市가 주거지역 등에 일단 편입된 후 나중에 洞지역으로 편입된 경우 洞지역 편입일을 기준으로 비사업용토지여부를 판단함

○○세무서장이 2012.8.24. 청구인에게 한 2012년 과세연도 양도소득세 86,907,419원의 경정거부처분은 ○○시 ○○동 854번지 답 322㎡ 및 854-3번지 답 42㎡ 를 소득세법 제104조의3 의 비사업용토지의 범위에서 제외되는 것으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구인은 ○○시 ○○동 854번지 답 322㎡ 및 854-3번지 답 42㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1994.8.10. 취득(매매계약은 1984.1.15.)하였고, 2012.4.26. 양도한 후 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 2012.5.31. 양도소득세 86,907,419원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 2012.7.18. 쟁점토지를 사업용토지로 보아 장기보유특별공제 후 8년 자경농지로서 감면을 주장하면서 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점토지를 비사업용 토지로 본 당초 신고가 정당하다고 보아 2012.8.24. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 1994.8.10. 쟁점토지를 취득(매매계약일은 1984.1.15.로서 이 날이 실제 취득일임)한 후 부동산투기목적이 아닌 농지로서 계속 사용하였으므로 소득세법 제104조의3, 소득세법 시행령 제168조의6 에 따라 사업용 토지에 해당한다. 따라서, 청구인은 사업용 토지인 쟁점토지에서 계속 농사를 지어왔으므로 장기보유특별공제 후 8년 자경농지로서 기 납부한 양도소득세 86,907,419원을 전부 환급해 주어야 한다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조, 동법 시행령 제66조를 근거로 하여 쟁점토지가 양도일인 2012.4.26. 현재 제1종 주거지역에 편입된 날(2004.4.29.)로부터 3년이 경과되었으므로 양도소득세 감면배제대상에 해당된다고 주장하나, 위 주장은 소득세법 제104조의3, 소득세법 시행령 제168조의6 을 외면한 것으로 위 소득세법 규정은 예외없이 적용되어야 한다.

• 가. 조특법 제69조 제1항 및 동법 시행령 제66조 제4항에 의하면 양도일 현재 시지역에 있는 농지중 “국토의 계획 및 이용에 관한 법률”에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 경과한 경우 8년 자경에 따른 양도소득세 감면이 배제된다. 쟁점토지는 ○○시에 위치하고 있고, 도시지역(주거지역) 편입일은 2004.4.29.(도농복합지역으로서 동지역편입일은 2008.7.1.임. 그 전에 쟁점토지의 행정구역은 ○○읍 ○○리 이었음)이며, 쟁점토지 양도일은 2012.4.26.이어서 동지역 편입일로부터 3년이 경과하였으므로 8년 자경 양도소득세 감면은 허용되지 않는다.
• 나. 소득세법 제104조의3, 동법 시행령 제168조의6 및 제168조의8에 의하면 토지 소유기간의 80% 이상을 재촌, 자경하는 경우 사업용 토지로 인정하고 있다. 다만, 쟁점토지는 ○○시지역에 있는 농지로서 시지역의 도시지역(주거지역)에 편입된 날인 2004.4.29.부터 2년이 경과된 후부터는 비사업용토지로 간주하는바, 청구인의 쟁점토지 총 소유기간은 17년 8개월이고, 이 중 사업용 사용기간은 11년 8개월(1994.8~2006.4.)이며, 결국 사업용 토지로 인정할 수 있는 기간이 80%이상에 미달되므로 비사업용토지에 해당된다. 따라서 사업용 토지에 대해 허용하는 장기보유특별공제는 인정할 수 없다.

• 가. 쟁점

① 주거지역으로 편입된 쟁점토지에 대해 8년 자경 감면규정을 적용할 수 있는지 여부와

② 주거지역으로 편입된 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유 특별공제를 할 수 있는지 여부가 본건의 쟁점이다.

• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

② ~ ③ 생 략

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. 3) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
• 나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 및 시지역(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 농지. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지가 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 종료되지 아니한 농지를 제외한다. 4) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 5) 소득세법 시행령 제168조의8 【농지의 범위 등】

⑥ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 단서에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 2년을 말한다. 6) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다.

7. 양도소득세 집행기준 104의3-168의8-2(주거지역에 편입된 도·농 복합도시의 읍·면 지역에 소재하는 농지) 지방자치법에 의한 도․농 복합도시의 읍․면 지역에 소재하는 농지는 주거지역 등 도시지역에 편입된 경우에도 농지로 보는 것이므로 편입일 이후 양도일까지 재촌․자경한 경우 해당 기간은 비사업용 토지로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인과 처분청 사이에 다음 사실에 대하여 다툼이 없다.

• 가) 청구인은 쟁점토지를 1994.8.10. 취득(매매계약은 1984.1.15.)하였고, 2012.4.26. 양도하였다.
• 나) 청구인은 쟁점토지를 취득한 이후 계속하여 재촌, 자경을 하였다.
• 다) 쟁점토지는 2004.4.29. 제1종 일반주거지역으로 편입되었고, 편입당시 쟁점토지의 행정구역은 ○○시 ○○읍 ○○리 이었으며, 2008.7.1. 행정구역이 ○○시 ○○동으로 변경되었다.
• 라. 판단

1. 청구인은 쟁점토지 취득시부터 현재까지 계속 재촌, 자경하고 있으므로 8년 자경에 따른 양도소득세 감면 규정을 적용하여야 한다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 거주자가 재촌·자경하는 농지의 경우에도 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대하여는 조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용 받을 수 없는 것이고(조특법 시행령 제66조 제4항), “자경농지”가 도·농복합형태의 시의 주거지역 등에 일단 편입된 후 나중에 동(洞)지역으로 편입된 경우 단순히 주거지역 편입일이 아닌 동(洞)지역 편입일을 기준으로 3년이 경과하게 되면 “자경농지”에 해당하지 않아 양도소득세 감면 규정을 배제하는 것(서면인터넷방문상담4팀-4041, 2006.12.12. 같은 뜻임)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 쟁점토지는 2004.4.29. 제1종 주거지역으로 편입될 당시 행정구역이 ○○시 ○○읍 ○○리 이었으나, 2008.7.1. ○○시 ○○동으로 행정구역이 변경된 점, 행정구역이 ○○동으로 변경된 이후 3년이 경과한 2012.4.26. 쟁점토지를 양도한 점 등을 종합하여 고려하면 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하는 것은 타당하지 않다고 판단된다.

2. 청구인은 쟁점토지 취득시부터 현재까지 계속 재촌, 자경하고 있으므로 사업용 토지에 해당하고 따라서 장기보유특별공제 규정을 적용하여야 한다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 소득세법 제104조 의 3 제1항 규정의 “비사업용토지”는 당해 토지를 소유하는 기간중 동법 시행령 제168조의 6 규정에서 정하는 기간동안 소득세법 제104조 의 3 제1항의 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하는 것이고, 거주자가 재촌, 자경하는 농지의 경우에도 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외함) 및 시지역(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의한 도농복합형태의 시의 읍면 지역을 제외함)의 도시지역에 편입된 날부터 2년이 경과한 농지는 “비사업용토지”로 보는 것이며(소득세법 제104조의3, 소득세법 시행령 제168조의8),

① 양도일 직전 5년중 3년을 초과하는 기간, ② 양도일 직전 3년중 2년을 초과하는 기간, ③ 토지 소유기간의 80%에 상당하는 기간 을 초과하는 기간 중 어느 하나가 사업용 토지에 해당하는 경우 당해 토지를 사업용 토지로 판정할 수 있는 것(소득세법 시행령 제168조의6)이고, 위에서 본 바와 같이 비사업용 토지와 직접 관련된 것은 아니나 “자경농지”의 경우 도·농복합형태의 시의 주거지역 등에 일단 편입된 후 나중에 동(洞)지역으로 편입된 경우 단순히 주거지역 편입일이 아닌 동(洞)지역 편입일을 기준으로 3년이 경과하게 되면 양도소득세 감면 규정을 배제하므로 도·농복합형태의 시의 경우 읍에서 동(洞)으로 행정구역 개편이 있으면 주거지역 편입일이 아닌 동(洞) 지역 편입일이 중요한 것(서면인터넷방문상담4팀-4041, 2006.12.12. 같은 뜻임)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 쟁점토지는 2004.4.29. 제1종 주거지역으로 편입될 당시 행정구역이 ○○시 ○○읍 ○○리 이었으나, 2008.7.1. ○○시 ○○동으로 행정구역이 변경된 점, 행정구역이 ○○동으로 변경된 이후 2년이 경과한 2010.7.1.부터는 소득세법 제104조의3, 소득세법 시행령 제168조의8 에 따라 비사업용토지로 보는 점(1994.8~2010.6.30.까지는 사업용토지에 해당), 쟁점토지는 양도일인 2012.4. 직전 5년 중 3년을 초과하는 기간(2007.4.~2010.6.)이 사업용 토지에 해당하므로 쟁점토지를 사업용토지로 판정할 수 있는 점 등을 종합하여 고려하면 쟁점토지는 사업용토지에 해당하므로 장기보유특별공제 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.