신축주택에 대한 양도소득세 감면 적부

• 가. 청구인은 1996.3.22. 00 00구 005동 산101번지 1*통 5반(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였다가, 재개발사업의 시행으로 인하여 2001.6.23. 00 00구 00동 00타운아파트 1**동 1203호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2006.11.20. 이를 양도하였으며, 2007.1.30. 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 신축 후 5년간의 양도소득에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 규정이 적용되는 것으로 보아 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2012.5.1. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 24,355천원(납부불성실가산세 8,530천원 포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.25. 이의신청을 거쳐 2012.9.17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점주택의 양도에 대한 조세특례제한법 제99조의3 규정의 적용과 관련하여 납세의무 성립 당시의 기존 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8. 및 서면4팀-1262, 2005.7.21.)를 보면, 준공일로부터 5년 이내 양도하는 경우 양도소득금액을 100% 감면하고, 준공일로부터 5년 이후에 양도하는 경우에는 준공일부터 양도시까지 발생하는 양도차익에서 준공일로부터 5년 이내에 발생한 양도차익을 차감한 부분에 해당하는 양도소득금액에 대하여 과세특례를 적용함으로써 5년이 초과한 이후의 양도소득금액에 대하여만 과세특례를 배제하는 것으로 해석하고 있으며, 청구인은 동 해석을 신뢰하여 세액계산을 한 후 적법하게 납세의무를 이행하였고 처분청도 위 신고를 시인하였었다.
• 나. 따라서 ① 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다는 새로운 법령해석에 근거하여 양도소득세를 부과한 처분은 국세기본법 제18조 제3항 에서 규정하고 있는 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이고, ② 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 감면서식은 분모와 분자가 취득당시 기준시가임에도 분모는 종전주택 기준시가, 분자는 취득당시 기준시가로 해석하여 산정하는 것은 법문의 확대․유추해석하여 국세기본법 제15조 신의성실원칙을 위반한 것이며, ③ 세법해석상의 차이로 납세자의 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세를 부과하면 아니된다.

• 가. 조세특례제한법 제99조의3 규정에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세나 신의칙에 위배되지 않으며, 부동산을 양도하여 예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정하는 것이므로 부과제척기간 내에 쟁점주택에 대한 양도소득세를 경정결정한 과세처분은 정당하다.
• 나. 따라서 ① 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 감면서식은 분모와 분자가 취득시 기준시가 임에도 분모는 종전주택 기준시가, 분자는 취득당시 기준시가로 해석하여 산정하는 것은 법문의 확대․유추해석하여 국세기본법 제15조 신의성실원칙에 반하지 않는다. 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도할 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해서 할 수 없다” 고 하여 확대․유추해석이 아니다.

② 청구인이 2007.1.30. 양도소득세 감면신고서를 접수하여 과세가 종료되었음에도 예규를 변경하여 과세한 사실이 국세기본법 제18조 소급과세원칙 반하는지 살펴보면 납세지 관할 세무서장은 “예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득세과세표준과 세액을 경정한다” 고 규정하고 있으므로 부과제척기간내의 경우 경정가능 하여 소급과세가 아니다.

③ 청구인은 세법해석상의 차이로 납세자의 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세는 면제하여 된다고 주장하고 있지만 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사등이 연출대금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율로 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과하고 있으므로 위 납부불성실가산세는 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용과 관련하여 종전주택을 보유하다 재건축사업의 시행으로 인하여 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 등 1) 국세기본법 제15조 【신의설실의 원칙】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무 공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 2) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 3) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 5) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계

1. 이 건 처분과 관련된 이의신청 사실관계에 의하면 아래와 같은 사실이 기재되어 있다.

• 가) 청구인은 1996.3.22. 종전주택을 취득하였고, 재개발사업의 시행으로 인하여 2001.6.23. 쟁점주택을 취득하여 보유하다가 2006.11.20. 양도한 후, 2007.1.30. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하면서 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 신축 후 5년간의 양도소득금액에 대하여 감면이 적용되는 것으로 보아 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 나) 00세무서장은 00지방국세청의 신축주택 감면에 대한 기획감사에 의거 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택의 취득자에 대한 과세특례 규정을 적용함에 있어, 신축주택의 준공일로부터 5년이 경과되는 날까지의 기간에 대한 양도차익만 감면대상에 해당하고 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아 이를 당초 감면소득금액에서 차감하여 2012.5.1. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 24,355천원을 경정․고지하였다. 〈관련 근거: 부동산거래관리과-127, 2011. 2. 10.〉 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것임. 〈관련근거에 의한 양도소득 계산산식 및 도해〉

○ 감면소득금액

○ 감면세액 <과세소득구간> <감면소득구간> <과세소득구간> ---▲-------------▲-----------------▲---------------▲---

① 종전주택취득일 ②준공일 ③준공일로부터 5년 ④양도

• 다) 청구인은 국세청의 기존 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8. 및 서면4팀-1262, 2005.7.21.)에 의하면 준공일로부터 5년 이내 양도하는 경우 양도소득금액을 100% 감면하고, 준공일로부터 5년 이후에 양도하는 경우에는 준공일부터 양도시까지 발생하는 양도차익에서 준공일로부터 5년 이내에 발생한 양도차익을 차감한 부분에 해당하는 양도소득금액에 대하여 과세특례를 적용함으로써 5년이 초과한 이후의 양도소득금액에 대하여만 과세특례를 배제하는 것으로 해석하고 있음에도 불구하고, 처분청이 새로운 법령해석에 근거하여 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 소급과세금지의 원칙에 위배된 처분이라고 주장하는 바, 위 기존예규의 내용을 살펴보면 다음과 같다. 〈기존 예규의 회신내용〉 조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 󰡒당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액󰡓이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 󰡒취득당시󰡓 또는 󰡒취득일󰡓이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것임. (서면4팀-2109, 2005.11.8. 및 서면4팀-1262, 2005.7.21.)
• 라) 본 건 과세관련 처분청의 “신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서” 내용에 따르면 감면소득, 감면세액, 및 고지세액의 산출근거는 아래와 같이 확인된다.

(1) 감면소득금액 계산내역: 【 ①×(②-③)/(④-⑤) 】 신고감면소득 적정감면소득 차액 비고 148,465 36,660 111,805 (단위:천원)

① 양도소득금액: 128,251천원

② 취득일로부터 5년이 되는날의 기준시가: 239,000천원

③ 신축주택 취득당시 기준시가: 180,211천원

④ 양도당시 기준시가: 239,000천원

⑤ 종전주택 또는 나대지 취득당시 기준시가: 33,340천원

(2) 감면세액 계산내역: 【 ①×(②-③)/(④ 】 신고감면세액 적정감면세액 차액 비고 38,663 9,786 28,877 (단위:천원)

① 산출세액: 33,570천원

② 감면대상 양도소득금액: 36,660천원

③ 기본공제(과세 양도소득 공제후 남은 금액): 천원

④ 과세표준: 125,751천원

(3) 농어촌특별세 계산내역:【 감면세액×20% 】 신고세액 적정세액 차액 비고 7,732 1,957 5,775 환급액 충당 (단위:천원)

(4) 가산세 계산내역 신고불성실 납부불성실 산식 해당없음 8,530 (21,430천원) ×1,797일×0.03% (단위:천원) ※납부불성실가산세=(경정산출세액- 적정감면세액-기납부농특세×경과일수× 0.03%

• 라. 판단 청구인은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상이며 처분청의 과세처분은 신의성실원칙 및 소급과세 금지의 원칙에 위배된다고 주장하고 있다. 살피건대, 조세특례제한법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 동조 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 의하면 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액’이라고 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 것으로 판단되고, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8. 및 서면4팀-1262, 2005.7.21.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다고 판단된다. 또한 이 건 처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 반하지 않고 청구인에게 정당한 사유가 있다고 보이지 않으므로, 처분청이 이 건 처분과 관련한 과세요건이 충족되어 경정고지처분에 부수적으로 발생하는 납부불성실가산세를 부과한 것은 달리 잘못이 없어 보인다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 본 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.