신축주택 감면은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니함

이 건 심사청구는 기각합니다.

청 구인은 1994.11.14. 취득한 ○○시 ○○동 1682 ○○아파트 6동 405호 (이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨으로써 취득(준공일 2003.05.10.)한

○○시 ○○동 1682 △△아파트 104동 1505호(이하 “신축주택” 이라 한다)를 2009.12.26. 양도하고 이에 대하여 조세특례 제한법 제99조 3를 적용하여 양도소득세 197,231,097원을 100% 감면세액으로 예정신고 하였다.

○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 종전주택의 취득일부터 신축주택취득일 전일까지의 양도 소득금액에 대하여는 조세특례제한법 제99조의3 양도소득세 과세특례의 적용 대상이 아니하므로 양도소득세 168,722,015원(납부 불성실가산세 26,460,619원 포함)에 대하여 2012.3.10. 납기로 고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 하였으나 기각되어 이 건 심사청구를 하였다.

조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 내용에서 ‘신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.’는 내용을 해석하면 신축주택의 감면만 적용하여야 된다고 해석되어지고 있다. 신축주액을 처분청이 주장하는 내용대로 양도소득세 계산공식을 적용하는 경우 다음과 같은 상황이 발생된다. 첫째, 조세특례제한법 시행령 제40조 의 제1항에 산식이 일반분양 취득분만 산출하는 계산방식이라는 점과 마땅히 조세법전에 자기가 신축(재건축, 재개발)한 건에 대하여는 명백히 적용할 계산공식이 없다는 점이다. 둘째, 마땅히 적용할 공식이 명확하게 없으므로 납세자와 일선 세무공무원들도 정확하게 적용을 하지 못하고 조세특례제한법 시행령 제40조 의 제1항에 산식에 맞추어 적용하였으며, 일선세무서에서도 그대로 세액결정을 하였다는 점이다. 처분청에서는 종전주택의 감면분에 감면을 부인하고 과세하려 한다면 세법조문에 개정산식을 추가하여 개정한 수 세법전에 새롭게 공시하여 그 후 양도물건부터 적용하는 것이 올바른 과세라고 판단된다. 셋째, 조세특례제한법 제99조 의 3 제3항에서는 ‘제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.’라는 법조문을 보면 납세자각 세액감면을 받으려면 감면신청을 하여야 한다고 제한하고 있으며, 과세권자는 그 신고내용을 감면으로 세액결정을 이미 하고 있다. 그러나 이미 감면신청을 처분청에서는 기 결정을 하였으면서도 기존 결정을 부인하고 일방적으로 부과결정을 하는 것은 성실납세자에게는 과세관청과 정부를 신뢰하지 못하게 하고 있는 것이다. 더욱이 본세도 신뢰하지 못하는 상황에서 납부불성실가산세를 추가로 부과한다는 것은 더욱 더 신뢰하지 못하게 만드는 결정이다.

• 가. 청구인이 종전주택을 취득한 날은 1994.11.7.이고, 관리처분 계획인가일은 1999.06.03. 사용승인일은 2003.05.10.이며, 재건축조합의 조합원인 청구인이 신축주택인 쟁점주택을 취득한 날은 쟁점주택의 준공일인 2003.05.10.로 보아야 하고, 양도한 날은 2009.12.16.로 확인되므로, 조특법 제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일부터 5년간 발생하는 소득이라 함은 2003.05.10.부터 2008.05.09.까지의 사이에 발생한 소득을 의미한다.
• 나. 청구인은 소득세법시행령 제166조 의 양도차익 산정 규정은 일반분양 취득분만 산출하는 계산방식이고, 세법에 자기가 신축(재건축, 재개발)한 건에 대하여는 명백히 적용할 계산공식이 없다고 주장하는 데, 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 제②항에 ‘ 신축주택감면을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도 소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’로 규정되어 계산산식을 시행령에 위임하고 있고, 단지 신축주택의 취득일부터 5년간 양도 소득을 계산함에 있어서 기준시가를 기준으로 전체 양도소득(종전주택 취득일 ～ 양도일) 중에서 신축주택의 취득일부터 5년간 양도소득을 계산한 것이므로 위 산식을 이용한 계산방식은 정당하다.
• 다. 청구인은 정확한 세액계산 공식이 없어 새로운 계산산식을 주장하여 적용 하고, 일방적으로 부과결정을 하는 상황에서 더욱이 가산세를 추가 부과하는 것은 잘못되었다고 주장하나 위와 같이 적법한 계산산식으로 부과결정을 한 바, 국세기본법 제47조의4에 의거 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우로써 납부불성실가산세를 부과한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 신축주택 감면에 종전주택의 보유기간이 포함되는지 여부 및 납부불성실가산세 부과의 적정 여부
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제99조 의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취 득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조 의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지 개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. <개정 2010.2.18 부칙> 3) 조세특례제한법 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}/{(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 4) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 5) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조제1항제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조제1항제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비 6) 국세기본법 제47조 의 4【납부불성실․환급불성실가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

• 다. 사실관계

1. 청구인은 신축주택을 2009.12.16. 양도 후 2010.1.29. ○○세무서에 양도 소득과세표준 및 자진납부계산서를 신고하면서 양도가액 1,390백만원, 취득가액 254백만원, 양도소득금액 603백만원, 산출세액 197백만원으로 하여 산출 세액 전액을 감면신청하여 신고하였으며, 감면세액의 20%인 39백만원을 신고 납부한 사실이 국세통합시스템에 의해 확인된다.

2. 처분청에서 청구인에게 신축주택 양도와 관련하여 경정한 내용을 살펴보면, 산출세액까지는 신고내용과 경정내용이 일치하며, 감면세액이 청구인은 197,231,097원인 반면 처분청은 54,969,701원으로 142,261,396원의 감면세액을 부인하고 납부불성실가산세 26,460,619원을 더하여 168,722,015원을 고지하였다.

3. 처분청에서는 이 건 양도소득세 감면세액을 계산하면서 종전주택 취득일로부터 신축주택 준공일까지의 양도소득금액에 대하여 신축주택 감면을 부인하였다. [감면소득금액 170,816,056원] = {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} /{(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} = 606,417,420 × (1,096,000,000 - 851,219,510) / (984,000,000 - 115,000,000) [감면세액 54,969,701원] = 산출세액 × (감면대상 양도소득금액 - 기본공제) / 과세표준 = 197,231,097 × (170,816,056 - 2,500,000) / 603,917,420

• 라. 판단 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년 이후에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있다. 쟁점주택이 조특법 제99조의 3 제1항의 신축주택에 해당된다는 점에 대하여는 다툼이 없으나, 재건축사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이므로, 양도소득세의 감면대상이 되는 취득일부터 5년간 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다. 쟁점주택 양도당시의 소득세법 시행령 제166조 제5항 에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 기준시가에 의한 양도차익은 ① 기존건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 ② 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일 전일까지의 양도차익 ③ 신축건물 준공 일부터 양도일까지의 양도차익으로 나누어 계산하도록 규정하였으며, 그 이후에 개정된 소득세법 시행령 제166조 제2항 에서도 관리처분계획인가전의 양도차익과 그 후의 양도차익을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있음에 비추어 보면, 조특법 제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일부터 5년간 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 위 ③의 기간에 발생한 양도차익을 의미한다고 할 것이다. 신축주택 감면규정은 침체된 주택건설경기를 부양하겠다는 목적에서 입 법된 것으로 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득후 5년내 양도하는 경우에는 5년간 발생된 양도소득에 대한 양도소득세를 감면한다는 것이므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여는 감면대상이 아니므로 처분청에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여 감면을 배제하고 양도소득세를 경정 고지한 것은 잘못이 없다고 할 것이다. 또한, 청구인은 신축주택 감면을 과다신고 하였으며, 처분청에서 감면세액을 부인함으로 인하여 추가 납부할 세액이 발생한 경우 가산세가 부과되지 아니할 정당한 사유가 있다고 보기 어려우며, 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 ‘납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율’로 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.