신축주택 감면은 신축주택의 사용승인일부터 5년이 경과되는 날까지의 양도소득금액을 감면함

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 1993.6.7. ○○시 ○○동 1682 ○○○아파트 15-503를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 2003.5.14. ○○시 ○○동 1682 ○○○아파트 108-1901 (이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여, 2010.9.16. 양도하고 조세특례제한법 제99조의 3 제1항에 따라 양도소득세 229,131,970원에 대해서 감면신고를 하고 농어촌특별세 45,826,390원을 납부한 사실이 있으나,
• 나. ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 종전주택의 취득일부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액 해당분에 대하여 감면을 부인하고, 2012.7.2. 청구인에게 양도소득세 133,555,250원을 경정 고지하였다.

쟁점주택에 대한 양도차익 885,739,500원은 신축아파트에 대한 기대 이익을 반영하여 구아파트 가격이 상승한 것으로, 실제로는 신축아파트의 양도차익이라 볼 수 있으므로 구주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지 전체 양도차익에 대해서 감면해 주는 것이 타당하므로 양도소득세 감면 배제는 부당하며, 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】에서 신축주택의 취득일에 대해서 명시적으로 신주택의 사용승인일이라는 규정이 없이 그냥 취득일이라고 규정되어 있어서 그 동안 과세관청이 관행적으로 구주택의 취득일부터의 양도소득에 대해서 전액 감면하여 양도소 득세를 결정하다가 다시 이를 번복하여 신주택의 사용승인일부터의 양도소득에 대해서만 감면규정을 적용한 것은 부당하다. 또한, 과세관청의 처분이 맞다면, 최초 양도소득세를 결정할 당시 이를 적용하여 양도소득세를 결정하여 미납부 가산세 부담의 불이익을 주지 말아야지 2년이 지난후에 이를 추징함으로써 미납부가산세를 추징함은 부당하다.

조세특례제한법 제99조의3 에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하므로 감면 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종전에 소유하던 주택을 재건축에 의하여 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우, 양도소득 전체가조세특례제한법제99조의3의 규정에 의하여 양도소득세 100% 감면대상에 해당하는지 여부 및 미납부가산세 해당 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택 취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택 취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 3) 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 1993.6.7. ○○시 ○○동 1682 ○○○아파트 15-503를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인해 쟁점주택을 2003.5.14. 취득하여, 2010.9.16. 양도하고 2010.11.10. ○○세무서에 양도소득세를 신고하면서 산출세액 229,131,971원에 대해 전액 감면 신고하고, 농 어촌특별세를 45,826,390원으로 신고한 사실이 국세청의 국세통합시스템에 의해 확인된다.

2. 또한, 처분청에서 청구인의 양도소득세 고지와 관련하여 결의서 내용을 살펴보면, 양도가액 1,280,000,000원에서 취득가액 140,000,000원과 기타필요경비 254,260,500원을 차감한 양도차익이 885,739,500원, 장기보유특별공제 186,005,295원을 차감한 양도소득금액이 699,734,205원, 양도소득기본공제 2,500,000원을 차감한 과세표준이 697,234,205원으로 세율 35%를 적용한 산출세액이 229,131,971원, 감면세액 107,982,434원을 차감한 결정세액이 121,149,537원에 가산세 12,405,721원을 더하여 고지세액이 133,555,250으로 확인된다.

• 라. 판단 조세특례제한법 제99조의3 입법취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하 겠다는 취 지를 고려하여 보면,조세특례제한법제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득 이라 함은 2003.5.14.부터 2008.5.14.까지의 사이에 발생한 소득을 의미한다고 할 것이다. 따라서,조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 같은 조 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있으므로 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없는 점, 소득세법 시행령제166조 제2항에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익과 관리처분계획인가 후의 양도차익을 구분 계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보아 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 준공일부터 양도일까지의 양도소득을 의미한다고 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 참조)이어서, 처분청이 청구인의 쟁점주택에 대하여 양도소득세 감면을 적용함에 있어 신축주택의 사용승인일로부터 5년이 경과되는 날까지의 기간에 대한 양도차익만 감면하고 나머지 부문에 대하여는 감면을 부인하여 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다. 또한, 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 납부하지 아니한 세액 또는 과소납 부분 세액 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율로 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.