법령을 계속해서 적용하면서 이를 명확히 한 것으로 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니 므로 국세기본법상의 신의성실 및 소급과세금지의 원칙과는 관계없음 2) 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수 없음
이 건 심사청구는 기각합니다.
1. 종전주택을 보유하다가 재개발사업으로 청산금을 납부하고 신축주택을 취득하는 경우 신축주택은 종전주택을 제공하고 취득한 부분과 청산금을 납부하여 취득한 부분으로 구성되며, 신축주택의 양도차익은 종전주택을 보유함으로써 발생한 양도차익(종전주택의 취득일로부터 신축주택의 양도일까지의 양도차익)과 청산금을 납부함으로써 발생하는 양도차익(신축주택의 취득일로부터 신축주택의 양도일까지의 양도차익)으로 구분된다. 2) 소득세법 시행령 제166조제2항제1호 에서는 소득세법 제100조 규정에 따라 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 경우로서 주택재개발(재건축)사업에 따라 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 관리처분계획 인가 전 양도차익과 관리처분계획 인가 후 양도차익으로 구분하여 산정하고 청산금을 납부하여 취득한 신축주택의 관리처분계획 인가 후 양도차익은 청산금납부분 양도차익과 기존부동산 양도차익으로 구분하여 규정하고 있다.
3. 국세청은 기존 부동산을 보유하다 재개발사업에 따라 취득한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 에 따라 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것으로 해석하고 있다.(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)
4. 청산금을 납부한 신축주택의 경우 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 의 규정을 준용함에 있어 소득세법 시행령 제166조제2항제1호 에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하고, 분모의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하여야 한다.
5. 따라서, 종전주택을 보유하다 재개발사업에 따라 취득한 신축주택에 대하여 조세특례제한법 제99조의3제1항 의 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 신축주택의 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액은 소득세법 시행령 제166조 에 따라 계산한 양도소득금액을 적용하여 감면대상 소득금액을 재계산하여 한다.
1. 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득을 감면 배제한 처분이 신의성실 및 소급과세 금지원칙에 위배되는지 여부 2) 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택 감면규정을 적용함에 있어 소득세법 시행령 제166조 제2항 에 따른 양도차익을 양도소득금액으로 하고, 청산금 납부분과 종전주택분으로 구분하여 감면소득금액을 재계산할 수 있는지 여부
① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 3) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】
① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.(단서생략)
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】
① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) 5) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】
② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 6) 소득세법 제95조 【양도소득금액】
① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 7) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】
① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분 계산한다. 8) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】
① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)
② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.
[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)
1. 등기부등본 및 국세통합시스템에 의하면 청구인은 1995.9.10. 종전주택을 취득하여 보유하다가 재개발로 인하여 신축주택을 2004.8.31. 취득한 후 2009.12.31. 이를 양도하고, 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정을 적용하여 2010.3.26. 양도소득세 산출세 액 119,776,510원을 전액 감면신고하고 농어촌특별세 23,955,300원을 납부하였다.
2. 처분청은 △△△△국세청장의 신축주택 감면에 대한 특정감사지시에 따라 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 75,598,190원을 경정․고지하였다. 3) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 ‘해당 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감’하는 것으로 규정하고 있고, 대법원판례(2012.6.28.선고, 2010두3725판결)에서도 전체 양도소득금액에서 감면소득을 차감한 후 산출세액을 구하는 것으로 판결하고 있어 처분청이 이를 근거로 2012.10.11. 양도소득세를 재계산하여 18,720,490원을 직권으로 감액 경정하였음이 확인된다.
4. 국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)는 조세특례제한법 제99조제1항 및 동법 시행령 제99조제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함)을 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 ‘취득당시’ 또는 ‘취득일’이란 자기가 건설한 신축주택에 있어서는 소득세법 시행령 제162조제1항제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따라 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.
1. 주위적 청구에 대하여 살펴본다. 청구인은 국세청 종전해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 의거 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상으로 신고하였는바 처분청이 새로운 해석(재산세과-227, 2009.1.20.)을 적용하여 과세하는 것은 신의성실 및 소급과세금지원칙을 위반한 부당한 처분이라고 주장하나, 소급과세금지의 원칙이 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세청관청의 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력발생 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대해 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌바(대법2001두10790, 2004.3.26.외 다수), 재산세과-227(2009.1.20.)은 처분청이 양도 당시 시행되던 법령을 계속해서 적용하면서 이를 명확히 한 것으로 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니어서 국세기본법상의 소급과세금지의 원칙과는 관계가 없다 할 것이고, 서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.)는 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상소득으로 본다고 직접적으로 표명한 것도 아닌바, 재산세과-227(2009.1.20.)을 종전 해석의 변경으로 보기도 어려워 신의성실원칙에 위배된다고 볼 수 없다.
2. 예비적 청구에 대하여 살펴본다. 청구인은 청산금을 납부한 신축주택의 경우 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산할 때 소득세법 시행령 제166조제2항제1호 에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하여야 하므로 감면소득금액 계산 시 분모의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면대상 소득금액을 재산정하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 과 동법 시행령 제99조의3제2항은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 동법 시행령 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시의 기준시가’이고 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이며, 소득세법 시행령 제166조 를 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이다.(같은 뜻 조심2010서3102, 2011.8.9.) 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 감면 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같습니다.