종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일까지는 양도소득세 과세특례 규정이 적용되지 않음

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구인은 1990.5.3. AA AAA AAA 0000-000 대지 00㎡, 건물 00.00㎡ 와 2001.6.28. AA AAA AAA 0000-000 대지 0㎡(이하 “종전주택”이라 한다) 를 각각 취득하여 보유하다가, 재건축으로 AA AAA AAA 0000 BBBBBB아파트 000동 000호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2001.12.13. 취득하였다. 신축주택을 2006.10.30. 000,000,000원에 양도하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 함)제99조의3 규정을 적용하여 산출된 양도소득세 00,000,000원을 전액 감면세액으로 하여 2006.12.18. 양도소득세 예정 신고하였다. 처분청은 청구인의 양도소득세 예정 신고내용 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 따라 감면 대상이 아니라고 보아, 2012.5.2. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 00,000,000원을 경정․고지하였고, 2013.1.16. 직권으로 이 건 양도소득세 0,000,000원을 감액 경정하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.31. 이의신청을 거쳐 2012.11.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

세법은 그 문언에 충실하게 해석되어야 하므로 원칙적으로 문리해석에 의하여 하며, 문리해석만으로는 그 의미를 확정할 수 없는 경우에 한하여 보충적‧제한적으로 논리해석이 허용되어야 한다. 그러한 관점에서 조특법 제99조의3 제1항에 따르면 “ 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 80(2009년12월31일까지의 양도분에 대하여 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면”이라고 명시하여 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하는 경우에는 발생하는 소득 전부에 대해서 감면한다고 규정하고 있다. 또한 다음 본문에서 신축주택을 취득하여 5년을 경과하여 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 규정하고 있으므로 조특법 제99조의3 제3항, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항과 제40조 제1항에 규정하는 “신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산” 산식을 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 이 건 신축주택의 경우 적용할 여지가 없으며, 조특법 시행규칙 제61조에 의거 별지 제37호 서식(구조조정대상 부동산 등 세액감면신청서)의 작성요령을 보더라도 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도한 이 건 신축주택의 경우에는 ‘5년간 발생한 양도소득금액’을 구하는 산식을 적용할 여지가 없다고 보인다. 설령 조특법 시행령 제40조 제1항 산식을 적용한다고 하더라도 분모와 분자에 동일하게 규정된 “취득당시의 기준시가”를 특별히 다르게 해석할 법적인 근거 없이 확장해석이나 유추해석을 하는 것은 세법의 엄격해석에 반하므로 허용될 수 없다고 보인다. 또한 분모와 분자에 동일하게 신축취득 당시 기준시가를 적용하여야 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하여 발생하는 소득에 대해서 100% 감면이 가능하며 동일한 취지로 국세청의 종전예규(서면4팀-0000,2005.11.8.)에서 “취득당시” 또는 ‘취득일’이란 신축주택의 사용검사교부일 등으로 규정하여 분모 또는 분자를 구분하지 않는 것은 같은 취지로 사료되면 법조문을 제대로 해석하였다고 판단된다. 그러므로 처분청이 추가로 고지하면서 적용한 산출방법은 분모와 분자의 취득당시의 기준시가를 각각 달리 해석하여, 분자의 취득당시 기준시가는 건물 취득당시의 기준시가로, 분모의 취득당시 기준시가는 토지 취득당시 기준시가를 적용한 것인 바, 법조문을 자의적으로 해석하여 납세자의 재산권을 부당히 침해하였으므로 이 건 양도소득세 부과처분이 취소되어야 한다.

조특법 제99조의3의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 입법 당시 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 신축주택 취득으로 인한 5년 동안의 양도소득세를 감면하여 주택건설시장의 활성화에 목적이 있음으로 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대하여는 100% 감면(면제)혜택을 주고, 신축주택 취득일부터 5년 이후 발생하는 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제하고 있다. 따라서 조특법 제99조의3 규정은 신축주택 취득자에 대한 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대한 감면규정이므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제함이 타당하며, 국세청 예규(재산세과-000,2009.1.20.)에서도 “단독주택을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우에 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것”으로 해석하고 있다. 또한 조심2010서0000호(2011.06.30.)외 다수의 결정사례를 살펴보더라도 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 판단하고 있으므로 이 건 양도소득세 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 신축주택에 대한 양도소득세 감면과 관련하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상인지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법(2007.4.11. 8347호 개정 전의 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택 취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28., 19888호 개정 전의 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 AA특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등 】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가)

• 다. 사실관계

1. 청구인이 2006.12.18. 제출한 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서에 의하면 종전주택이 재건축되어 2001.12.13. 취득한 신축주택을 2006.10.30. 청구외 DDD 외 1인에게 양도하고, 산출된 양도소득세액 00,000,000원을 전 액 감면세액으로, 농어촌특별세액 0,000,000원을 납부세액으로 자진 신고한 것이 나타나며, 종전주택과 신축주택의 취득‧양도시기, 조특법 제99조의3에 따른 신축주택 감면세액 대상이라는 사실에는 처분청과 청구인간에 다툼은 없다.

2. 처분청의 양도소득세 경정 결의서에 의하면 2012.5.2. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 00,000,000원을 경정한 후, 2013.1.16. 직권시정으로 2006년 과세연도 양도소득세 0,000,000원을 감액 경정한 것으로 나타나므로 청구세액 00,000,000원에서 감액된 세액 0,000,000원을 차감한 00,000,000원에 대하여 심리업무를 진행한다.

• 라. 판단 청구인은 조특법 제99조의3의 규정에 따라 종전부동산 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 과세특례의 적용대상이라고 주장하고 있다. 이에 대하여 본다. 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 같은 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며(조심0000서0000, 2012.2.23.외 다수, 같은 뜻), 동 규정을 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기 간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수도 없다고 할 것 이다.(AA행정법원2011 구단00000, 2012.3.9. 같은 뜻) 따라서 처분청이 종전 부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 조특법 제99조의3 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.