종전주택의 취득일부터 신축주택 취득전일까지는 양도소득세 과세특례 규정이 적용되지 않음

• 가. 청구인은 1982.11.2. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 다가구주택(건물 153.05㎡, 대지 146.6㎡, 이하 “종전주택”이라 한다)을 취득한 후 2002.9.10. 종전주택의 재건축으로 단독주택(건물 210.06㎡, 대지 146.6㎡, 이하 “신축주택”이라 한다)을 취득하여, 신축주택을 2006.11.21. 490,000천원에 양도하면서 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면세액 44,651천원을 적용하여 2006.11.30. 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해서는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2012.5.2. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 23,676천원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.20. 이의신청을 거쳐 2012.11.6. 이 건 심사청구를 제기하였다.

조세특례제한법 제99조 의 3에 제1항 본문에서 소정의 “신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고”라고 규정하고 있으며, 여기서 “양도소득세를 면제함”에 대해 달리 해석될 특별한 사유가 없음에도 불구하고 처분청에서는 “준공 후 5년간만 면제”하는 것으로 법문을 잘못 해석하여 경정 과세하였으므로 위법 부당한 처분이다

조세특례제한법 제99조 의 3신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 입법 당시 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 신축주택 취득으로 인한 5년 동안의 양도소득세를 감면하여 주택건설시장의 활성화에 목적이 있음으로 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대하여는 100% 감면(면제)혜택을 주고, 신축주택 취득일부터 5년 이후 발생하는 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제하고 있다. 따라서. 조세특례제한법 제99조 의 3 규정은 신축주택 취득자에 대한 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대한 감면규정이므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제함이 타당하다.

• 가. 쟁점 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 양도소득세 감면대상인지 여부
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 3) 조세특례제한법 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액 이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 양도소득금액 이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}/{(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

• 다. 사실관계

1. 청구인은 1982.11.2. 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 다가구주택(건물 153.05㎡, 대지 146.6㎡)을 재건축하여 2002.9.10. 단독주택(건물 210.06㎡, 대지 146.6㎡)을 신축하여 취득한 후, 2006.11.21. 양도하면서 양도소득세 산출세액 44,651천원 전액을 감면 신청하여 2006.11.30. 양도소득세 예정신고를 하였다.

2. 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해서는 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】규정의 감면을 배제하여 2012.5.2. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 23,676천원을 경정․고지하였다.

• 청구인의 신축주택 양도에 대한 신고 및 경정 내역(표 생략)- [취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가] - A) [취득당시의 기준시가] 양도소득금액 = --------------------------------------------------------------------------------------- [양도당시의 기준시가] - B) [취득당시의 기준시가] 주1) 신청인은 위 산식에서 A), B) 모두 신축주택 취득당시 기준시가 적용 주2) 처분청은 위 산식에서 A)는 신축주택 취득당시 기준시가, B)는 종전주택 취득당시 기준시가 적용 주3) 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가: 299,000천원 신축주택 취득당시의 기준시가: 221,360천원 양도당시의 기준시가: 299,000천원 종전주택 취득당시 기준시가: 89,434천원

• 라. 판단 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 따라 종전부동산 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 과세특례 적용대상이라고 주장하고 있다. 이에 대하여 살펴보면, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 같은 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며(조심2012서0121, 2012.2.23.외 다수, 같은 뜻), 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수는 없다.(서울행정법원2011구단27363, 2012.3.9. 같은 뜻) 따라서 처분청이 종전 부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.