종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면 대상이 아님

• 가. 청구인은 1999.9.21. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재 주공아파트를 취득하여 보유하다가 재개발로 2004.11.26. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동소재 ㅇㅇ아파트(이하 “쟁점아파트” 라 한다)를 취득하였다. 이후 청구인은 2011.1.28. 쟁점아파트를 875,000천원에 양도하고 조세특례제한법(이하 “조특법” 이라 한다) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정을 적용하여 2011.3.31. 산출세액 22,630천원 중 12,035천원을 감면세액으로 하여 양도소득세 예정신고․납부를 하였다.
• 나. ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구인의 양도소득세 신고내용 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.7.10. 청구인에게 2011년 과세연도 양도소득세 13,023,800원을 경정․결정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.14. 이의신청을 거쳐 2012.9.27. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 법 규정을 부당하게 자의적으로 해석하였다. 조특법 제99조3은 “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일로부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다.”라고 규정하고, 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산은 대통령령으로 정한다고 하였으며, 대통령령(조특법시행령 제99조의3 제2항 및 동법시행령 제40조 제1항)에서 ‘취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 계산을 다음과 같이 계산한다고 하였다. 양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가) 신축주택에 대한 감면규정의 취지는 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 시점 이후에 발생하는 양도차익에 대해서만 과세하고자 함에 있다. 일반적으로 ‘신축주택’이란 일정기간 동안 건축과정을 거쳐 완성된 주택을 말하며 완성되기 이전에는 주택이라고 할 수 없고, 조특법 제99조의3 제1항에서도 건축과정을 통하여 새롭게 지어진 주택의 의미로 되어 있으며, 종전주택을 포함하는 것이라는 표현도 없으며, 신축주택 취득시점에서는 신축주택의 취득가액(취득원가)만이 존재할 뿐이며, 신축주택 취득 후에나 신축주택의 취득가액과 비교하여 양도차익이든 차손이든지 발생하는 것이라 하겠다. 신축주택의 취득가액은 종전주택의 관리처분계획 당시 평가액과 추가부담금, 신축주택 취득관련 부대비용 등이다. 종전주택의 관리처분계획 당시 평가액과 취득당시 가액을 비교하여 보면 차익이 발생하였을 수도 있지만 그 금액은 관리처분일 당시 평가액으로 처분하였으면 발생하였을 것으로 보이는 실현되지 않은 차익일 뿐 아니라 그 금액조차도 신축주택의 취득원가로 들어간다. 즉 조합원들이 종전주택의 평가액은 신축주택 취득원가의 일부로 대체되는 것이다. 그러면 신축주택 취득 후 5년이 경과된 시점 이후의 양도소득만을 과세하려고 하는데 어찌하여 법에서는 ‘～5년간 발생한 양도소득금액을 ～에서 뺀다’라고 하였는지 그 이유를 살펴보면, 만일 법적 표현을 ‘신축주택 취득 후 5년이 경과된 시점 이후에 발생한 양도소득을 과세한다’라고 표현하였다면, 신축주택 취득일부터 가격이 하락하다 5년이 경과된 후부터 상승하였을 경우 신축주택 취득 후 5년이 되는 날이 기준가액이 되어 양도가액이 기준가액 이상이면 5년간 하락된 금액(취득일부터 5년이 되는 날까지의 결손액)을 반영할 수 없으면서도 기준일 이후에 상승한 이익만 과세하는 문제점이 발생한다.(과세하지 않는 것은 결손이 발생하였어도 결손금 통산이 불가함) 양도가액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하여야 하고 언제부터 5년간이냐를 정하여야 하는데, 그 언제부터(신축주택 취득 후 1년, 2년, 3년...)가 불분명하기 때문에 그 시작의 기산점을 정하기 위함과, 또한 신축주택 취득 후 5년 이전 양도시의 전액감면 규정과 동일한 혜택을 주기위해 ‘신축주택 취득일부터 5년간’이라는 표현을 쓸 수밖에 없었는데, 마치 ‘신축주택 취득 후 5년간’이라고 하였다고 하여 신축주택 취득 전에 어떤 양도차익이라도 있었던 것처럼 오해하고 있는 것이다. 신축주택 취득 후 5년 이내에 양도하는 경우에는 전액 감면하므로 감면소득금액을 구하는 계산산식 조차 필요가 없을 뿐만 아니라 법에도 언급조차 하지 않았으며, 신축주택 취득 후 5년이 지난 후에 양도하는 경우에만 감면대상 소득금액을 어떻게 계산하여야 하는지에 관심을 두었다. 그렇기에 위 조특법시행령 제40조 제1항 산식에서 취득당시를 신축주택 취득일로 한 것은 신축주택 취득일 이전에는 존재하지도 않는 양도차익을 거론할 필요가 없고 당연히 신축주택의 취득이라고 한 것이다. 그러므로 위 산식에서의 ‘취득일’과 ‘취득당시’의 의미는 동일하며, 분자의 ‘취득당시’와 분모의 ‘취득당시’의 시간적 의미 또한 동일하게 해석하여야 함에도, 처분청은 분자의 ‘취득당시’를 신축주택 취득당시로 하고 분모의 ‘취득당시’를 종전주택 취득당시로 보는 오류를 범하였다. 만일 분모와 분자의 취득당시의 시기가 다른 뜻이라면 각각의 뜻에 맞게 표현하였어야 하고 달리 표현되지 않았다면 같은 문구는 동일한 의미로 받아들여야 함은 당연한 것이다. 세법은 그 문언 및 그 취지에 충실하게 해석하여야 하며 그 해석에 있어서 보정이나 보충을 원칙적으로 허용하지 않고, 동일한 문구는 동일한 뜻으로 해석하여야 함에도 이를 달리 해석하는 것은 조세법의 기본원칙인 조세법률주의의 엄격해석의 원칙을 위배한 것이라 하겠다.
• 나. 기존 해석의 부당한 변경이다. ‘취득일’ 또는 ‘취득당시’에 대한 해석으로 처분청은 2009.01.20. 이전까지는 신축주택의 취득일로 해석하였다. 처분청이 생산한 예규(서면4팀-227, 2005.11.08)에 따르면 조특법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것임」이라고 하고 있어, 감면대상소득금액을 산정하는 계산식에서 ‘취득당시’의 시기를 분모와 분자 공히 사용검사필증교부일이라고 하고 있었으며 사용검사필증교부일은 곧 신축주택취득일과 같다. 위와 같이 입법목적 및 그 취지에 맞게 해석하였던 것을 “종전 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 않는 것(2009.01.20. 재산세과-227)이라고 입법취지와 달리 변경하였으 며, 나아가 부동산거래관리과-127호(2011.02.10.)는 “주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조특법시행령 제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법시행령 제166조 제2항 제1호 에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것임”이라고 하여 자의적으로 해석하여 집행하였다. 납세자들은 2009.01.20. 이전에는 조특법 제99조 및 제99조의3 규정에 의하여 양도소득세 감면 시 신축주택 취득 후 5년 이내에 양도를 하거나 5년 이후에 양도를 하거나 관계없이 5년 이내 양도 분은 전액감면, 5년 후 양도에 대하여는 5년 후의 발생한 양도소득만 과세하는 것으로 하여 신고하였으며, 과세관청 또한 이러한 납세자의 신고(신고로서 결정됨)를 시인하였고, 나아가 납세자가 감면을 받지 않는 것으로 신고를 한 후 감면을 적용하여 경정청구를 한 것에 대하여 과세관청은 감면이 옳다고 하여 환급까지 해주었다.
• 다. 세액감면 신청서의 내용으로 보아도 부당하다. 신축주택 감면을 받기위해서는 세액감면신청서를 제출하여야 하고 세액감면 신청서 서식 [별지 제37호 서식]의 일부를 보면 다음과 같다. 구조조정대상 부동산등 세액감면신청서 처리기간 즉 시 감면받고자 하는 세액

⑦ 양도소득금액

⑧ 양도당시의 기준시가

⑨ 취득당시의 기준시 가

⑩ 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

⑪ 5년이내 발생한 양도소득금액

⑫ 감면비 율

⑬ (⑪×⑫) 감면 대상 양도소득금액

⑭ 감면받을세 액 세액감면 신청서 뒷면 작성요령이 기재되어 있는데 그 내용을 보면, ‘⑦란 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액을 기재하며(작성요령 2)한다’라고 하여 신축주택을 양도함으로써 발생된 전체 소득금액으로 하고 있고, ‘⑧내지 ⑩란은 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 기재하고(작성요령 3)’, ‘⑪란 5년 이내 발행한 양도소득금액은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우에는 ⑦란 양도소득금액을 기재하고(작성요령 4)’라고 하여 신축주택 취득 후 5년 이내 양도하는 경우에는 종전주택 보유기간 까지도 전부 감면하는 뜻으로 되어 있으며, ‘5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 다음산식에 의하여 계산한 금액을 기재한다(작성요령 3)’고 하여 공평적 해석상 취득당시를 신축주택의 취득당시로 이해하게 하여 결과적으로 5년이내 양도분과 같이 종전주택 취득분에 대하여도 감면하는 것으로 되어 있다. 또한, 조세특례제한법시행령 제99조의3 에서 준용하고 있는 동법 시행령 제40조의 산식과 위 세액감면 신청서 서식을 보아도 추가납부분에 대한 신축주택 취득 후의 양도차익을 계산할 수 없다는 것을 알 수 있다.

• 라. 결론 따라서 사정이 위와 같다면 처분청의 이 건 처분은 위법 부당한 것이므로 당초 고지결정을 취소하여 성실하게 납부한 납세자가 처분청의 무리한 과세로 인하여 과세행정에 대한 신뢰감을 상실하지 않도록 하여야 한다.

가. 조특법 제99조의3 및 동법시행령 제40조 1항의 산식에 따라 신축주택에서 발생한 감면소득금액을 계산할 때 감면대상 자산 전체에서 발생한 양도소득금액 중 신축주택 취득 후 5년 이내 발생한 양도소득금액을 산출하여야 하므로 분모는 양도 자산 전체의 기준시가 변동내용이 반영되어야 하고 분자는 신축주택 취득 후 양도시까지의 기준시가 변동내용이 반영되어야 함에 따라 분모의 “취득당시의 기준시가”는 양도주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당한 것이며 분모의 “취득당시의 기준시가”를 신축주택 취득당 시의 기준시가로 해석한다면 양도자산에서 발생한 전체 양도소득금액을 온전히 신축주택 취득 후의 양도소득금액으로 산정하는 오류가 발생한다. 나. 또한, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있으므로 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없으므로 종전주택에서 발생한 양도차익에 대하여 과세대상으로 고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조특법 제99조의3 신축주택에 대한 양도소득세 감면과 관련하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득이 감면대상인지 여부
• 나. 관련 법령

1. 조세 특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)} 4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전양도차익"이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[ 관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

• 다. 사실관계

1. 쟁점아파트 양도와 관련하여 부동산 등기부등본 및 건축물대장 등에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다. 일 자 내 용 비 고 1999.09.21. 종전주택 취득 2000.09.06. 관리처분계획인가일 재건축주택조합원 2004.09.30. 쟁점아파트 취득 2011.01.

취득일부터 5년 이후 양도

2. 처분청은 이 건 양도소득세 감면세액을 계산하면서 종전주택 취득일로부터 신축주택 준공일까지의 양도소득금액에 대하여 신축주택 감면을 부인하였는바, 그 계산 내역은 다음과 같다. 감면소득금액 (5,401천원) = 양도소득금액 × {(양도당시 기준시가) - (신축주택 취득당시 기준시가)} / {(양도당시 기준시가) - (종전주택 취득당시 기준시가)} = 1 09,731천원 × (694,000천원 - 661,538천원) / (724,000천원 - 64,500천원) 감면세액 (612천원) = 산출세액 × 감면대상 양도소득금액 / 과세표준 = 22,630천원 × 2,901천원 / 107,231천원

• 라. 판단 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 신축주택의 감면대상 양도소득은 “신축주택을 취득해 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생한 양도소득”으로 규정하고 있음에도 처분청이 해당 법문을 유추해석하여 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액에 대한 감면을 배제한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 대하여 살펴보면, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 신규주택의 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액” 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 소득세법 시행령 제166조 제2항 에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익과 관리처분계획인가 후의 양도차익을 구분 계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있는 점 등을 고려하여 보면, ‘신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이라 함은 신축주택의 취득일부터 양도일 까지의 양도소득을 의미한다고 보아야 하는 점(조심2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻), 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 ”신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수 없는 점(서울행정법원2011구단27363, 2012.03.09. 같은 뜻) 등을 종합하면, 청구인의 주장을 받아들이기가 어려운 것으로 보여진다. 따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세 처분한 내용은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.