조합원이 재건축 신축주택 취득한 경우 신축주택취득일까지 양도소득 비감면

• 가. 청구인은 2001.9.30. ○○시 ○○구 ○○동 10-26번지 대지 252.3㎡ 건물 433.6㎡ 의 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 785백만원에 취득하여 보유하던 중 종전주택을 멸실하고 2002.3월 착공하여 2002.8.27. 사용승인을 받은 주택(대지 252.3㎡, 건물 864.04㎡ 이하 “신축주택”이라 한다)을 취득한 뒤 2006.11.30. 동 신축주택을 양도하고 양도소득세에 대하여 2007.1.31. 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따라 전액 감면 신청하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 신축주택 양도소득(종전주택 취득시～ 신축주택 양도시까지 발생한 양도소득) 전액 감면 중 신축주택 취득일부터 5년 이내 양도소득금액에 대하여만 감면을 적용하여 2012.4.30. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 166,659,060원을 경정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.18. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 2001.9.30. ○○구 ○○동 소재 10-26의 단독주택을 785백만원에 취득하여 보유하던 중 구주택을 멸실하고 2002.3월 착공하여 2002.8.27. 사용승인을 받아 신축주택을 취득하였고, 동 신축주택을 2006.11.30. 양도하여 전체 양도차익에 대하여 감면신청하였다.
• 나. 신축주택에 대한 양도차익 851,651,858원은 대부분이 신축주택에 대한 양도차익이지 구주택에 대한 양도차익은 그 보유기간이 불과 6개월에 불과하여 거의 없으므로 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대한 감면 배제는 부당하다.
• 다. 처분청은 2008년 양도소득세를 결정하면서 필요경비 과다계상분 및 취득원가에서 감가상각비 미차감분에 대해서 양도소득세 14,311,360원을 부과하여 납부했으므로 이건 양도소득세는 결정이 끝난 것으로 알고 있었는데 느닷없이 5년치 미납부 가산세를 포함하여 청구세금을 납부하는 것은 너무나 부당하다.
• 라. 설사, 처분청의 의견이 맞다면 결정 당시에 세금을 추징해서 가산세에 대한 불이익은 없게 하는게 마땅하므로 미납부 가산세를 취소하여야 한다.

• 가. 조세특례제한법 제99조의3 에 따른【신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하는 것이다.
• 나. 같은법 시행령 제40조제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이다.
• 다. 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액”으로 규정하는 점에 비추어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점으로 볼 때 청구주장은 받아들일 수 없다(조심2010부0415,2010.9.17., 조심2010서2935, 2011.6.30.,조심2012서0121, 2012.02.23등).

• 가. 쟁점 종전주택이 재건축 됨에 따라 취득한 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면대상인지 여부
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득 일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(생략). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도 소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2001.9.30. 종전주택을 취득하여 보유하던 동 주택을 멸실하고 2002.3월 착공하여 2002.8.27. 사용승인을 받은 신축주택을 취득한 뒤 2006.11.30. 동 신축주택을 양도하고 양도소득세에 대하여 2007.1.31. 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따라 전액 감면 신청하였으나 처분청은 청구인의 양도소득세 전액감면 중 신축주택 취득일부터 5년 이내 양도소득금액에 대하여만 감면을 적용하여 2012.4.30. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 193,443,180원을 경정고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. 건축구분 신축 허가(신고)번호 2002-2-62 건축주 이@@ 주민등록번호 대지위치 및 면적

○○구 ○○동 10-26, 252.3㎡ 건축물명칭

• 주용도 근생, 다세대 건축면적 150.80㎡ 건폐율 59.77 연면적 864.04㎡ 용적율 260.33

2. 신축주택에 대한 ○○구청의 사용승인서(2002.8.27) 내용이 아래와 같이 확인된다.

3. 종전주택을 멸실하고 새로 취득한 신축주택을 양도한 경우 양도소득세 과세방법에 대한 국세청의 유권해석내용이 아래와 같이 확인된다. 가) 서면상담4팀-2109(2005.11.8): 조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액” 이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증 교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것임

• 나) 재산세과-227(2009.1.20): 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유 하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 조세특례제한법 제99조 의 3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것임.
• 다) 부동산거래관리과-708(2010.5.18): 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니함
• 라) 부동산거래관리과-127(2011.2.10): 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것임.
• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 청구인은 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례에 따라 종전주택 취득 때부터의 양도소득금액 전액 감면이 입법취지에 부합하고 법 해석에도 타당하므로 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점(조심 2012서0121, 2012.2.23., 2010서2935, 2011.6.30. 등 같은 뜻임), 또한 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 보이는 점(국세청적부2010-0114, 2010.5.28.) 등을 감안할 때, 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 판단하고 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정고지한 당초 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.