비거주자에 대해서는 1세대 1주택에 따른 80%의 장기보유공제를 적용할 수 없음

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○동 26-1 ○○○아파트 201-708(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 1992.11.17. 52,414,560원에 취득하여 2009.1.2. 174,000,000원에 양도하면서 비거주자로서 장기보유특별공제를 양도차익의 30%를 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 거주자와 동일하게 80%를 적용하여 달라는 과세표준 및 세액의 경정청구서를 2012.5.29. 제출하였다.

○○ 세무서장(이하 “처분청”이라 한다)이 2012.6.27. “양도소득세 경정청구 거부통지”를 하자 청구인은 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 조세법의 기본원칙에 어긋난다. 국가는 법률의 근거 없이는 조세를 부과 징수할 수 없으며, 국민도 법률의 근거 없이는 조세의 납부를 강요받지 안는다는 원칙을 말한다. 조세의 부과, 징수 등은 반드시 법률에 따라야 한다는 원칙으로 법적안정성 및 예측가능성을 확보하고 국민의 재산권을 보장할 수 있는 제도적 장치이다. 헌법은 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의무를 지며, 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다라고 규정하여 조세법률주의를 명백히 규정하고 있다.
• 나. 조세법은 엄격하게 해석되어야 한다. 조세법은 법조문에 포함되어 있는 자구나 문장의 의미에 따라 엄격하게 해석하여야 한다는 원칙이며 이 원칙에 입각하여 문리해석이 선행되어야 하며, 문리해석만으로 타당한 해석을 얻지 못할 경우 보충적으로 합목적적 논리해석이 이루어져야 한다. 통설에는 논리해석 중 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다고 본다.
• 다. 재산권 부당침해금지의 원칙에 위배된다. 조세는 국민의 재산권에 대한 침해적 성격을 가지고 있는데, 이러한 조세의 부과,징수를 오직 법률에 의해서만 가능케 함으로써 국민의 재산권을 보호하고자 하는 데 조세법의 근본적 존재 의의가 있다고 할 수 있다. 위 가, 나의 조세법의 기본원칙과 다의 세법적용의 원칙에 따라, 거부사유로 채택된 관련예규 및 심판례들은 부당하다 할 것이다. 소득세법 제121조 (2009년.12.31개정 전)의 제2항은 ‘제119조제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다’라고 명시되어 있으며 이 법규에 따라 소득세법 제95조 제1항 제2항 제3호 단서, 소득세법 제121조 제2항, 소득세법 시행령 제159조의2, 소득세법 시행령 제154조 제1항 등은 거주자와 비거주자에게 동일하게 적용되어야 한다.
• 라. 소급과세금지의 원칙에 위배된다. 처분청이 환급거부 사유의 근거로 주장하는 관련예규(기획재정부 제산세과-962, 2008.12.10) 및 심판례(조심 2009서2060,2009.07.08) 등은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않는다라는 국세기본법에 따른 것으로 보여지나, 이 원칙은 불특정 다수의 납세자가 과세관청의 해석이나 관행을 마치 법규범처럼 인식하고 있는 경우에 그 신뢰이익을 보호하기 위한 것이라 해석할 수 있다. 하지만, 소급과세금지의 원칙은 납세자의 법적 안정성과 신뢰이 익을 보호하기 위한 것인데, 납세자에게 오히려 유리한 소급효는 이러한 취지에 반하지 않기 때문에 해당 양도소득세 재계산 등에는 소급효를 인정할 수 있다고 본다.
• 마. 2009년 소득세법상 납세의무자의 구분에서 해당 청구인은 명백히 비거주자이다. 하지만 양도소득세 환급의 타당성을 위해 예로 든 조세 원칙이나 소득세법상으로는 비거주자이나 국세기본법의 적용을 받는 ‘대한 민국 국민’에 해당되므로 청구인의 양도소득세를 재계산해야 할 가장 큰 이유 중 하나이다. 비거주자가 된 주된 이유는 군대 전역(1992년) 후 미국에서 신학에 대한 박사학위를 취득하여 한국에서 목회자로 일하기 위해서이다. 따라서 법률로 명시되지 않아 부당하게 초과납부한 양도소득세는 국민에 대한 재산권 침해가 될 수 있으므로, 대법원 판례로 유리한 소급효로 납부한 양도소득세를 환급받는 것은 정당하다.

소득세법시행령 시행령 제159조의2가 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에 그 자산의 양도차익에 대한 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유특별공제계산은 거주자에게 적용하는 것으로 비거주자에게는 적용되지 아니한다고 규정(부동산거래관리과-700, 2010.5.18)하고 있으며, 대법원 판례는 당해사건에만 적용되는 것이고, 이에 따라 청구의 자기관련성이 있다고 할 수 없으며, 국세청의 소득세법상 해석은 일관되게 1세대1주택 비과세와 장기보유특별공제에 대하여 거주자와 비거주자의 적용에 차이를 두고 있는 바, 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 1세대 1주택 비과세 및 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유특별공제계산은 거주자에게 적용하는 것으로 비거주자에게는 적용되지 아니하므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비거주자가 양도하는 주택에 대하여 1세대 1주택 장기보유특별공제가 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하“양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하“양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서“장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 7년 이상 8년 미만 100분의 21 4년 이상 5년 미만 100분의 12 8년 이상 9년 미만 100분의 24 5년 이상 6년 미만 100분의 15 9년 이상 10년 미만 100분의 27 6년 이상 7년 미만 100분의 18 10년 이상 100분의 30 <표2> 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 7년 이상 8년 미만 100분의 56 4년 이상 5년 미만 100분의 32 8년 이상 9년 미만 100분의 64 5년 이상 6년 미만 100분의 40 9년 이상 10년 미만 100분의 72 6년 이상 7년 미만 100분의 48 10년 이상 100분의 80 3) 소득세법 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】

① (생략)

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다. 4) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 5) 소득세법 시행령 제159조의2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인이 2009.2.12. ○○세무서에 신고한 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서를 보면 양도차익 121,585,440원의 30%인 36,475,632원을 장기보유특별공제 하였음이 확인된다.

2. 청구인이 2012.5.29. 접수한 양도소득세 경정청구와 관련하여 처분청에서 청구인에게 통지한 경정청구 거부 사유서 내용 중 주요내용을 보면 다음과 같다.

소득세법시행령 제159조의2 가 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에 그 자산의 양도차익에 대한 같은 법 제95조제2항 단서에 따른 장기보유특 별공제계산은 거주자에게 적용하는 것으로 비거주자 에게는 적용되지 아니한다 라고 규정하고 있으며, (부동산거래관리과-949, 2010.07.20 및 부동산거래관리과-700, 2010.05.18) 또한 대법원 판례는 당해사건에만 적용되는 것이고, 이에 따라 청구의 자기관련성이 있다 고 할 수 없으며, 국세청의 소득세법상 해석은 일관되게 1세대1주택 비과세와 장기보유 특별 공제에 대하여 거주자와 비거주자의 적용에 차이를 두고 있는 바, 소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 및 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유특별공제계산은 거주자에게 적용하는 것으로 비거주자에게는 적용되지 아니하므로 경정 청구를 거부합니다. ※ 관련예규 및 심판례

□ 기획재정부 제산세과-962, 2008. 12. 10. 소득세법제95조제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액을 계산함에 있어서 비거주자는 같은 항 단서 규정이 적용되지 아니함.

□ 조심 2009서2060,2009. 7. 8. “1세대”라 함은 거주자인 1세대를 의미하는 것으로 보여지고 있으므로 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 장기보유특별공제율을 적용할 수 없음. 라. 판단 소득세법 제95조 제1항 에서 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 장기보유특별 공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 [표1]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정 하고, 단서에서 양도 소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도 차익에 [표2]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제159조의2에서는 법 제95조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택은 1세대가 양도일 현재 국 내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 규정하고 있고, 같은 령 제154조 제1항에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 세대로 규정하고 있다. 소득세법 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”에 해당하는 경우 [표2]의 공제율을 적용하도록 하고 있으며, 여기서 ‘1세대’는 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”를 의미하므로 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였더라도 양도할 당시 비거주자인 이상, 쟁점주택은 소득세법 제95조 제2항 단서 규정상 1세대 1주택에 해당하지 아니하여 같은 항 본문[표1]의 장기보유특별 공제율을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다. [조심 2012서3383(2012.10.4.)외 다수, 같은 뜻임] 따라서, 처분청이 소득세법 제95조 제2항 단서에 따른 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.