신축주택에 대한 과세특례대상 양도소득은 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득임

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2001.4.13. 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 소재 아파트(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 2005.3.2. 같은 번지 아파트(이하 “신축주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 2009.5.20. 양도하고 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택 취득자의 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 산출세액 000원을 전액 감면하여 2009.8.17. 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 서초세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해서는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2012.5.15. 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 000원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.3. 이의신청을 거쳐 2012.12.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인의 쟁점 신축주택에 대한 감면대상소득금액은 (구) 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항, 같은 법 시행령 제99조의 3 제2항 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 바와 같이, 분자의 계산산식에서 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’에서 차감하는 ‘취득당시의 기준시가’와 분모의 계산산식에서 ‘양도당시의 기준시가’에서 차감하는 ‘취득당시의 기준시가’는 동일하게 규정하고 있음에도 불구하고, 처분청이 이를 자의적으로 해석하여 분자의 취득당시 기준시가는 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’를 적용하고, 분모의 경우는 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를 적용함으로서 감면혜택을 축소하는 것은 부당하다.
• 나. 쟁점 신 축주택에 대한 양도소득세 감면대상소득금액의 계산은 (구)조세특례 제한법제99조의 3 제1항, 같은 법 시행령 제99조의 3 제2항 및 같은 법 시행령 제40조 제2항에서 규정하고 있는 산식에 의하는 것이 조세법률주의에 부합된다.
• 다. 신축주택을 취득일로부터 5년이 경과한 후 양도할 경우 양도소득세 감면세액 계산방법에 대하여 국세청재산-2715(2008.9.8)에서 다음과 같이 해석한 바 있다. 조세특례제한법 제99조 제1항 의 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액(다음의 산식에 의하여 계산된 금액)을 감면소득금액으로 보아 소득세법 제90조 의 규정에 의하여 계산한 세액을 감면(감면세액의 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세 과세)한다. 라고 하면서, 다음의 산식과 같이 감면대상소득금액의 계산산식 및 분모 계산산식에서 각각 차감하는 금액을 취득당시의 기준시가로 동일한 기준시가로 해석하였다. 총 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가 따라서 처분청이 이를 자의적으로 해석하여 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하고, 분모의 경우는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용함으로써 감면혜택을 축소하는 것은 부당하다.
• 라. 만약 처분청의 주장대로 과세하는 것이 타당하다고 한다면, 나대지나 헌집을 사들여 주택을 신축하는 경우에는 토지 및 주택건물 모두 감면혜택을 받게 되고, 자신이 소유한 대지를 이용하여 신축한 경우에는 모두 과세대상이 된다는 것은 과세형평의 원칙에 맞지 아니할 뿐만 아니라, 처분청이 (구) 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항, 같은 법 시행령 제99조의 3 제2항 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 양도소득금액을 계산함에 있어서 신축주택 취득당시 기준시가를 분모로 적용하지 아니하고 나대지 취득일을 기준으로 함으로써 장기보유자의 경우 엄청난 세금폭탄을 맞을 수밖에 없는 것은 양도소득세 관련규정의 입법취지, 법 문안 및 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 부수토지에 관한 규정 등에 비춰볼 때 부당하다.
• 마. 동일한 신축주택 취득자 유형에 대하여 서울지역이 아닌 타 지역의 납세자의 경우에는 국세청 변경된 과세예규가 문제가 있다고 하여 현실적으로는 적용되지 아니하고 있을 뿐만 아니라, 청구인은 조세특례제한법 시행규칙에서 정한 감면신청방법에 따라 정상적으로 신고했음에도 불구하고, 처분청이 뒤늦게 관련예규가 변경되었다고 하면서 소급하여 양도소득세를 추징하는 것은 과세형평에도 맞지 아니한다.

• 가. 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없으므로(서울행정법원 2012.03.09.선고 2011구단27363), 감면소득 계산시 구주택의 취득당시 기준시가를 분모에서 차감하여 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득에 대해 감면을 부인함이 타당하고, 청구인이 제시한 국세청예규(재산-2715, 2008.09.08) 또한 위 규정과 달리 볼 여지가 없는 바, 쟁점부동산의 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득에 대해 감면을 부인하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.
• 나. 서울지역 외의 납세자에 대하여 과세하지 아니하는 것은 공평과세의 원칙에 반하는 부당한 처분이라고 청구인은 주장하나, 동일한 과세요건을 충족하는 납세자에게 과세가 되지 아니하였다면 관련법 규정에 따라 오히려 과세가 되어야 할 것이지 이를 두고 공평과세원칙에 위반되어 청구인에게 부과된 양도소득세를 취소하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않다고 판단된다.

• 가. 쟁점 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 양도소득세 감면대상인지 여부
• 나. 관련 법령 1) 조세특 례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액 이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 양도소득금액 이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) 4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2009.5.20. 신축주택을 양도하고 조세특례제한법 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 산출세액 000원을 전액을 감면하고 농어촌특별세 000원을 2009. 7. 28.신고 납부하였다. 연월일 내 용 납부세액(백만원) 비 고 2001.04.13. 종전주택 취득 2005.03.02. 신축주택 준공일 종전주택 재건축 2009.05.20. 신축주택 양도일 2009.07.28 양도소득세신고 양도소득세(감면) 000 농특세: 000 2012.05.15. 감면 경정고지 양도소득세: 000 농특세(환급): 000 종전주택 양도소득 감면배제

2. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 000원으로 보고, 농어촌특별세 과다납부세액 000원을 종합소득세 기납부세액으로 공제하여 이 건 양도소득세 000원을 부과처분한 것으로 나타난다.

• 라. 판단 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 따라 종전부동산 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 과세특례 적용대상이라고 주장하고 있다. 이에 대하여 살펴보면, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 같은 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고(조심2012서0121, 2012.2.23.외 다수, 같은 뜻), 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수는 없다.(서울행정법원2011구단27363, 2012.3.9. 같은 뜻) 따라서 처분청이 종전 부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.