처분청의 과세가 신의성실원칙 및 공평과세원칙을 위반하였는지 여부 등

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인 은 1997.8.25. ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 주택 (이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 재건축조합으로부터 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1 ㅇㅇ아파트 ㅇㅇ동 호호(이하 “쟁점아파트”이라 한다)를 분양받아 2001.12.14. 사용승인 받은 후 2002.1.25. 보존등기 하였으며, 2006.5.30. 쟁점아파트를 양도하고 조세특례제한법 제99조의 3(신축 주택 취득자의 양도소득세 감면)에 의거 양도소득세를 전액 감면 신고하였다.
• 나. ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 ㅇㅇ청 감사실의 특정감사 과제에 대한 자료 처리지시(2012.3.30.)에 의해 쟁점아파트의 양도 시 감면세액 계산의 적정성 여부에 대해 검토하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해서는 감면을 배제하여, 2012.4.16. 납부불성실 가산세 11,652,218원을 포함한 양도소득세 33,534,319원을 고지처분 하였으나 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012.11.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 주위적 청구와 관련하여

1. 당초 법 규정이 감면소득의 범위가 명확하게 일의적으로 해석되지 아니하게 규정되어 있고 감면소득의 계산방법을 별도로 상세하게 규정되지 아니한 등 관련법률이 미비함에도 불구하고 이를 정비하여 개정하지 아니하고 처분청이 자의적으로 불합리하게 해석한 감면소득의 범위와 계산식의 예규에 터 잡아 청구인에게 불리하게 과다한 세금을 과세한 것은 헌법이 보장하는 조세법률주의 원칙과 국세기본법에 규정된 세법해석의 기준에 비추어 청구인의 재산권을 부당히 침해한 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.

2. 처분청이 취득당시의 기준시가를 분모와 분자에 동일하게 신축주택 취득시점의 기준시가를 적용하도록 해석(재산46014-1392, 2000.11.22, 서면4팀-2109, 2005.11.08, 서면5팀-793, 2007.03.9)한 국세청의 종전예규가 아닌, 쟁점부동산의 양도일 이후에 변경된 예규(재산세과-227, 2009.1.20)를 근거로 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득을 감면적용 대상이 아니라고 보아 과세한 것은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 반한 위법한 처분이므로 취소되어야 한다. 3) 2006년 이후의 것만 과세하고 그 이전의 것은 과세하지 아니하는 것이나, 서울지역 납세자에 한하여만 과세하고 그 이외의 지역에 대하여 과세하지 아니하는 것은 공평과세의 원칙에 반하는 부당한 처분이므로 취소되어야 한다.

• 나. 예비적 청구와 관련하여 감면소득의 범위가 처분청의 해석과 같이 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지 발생된 소득은 제외된다 하더라도,

1. 청산금을 납부하고 취득한 재건축주택을 양도하는 경우 그 양도소득금액을 종전주택 취득분에서 발생한 소득과 청산금납부분에서 발생한 소득으로 구분하여 각각 감면소득을 계산한 후 이를 합계한 금액으로 계산하여 과세함이 논리적 타당성이 있으므로 이에 따라 감면세액을 계산하여 산출된 양도소득세를 초과하는 부분에 대하여는 취소되어야 한다.

2. 청구인이 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하고 신고납부하였으므로 청구인에게 과소납부한 귀책사유가 없음에도 청구인이 신고납부한지 5년이 지난 후에 예규를 변경하여 과세하면서 5년간의 납부불성실가산세를 부과한 것은 위법․부당하므로 취소되어야 한다.

• 가. 조세법률주의 위반여부 청구인은 관련 법규정에서 감면소득의 범위가 명확하게 해석되지 아니하게 규정되어 있으나 처분청이 자의적으로 불합리하게 해석 후 감면소득을 계산하여 세금을 과세한 것은 조세법률주의의 원칙과 세법해석의 기준에 비추어 청구인의 재산권을 부당히 침해한 위법한 처분이라고 주장하나, 법률이 정하는 바에 의하여 납세의무를 지고, 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다는 조세법률주의는 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 할 것이고(대법원 2008.10.23.선고 2008두7830 등 다수가 같은 뜻), 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년이내에 신축주택을 양도한 경우, 조특법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없는바(서울행정법원 2012.03.09.선고 2011구단27363), 관련 법규정과 판례에 따라 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득에 대해 감면을 부인하여 과세한 처분이 조세법률주의원칙을 위반하였다는 청구인의 주장은 타당하지 않으며, 또한 조특법 제99조의3을 해석․적용시 과세의 형평과 해당조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되었다고 볼 여지도 없다고 판단된다.
• 나. 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙 위반여부 청구인은 쟁점부동산의 양도일 이후 생산된 예규를 근거로 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득을 감면적용 대상이 아니라고 보아 과세한 것은 소급과세금지의원칙 및 신의성실원칙에 반한 위법한 처분이라고 주장하나, 청구인이 종전의 해석이라고 주장하면서 제시하고 있는 국세청 예규는 감면이 적용되는 양도소득금액을 계산함에 있어 신축주택의 취득일(사용검사필증교부일, 사실상의 사용일 및 임시사용승인일 중 빠른 날)에 대한 회신으로 보이는 반면 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득도 감면적용 대상에 해당한다고 회신한 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로, 이를 근거로 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 반하는 처분이라는 청구주장은 타당하지 않다고 판단된다.
• 다. 공평과세원칙 위반여부 청구인은 2006년 이전의 것에 대해 과세하지 아니하는 것이나 서울지역 외의 납세자에 대하여 과세하지 아니하는 것은 공평과세의 원칙에 반하는 부당한 처분이라고 주장하나, 2006년 이전의 것은 국세기본법에 규정된 부과제척기간이 경과하여 과세할 수 없는 것이고, 관련법 규정에 따라 납세의무가 성립하여 청구인에게 과세하였으나 동일한 과세요건을 충족하는 납세자에게 과세가 되지 아니하였다면 관련법 규정에 따라 오히려 과세가 되어야 할 것이지 이를 두고 공평과세원칙에 위반되어 청구인에게 부과된 양도소득세를 취소하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않다고 판단된다.
• 라. 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 양도한 경우 청구인이 주장하는 계산방법에 따라 감면소득을 계산하여야 하는지 여부 청구인은 종전주택의 취득시기와 청산금의 납부시기가 상이하기에 이에 대한 감면적용시 각각 구분하여 계산한 후 합산하여야 한다고 주장하나, 청구인이 주장하는 계산방법의 논리적 타당성 여부는 차치하고 조특법 제99조의3 및 조특법 시행령 제99조의3에서 감면대상소득의 계산을 조특법 시행령 제40조를 준용한다고 규정하고 있고 이에 따라 감면소득을 계산하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.
• 마. 납부불성실가산세 부과의 적법여부 청구인은 청구인에게 양도소득세를 과소납부한 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세를 부과함은 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지․착오 등은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 바(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780), 청구인이 종전주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지 발생한 전체 양도소득금액에 대해 감면적용하여 양도소득세를 과소하게 납부한 데 있어 청구인에게 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵기에 청구인에게 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

• 가. 쟁점 처분청의 과세가 조세법률주의․소급과세금지원칙․신의성실원칙 및 공평과세원칙을 위반하였는지 여부 및 청산금납부분에 대한 감면세액 계산의 적정여부, 납부불성실가산세 부과의 적법여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법제89조제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법제89조제1항제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × [취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가] ― [취득당시의 기준시가] [양도당시의 기준시가] ― [취득당시의 기준시가] 4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다. <신설 2007.2.28>

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

• 다. 사실관계

○ 이 건 관련된 이의신청 결정문에 따르면, 다음의 내용이 확인된다.

• 국세통합시스템 및 신고자료 등에 의해 확인되는 내용은 다음과 같다. 내 용 연월일 납부세액(원) 비 고 종전주택 취득

1997. 8. 25. 신축주택 준공일 2001.12. 14. 신축주택 양도일

2006. 5. 30. 최초 신고

2006. 6. 16. 양도소득세 1,906,556 농어촌특별세 7,934,232 1세대1주택 고가주택 감면 경정고지

2012. 4. 16. 양도소득세 33,534,310 종전주택에 대한 감면배제 청구인은 2006.5.30. 쟁점아파트를 양도하고 2006.6.16. 조세특례제한법 제99조의3 규정에 의하여 39,761,568원을 감면하고 양도소득세 1,906,556원 및 농어촌특별세 7,934,232원을 신고 납부하였다.

• 처분청에서는 ㅇㅇ청 감사실의 특정감사 과제에 대한 자료 처리지시(2012.3.30.)에 의해 쟁점아파트의 양도 시 감면세액 계산의 적정성 여부에 대해 검토하여 종전주택 취득시부터 신축주택 취득시 까지는 감면대상이 아님에도 감면신청한 부분이 확인되자 감면세액을 조정하여 2012.4.16. 납부불성실 가산세 11,652,218원 포함한 양도소득세 33,534,319원을 결정고지 하였다.

• 라. 판단 청구인은 처분청의 과세가 조세법률주의․소급과세금지원칙․신의성실원칙 및 공평과세원칙을 위반하였다고 주장하고 있으나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2012.2.9. 선고 2011두26053 판결 및 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조). 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점(조심2012서0121, 2012.2.23, 조심2010서2935, 2011.6.30, 서울행정법원2011구단27363, 2012.03.09, 같은 뜻), 국세청이 종전에는 청구인이 주장하는 방식으로 감면대상 양도소득금액을 계산하는 것으로 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.)하다가, 주택을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한다고 종전 해석을 변경한 이후 일관되게 이를 유지하고 있는 점(재산세과-227, 2009.1.20, 부동산거래관리과-123, 2011.2.10, 참조), 조세특례제한법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 보이는 점(국세청적부2010-0114, 2010.5.28, 심사양도2011-0307, 2012.3.30, 같은 뜻) 등을 감안할 때, 처분청의 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 보인다. 또한 청구인은 종전주택의 취득시기와 청산금의 납부시기가 다르므로 청산금 납부분의 소득은 종전주택 취득분에서 발생된 소득으로 보면 안 된다는 주장이나, 처분청은 청구인이 신고한 쟁점아파트 양도차익 및 양도소득금액으로 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 을 준용하여 감면소득을 계산한 것으로 나타나는바, 청구인의 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다. 아울러 청구인은 양도소득세를 과소납부한 귀책사유가 없고 납세의무를 태만히 한 사실이 없으므로 납부불성실가산세 부과는 부당하다는 주장이나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조)이며, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 과소신고 및 과소납부의 귀책사유가 청구인에게 없더라도 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(심사양도2012-0217, 2012.12.03, 같은 뜻). 따라서 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 납부불성실가산세를 포함한 양도소득세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.