이주보상비는 필요경비에 산입대상이 아님

청구인은 택시운수업을 영위하는 청구외 주식회사 ○일(이하 “임차법인”이라 한다)에게 임대하던 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 854번지 등 5필지 잡종지와 도로 2,182㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2009.

7.

30. 청구외 주식회사 ○○건설(이하 “매수자”라 한다)에게 양도하고, 그 대가로 이주보상비 200백만원(이하 “쟁점이주비”라 한다)을 포함하여 2,840백만원을 수령하였으며, 이 금액 중 2,640백만원은 양도소득으로, 쟁점이주비는 기타소득으로 하여 양도소득세와 종합소득세를 각각 신고하였다. 처분청은 쟁점이주비를 양도소득으로 보아 쟁점부동산의 양도가액에 가산 하여 2012.

7.

15. 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 62,636,250원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.

10.

10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점부동산을 임차법인에게 택시운수업용 토지로 임대하다가 매수자에게 양도시 매수자의 중재로 대체토지인 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 220-1번지 답 1,092 ㎡를 임차법인의 택시차고지로 4년 이상 임대하는 조건으로 토지거래허가를 ○○시장으로부터 받아 이 농지를 임차법인이 취득하면서 대체토지의 형질변경과 토목공사, 자동차관련 시설 조성비용 등으로 쟁점이주비를 지급받아 임차법인에게 지급하기로 하는 조건으로 쟁점부동산의 매매계약이 체결되었으며, 실제 관련비용(공사비 146,201,825원, 농지보전부담금 등 78,740,980원)이 소요되었다. 따라서, 쟁점이주비가 양도소득에 해당된다 하더라도 실제 지출된 이주관련 비용은 양도소득의 필요경비로 인정해야 하고, 기타소득으로 신고한 종합소득세를 환급하지 아니한 것은 부당하다.

쟁점이주비는 소득세법 제97조 및 동법시행령 제163조에서 규정한 양도와 직접 관련있는 비용에 해당하지 아니하고, 청구인이 제시한 지출증빙은 임차법인이 부담한 비용으로 청구인의 양도소득에 대한 필요경비로 공제할 수 없는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점이주비가 쟁점부동산의 양도가액에서 공제되는 필요경비로 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

3. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(법인세법 제16조제1항제5호 의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
• 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
• 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
• 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용 3) 소득세법 시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산등】

① 영 제163조제3항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 하천법·댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

• 다. 사실관계

1. 쟁점부동산의 양도에 대한 매매계약서에 의하면, 쟁점부동산 소재지에 임차법인 명의의 자동차 관련시설로 2000.

12.

28. 신축(사용승인)한 건물 262.76 ㎡이 있었고, 매수자가 청구인에게 지급한 2,840백만원과 별도로 건물보상비로 100백만원을 임차법인에게 직접 지급하도록 기재되어 있으며, 매매계약서 제2조(총매매대금 및 단가산정)에서 쟁점이주비에 대하여 “이주보상비는 매매대금에 포함”이라고 비고란에 표기되어 있고, 제3조(매매대금 지급방법 및 조건)에서 계약금 및 중도금 2,780백만원, 잔금 60백만원으로 기재되어 있어 쟁점이주비를 별도로 구분하지 아니하였으며, 제4조(토지 매매대금에 포함되는 사항 등)에는 “매매대상 토지에 존재하는 농작물 및 가축 사육 등에 대한 손실보상비, 모든 공장, 상가, 점포 등의 영업점에 대한 영업손실보상비 및 이사비용, 모든 지상 지상물 일체 포함”이라고 표기되어 있다.

2. 청구인은 이 건 심사청구시 쟁점이주비를 임차법인의 대체토지에 대한 공사비 등 (공사비 146,201,825원, 농지보전부담금 등 78,740,980원)으로 지출되었다고 주장하면서, 23개업체로부터 공급받는자가 임차법인으로 하여 작성된 세금계산서, 입금표, 공사인건비(44,200천원) 확인서 등과 임차법인외 2명이 납부한 농지보전부담금자진납부서 및 개발부담금납부영수증 사본, 임차법인이 청구인에게 쟁점이주비 지급를 독촉한 내용이 기재된 내용증명서, 토지거래허가증, ○○시 ○○구청장이 발급한 개발행위허가 준공 통보공문 사본 등을 제출하였다.

3. 청구인이 택시운수업의 대체토지라고 주장하는 토지와 그 지상 건물의 소유권은 다음과 같이 청구인과 임차법인 및 임차법인 대표자 ○○집이 공동소유하고 있는 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다. 부동산소재지 지목 면적(㎡) 취득일 소유권

○○도 ○○시 ○○구 ○○동 220-1 주차장 1,092 2009.9.15. 청구인 545/1092

○○집 545/1092 임차법인 2/1092 건물 388.51 2010.8.13. 청구인, ○○집, 임차법인 각각 1/3

○○도 ○○시 ○○구 ○○동 224-18 주차장 430 2009.9.15. 청구인 210/430

○○집 210/430 임차법인 10/430

4. 청구인은 2009년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점이주비를 기타소득으로 하여 신고․납부한 사실이 종합소득세 과세표준신고서 등에 의하여 확인되나, 처분청은 쟁점이주비를 양도소득으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였음에도 이 건 심사청구 심리일 현재 종합소득세에 대하여는 경정결정하지 아니한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

• 라. 판 단 쟁점이주비가 쟁점부동산의 양도가액에서 공제되는 필요경비로 인정할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. 자산의 양도차익 계산시 양도가액에서 공제되는 필요경비에 대하여는 열거된 항목에 한하는 것이므로 토지ㆍ건물의 양도와 관련하여 임차인에게 지급한 보상금이나 이사비용은 필요경비에 산입되지 않는 것인바(부동산거래관리과-222, 2011.3.11. ; 부산고등법원2009누1006, 2009.7.10. 다수 같은 뜻), 쟁점부동산의 매매대금의 일부로 지급받은 쟁점이주비의 지출은 쟁점부동산의 매매계약과는 별개인 청구인과 임차법인 사이에 임대차계약과 관련하여 지출된 위약금 성격의 비용으로 소득세법 제97조 및 소득세법시행령 제163조 에 열거된 항목에 해당하지 아니하므로 쟁점부동산의 양도가액에서 공제되는 필요경비로 인정하기는 어렵다. 다만, 청구인이 기타소득으로 이미 신고한 쟁점이주비를 처분청이 양도가액에 포함하여 이 건 양도소득세를 과세하면서 종합소득에서 이를 차감하여 경정하지 아니한 것은 잘못되었다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점이주비를 종합소득에서 차감하여 경정하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점부동산의 양도가액에서 공제되는 필요경비로 인정하지 아니하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.