잔금청산일이 불분명한 부동산의 취득시기는 소유권이전 등기접수일임

○○세무서장이 2012.7.11. 청구인에게 한 양도소득세 14,369,770원의 부과처분은 ○○ ○○시 ○○면 ○○리 산 70-1, 산70-2, 산73 등 3필지 임야 9,818㎡의 취득시기를 소유권이전 등기 접수일인 1995.6.26.로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

• 가. 청구인은 ○○ ○○시 ○○면 ○○리 산 70-1 등 3필지 임야 9,818㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ‘부동산 등기에 관한 특별조치법’(이하 “부동산등기특별조치법”이라 한다)에 의하여 청구인 명의로 1995.6.26. 소유권이전등기(1975.6.30. 및 1984.1.30. 매매를 원인)를 경료하여 보유하다가 2010.3.5. 공공용지 협의수용에 따라 ○○시에 308,821,000원에 양도하였고, 취득시기를 등기접수일인 1995.6.26.로 보아 환산가액에 의한 취득가액 131,939,686원으로 하여 양도소득세 21,994,910원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 취득일을 등기접수일이 아닌 의제취득일 1985.1.1.로 하여 2012.7.11. 청구인에게 2010년 과세연도 양도소득세 14,369,770원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 부동산등기특별조치법에 따라 보증인의 확인서를 받아 쟁점토지에 대해 1995.6.26. 소유권이전등기를 접수하였는바, 본건의 경우 대금청산일을 확인할 수 있는 매매계약서도 없고, 또한 보증인의 확인서만으로 대금청산일을 알 수 없으므로 소득세법 제98조 에 따라 등기접수일을 쟁점토지의 취득시기로 보아 취득가액을 산정하여야 한다.

부동산등기특별조치법에 따른 보증서 및 확인서발급신청서에 의하면 청구인이 1975.6.30.과 1984.1.30. 쟁점토지를 매수하였다는 사실을 보증인들이 확인하고 있는바, 이에 비추어 청구인은 1984.12.31. 이전에 쟁점토지를 취득하였으므로 소득세법 제98조 및 부칙 제8조에 따라 1985.1.1.을 취득일로 보아 취득가액을 산정하여야 한다.

• 가. 쟁점 부동산등기특별조치법에 의해 소유권이전등기한 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[생략] 또는 건물(생략)의 양도로 발생하는 소득 2) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 부칙 제8조(양도자산의 취득시기에 관한 의제) 제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다. 3) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 4) 부동산등기에 관한 특별조치법 제1조 【목적】 이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다. 5) 부동산등기에 관한 특별조치법 제3조 【적용범위】 이 법은 제2조에 규정된 부동산으로서 1985년 12월 31일 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다. 6) 부동산등기에 관한 특별조치법 제6조 【대장상의 명의변경·소유자복구와 소유권보존등기】

① 미등기부동산을 사실상 양도받은 자와 미등기부동산을 상속받은 자 또는 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 확인서를 첨부하여 대장소관청에 소유명의인의 변경등록 또는 복구등록을 신청할 수 있다.

② 제1항의 신청을 받은 대장소관청은 확인서에 의하여 대장상의 소유명의인의 변경등록 또는 복구등록을 하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 변경등록 또는 복구 등록된 대장상의 소유명의인은 그 대장등본을 첨부하여 자기명의로 소유권보존등기를 신청할 수 있다. 7) 부동산등기에 관한 특별조치법 제10조 【확인서의 발급】

① 미등기부동산을 사실상 양수한 자와 이미 등기되어 있는 부동산을 그 소유권의 등기명의인 또는 그 상속인으로부터 사실상 양수한 자, 부동산의 상속을 받은 자 및 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 이 법에 의한 등기를 신청하기 위하여 대장소관청으로부터 확인서의 발급을 받아야 한다.

② 확인서를 발급받으려는 자는 시장 또는 읍·면장이 당해 부동산소재지 동·리에 대통령령으로 정하는 기간이상 거주하고 있는 자중에서 위촉하는 3인 이상의 보증서를 첨부하여 대장소관청에 서면으로 신청을 하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인과 처분청 사이에 다음 사실에 대하여 다툼이 없다. 가) 청구인은 쟁점토지를 청구인 명의로 1995.6.26. 소유권이전등기(1975.6.30. 및 1984.1.30. 매매를 원인)를 경료하여 보유하다가 2010.3.5. 공공용지 협의수용에 따라 ○○시에 308,821,000원에 양도하였다.

• 나) 청구인은 취득시기를 등기접수일인 1995.6.26.로 보아 환산가액에 의한 취득가액 131,939,686원으로 하여 양도소득세 21,994,910원을 신고·납부하였다.
• 다) 처분청은 쟁점토지의 취득일을 등기접수일이 아닌 의제취득일 1985.1.1.로 하여 2012.7.11. 청구인에게 2010년 과세연도 양도소득세 14,369,770원을 경정·고지하였다.

2. 청구인이 쟁점토지에 대하여 ○○군수에게 신청한 1994.11.30.자 ‘확인서 발급신청서’ 사본에 의하면 청구인이 1975.6.30. 또는 1984.1.30.부터 쟁점토지를 매수하여 현재 사실상 소유하고 있음을 확인하여 달라는 내용이 기재되어 있다.

3. 청구인이 ○○군수에게 제출한 1994.11.30.자 ‘보증서’ 사본에 의하면 청구인이 1975.6.30. 또는 1984.1.30.부터 쟁점토지를 매수하여 현재 사실상 소유하고 있음을 보증인들이 연대하여 보증한다는 내용이 기재되어 있다.

4. 처분청이 제출한 2012.4.6.자 특별조치법으로 취득한 부동산의 양도소득세 신고 검토서 사본에 의하면 처분청은 시군구 토지정보과에서 인우보증서, 확인서발급신청서를 확보하였으나, 청구인으로부터 종중재산명세, 종중명부 등을 확보하지 못하였다는 내용이 기재되어 있다.

• 라. 판단 청구인은 쟁점토지의 취득일을 등기접수일로 보아 양도소득세를 과세하여야 한다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 부동산등기특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 대하여 소득세법령상 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 소득세법 제98조 및 같은법 시행령 제162조 제1항 제1호의 규정에 따라야 할 것(조심2008서1073, 2008.6.26. 같은 뜻임)이고, 부동산등기특별조치법에 의하여 소유권이 이전되는 경우에도 매매대금의 청산일이 확인되면 그 대금청산일을, 매매대금의 청산일이 확인되지 않거나 불분명한 경우 등기접수일을 각각 취득시기로 적용하는 것(상담5팀-1047, 2006.11.30. 같은 뜻임)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관련법령 등에 의하면 쟁점토지에 대해 1975.6.30.과 1984.1.30. 매매를 원인으로 부동산등기특 별조치법에 의하여 1995.6.26. 소유권이전등기 접수가 된 사실은 인정되나, 처분청이 제시한 보증서 또는 확인서발급신청서에 의하면 청구인이 1975.6.30.과 1984.1.30.부터 쟁점토지를 매수하여 현재까지 보유하고 있다는 사실만 기재되어 있을 뿐 매매대금 청산일은 확인되지 아니하므로 청구인의 쟁점토지 취득시기를 소유권이전 등기접수일인 1995.6.26.로 하여 취득가액을 계산함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점토지의 취득시기를 의제취득일인 1985.1.1.로 보아 양도소득세를 과세한 당초 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.