신축주택 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면 배제한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되지 않음

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구인은 1997.10.1. 매매로 취득한 @@시 @@구 연립주택(이하 “구주택”이라 함)이 재건축됨에 따라, @@시 @@구 아파트(이하 “쟁점주택”이라 함)를 2001.8.3. 준공(사용승인일)하여 보유하다가 2006.5.9. 양도한 후 이에 대한 양도소득세를 조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조를 적용하여 2006. 7. 24. 양도소득세를 100% 감면하여 신고하고 농어촌특별세 12,997,680원을 납부하였다.

○○ 세무서장(이하 “처분청”이라 함)은조세특례제한법제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 자기가 건설한 신축주택(재건축ㆍ재개발 포함)의 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도 소득금액은 감면대상에 해당하지 않음에도 전체에 대하여 감면 신고한 양도소득금액 중 종전 주택에 해당하는 부분은 감면 배제하여, 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세를 경정결정 고지하자, 청구인은 이에 불복하여 이 건 심사청구를 하였다.

청구인의 양도소득세 신고가 감면요건에 해당함은 양자간에 다툼이 없으나, 감면산식에 대하여 청구인은 종전예규(서면4팀 2109, 2005.11.8)에 의한 산식을 적용하여 신고하였으나, ○○세무서장이 양도일 이후 새로운 예규(재산세과 227, 2009. 1.20)에 의하여 당초 주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지(1997.10.1.～2001.8.3.)의 양도소득은 감면대상이 아니므로 감면을 배제한다는 결정은 소급과세이므로 국세기본법 제18조제3항 의 소급과세 금지의 원칙 및 신의성실에 위배된 결정에 해당한다.

감면세액 산정시 종전주택 취득일부터 신축주택 완공일 전일까지의 양도소득도 감면소득에 해당한다는 주장에 대한 의견에 대해서 살펴보면, 종전 국세청 예규 (서면4팀-2109, 2005.11.8) 가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액 으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세나 신의칙에 위배되지 않으며, 조세특례제한법제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받 는 신축주택 의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않는다.

• 가. 쟁점 구 주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 감면 배제한 것이 소급과세 금지의 원칙에 위배되는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제99조 의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도 소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취 득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조 의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 @@특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지 개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. <개정 2010.2.18 부칙> 3) 조세특례제한법 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}/{(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 4) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 신축주택을 2006.5.9. 양도 후 2006.7.24. ○○세무서에 양도 소득과세표준 및 자진납부계산서를 신고하면서 양도가액 620백만원, 취득가액 356백만원, 양도소득금액 215백만원, 산출세액 65백만원으로 하여 산출 세액 전액을 감면신청하여 신고하였으며, 감면세액의 20%인 13백만원을 신고 납부한 사실이 국세통합시스템에 의해 확인된다.

2. 처분청에서는 이 건 양도소득세 감면세액을 계산하면서 종전주택 취득일로부터 신축주택 준공일까지의 양도소득금액에 대하여 신축주택 감면을 부인하였다. [감면소득금액 66,254,536원] = {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} /{(양도당시의 기준시가 - 구주택 취득당시의 기준시가)} = 215,523,357 × (432,000,000 - 332,000,000) / (432,000,000 - 106,704,000) [감면세액 20,212,698원] = 산출세액×(감면대상 양도소득금액-과세양도소득공제후 기본공제) / 과세표준 = 64,988,408 × (66,254,536 - 0) / 213,023,357

3. 처분청의 감면세액 계산시 기본공제를 누락하였으나 직권시정 하였음이 확인되어 감면세액이 당초에 19,978,237원에서 20,212,698원으로 변경되었다.

• 라. 판단 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 신축주택의 취득일부터 5년 이후에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있다. 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 신축주택에 해당된다는 점에 대하여는 다툼이 없으나, 재건축사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이므로, 양도소득세의 감면대상이 되는 취득일부터 5년간 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다. 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8)는조세특례제한법제99조제1항 및같은 법 시행령제99조제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 ‘당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’이라 함은 같은 법 시행령제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며 당해 산식에서 ‘취득당시’ 또는 ‘취득일’이란 자기가 건설한 신축주택에 있어서는 소득세법 시행령제162조제1항제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 되어 있다. 또한, 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.