종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상이 아님

청구인은 2006.12.11. 최○○와 공동으로 소유하고 있던 ○○시 ○○구 ○○동 1279 ○○1차아파트 106-904(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 2007.2.28.조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】를 적용하여 양도소득세 54,819,920원 전부를 감면대상으로 보아 양도소득과세표준 예정신고를 하였다. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택(쟁점주택) 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한다 하여 이를 감면소득금액에서 차감하여 2012.5.1. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 34,610,210원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.16. 이의신청을 거쳐 2012.7.13. 심사청구를 제기하였다.

신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 주택을 양도하는 경우에는 조세 특례제한법 시행령제40조 제1항의 규정을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 계산하여야 하나, 청구인의 경우에는 쟁점주택을 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하였으므로 위 규정을 적용할 수 없으며, 만약 그 산식을 적용하는 경우에는 분모와 분자의 ‘취득당시의 기준시가’는 동일한 것으로 보아 감면세액을 계산하여야 한다. 설령, 위 주장이 받아들이지 아니하더라도 조세 특례제한법 제99조의3 제1항에 의하여 감면대상이 되는 양도소득은 이 건의 경우 주택재개발 관리처분인가를 받은 2000.6.20.부터 쟁점주택의 양도일인 2006.12.11.까지 발생한 것으로 보는 것이 당해 조항의 입법취지에 부합한다. 또한 과세관청은 그 동안 환지청산금을 납부한 경우도시 및 주거환경정비법에 의한 재개발조합주택의 완성일 전일까지의 양도소득금액 계산방법을 아래와 같이 한다고 실무책자와 교육과정을 통하여 직원들에게 교육하였고, 세무대리인들로 그 방법이 가장 합리적인 것으로 알고 관습적으로 동 규정을 적용하여 왔음에도 이를 무시하고 이 건 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.

① 청산금 납부분 양도차익 = (양도가액 - 재개발완성주택 취득가액) × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지 평가액 + 납부한 청산금)

② 기존부동산분 양도차익 = (양도가액 - 재개발완성주택 취득가액) × 기존건물과 그 부수토지평가액 ÷ (기존건물과 부수토지 평가액 + 납부한 청산금)

조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다. 조세특례제한법제99조의3의 신축주택 취득일로부터 5년간의 양도차익에 대하여 감면 한다는 규정은 쟁점주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택의 취득일 이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해 주는 것으로 해석하는 것이 타당할 것이므로 구주택을 취득하여 멸실하고 재개발에 의한 신축주택을 취득한 경우 감면세액은 신축한 주택의 5년 이내 양도소득금액에 대하여만 감면에 해당하고, 구주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액과 5년이 경과한 후의 양도소득금액은 감면배제 하여야 하므로 당초 처분은 정당하다. 또한, 청구인은 기존의 국세청의 질의회신 및 예규 등을 들어 신의성실의 원칙을 위반하여 소급과세하였다고 주장하나, 기존의 예규 및 질의회신 내용은 1세대 2주택 소유자가 신축주택을 새로 취득하였을 때 신축주택을 5년 이내에 양도 할 경우 그 양도차익에 대하여 100% 감면 해주거나, 5년이 경과한 후 양도시 취득일로부터 5년간의 양도차익에 대하여 감면적용을 한다는 내용일 뿐, 종전주택을 멸실 후 신축주택을 취득한 청구인과는 다른 내용의 예규 및 질의회신이므로, 행정청의 공적인 견해표명에 해당하지 아니하는 일반적․추상적인 견해의 예규 등을 청구인 스스로에게 적용되는 것이라고 잘못 해석한 것이므로 신의성실의 원칙을 위반한 것으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점

1. 종전주택이 재개발됨에 따라 취득한 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면대상인지

2. 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소 득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법제89조제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조 합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축 주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규 정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산 식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• (취득당시의기준시가) (양도당시의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) 3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의 3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 4) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 5) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부 수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수 토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익” 이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다) 6) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의를 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

• 다. 사실관계

1. 청구인이 제시한 부동산매매계약서 및 관리처분계획인가서 등 심리자료에 의하면, 아래와 같은 내용이 나타난다.

• 가) 청구인은 1998.6.1. ○○시 ○○구 ○○동 551-141 대지 79㎡ 및 주택 44.83㎡(종전주택)를 60,000천원에 취득하였다.
• 나) 쟁점주택은 ○○제1구역 주택재개발사업에 포함되었고, 2000.6.20. ○○구청장은 당해 재개발사업에 대한 관리처분인가(○○구고시 제200-54호)를 하였다.
• 다) 기존주택과 그 부수토지의 평가액은 85,981,730원이고, 청구인의 추가부담금은 29,368,270원이다.

2. 쟁점주택에 대한 양도소득세과세표준 신고 및 자진납부계산서 및 등기부등본 등에 의하여 주요 내용을 요약하면 아래와 같다. (단위: 원) 구 분 일 자 실지거래가액 기준시가

① 종전주택 취득

1998. 6. 1. 60,000,000 74,355,282

② 관리처분계획 인가

2000. 6. 20. 평가액 85,981,730 분담금 29,368,270

• ③ 쟁점주택 사용승인

2003. 1. 29. 115,350,000 123,250,000 *

④ 신축주택 양도

2006. 12. 11. 311,500,000 168,500,000 *

⑤ 신축 후 5년 경과시점

2008. 1. 29.

• - * 쟁점주택에 대한 청구인의 지분이 1/2이므로 아파트기준시가는 고시금액의 1/2을 적용함

3. 양도소득세 결정결의서에 의하면, ○○지방국세청 감사관이 서울행정법원의 판결(2011구단27363, 2012.3.9.)을 근거로 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감 면소득에 해당하지 아니한다는 이유로 이에 대한 감면을 배제하라고 2012.3.30. 산하 세무서장에게 업무지시를 하였으며, 처분청은 이에 따라 청구인에게 이 건 양도소득세 부과처분을 하였음이 나타난다.

• 라. 판단 먼저, 청구인은 구(종전)주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 구주택을 취득하여 보유하다가 재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”으로 규정하고 있으므로 문언상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상에 포함되는 것으로 확대 해석할 수는 없다 하겠다(조심2012서1777, 2012.8.1.; 심사양도2012-0142, 2012.8.31.; 서울행정법원 2012.3.9. 선고 211구단27363 판결 등 같은 뜻). 또한,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 보이는 점 등을 감안할 때, 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다(국세청적부 2010-0114, 2010.5.28. ; 심사양도2012-0142, 2012.8.13. ; 조심2012서2444, 2012.7.18. 등 같은 뜻). 따라서 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 당초 처분은 정당하다고 판단된다. 다음으로 청구인은 과세관청이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 계산방법을 변경하여 이 건 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하므로 이에 대하여 본다. 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2007두19454, 2010.4.29. 외 다수 참조). 또한, 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과할 경우에는 신의성실의 원칙이 적용되지 아니한다 할 것이다(대법원 2007두19454, 2010.4.29. 참조). 이 건의 경우 그동안 과세관청의 예규 등에서 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액까지 감면소득으로 본다고 명확하게 해석하지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해를 표명을 하거나, 청구인이 그러한 공적인 견해표명을 믿고서 쟁점주택에 대한 감면대상 양도소득을 산정하였다고 인정할 만한 객관적인 근거가 없는 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하여 이 건 부과처분을 하였다고 볼 수는 없다 하겠다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.