신축전 보유하던 멸실주택의 보유기간에 대한 양도소득금액은 신축주택 감면대상이 아님

• 가. 청구인은 1975.11.25. 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 멸실하고 2002.11.20. 다세대주택 17채(이하 “신축주택”이라 한다)를 신축한 후, 5년이 지난 2008년 5월부터 7월까지 다세대주택 15채를 양도하였고, 2008.8.28. 양도소득세를 예정신고 하면서 조세특례제한법 제99조의3 의 조항에 따른 감면을 적용함에 있어 멸실된 종전주택 취득일부터 신축 후 5년간의 양도소득금액 전체에 대하여 감면을 적용하였다.
• 나. 처분청은 신축주택취득일부터 5년간의 양도소득세는 감면대상이 되나 양도소득금액계산시 멸실된 종전주택 최초 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상이 되지 않는다 하여, 2012.6.12. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 169,420,040원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.27. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인이 신축주택 감면소득금액 계산에 대한 국세청의 종전해석(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)에 따라 2008.8.28. 신고한 양도소득세를, 처분청이 새로운 해석(재산세과-227, 2009.1.2.)에 따라 소급 경정하는 것은 국세기본법 제18조 소급과세금지원칙을 위반한 것으로 위법한 처분이다.

청구인이 주장하는 국세청의 새로운 해석은 종전 신축주택 감면소득에 대한 새로운 해석이 아니고 법령해석을 명확화한 것으로 새로운 해석을 소급하여 적용한 것이 아니고, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따라 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정하여 감면을 인정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 처분청이 새로운 해석을 소급적용하여 양도소득세를 경정하였는지 여부
• 나. 관련 법령 등 1) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생 하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5연간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세 대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환 경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다) 으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축 주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

② 소득세법 제89조제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5연간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 2) 조세특례제한법 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택. 3) 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조제1항 본문에서 "그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이란 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2010.2.18 부칙>

② 법 제99조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이란 1998년 5월 21일이전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다. <개정 2008.2.29 부칙, 2010.2.18 부칙>

③ 법 제99조 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. <신설 1999.10.30 부칙, 2000.12.29 부칙, 2003.6.30 부칙, 2003.11.29 부칙, 2005.2.19 부칙, 2010.2.18 부칙>

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택 취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 1999.10.30 부칙, 2008.2.29 부칙>

1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택

• 가. 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류
• 나. 건축물관리대장

2. 제3항제2호의 주택

• 가. 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택 취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실을 입증할 수 있는 증빙서류
• 나. 제1호의 서류

• 가. 취득시의 주택매매계약서
• 나. 계약금을 납부한 사실을 입증할 수 있는 증빙서류 4) 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례<개정 2001.8.14>】

① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 ㅇㅇ특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다 5) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등<개정 2001.12.31>】

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2005.2.19 부칙> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 6) 조세특례제한법 부칙 <제6762호,2002.12.11> 제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의2제3항제1호 단서, 제94조제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다. 제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 7) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. <개정 2010.1.1>

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 1) 청구인은 1985.1.1.(토지1975.12.13. 건물 1983.5.30.) ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재 대 314㎡, 위 지상 주택 284.50㎡를 취득한 후 멸실하고, 동 소재지에 다세대주택 17채를 신축하여 2002.11.20. 사용승인검사필증을 받고 소유권보존등기후 신축주택 17채중 15채를 2008.5.6.～2008.7.1.까지 3회에 걸쳐 양도하고, 2008.8.28. 신축주택 양도에 대한 양도소득세를 신고하면서 조세특례제한법 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용해 15채분 총양도가액 3,418,000,000원의 산출세액 395,829,617원에서 신축주택 세액감면 351,764,268원을 적용하여 양도소득세 40,641,781원을 신고․납부하였고, 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다는 OO지방국세청장의 기획점검 결과에 따라, 2012.6.12. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 169,420,044원을 경정 고지하고, 농어촌특별세 31,356,668원을 환급하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. 2) 청구인은 2008.8.28. 양도소득세 신고시 국세청 서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.)에 의거 신축주택 감면소득을 계산하여 신고하였고, 처분청이 신고시 적용할 수 없는 조세특례제한법 제99조의3 신축주택의 감면의 새로운 해석(재산-227, 2009.1.20)을 적용하여 경정한 처분은 국세기본법 제18조 (세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)를 위배한 것이라고 주장하고, 처분청은 국세청 재산-227(2009.1.20)는 종전해석의 변경이 아니라 조세특례제한법 제99조의3 을 적용함에 있어 신축주택 감면대상 소득금액을 명확화한 것이라고 주장하는 바, 위 해석의 내용은 다음과 같다.
• 가) 서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.) [제 목] 신축주택의 취득 감면 적용시 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액 계산 [ 회 신 ] 조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것입니다.
• 나) 재산-227(2009.1.20) [ 제 목 ] 재개발한 주택이 신축감면 대상에 해당하는 경우 감면대상 양도소득금액 산정 [ 회 신 ] 귀 질의의 경우, 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2003.4.30.)한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택의 취득일(2003.4.30.)로부터 5년이 되는 날은 2008.4.30.까지입니다. 3) 조세특례제한법 제40조 제1항 의 “ 당해 구조조정부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 중 다음 산식에 의하여 계산할 것이라고 규정하고 있다. 양도소득 금액 (양도가액에서 필요경비를 공제한 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액)×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 4) 처분청은 조세특례제한법 제99조 3 및 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 분모의 취득당시 기준시가는 다음과 같이 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 한다고 주장하고, 청구인은 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 감면하여야 한다고 주장한다. (처분청 주장: 취득후 5년간 발생한 감면대상 양도소득 계산산식 및 도해) 감면소득 = <과세소득구간> <감면소득구간> <과세소득구간> -------▲-------------▲---------------▲---------------▲----

① 종전주택취득일 ②준공일 ③ 준공일로부터 5년

④ 양도

• 라. 판단 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정은 신규주택의 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 감면대상에 포함될 수 없는바(심사양도 2011-0307, 2012.03.30. 외 다수), 청구인은 “ 서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.)”에 의거 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상으로 신고하였는바, 처분청이 새로운 해석“재산-227, 2009.1.20.”에 의거 과세하는 것은 소급과세로 위법한 것이라고 주장하나, 소급과세금지의 원칙이 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우 그 효력발생 이전부터 계속되어 오던 사실 이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대해 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌바(대법2001두10790, 2004.03.26외 다수), “재산-227(2009.1.20.)”은 처분청이 양도 당시 시행되던 법령을 계속해서 적용하면서 이를 명확히 한 것으로 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니어서 국세기본법상의 소급과세금지의 원칙과는 관계가 없다 할 것이고, “서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.)”은 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상소득으로 본다고 직접적으로 표명한 것도 아닌바, “재산-227(2009.1.20.)”을 종전해석의 변경으로 보기도 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 감면 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.