종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 대상이 아님

• 가. 청구인은 1971.5.20. 취득한 서울 ○○구 ○○동 470-76(이하 “종전 부동산”이라 함)이 재건축됨에 따라, 2001.6.23. 서울 ○○구 ○○동 1712 ○○□□ 타운 000-1111 (이하 “ 신축주택 ” 라 함)를 취득하였으며 2006.10.16. 양도한 후 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 함) 제99조의3 규정을 적용하여 양도소득세를 전액 감면신고 하였다.
• 나. 처분청은 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 감면을 적용함에 있어 종전 부동산의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당 하지 아니한다는 이유로 종전 부동산에 대한 감면세액을 차감하여 2012.5.3. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 0,000,000원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.31. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 2006.10.16. 신축주택을 양도한 후 조특법 제99조의3에 의거 정당 하게 신고․납부하였고 당시에는 처분청도 청구인의 양도소득세 신고에 대하여 시인하였다.
• 나. 그러나 최근 법개정 절차없이 처분청의 적용지침에 의거하여 과거 정당하게 신고․납부건에 대하여 소급과세한 2006년 과세연도 양도소득세 0,000,000원을 취소되어야 한다.

• 가. 신축주택감면에 대한 예규를 변경하여 과세함은 소급과세금지에 위배라는 주장에 대하여

1. 종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변한 사실이 없으므로 소급과세금지에 위배되지 않으며 신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액만을 감면한다는 법령에 따라 적정하게 신고 납부한 납세자도 다수 있어, 이들과의 과세형평에 비추어 과세는 정당하다.

2. 또한 납세지 관할 세무서장은 “예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”고 규정하고 있으므로 부과제척기간내의 경우 경정가능 하여 소급과세에 해당하지 아니하고 오류신고분의 미경정을 관행이라고 볼 수 없으므로 조특법 제99조의3에 의한 감면 신고에 대하여 처분청에서 종전 부동산의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 당초 감면소득에서 차감한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종전주택이 재건축 됨에 따라 취득한 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면대상인지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소 득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일 부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에 는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(생략). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조 합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축 주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의 3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규 정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산 식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• (취득당시의기준시가) (양도당시의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) 4) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 5) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익” 이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리 처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

• 다. 사실관계 1) 등기부등본과 ○○구청장의 임시사용증서에 의하여 청구인의 부동산 취득 및 양도의 진행사항은 다음과 같이 나타난다. 일 자 내 용 비 고 1971.5.20. 종전부동산 취득 서울 ○○ ○○ 470-76 2001.6.23. 신축부동산 취득 (임시사용승인일) 서울 ○○ ○○ 1712 ○○□□ 000-1111 2006.10.16. 신축부동산 양도 취득일부터 5년 이내 양도 2) 조세특례제한법 제99조의3 규정관련 국세청의 유권해석내용이 아래와 같이 확인된다.
• 가) 서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.): 조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것임
• 나) 국세청 재산세과-227(2009.1.20.): 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개 발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2003.4.30.)한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택의 취득일(2003.4.30.)로부터 5년이 되는 날은 2008.4.30.까지임(부동산거래관리과-607, 2010.4.28. 같은 뜻)
• 다) 부동산거래관리과-123(2011.2.10.): 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소 득금액은 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것임(부동산거래관리과-717, 2011.8.16. 같은 뜻)
• 라. 판 단 청구인은 신축주택의 양도소득금액에 대하여 조특법 제99조의3의 규정에 따라 종전부동산 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득세 과세특례의 적용대상이며, 기존 예규를 변경하여 소급과세한 경정처분은 부당하다고 주장하나 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며(조심 2012서0121, 2012.2.23., 2010서2935, 2011.6.30. 등 같은 뜻), 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수는 없다.(서울행정법원2011구단27363, 2012.3.9. 같은 뜻) 조특법 제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 보이는 점(국세청적부2010- 0114, 2010.5.28.) 등을 감안할 때, 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. 또한, 청구인은 기존 예규 서면인터넷방문상담4팀-2109(2005.11.8.)를 변경하여 소급과세한 경정처분은 부당하다고 주장하나, 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다(조심 2012서0121, 2012.2.23, 조심2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻임) 따라서 처분청이 종전 부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 판단하고 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정고지한 당초 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.