종전주택의 취득일부터 신축주택 취득전일까지는 양도소득세 과세특례 규정이 적용되지 않음

• 가. 청구인은 OO시 OOO구 OO동 329-3 OO평아파트 54동 104호 토지 42.9㎡, 건물 47.27㎡(이하 “종전아파트”라 한다)를 1996.12.30. 취득하여 보유하던 중 재건축 사업인 OO시영재건축조합의 조합원 가격으로 참여하여 추가로 91,673,600원을 납부하고, 2005.2.28. 준공된 OO시 OOO구 OO동 329-3 아파트 217-1002 토지 32.2㎡, 건물 81.05㎡(이하 “신축아파트”라 한다)를 2007.7.30. 소유권보존 등기 후 2009.5.12. 419,000,000원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 종전아파트를 양도하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 제3항 제2호에 근거하여 신축감면주택에 해당되는 것으로 보고 양도소득세 38,687,533원을 전액 감면하여 농어촌특별세 7,737,507원을 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 신축아파트는 종전아파트를 보유하다 이를 멸실하고 신축아파트를 취득한 경우에 해당되어 종전아파트의 취득일부터 신축아파트의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 조특법 제99조의3 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니하는 것으로 보고 양도소득세 33,538,200원을 고지하면서 농어촌특별세 과다납부액 7,737,507원을 환급결정하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.28. 이의신청을 거쳐 2012.10.29. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 법 제정 취지 및 도입당시의 상황 이 건 신축주택감면과 관련된 규정은 조특법 제99조 및 동법 제99조의3에 규정된 것으로 이 감면 규정들의 입법취지 및 목적은 1998년 외환위기 및 경기침체기에 주택건설 활성화를 위하여 도입된 것이며, 주택건설 경기의 활성을 극대화하기 위해서는 단독주택의 건축보다는 대규모의 재건축 및 재개발을 통한 주택신축이 더욱 효과적인 것이었다. 효과를 극대화하기 위해서는 신축주택의 취득자에게 큰 혜택을 부여하여야 하고 그러한 혜택이 특별한 정도로 커야 했으며, 정부도 이러한 큰 혜택을 부여 하여야 할 정도로 경기활성화가 시급하고 절실하였던 상황이었다. 그리하여 신축주택 취득자에게는 취득 후 5년 이내에 양도하거나 취득 후 5년 이내에 양도하면 발생하였을 양도소득을 전액 감면함은 물론이거니와, 더 나아가 신축주택을 취득하는 자에게는 그 외 소유하는 다른 주택을 양도하는 경우에도 신축주택은 없는 것으로 하여 1세대 1주택 비과세 혜택까지 주어야 했을 정도로 신축주택에 대한 혜택은 커야만 했다.
• 나. 법 규정을 부당하게 자의적으로 해석하였다. 조특법 제99조의3은 “～신축주택(괄호생략)을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일로부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다.～)라고 규정하고, 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산은 대통령령으로 정한다고 하였으며, 대통령령(조특법 시행령 재99조의3 제2항 및 동법시행령 제40조 제1항)에서 ‘취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 계산을 다음과 같이 계산한다고 하였다. 양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가) 여기서 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 전액 감면하고 5년이 지난 이후에 양도하는 경우에는 그 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다고 하여 차별을 하고자 하는 것처럼 보이나 그렇지 않다. 같은 신축주택을 취득하였는데 5년이 지난 후에 양도하였다고 하여 5년 이내 양도시의 전액감면과 너무나 차이를 두는 것은 과세의 형평에 맞지 않는 것이며 입법취지에도 부합하지 않고 있다. 신축주택에 대한 감면규정의 취지는 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 시점 이후에 발생하는 양도차익에 대해서만 과세하고자 함에 있다. 일반적으로 ‘신축주택’이라 일정기간 동안 건축과정을 거쳐 완공된 주택을 말하며 완성되기 이전에는 주택이라고 할 수 없고, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서도 건축과정을 통하여 새롭게 지어진 주택의 의미로 되어 있으며, 종전주택을 포함하는 것이라는 표현도 없다. 신축주택 취득시점에서는 신축주택의 취득가액(취득원가)만이 존개할 뿐이며, 신축주택 취득 이후에나 신축주택의 취득가액과 비교하여 양도차익이든 차손이든 발생하는 것이라 하겠다. 신축주택의 취득가액은 종전주택의 관리처분계획 당시 평가액과 추가 부담금, 신축주택 취득관련 부대비용 등이며, 종전주택의 관리처분계획 당시 평가액과 취득강시 가액을 비교하여 보면 차익이 발생하였을 수도 있지만 그 금액은 관리처분일 당시 평가액으로 처분하였으면 발생하였을 것으로 보이는 실현되지 않은 차익일 뿐 아니라 그 금액 조차도 신축주택의 취득원가로 들어간다. 즉 조합원들이 종전주택의 평가액은 신축주택 취득원가의 일부로 대체되는 것이다. 법에서 ‘～5년간 발생한 양도소득금액을 ～에서 뺀다’라고 하였는지 그 이유를 살펴보면, 만약 법적 표현을 ‘신축주택 취득 후 5년이 경과된 시점 이후에 발생한 양도소득을 과세한다’라고 표현하였다면, 신축주택 취득일부터 가격이 하락하다 5년이 경과된 후부터 상승하였을 경우 신축주택 취득 후 5년이 되는 날이 기준가액이 되어 양도가액이 기준가액 이상이면 5년간 하락된 금액(취득일부터 5년이 되는 날까지의 결손액)을 반영할 수 없으면서도 기준일 이후에 상승한 이익만 과세하는 문제점이 발생한다(과세하지 않는 것은 결손이 발생하였어도 결손금 통산이 불가함). 양도가액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하여야 하고 언제부터 5년간이냐를 정하여야 하는데, 그 언제부터(신축주택 취득 후 1년, 2년, 3년 …)가 불분명하기 때문에 그 시작의 기산점을 정하기 위함과, 또한 신축주택 취득 후 5년 이전 양도시의 전액감면 규정과 동일한 혜택을 주기 위해 ‘신축주택 취득일부터 5년간’이라는 표현을 쓸 수밖에 없었다. 그런데 마치 ‘신축주택 취득 후 5년간’이라고 하였다고 하여 신축주택 취득 전에 어떤 양도차익이라도 있었던 것처럼 오해하고 있는 것이다. 신축주택 취득 후 5년 이내에 양도하는 경우에는 전액 감면하므로 감면소득금액을 구하는 계산산식 조차 필요가 없을 뿐만 아니라 법에도 언급조차 하지 않았으며, 신축주택 취득 후 5년이 지난 후에 양도하는 경우에만 감면대상 소득금액을 어떻게 계산하여야 하는지에 관심을 두었다. 그렇기에 위 조특법 시행령 제40조 제1항 산식에서 취득당시를 신축주택 취득일로 한 것은 신축주택 취득일 이전에는 존재하지도 않는 양도차익을 거론할 필요가 없고 당연히 신축주택의 취득이라고 한 것이다. 그러므로 위 산식에서의 ‘취득일’과 ‘취득당시’의 의미는 동일하며, 분자의 ‘취득당시’와 분모의 ‘취득당시’의 시간적 의미 또는 동일하게 해석하여야 함에도, 처분청은 분자의 ‘취득당시’를 신축주택 취득당시로 하고 분모의 ‘취득당시’를 종전주택 취득당시로 보는 오류를 범하였다. 만일 분모와 분자의 취득당시의 시기가 다른 뜻이라면 각각의 뜻에 맞게 표현하여야 하고 달리 표현되지 않았다면 같은 문구는 동일한 의미로 받아들여야 함은 당연한 것이다. 세법은 그 문언 및 그 취지에 충실하게 해석하여야 하며 그 해석에 있어서 보정이나 보충을 원칙적으로 허용하지 않고, 동일한 문구는 동일한 뜻으로 해석하여야 함에도 이를 달리 해석하는 것은 조세법의 기본원칙인 조세법률주의의 엄격해석의 원칙을 위배한 것이다.
• 다. 기존 해석 부당한 변경 ‘취득일’ 또는 ‘취득당시’에 대한 해석으로 처분청은 2009.1.20. 이전까지는 신축주택의 취득일로 해석하였다. 처분청이 생산한 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 따르면 ｢조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양소도슥세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이라 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증 교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것임｣이라고 하고 있어, 감면대상소득금액을 산정하는 계산식에서 ‘취득당시’의 시기를 분모와 분자 공히 사용검사필증교부일이라고 하고 있었으며 사용검사필증교부일은 곧 신축주택취득일과 같다. 그런데 위와 같이 입법목적 및 그 취지에 맞게 해석하였던 것을 “종전 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 않는 것(2009.1.20. 재산세과-227)이라고 입법취지와 달리 변경하였으며, 나아가 부동산거래관리과-127호(2011.2.10.)는 “주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것임”이라고 하여 자의적으로 해석하여 집행하였다. 납세자들은 2009.1.20. 이전에는 조특법 제99조 및 제99조의3 규정에 의하여 양도소득세 감면 시 신축주택 취득 후 5년 이내 양도 분은 전액감면, 5년 후 양도에 대하여는 5년 후에 발생한 양도소득만 과세하는 것으로 하여 신고하였으며, 과세관청 또는 이러한 납세자의 신고(신고로서 결정됨)를 시인하였고, 나아가 납세자가 감면을 받지 않는 것으로 신고를 한 후 감면을 적용하여 경정 청구를 한 것에 대하여 과세관청은 감면이 옳다고 하여 환급까지 해 주었다. 그런데 2009.1.20. 새로운 그 동안의 해석이나 관행에 반하는 부당한 해석을 하고 이 건을 포함하여 신축감면을 받은 납세자들 중 부과제척기간이 경고하지 않은 2006년 귀속 이후 귀속분에 대하여 과세처분을 하였다.
• 라. 처분청 계산방식의 오류 처분청은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 계산식의 취득당시의 기준시가에서 분모의 취득당시를 종전주택 취득시기로 하였다. 재개발 및 재건축 조합원들이 신축주택을 취득함에 있어서는 관리허분 당시 종전주택의 평가액을 기준으로 기준금액 이상의 큰 평수를 분양받은 조합원들은 청산금 등을 추가 납부하고 신축주택을 취득하였다. 재개발 및 재건축 조합원들의 신축주택에 대한 실거래가 양도차익은 관리처분계획인가일을 기준으로 2단계로 계산하는데, 종전주택에 대한 양도차익(종전주택 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익)과 관리처분계획인가일 이후 종전부동산과 청산금 등 납부분의 양도차익을 각각 계산하는 방식으로 함. 즉 청산금 등 추가납부분이 양도차익은 관리처분계획인가일 이후부터 발생하고 있는 것이다. 하지만 처분청의 산식대로 분모의 취득당시를 종전주택 취득당시로 적용하여 감면대상 양도소득금액을 계산하다 보면, 청산금 등 추가납부분에 대한 양도차익이 마치 종전주택 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지도 발생한 것처럼 되고 신축주택 취득일부터 발생한 양도차익이 적게 계산되어 결과적으로 감면대상 소득금액이 적어지는 오류가 발생한다.
• 마. 세액감면 신청서의 내용으로 보아도 부당하다. 신축주택 감면을 받기 위해서는 세액감면신청서를 제출하여 하고 세액감면 신청서 서식 [별지 제37호 서식]의 일부를 보면 다음과 같다. 세액감면 신청서 뒷면 작성요령이 기재되어 있는데 그 내용을 보면, ‘⑦란 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액을 기재하며(작성요령 2)한다’라고 하여 신축주택을 양도함으로써 발생된 전체 소득금액으로 하고 있고, ‘⑧ 내지 ⑩란은 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 기재하고(작성요령 3)’, ‘⑪란 5년 이내 발생한 양도소득금액은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우에는 ⑦란 양도소득금액을 기재하고(작성요령 4)’라고 하여 신축주택 취득 후 5년 이내 양도하는 경우에는 종전주택 보유기간 까지도 전부 감면하는 뜻으로 되어 있으며, ‘5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 기재한다(작성요령 3)’고 하여 공평적 해석상 취득당시를 신축주택의 취득당시로 이해하게 하여 결과적으로 5년이내 양도분과 같이 종전주택 취득분에 대하여도 감면하는 것으로 되어 있다. 또한, 조세특례제한법 시행령 제99조의3 에서 준용하고 있는 동법 시행령 제40조의 산식과 위 세액감면 신청서 서식을 보아도 추가납부분에 대한 신축주택 취득 후의 양도차익을 계산할 수 없다는 것을 알 수 있다.
• 바. 감면대상소득 계산시 기준시가 적용 대상의 오류 처분청의 주장대로 분모의 취득당시를 종전주택 취득당시로 하는 경우 토지만을 가지고 있던 재개발 조합원인 경우 종전부동산의 부동산의 취득일은 토지만의 기준시가이고 신축주택 취득일 이후부터는 토지와 건물을 합한 것인데, 양도당시(토지와 건물의 가액) 기준시가에서 종전 부동산(토지만의 가액) 취득당시 기준시가를 차감하는 것인데 이러한 방식이 합리적인 것이라고 할 수는 없다.
• 사. 일반 수분양자들과의 형평성 재개발 및 재건축조합 주택은 조합원분양분과 조합원외의 일반분양분이 있고 각각의 분양대금을 납부하고 신축주택을 취득하여야 하는 것이나, 처분청의 계산대로라면 조합원들은 일반분양자들과 똑 같이 신축주택을 취득한 것임에도 일반분양자들에 비하여 불이익한 대우를 받게 되어 있다. 대법원 ｢2008.5.29. 구법 제99조의3 제1항 소정의 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택이나 자기가 건설한 신축주택은 서로 개념 필연적으로 확연히 구분되는 규정이 아니고, 그 각각의 구체적인 내용은 침체된 부동산 경기를 부양시킨다는 입법목적을 살리기 위하여 그때그때의 사회경제적 실정에 맞추어 정하도록 대통령령에 위임하였으며, 구시행령은 주택조합 등이 조합원 외의 자들에게 신축주택취득기간 내에 최초로 조합원분양분을 제외한 잔여주택을 분양하였다면 신축주택이 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 등을 받은 경우라 하더라도 조합원이나 비조합원 모두 양도소득세를 감면받도록 하는 것이 위와 같은 입법목적에 더 부합할 뿐 아니라 양자 사이의 형평에도 부합한다는 점을 고려하여 구시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정을 둔 것으로 보인다｣(대법원2008두2026, 2008.5.29.)고 판시하여 조합원분양자와 차별 없이 모두 감면을 받도록 하였다. 과세청의 처분대로 과세될 경우 다른 조건이 똑같은 일반분양자와 조합원분양자의 감면금액은 많은 차이가 나고, 이는 양자 사이의 형평과 공평과세에 부합하지 못하는 것이며, 침체된 부동산 경기를 부양시킨다는 입법목적에 맞지 않고 있다.
• 아. 신축주택 취득 후 가격상승이 없으면 아무런 혜택이 없다. 신축주택 감면에 대한 법 제정 도입목적 중 가장 큰 것은 주택건설경기 부양이라 할 것이다. 당시의 경기로 보아 신축주택 취득자는 신축주택 취득 후에 주택가격이 상승할 것인지 아니며 하락할 것인지 알 수 없었으며, 당시의 경기상황으로 보면 오히려 경기의 불안으로 하락을 염려하였을 것이다. 세금감면 없이 신축주택 취득 전의 것을 과세한다면 그러한 상황에서 주택건설비용 및 많은 시간을 투자해서 신축주택을 취득할 사람은 없을 것이다. 처분청의 주장대로라면 신축주택 취득 후에 신축주택의 가격이 상승하여야만 일부라도 혜택을 받을 수 있는 것이나 가격상승이 없거나 하락하는 경우라면 아무런 혜택이 없다. 또한 신축주택을 취득 후 오래 보유하지 않고 조기에 양도하면 감면혜택이 미미하기 때문에 신축주택을 감면하고자 하는 그 본래의 취지를 달성하기 어려운 것이라 하겠다.
• 자. 1주택 비과세 제도와의 비교 1세대1주택 비과세에 대한 소득세법 규정(소득세법 제89조 제1항 제3호) ｢대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득｣이라고 하고 있는데, 토지를 보유하고 있다가 그 토지위에 주택을 건축하여 비과세 요건을 충족한 후 양도함으로서 발생한 양도소득을 비과세함에 있어, 주택을 취득한 후의 양도소득만 비과세하는 것이 아니라 주택신축 이전의 토지 보유기간의 양도소득까지도 비과세하고 있다. 신축주택 감면규정 또한 ‘～신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고～’라고 하고 있음을 볼 때, 비과세 규정이나 감면규정이나 공히 주택건설 이전 토지(비과세 경우) 또는 종전주택(신축주택 감면의 경우)에 대하여도 과세하지 않겠다는 뜻으로 보아야 할 것이다.
• 차. 소득과세 금지 위반 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니하며”(국세기본법 제18조 제3항), “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후”라 함은 성문화의 여부에 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확인하게 된 것(기본통칙 18-0…1), “새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다.”(기본통칙 18-0…2)고 하고 있다. 신축주택취득과 관련한 조세특례제한법 제99조 및 동법 제99조의3의 규정은 제정 이래 10년이 넘도록 운영되어 왔는데, 양도소득세과세표준신고서가 세무서에 제출되면 입력요원들에 의해 신고내용의 적정 여부를 관계없이 국세청 전산시스템에 입력된 후 신고서는 세무서 재산세과 직원들에게 인계되어 신고의 적정 여부를 검토하면서 신고서와 전산시스템상의 내용과 일치화 시키고 있다. 신고서와 전산시스템상의 내용과 일치화 시키는 과정에서 비과세 또는 감면이 되는 경우에는 별도로 ‘비과세․감면신고자 서면 검토조서’라는 서식을 작성하여 그 적법 여부를 관리자의 결재를 받아서 처리하여야 한다. ‘비과세․감면신고자 서면 검토조서’에는 감면이 적용되는 법조문, 감면요건, 감면율, 감면세액 등의 적정여부를 기재하게 되어 있으며 검토결과의 적․부를 표시하게 되어 있고, 검토결과 감면이 적법하면 신고시인하고 적법하지 않으면 감면을 배제하고 과세처분으로 처리를 하고 있는데 그 처리과정에서 감면을 배제하고 과세처분을 한 것은 없다. 만일 ‘비과세․감면신고자 서면 검토조서’가 작성되지 않으면 과세자료전이 출력되고 출력된 과세자료는 담당자를 지정하여 조속한 시일내에 처리를 하도록 되어 있으며, 위 일련의 절차와 처리의 적정여부는 매년 행정감사를 받아야 하고 그 행정감사에서 지적되어 과세된 적은 없다. 이렇게 2011.2.10. 이전 10여 년간 이렇게 신축주택 감면에 대한 신고서 처리와 감사행정을 반복하면서 신축주택 감면에 대하여 종전주택에 대한 양도차익에 대하여 감면을 배제한 적은 없다. 또한 국세청에서 발간한 양도소득세 신고해설서, 세금절약가이드에도 신축주택을 취득하여 5년이내 양도시 전액감면, 5년 경과한 후 양도시 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 되어 있다. 이러한 종전주택분에 대한 양도차익도 감면에 대한 국세청의 해석 및 관행은 납세자들에게도 받아들여져 10년이 넘도록 평온하게 이루어져 왔는데, 처분청은 2011.2.10. 종전주택에 대한 감면배제의 예규를 생산하고 그 예규에 따라 소급하여 과세하기로 하고 아직 부과제척기간이 경과되지 않은 2006년 귀속분부터 과세를 하기 시작하였다. 이 건 신축주택은 2009.5.12. 양도한 것으로 가사 처분청의 주장인 2011.2.10. 예규의 해석처럼 종전주택분 양도차익은 감면을 배제하는 것이 옳은 해석이라고 하더라도 2011.2.10. 이전에 양도된 신축주택에 대해서는 그 동안의 국세청 해석 및 관행에 따라 종전주택분 양도차익도 전액 감면함이 마땅하다.
• 카. 공평과세 및 예측가능성의 침해 처분청은 이 건 과세와 같은 시기에 다른 수 많은 동일 유형의 사건의 납세자들에게 과세하면서 2005년 귀속 이전 신고 사건들은 부과제척기간 경과로 과세하지 못하였다. 처분청의 중대한 과실로 2005년 이전에 양도한 납세자들과 2006년 이후 양도한 납세자들과 과세의 형평이 맞지 않고 있다. 또한 신축주택과 다른 주택 등 양도소득세 과세대상 자산을 가지고 있었던 납세자들은 신축주택이 감면되지 않았다는 것을 알았다면 신축주택을 그 당시 처분하지 않고 다른 방법을 택하였을 수도 있었을 것인데, 이제야 신축주택 감면대상소득을 달리 해석하여 과세한다면 처분청의 권한의 남용으로 납세자는 예측가능성과 재산권을 부당하게 침해 받는 것이다.
• 파. 가산세부과는 부당하다. 처분청은 이 건 과세를 하면서 납부불성실 가산세 5,619,946원을 부과하였으나, 가산세는 납세자가 정당한 사유 없이 세법에 규정하는 의무를 이행하지 않았을 경우에나 부과하는 것이다. “가산세”란 세법에 규정하는 의무를 태만히 함으로써 이 법 또는 각 세법이 규정하는 바에 따라 본세에 가산하여 부과하는 것을 말한다(기본통칙 47-0…1)라고 하고 있고, 국세기본법 제48조 제1항 에는 “정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다”고 하였으며, “세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이다(대법원 1998.7.24. 선고, 96누18076 판결 등 다수)”라고 하여 대법원 또는 그 취지를 같이하고 있다. 이 건 처분청의 과세처분은 2009년에 양도한 것으로써 재개발 조합원의 종전주택 양도차익도 감면대상에 해당한다는 기존의 해석 및 관행에 따라 2009년 신고 및 납부를 하고 완결된 것이다. 종전주택 양도차익은 감면이 안 되는 줄 알았다면 당연히 그에 맞게 신고하고 납부하였을 것이나 그 당시에는 처분청이나 납세자들 모두가 종전주택 양도차익이 감면이 되는 줄 알고 있었다. 이는 청구인이 종전주택 양도차익이 감면이 안 되는 것을 몰랐던 것에 대하여 그 의무를 태만히 한 것이라고 할 수 없으며, 청구인이 그렇게 신고할 수밖에 없었던 것에 정당한 사유가 있었다고 보아야 한다.

종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변한 사실이 없으므로 소급과세금지에 위배되지 않으며 신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액만을 감면한다는 법령에 따라 적정하게 신고․납부한 납세자도 다수 있어 이들과의 과세형평에 비추어 과세는 정당하다. 조특법 제99조의3 ｢신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례｣ 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해 주겠다는 취지로 보이며(국세청 적부 2010-0114, 2010.5.28.), 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례 대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며(조심2012서0121, 2012.2.23. ; 2010서2935, 2011.6.30. 등), 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9.). 또한, 납세자 관할세무서장은 “예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.”고 규정하고 있으므로 부과제척기간내의 경우 경정 가능하여 소급과세에 해당하지 아니하므로 본 건 종전 부동산 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액을 당초 감면소득에서 차감한 당초 처분은 정당하며, 국세기본법 제47조의4 에 의거 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우로써 납부불성실가산세를 부과한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. (주위적 청구) ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 감면적용대상인지 여부

2. (예비적 청구) 새로운 예규의 적용에 따라 과세대상이 되었으므로 납부불성실가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(｢주택법｣에 따른 주택조합 또는 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(｢주택법｣에 따른 주택조합 또는 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 ｢소득세법｣ 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 ｢법인세법｣ 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 ｢택지개발촉진법｣ 제3조 에 따라 택지개발지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. ｢주택법｣에 의한 주택조합 또는 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(｢도시 및 주거환경정비법｣ 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 ｢주택법｣ 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 4) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 5) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 6) 국세기본법 제47조 【가산세 부과】

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 7) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행자지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 처분청은 청구인에 대한 2009년 과세연도 양도소득세 33,538,209원의 경정결의서와 신축주택 부당감면혐의자 개별검토서를 제시하고 있다.

2. 2009.7.31. 청구인의 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서 예정신고분을 제시하고 있다.

• 가) 신축주택취득 등에 대한 세액감면(면제)신청서를 첨부한 양도소득세 38,687,533원을 감면신청하였다.
• 나) 신축아파트를 419,000,000원에 양도하는 아파트 매매 계약서를 제시하고 있다.
• 다) OO시영아파트 2단지 329-3번지 재건축주택조합 조합원 아파트 공급계약서를 제시하고 있다.
• 라) 신축아파트 샷시 3,400,000원과 확장공사 8,000,000원과 관련된 금융자료를 제시하고 있다
• 마) 중개수수료 1,676,000원을 제시하고 있다.
• 바) 신축아파트 등기비용 1,381,250원의 영수증을 제시하고 있다.
• 사) 신축아파트 및 종전아파트의 부동산 등기부등본, 집합건축물대장을 제시하고 있다.
• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합하여 첫째, 주위적 청구로 ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 (신축주택의 취득자 에 대한 양도소득세의 과세특례) 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 감면적용대상으로 보아야 한다는 주장에 대하여 살펴보면, 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고, 이 때, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 조특법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 조특법 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당한 바(부동산거래관리과-127, 2011. 2.10.), 관련 청구 주장을 받아들이기 어렵다고 판단되며(서울행정법원 2011구단27363,

2012. 3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임), 조세관행 존중원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성 원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성원칙을 희생하여서라도 납세자 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고, ｢국세기본법｣ 제18조 제3항 에 의하면, “세법의 해석이나 국세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있는 바, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 그 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져야 하며, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야 하고, 이와 같은 의사는 묵시적으로도 가능하나 묵시적 의사표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간 과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결, 같은 뜻임)이며, 단순히 세법해석기준에 관한 공적견해표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규가 제정·공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없고(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 국심 2005서3764, 2006.11.1. 참고), 과세관청이 새로운 해석에 따라 과세한 이 건은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함으로써 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있거나 과세관청이 단순한 과세누락과 달리 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일 까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려우므로 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 둘째, 예비적 청구인 청구인이 종전주택 양도차익이 감면이 안 되는 것을 몰랐던 것에 대하여 그 의무를 태만히 한 것이라고 할 수 없으며, 청구인이 그렇게 신고할 수밖에 없었던 것에 정당한 사유가 있었다고 보아야 한다는 주장에 대하여 살펴보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 과소신고 및 과소납부의 귀책사유가 청구인에게 없더라도 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심2012서3605, 2012.10.11.).

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.