1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 특례는 비거주자에게는 적용되지 않음

• 가. 청구인은 AA시 BB구 CC동 138번지 소재 CC주공아파트 322-106(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 1991.2.27. 160,000,000원에 취득하여 2009.3.24. 970,000,000원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 쟁점아파트를 취득 당시에는 국내에 거주하였으나, 양도 당시 에는 국외에 거주하는 비거주자로 국외 이주한지 2년이 경과하여 1세대1주택 비과세요건을 충족하지 못하여 2009.3.31. 쟁점아파트 양도차익 799,254,000원 에 장기보유특별공제 30%인 239,776,200원 등을 차감한 양도소득금액 559,477,800 원 에 대하여 양도소득세 162,722,000원을 신고․납부하였다.
• 다. 청구인은 당초 양도소득세 신고 시 비거주자로서 장기보유특별공제액을 양도차익의 30%를 적용하였으나, 거주자와 동일하게 80%를 적용하여 달라는 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서를 2011.11.22. 제출하였으며, 처분청은 2012.1.17. “경정청구 수용 불가 통지 안내”에 따라 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.17. 이의신청을 거쳐 2012.9.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 1세대1주택 양도소득세 비과세 규정인 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 “대통령령이 정하는 1세대1주택”으로 명시하고 소득세법 시행령 제154조 에 위임하였으며 동 규정에서는 “대통령령이 정하는 1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대로 규정하여 거주자라는 요건을 분명히 명시하고 있으나,
• 나. 양도소득금액 계산에 있어서 소득세법 제95조 제2항 단서 규정에서 별표2의 장기보유특별공제를 적용받는 요건으로 “대통령령이 정하는 1세대1주택” 으로 소득세법 시행령 제159조의2 에 별도로 위임하였으며, 동 규정에서는 “대통령령이 정하는 1세대1주택”이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택으로 명시하여 ‘거주자’라는 요건을 별도 명시하지 않고 있으며,
• 다. 소득세법 제121조 제2항 에서 자산의 양도소득에 대해서 비거주자는 거주자 와 동일한 방법으로 과세한다고 규정하고 있으며 그 의미는 양도소득세 계산구조에서 보면 거주자와 동일한 방법으로 양도가액, 양도소득금액, 양도소득과세표준, 세액 등을 계산하여야 한다는 것이므로 양도소득금액을 계산함에 있어 공제되는 장기보유특별공제도 거주자와 동일하게 적용하여야 한다고 보아야 하고(서울행법 2010구단5472),
• 라. 장기보유특별공제란 부동산 양도의 경우 물가상승으로 인하여 보유이익이 과도하게 누적되는 것을 감안하여 일정기간 이상 보유한 부동산 양도에 있어 양도소득금액을 계산할 때 양도차익의 일정부분을 공제하여 주는 제도로 그 목적은 부동산의 건전한 투자행태 내지 소유행태를 유도하고 또한 양도소득은 계속․반복적으로 발생하는 사업소득과 달이 장기간 보유함으로써 형성된 소득이 양도시점에 와서 실현된 것으로서 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강하므로 물가상승분을 공제하여 주는데 있는바, 그 제도의 취지나 성격 면에서 비과세나 감면과는 달리 거주자에 한정하여 적용할 특별한 이유가 없는 점 등으로 보면,
• 마. 청구인의 경우에도 단지 비거주자라는 이유로 장기보유특별공제율을 거주자와 달리 적용할 특별한 이유가 없다고 판단된다.
• 바. 이러한 요건을 보완하고자 소득세법 제121조 제2항 이 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정(2010.1.1. 시행)되어 비거주자의 경우 소득세법 제95조 제2항 의 별표2 적용이 배제된다고 개정하였으나, 개정규정은 청구인에게 소급적용은 어렵다.
• 사. 또한 최근에 과세관청의 입장과는 달리 감사원 심사청구(2012-107․108․109, 2012.7.5.) 및 행정소송에서는 거주자와 동일하게 장기보유특별공제가 가능하다는 입장이다.

• 가. 비거주자도 거주자와 동일하게 1세대1주택 장기보유특별공제율 80%를 적용해야한다는 주장에 대하여

1. 1세대1주택에 대한 양도소득세 비과세를 규정한 ｢소득세법 시행령｣ 제154조 제1항 에서 거주자 및 그 배우자와 그들이 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족을 “1세대”로 정의하고 있어 1세대는 거주자로 구성됨을 알 수 있고(조심2011서0134, 2011.02.25),

2. 장기보유특별공제에 관한 규정인 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 본문에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하면서, 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정 하였고,

3. 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서의 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”에 대하여 ｢소득세법 시행령｣ 제159조의2 에서는 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조․제155조의2․제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다”고 규정되어 있는 바, 위 규정의 “1세대”라 함은 거주자인 1세대를 의미하는 것으로 보여지며(재재산-962, 2008.12.10),

4. 이는 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 않도록 규정한 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 ｢소득세법｣ 제121조 제2항 의 개정취지가 거주자의 주거생활 안정 목적에서 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 않음을 명확히 하기 위한 것이므로 거주자와 동일하게 80%의 장기보유특별공제를 적용해 달라는 청구인의 주장은 부당하다.

• 나. 결 론 상기 의견과 같이 소득세법 시행령 제154조 제1항 및 제95조 제2항 의한 “1세대1주택”에 있어서 “1세대”라 함은 거주자인 1세대를 의미하는 것으로 처분청이 비거주자에 대한 장기보유특별공제 80% 배제규정을 적용하여 당초 환급 청구 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 비거주자의 1세대 1주택에 대하여 최고 80%(표2)의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1, 2. (생략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하“양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하“양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서“장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 7년 이상 8년 미만 100분의 21 4년 이상 5년 미만 100분의 12 8년 이상 9년 미만 100분의 24 5년 이상 6년 미만 100분의 15 9년 이상 10년 미만 100분의 27 6년 이상 7년 미만 100분의 18 10년 이상 100분의 30 <표2> 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 7년 이상 8년 미만 100분의 56 4년 이상 5년 미만 100분의 32 8년 이상 9년 미만 100분의 64 5년 이상 6년 미만 100분의 40 9년 이상 10년 미만 100분의 72 6년 이상 7년 미만 100분의 48 10년 이상 100분의 80 3) 소득세법 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】

① (생략)

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다. 4) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(ㅇㅇ특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 5) 소득세법 시행령 제159조의2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2009.3.23.자 양도소득세과세표준 신고 및 자진납부계산서를 제출하고 있다.

2. 양도소득세과세표준 신고 및 자진납부계산서의 첨부서류에는 ① 비거주자임을 입증하는 국내거소신고사실증명, ② 주민등록표(말소자)등본, ③ 2009.2.11.자 아파트 매매 계약서, ④ 2009.2.20.자 주택거래계약신고필증, ⑤ 2009.3.4.자 영수증, ⑥ 청구인 명의 국민은행 통장 사본 및 자기앞수표 10,000,000권 2매, ⑦ 1991.2.20.자 부동산매매계약서(취득분), ⑧ 쟁점아파트 등기부등본을 제시하고 있다.

3. 청구인은 당초 양도소득세 신고시 비거주자로서 장기보유특별공제액을 양도차익의 30%를 적용하였으나, 거주자와 동일하게 80%를 적용하여 달라는 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서를 2011.11.22. 제출하였으며, 당초 양도소득세 납부할세액을 162,722,007원에서 36,839,502원으로 하고 있음

4. 2012.1.17.자 처분청의 경정청구검토서에 의하면, ｢① 소득세법 시행령 제154조 제1항 및 제159조의2에 의하면, “1세대 1주택”에 있어서 “1세대”라 함은 거주자인 1세대를 의미하는 것이고, ② 이는 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 않도록 규정한 같은 법 제121조 제2항의 개정취지(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것)가 거주자의 주거생활 안정을 위하여 운용되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명확하게 하고자 함에 있는 것으로, ③ 청구인이 당초 거주자와 차별되어 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 신고납부한 세액을 거주자와 동일하게 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 양도소득세를 경정해 달라는 청구는 수용 불가함｣이라고 검토하고 있다.

5. 2012.1.17.자 처분청의 “경정청구 수용 불가 통지 안내”에 따르면, 수용불가 사유를 ｢소득세법 시행령 제154조 제1항 및 제159조의2에 의하면, “1세대 1주택”에 있어서 “1세대”라 함은 거주자인 1세대를 의미하는 것이고, 이는 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 않도록 규정한 같은 법 제121조 제2항의 개정취지(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것)가 거주자의 주거생활 안정을 위하여 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명확하게 하고자 함에 있는 것으로, 양도 당시 비거주자였던 청구인에게 거주자와 동일하게 장기보유특별공제율 80%를 적용해 달라는 청구는 수용불가합니다.｣라고 밝히고 있다.

• 라. 판단 청구인은 비거주자인 본인에게도 소득세법 제95조 제2항 [표2]에 의한 1세대 1주택 양도에 따른 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 주장인바, 소득세법 제95조 제2항 단서의 규정은 장기보유특별공제액 적용에 있어 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택” 해당하는 경우에는 특별히 [표2]의 공제율을 적용하도록 하고 있는바, 여기에서 “1세대”는 소득세법 시행령 제159조의2 및 제154조 제1항에 따라 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”를 의미하는 것으로 해석되어지는 점, 또한, 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 소득세법 제121조 제2항 의 개정 취지가 거주자의 주거생활 안정 목적에서 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 않음을 명확히 하고 있는 점 등을 고려하여 보면, 비거주자인 청구인에게는 소득세법 제95조 제2항 단서를 적용하기 어려운 것으로 보여 진다(심사양도2012-0108, 2012.7.17.외 다수 같은 뜻). 따라서 처분청이 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 [표2]의 공제율은 비거주자에게 적용되지 아니한 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.